BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077H18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 95,647,825 - 95,802,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErg
Upstream geneTtc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6, LOC666201, Kcnj15
Downstream geneEts2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077H18.bB6Ng01-077H18.g
ACCDH893444DH893445
length977778
definitionDH893444|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077H18, 5' end.DH893445|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,801,818 - 95,802,801)(95,647,825 - 95,648,601)
sequence
gaattctgctgaattaagtcacttcccgtagttccttggaatcatatatg
gctccctttgaaagactggttgtgtgaaagctgtgtccccccagcaatgc
tgcaggcagagctgggctgatagcaaggcagatgctgtagcatcacacta
atgataagtttataatgcatggagagacatgtcacatgctggtaccacgc
tgctgtctgtagctgtgagaccagaggtgggaggtgtcagagattccagg
aaccgagtagccctgtgcacacctgcctgtgtgtgtaactgatgcacaga
actgtgctcaaagctttagtaaatgaggagggaaggtccagagaacggac
ggaaagaatacgtaaggggtacctggttggagggtggggatggtcaccat
cctgcgagacgttcaaagaggcagagacgtgactgtgactgcctagacct
aagctgagcatcataattcacaaagcacgcataaaaggaaatgttcggaa
tcgcagggtctgaacccgacacctattaagttaaatgtttccgaaagcca
agatttccttttgtggggagtaagcaaggtaaaaattttgtaaggagtca
gctgcctcccccaacccctacccccagggatgccctgaaagctgccccac
tttggttagcaccgtgtcaacgtcaccatgtcagcctcaccacgcccgag
aagcttccttcccgtggatggggtctgtaatcacgaaaagtttaaacctg
tcttgtgtaaggcttgctctttttgcaccacacagcagcaagatgacaga
atatgcaaaagtggcggggggggggggggaaacaacttgccttttcggta
ttaaaaagtacttaaaagtacttttccagtctctgtgaccctggggtgtg
gtttgcttactgcaggtttaataggaataagacaatttagatcgaatcta
tgagcattcaagcttttgagagaacat
gaattctcctaacttgctgtgttttatccagttcctttctctgggtgacc
caagtccctgtagatgtaactgctggagaggcatgggggggtggggaagt
gagctctcagggtgtggtcttcagaggcaagctttcttcatgtcattatt
tgtcagatggtggcatggttcctagactgtgctcaacagaacaacatgag
aggggtggaccagagatgtgcctctgacgatcaactggaggcacatcttc
ccacgtaagagaaaggcaagcttgcttttgctgccctgataacctgccat
caggacttctatactcagcacacaacggatggggtcagggtcaaaataac
ttcattcagaaaagttagagttctgcctcataggatggtcatctctggtt
acacattgtgctccaaagaacatttacttgtaggtttgacaagtgtgaac
tgaactttctactctagaggctcctagatgctcctcaatgatgtcaactg
ccttccaggtaaacactcacccctccccacctttactcaatcagcaaatg
atttatggagaacattaaaaccttgtttttgttcttgggcaagaagcagc
acctaggacctcagtgagtattcagaatcccaccccagcctagagctcct
gaatccagcagctcaaacccgcatctctatgggtgaaaactgggcaggaa
ggcagcgtgcataagaggaaaggaaggaggcagctcaggtggggaggagt
gggtggaatctctcctatagagatgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95801818_95802801
seq2: B6Ng01-077H18.b_44_1020 (reverse)

seq1  ATGTTCTCTCAAAAGCCTGGAATGCTTCTTAGATTCGATCTTAATTGTCT  50
      ||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||| ||||||| 
seq2  ATGTTCTCTCAAAAG-CTTGAATGC-TCATAGATTCGATCTAAATTGTC-  47

seq1  TTATTCCTATTTAAAACCCTGCAGTAAAGCAAACCACACCCCCAGGGTCA  100
      |||||||||||   || |||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TTATTCCTATT---AAACCTGCAGT-AAGCAAACCACA-CCCCAGGGTCA  92

