BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077E11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 26,562,566 - 26,690,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl1rap
Upstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1, Cldn16, LOC100043057
Downstream geneGm606, Ostn, Uts2d, Ccdc50
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077E11.bB6Ng01-077E11.g
ACCDH893299DH893300
length1,0091,030
definitionDH893299|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077E11, 5' end.DH893300|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,562,566 - 26,563,580)(26,689,051 - 26,690,086)
sequence
gaattcaaaggtcaaatattttttaaatatttcaaaatatatttgctatg
ttcagggtgctctttaaaatccataaacacagggctctcatcttcaatta
ttaacaagccactatatggctgagtactttgatcctatcaatcaggaggc
agagtcaaaggcagatagatggctatgagttcaaggctagcctgatgtac
atagtgagttccagccaaccatgtttacacagtaagactcagtctaagaa
aataaaataataatgatgatactattattatcattattaagttagcaatt
ggtcataacaaaatagaaggtataataatatctatccagcactcacaaga
tgtaagttgccaattgcttcgtttttgcttgaggtctcaccttcaactag
gtaagaactgatgttaggcaaactatcttccagttgactggttagagaga
agacatttaaacatggactctgtaactctggacctgaggttatatttgct
atccagagaactttgcacctcaaattcttgagccactctgattaaagatt
tatgccattgaattgatttaattaactatttgtagtgtccacaactggat
ctgattctgagcagtctttgccactcaaacagcacacggctgattccaag
aagtgcttgctgacaaggagcctgatatggttgtgtcctgagaggctttg
ccagagcctgacaaatccagaggtggatgctcgcagccatccattggact
gagcacagggtcatgtgctgtgtgtgtattcttttgtttacacgcatagt
gagagtactctgtgtgtgcacatgtatataacataaaaaataagcaccct
gagtatactgttgttctacagtatgtgatttgcatacaagaatacataca
tattggtactgtttaacttggaagtttccttctttctctgtctctatggc
ttagaagtctaaaaggcttaatatggcttatgtttttatacccatggtgg
gtatgtggg
gaattcaaaattttagaagttaaatagaagagcaactgtcaaccacataa
tggttgctatggcaaccaagcacaacatgtaagtaagaagcagtacaaga
aatgactctgggatcctggagaggaaatatgtatccgagaaagtgaaggc
tgtgggtaggatgatgtcacaatgaagaaaagagtagcttcctttaagga
cgtctattcctcaaaaggaaccatctgatgatatgactggaaaaggccct
tcgttgtttttattaatatatattcagcctatataagaaagtgtgaaaaa
tgtttacaagagaaggagggtttgtgttatattgttaatccagagattta
ctggagaaaaaacatttttaccatttgggggtcaaatttgaaacaagcat
tgttaaattttaaatattggccaagagatggactttggtcaggaccactc
catggaatatcccagcagagtggctcttagacacatgttaagtggctttt
atgaacaaaaacacatagtctactatagagggcactgtacttttctatga
ggcattgttattttctaaaactacaactcccagcatcctagagagttacc
tggtccttgggccactgggtcttataagttaatttgaggtattacactat
cttaaaatgataaggaaaatattgacagtaacttcgggggggtgggaatg
aagacatgggcagaacactctgggccgagggaagagagtgaagaactctc
ctgcattcgcagagtattttttctacatgttactatttacattgctgaat
tgtggcaggtttcctcagtgttcccttttttccgggtaataaatcattgt
gccagtgagagtggatgagcacaattgtctacgaggcctgtcattggggc
cattattagtatactgagtcaacatattatgtaacatgatcaaaacatgt
atgtgtcatcacagataatgacagagttgatagcttcaaagaatatgggt
ggattaattatatggtattattacatattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_26562566_26563580
seq2: B6Ng01-077E11.b_47_1055

seq1  GAATTCAAAGGTCAAATATTTTTTAAATATTTCAAAATATATTTGCTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGTCAAATATTTTTTAAATATTTCAAAATATATTTGCTATG  50

seq1  TTCAGGGTGCTCTTTAAAATCCATAAACACAGGGCTCTCATCTTCAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGTGCTCTTTAAAATCCATAAACACAGGGCTCTCATCTTCAATTA  100

seq1  TTAACAAGCCACTATATGGCTGAGTACTTTGATCCTATCAATCAGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAGCCACTATATGGCTGAGTACTTTGATCCTATCAATCAGGAGGC  150

seq1  AGAGTCAAAGGCAGATAGATGGCTATGAGTTCAAGGCTAGCCTGATGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAAAGGCAGATAGATGGCTATGAGTTCAAGGCTAGCCTGATGTAC  200

seq1  ATAGTGAGTTCCAGCCAACCATGTTTACACAGTAAGACTCAGTCTAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGTTCCAGCCAACCATGTTTACACAGTAAGACTCAGTCTAAGAA  250

seq1  AATAAAATAATAATGATGATACTATTATTATCATTATTAAGTTAGCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAATAATGATGATACTATTATTATCATTATTAAGTTAGCAATT  300

seq1  GGTCATAACAAAATAGAAGGTATAATAATATCTATCCAGCACTCACAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAACAAAATAGAAGGTATAATAATATCTATCCAGCACTCACAAGA  350

seq1  TGTAAGTTGCCAATTGCTTCGTTTTTGCTTGAGGTCTCACCTTCAACTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTTGCCAATTGCTTCGTTTTTGCTTGAGGTCTCACCTTCAACTAG  400

seq1  GTAAGAACTGATGTTAGGCAAACTATCTTCCAGTTGACTGGTTAGAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAACTGATGTTAGGCAAACTATCTTCCAGTTGACTGGTTAGAGAGA  450

seq1  AGACATTTAAACATGGACTCTGTAACTCTGGACCTGAGGTTATATTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTAAACATGGACTCTGTAACTCTGGACCTGAGGTTATATTTGCT  500

seq1  ATCCAGAGAACTTTGCACCTCAAATTCTTGAGCCACTCTGATTAAAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAGAACTTTGCACCTCAAATTCTTGAGCCACTCTGATTAAAGATT  550

seq1  TATGCCATTGAATTGATTTAATTAACTATTTGTAGTGTCCACAACTGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATTGAATTGATTTAATTAACTATTTGTAGTGTCCACAACTGGAT  600

seq1  CTGATTCTGAGCAGTCTTTGCCACTCAAACAGCACACGGCTGATTCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTGAGCAGTCTTTGCCACTCAAACAGCACACGGCTGATTCCAAG  650

seq1  AAGTGCTTGCTGACAAGGAGCCTGATATGGTTGTGTCCTGAGAGGCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTGCTGACAAGGAGCCTGATATGGTTGTGTCCTGAGAGGCTTTG  700

seq1  CCAGAGCCTGACAAATCCAGAGGTGGATGCTCGCAGCCATCCATTGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTGACAAATCCAGAGGTGGATGCTCGCAGCCATCCATTGGACT  750

seq1  GAGCACAGGGTCATGTGCTGTGTGTGTATTCTTTTGTTTACACGCATAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGGGTCATGTGCTGTGTGTGTATTCTTTTGTTTACACGCATAGT  800

seq1  GAGAGTACTCTGTGTGTGCACATGTATATAACATAAAAAATAAGCACCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTACTCTGTGTGTGCACATGTATATAACATAAAAAATAAGCACCCT  850

seq1  GAGTATACTGTTGTTCTACAAGTATGTGATTTGCATACAAGAATACATAC  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATACTGTTGTTCTAC-AGTATGTGATTTGCATACAAGAATACATAC  899

seq1  ATATTGGTACTGTTTAACTTTGGAAGTTTCCCTTCTTTCTCTGTTCTCTA  950
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ATATTGGTACTGTTTAAC-TTGGAAGTTT-CCTTCTTTCTCTG-TCTCTA  946

seq1  TGGCTATAG-AGTCTAAAATGCTTAAATATGGCTTAAGGTTTTTATACCC  999
      ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||
seq2  TGGCT-TAGAAGTCTAAAAGGCTT-AATATGGCTT-ATGTTTTTATACCC  993

seq1  ATGGTGTGTATGTGTG  1015
      |||||| ||||||| |
seq2  ATGGTGGGTATGTGGG  1009

seq1: chr16_26689051_26690086
seq2: B6Ng01-077E11.g_71_1098 (reverse)

seq1  ATATGTAATAATAACCCATATACTTACTACCACACATATTCTTTG-AGCT  49
      |||||||||||||  ||||||| ||| | |||| ||||||||||| ||||
seq2  ATATGTAATAATA--CCATATAATTAAT-CCACCCATATTCTTTGAAGCT  47