seq1  CAGAGACTGG-AAAGTACTTTTAAGTACTTTTTAATACCGAAAAGGCAAG  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTGGAAAAGTACTTTTAAGTACTTTTTAATACCGAAAAGGCAAG  142

seq1  TTGTTTCCCCCCCCCCCCCCGCCACTTTTGCATATTCTGTCATCTTGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCCCCCCCCCCCCCCGCCACTTTTGCATATTCTGTCATCTTGCTG  192

seq1  CTGTGTGGTGCAAAAAGAGCAAGCCTTACACAAGACAGGTTTAAACTTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGTGCAAAAAGAGCAAGCCTTACACAAGACAGGTTTAAACTTTT  242

seq1  CGTGATTACAGACCCCATCCACGGGAAGGAAGCTTCTCGGGCGTGGTGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATTACAGACCCCATCCACGGGAAGGAAGCTTCTCGGGCGTGGTGAG  292

seq1  GCTGACATGGTGACGTTGACACGGTGCTAACCAAAGTGGGGCAGCTTTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACATGGTGACGTTGACACGGTGCTAACCAAAGTGGGGCAGCTTTCA  342

seq1  GGGCATCCCTGGGGGTAGGGGTTGGGGGAGGCAGCTGACTCCTTACAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCCTGGGGGTAGGGGTTGGGGGAGGCAGCTGACTCCTTACAAAA  392

seq1  TTTTTACCTTGCTTACTCCCCACAAAAGGAAATCTTGGCTTTCGGAAACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACCTTGCTTACTCCCCACAAAAGGAAATCTTGGCTTTCGGAAACA  442

seq1  TTTAACTTAATAGGTGTCGGGTTCAGACCCTGCGATTCCGAACATTTCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTTAATAGGTGTCGGGTTCAGACCCTGCGATTCCGAACATTTCCT  492

seq1  TTTATGCGTGCTTTGTGAATTATGATGCTCAGCTTAGGTCTAGGCAGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCGTGCTTTGTGAATTATGATGCTCAGCTTAGGTCTAGGCAGTCA  542

seq1  CAGTCACGTCTCTGCCTCTTTGAACGTCTCGCAGGATGGTGACCATCCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACGTCTCTGCCTCTTTGAACGTCTCGCAGGATGGTGACCATCCCC  592

seq1  ACCCTCCAACCAGGTACCCCTTACGTATTCTTTCCGTCCGTTCTCTGGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCAACCAGGTACCCCTTACGTATTCTTTCCGTCCGTTCTCTGGAC  642

seq1  CTTCCCTCCTCATTTACTAAAGCTTTGAGCACAGTTCTGTGCATCAGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCCTCATTTACTAAAGCTTTGAGCACAGTTCTGTGCATCAGTTA  692

seq1  CACACACAGGCAGGTGTGCACAGGGCTACTCGGTTCCTGGAATCTCTGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGGCAGGTGTGCACAGGGCTACTCGGTTCCTGGAATCTCTGAC  742

seq1  ACCTCCCACCTCTGGTCTCACAGCTACAGACAGCAGCGTGGTACCAGCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCACCTCTGGTCTCACAGCTACAGACAGCAGCGTGGTACCAGCAT  792

seq1  GTGACATGTCTCTCCATGCATTATAAACTTATCATTAGTGTGATGCTACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATGTCTCTCCATGCATTATAAACTTATCATTAGTGTGATGCTACA  842

seq1  GCATCTGCCTTGCTATCAGCCCAGCTCTGCCTGCAGCATTGCTGGGGGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGCCTTGCTATCAGCCCAGCTCTGCCTGCAGCATTGCTGGGGGGA  892

seq1  CACAGCTTTCACACAACCAGTCTTTCAAAGGGAGCCATATATGATTCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTTCACACAACCAGTCTTTCAAAGGGAGCCATATATGATTCCAA  942