seq1  TTCAACTCTGTCATGTATCTGTGATGACATCATACATGTTTTTGATCATG  99
       ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  ATCAACTCTGTCAT-TATCTGTGATGACA-CATACATG-TTTTGATCATG  94

seq1  TAACATAAATATGTTGAACTCAGTATACTAATTATTGGCCCAATGACAGG  149
      | |||| ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||
seq2  TTACAT-AATATGTTG-ACTCAGTATACTAATAATGGCCCCAATGACAGG  142

seq1  CCTCGTAGAC-ATTGTGCTCATCCACCTCTCACTGGCACAATGAATTAAT  198
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||
seq2  CCTCGTAGACAATTGTGCTCATCCA-CTCTCACTGGCACAATG-ATTTAT  190

seq1  TACCCGGAAAAAGGGGAACACTGTAGGAAACCTGCCACAATTCAGCAATG  248
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCGGAAAAAAGGGAACACTG-AGGAAACCTGCCACAATTCAGCAATG  239

seq1  TAAATAGTAACATGTAGAAAAAATACTCTGCGAATGCAGGAGAGTTCTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTAACATGTAGAAAAAATACTCTGCGAATGCAGGAGAGTTCTTC  289

seq1  ACTCTCTTCCCTCGGCCCAGAGTGTTCTGCCCATGTCTTCATTCCCACCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTCCCTCGGCCCAGAGTGTTCTGCCCATGTCTTCATTCCCACCC  339

seq1  CCCCGAAGTTACTGTCAATATTTTCCTTATCATTTTAAGATAGTGTAATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAAGTTACTGTCAATATTTTCCTTATCATTTTAAGATAGTGTAATA  389

seq1  CCTCAAATTAACTTATAAGACCCAGTGGCCCAAGGACCAGGTAACTCTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATTAACTTATAAGACCCAGTGGCCCAAGGACCAGGTAACTCTCT  439

seq1  AGGATGCTGGGAGTTGTAGTTTTAGAAAATAACAATGCCTCATAGAAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTGGGAGTTGTAGTTTTAGAAAATAACAATGCCTCATAGAAAAG  489

seq1  TACAGTGCCCTCTATAGTAGACTATGTGTTTTTGTTCATAAAAGCCACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGCCCTCTATAGTAGACTATGTGTTTTTGTTCATAAAAGCCACTT  539

seq1  AACATGTGTCTAAGAGCCACTCTGCTGGGATATTCCATGGAGTGGTCCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGTCTAAGAGCCACTCTGCTGGGATATTCCATGGAGTGGTCCTG  589

seq1  ACCAAAGTCCATCTCTTGGCCAATATTTAAAATTTAACAATGCTTGTTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGTCCATCTCTTGGCCAATATTTAAAATTTAACAATGCTTGTTTC  639

seq1  AAATTTGACCCCCAAATGGTAAAAATGTTTTTTCTCCAGTAAATCTCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGACCCCCAAATGGTAAAAATGTTTTTTCTCCAGTAAATCTCTGG  689

seq1  ATTAACAATATAACACAAACCCTCCTTCTCTTGTAAACATTTTTCACACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAATATAACACAAACCCTCCTTCTCTTGTAAACATTTTTCACACT  739

seq1  TTCTTATATAGGCTGAATATATATTAATAAAAACAACGAAGGGCCTTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATATAGGCTGAATATATATTAATAAAAACAACGAAGGGCCTTTTC  789

seq1  CAGTCATATCATCAGATGGTTCCTTTTGAGGAATAGACGTCCTTAAAGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATATCATCAGATGGTTCCTTTTGAGGAATAGACGTCCTTAAAGGA  839

seq1  AGCTACTCTTTTCTTCATTGTGACATCATCCTACCCACAGCCTTCACTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTCTTTTCTTCATTGTGACATCATCCTACCCACAGCCTTCACTTT  889

seq1  CTCGGATACATATTTCCTCTCCAGGATCCCAGAGTCATTTCTTGTACTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGATACATATTTCCTCTCCAGGATCCCAGAGTCATTTCTTGTACTGC  939

seq1  TTCTTACTTACATGTTGTGCTTGGTTGCCATAGCAACCATTATGTGGTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACTTACATGTTGTGCTTGGTTGCCATAGCAACCATTATGTGGTTG  989

seq1  ACAGTTGCTCTTCTATTTAACTTCT-TCATTTTGAATTC  1036
      |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  ACAGTTGCTCTTCTATTTAACTTCTAAAATTTTGAATTC  1028