seq1  GGAACTACGGGAAGTGACTTAATTCAGCAGAATTC  984
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTACGGGAAGTGACTTAATTCAGCAGAATTC  977

seq1: chr16_95647825_95648601
seq2: B6Ng01-077H18.g_70_847

seq1  GAATTCTCCTAACTTGCTGTGTTTTATCCAGTTCCTTTCTCTGGGTGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTAACTTGCTGTGTTTTATCCAGTTCCTTTCTCTGGGTGACC  50

seq1  CAAGTCCCTGTAGATGTAACTGCTGGAGAGGCATGGGGGGGTGGGGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCCTGTAGATGTAACTGCTGGAGAGGCATGGGGGGGTGGGGAAGT  100

seq1  GAGCTCTCAGGGTGTGGTCTTCAGAGGCAAGCTTTCTTCATGTCATTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCAGGGTGTGGTCTTCAGAGGCAAGCTTTCTTCATGTCATTATT  150

seq1  TGTCAGATGGTGGCATGGTTCCTAGACTGTGCTCAACAGAACAACATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATGGTGGCATGGTTCCTAGACTGTGCTCAACAGAACAACATGAG  200

seq1  AGGGGTGGACCAGAGATGTGCCTCTGACGATCAACTGGAGGCACATCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGACCAGAGATGTGCCTCTGACGATCAACTGGAGGCACATCTTC  250

seq1  CCACGTAAGAGAAAGGCAAGCTTGCTTTTGCTGCCCTGATAACCTGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTAAGAGAAAGGCAAGCTTGCTTTTGCTGCCCTGATAACCTGCCAT  300

seq1  CAGGACTTCTATACTCAGCACACAACGGATGGGGTCAGGGTCAAAATAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTTCTATACTCAGCACACAACGGATGGGGTCAGGGTCAAAATAAC  350

seq1  TTCATTCAGAAAAGTTAGAGTTCTGCCTCATAGGATGGTCATCTCTGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCAGAAAAGTTAGAGTTCTGCCTCATAGGATGGTCATCTCTGGTT  400

seq1  ACACATTGTGCTCCAAAGAACATTTACTTGTAGGTTTGACAAGTGTGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGTGCTCCAAAGAACATTTACTTGTAGGTTTGACAAGTGTGAAC  450

seq1  TGAACTTTCTACTCTAGAGGCTCCTAGATGCTCCTCAATGATGTCAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTTCTACTCTAGAGGCTCCTAGATGCTCCTCAATGATGTCAACTG  500

seq1  CCTTCCAGGTAAACACTCACCCCTCCCCACCTTTACTCAATCAGCAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGGTAAACACTCACCCCTCCCCACCTTTACTCAATCAGCAAATG  550

seq1  ATTTATGGAGAACATTAAAACCTTG-TTTTGTTCTTGGGCAAGAAGCAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGAGAACATTAAAACCTTGTTTTTGTTCTTGGGCAAGAAGCAGC  600

seq1  ACCTAGGACCTCAGTGAGTATTCAGAATCCCACCCCAGCCTAGAGCTCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGACCTCAGTGAGTATTCAGAATCCCACCCCAGCCTAGAGCTCCT  650

seq1  GAATCCAGCAGCTCAAACCCGCATCTCTATGGGTGAAAACTGGGCAGGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAGCAGCTCAAACCCGCATCTCTATGGGTGAAAACTGGGCAGGAA  700

seq1  GGCAGCGTGCATAAGAGGAAAGGAAGGAGGCAGCTCAGGTGGGGAGGAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGTGCATAAGAGGAAAGGAAGGAGGCAGCTCAGGTGGGGAGGAGT  750

seq1  GGGTGGAATCTCTCCTATAGAGATGTCA  777
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAATCTCTCCTATAGAGATGTCA  778