BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079I04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 95,608,157 - 95,645,584
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErg
Upstream geneTtc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6, LOC666201, Kcnj15
Downstream geneEts2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079I04.bB6Ng01-079I04.g
ACCDH894899DH894900
length1,1481,034
definitionDH894899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079I04, 5' end.DH894900|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079I04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,608,157 - 95,609,317)(95,644,532 - 95,645,584)
sequence
gaattcagtctctcgggagcctttgtccactaggatggaacttgggtaat
gcttaaaatgcgcagagcaagggaagatcgcgggtgtggccactaggtcg
ctgagatgctgatatcaaagggtttgagatgattgttaaattaaaacaaa
aacaaaaacaaaaaaacaaaaactaaaatgtggaagaaatagtttttaag
tgcaacatttttgcacctatttttaggaaataaaaagaaaaatctttcaa
aaataatatcaactgctaaaaccagaagtcctattgtatttggtcatcag
tttgtaacttttcaaaatgatggagaatgtgtgtgccttccttggtagca
gcccattagcacaccttagtatatgccaccaaaagctaaatagtagcctt
agactcagagaggcacagccagcacacagaggacactgtccttgatggca
gacacttgtgagacacatgatgctgatattggttagaacattggcttcat
gtgtactgggaatccaatgtttctacatctggatctgcggcacagtctcg
gcaacaccttgcagatcagacatctgagtcaaacctactaggtttgggct
gctgttaggggcccagaattgaagacacagctagttttgggctcagtgcc
atctgtcaccatggaaatctgagctgacaccaatgaggctgaggaatgat
ctttccccattgtgcacacatgatcattctgggatttacacaacacatca
tctgagctattcagcactttattgtaaagagggctttgttttgatgattt
tgatattgcatgttttccaagatggcttaaaattggtgaggctaaactag
gatccttactagaggagagcttgttactaacagtatctcaatttatgttg
aactgactggtatacaatctcacataccacgtgctggtcccccttcatgc
ttacacacgtatgacacataccacacactgggctctctcatgtttacaca
catgtgatgcataccacatgctgggctccctcatgttacacacttatgat
gcataccactcactgggcttcctctctgtagcactcgtgatcacacacct
attcctactctaaaggtgagctgtccaattttggtaatgttctataca
gaattctgcggatagaacggctagaatttgcacacaggcaatagagtcac
agccacactggaagacatggagatagctctagggcacaagctagcttatt
tttgcaattaaaaacaactgtgtgtatgatgtagtgtatgtgcacatatg
cattcgtgtgtgcacatgcctgtttgtgggatgcctccctgtgcatgcgt
gtgtgatgtccacagatcagcattggtatcttcttcaactcttttccaca
gcttttgagacagtgcactccagtaaaccaaaggcattgtttcagccaga
ccggctggctggcgagtccctggcatgtcttgtcttcacaccctgagggt
tgagggttttaagtacacatcaccatgctcagcttttgctgagtttgaat
tcaggtcctcctccttacgttgcaagcactgtacccacctagctatcacc
acagtccacacactagcttcttactattaacaccaagatgtctataaaga
catagggaattaaaaccttgagctaacacagagggggacctacagttatc
ttctaactgaagtttgcctacaataaatgttaatcttaccatgtagctgc
tcagatggaggagtctgtgtatggcagggagagaatgctgccggttaaat
aaatcaggttttacttgggcgtgagacagggccctagccaacattagggg
accaggccctcattgagaaggccagaaggttgaagcccagggcacgagga
acaccaagtctctgcctagaaccctgtgctatgactgttcctgatgcatc
cctcccgacacctgcatatcaatccaccgtgacctccatttcagaaacta
tgtccattctttaaacctcaaggctgctataaagcctgcctcttatggaa
atttcagattgcctgttttgaaggcatgagatagatgcaccatgacacta
gctgagctggagacagagctgtgggaggagccagacatctgctgctctct
gctcttgcagtctcatgtgcagagtttctcatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95608157_95609317
seq2: B6Ng01-079I04.b_47_1194

seq1  GAATTCAGTCTCTCGGGAGCCTTTGTCCACTAGGATGGAACTTGGGTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCTCGGGAGCCTTTGTCCACTAGGATGGAACTTGGGTAAT  50

seq1  GCTTAAAATGCGCAGAGCAAGGGAAGATCGCGGGTGTGGCCACTAGGTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAATGCGCAGAGCAAGGGAAGATCGCGGGTGTGGCCACTAGGTCG  100

seq1  CTGAGATGCTGATATCAAAGGGTTTGAGATGATTGTTAAATTAAAACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGCTGATATCAAAGGGTTTGAGATGATTGTTAAATTAAAACAAA  150

seq1  AACAAAAACAAAAAAACAAAAACTAAAATGTGGAAGAAATAGTTTTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACAAAAAAACAAAAACTAAAATGTGGAAGAAATAGTTTTTAAG  200

seq1  TGCAACATTTTTGCACCTATTTTTAGGAAATAAAAAGAAAAATCTTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACATTTTTGCACCTATTTTTAGGAAATAAAAAGAAAAATCTTTCAA  250

seq1  AAATAATATCAACTGCTAAAACCAGAAGTCCTATTGTATTTGGTCATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATCAACTGCTAAAACCAGAAGTCCTATTGTATTTGGTCATCAG  300

seq1  TTTGTAACTTTTCAAAATGATGGAGAATGTGTGTGCCTTCCTTGGTAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAACTTTTCAAAATGATGGAGAATGTGTGTGCCTTCCTTGGTAGCA  350

seq1  GCCCATTAGCACACCTTAGTATATGCCACCAAAAGCTAAATAGTAGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTAGCACACCTTAGTATATGCCACCAAAAGCTAAATAGTAGCCTT  400

seq1  AGACTCAGAGAGGCACAGCCAGCACACAGAGGACACTGTCCTTGATGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGAGAGGCACAGCCAGCACACAGAGGACACTGTCCTTGATGGCA  450

seq1  GACACTTGTGAGACACATGATGCTGATATTGGTTAGAACATTGGCTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGTGAGACACATGATGCTGATATTGGTTAGAACATTGGCTTCAT  500

seq1  GTGTACTGGGAATCCAATGTTTCTACATCTGGATCTGCGGCACAGTCTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTGGGAATCCAATGTTTCTACATCTGGATCTGCGGCACAGTCTCG  550

seq1  GCAACACCTTGCAGATCAGACATCTGAGTCAAACCTACTAGGTTTGGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACCTTGCAGATCAGACATCTGAGTCAAACCTACTAGGTTTGGGCT  600

seq1  GCTGTTAGGGGCCCAGAATTGAAGACACAGCTAGTTTTGGGCTCAGTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAGGGGCCCAGAATTGAAGACACAGCTAGTTTTGGGCTCAGTGCC  650

seq1  ATCTGTCACCATGGAAATCTGAGCTGACACCAATGAGGCTGAGGAATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCACCATGGAAATCTGAGCTGACACCAATGAGGCTGAGGAATGAT  700

seq1  CTTTCCCCATTGTGCACACATGATCATTCTGGGATTTACACAACACATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCATTGTGCACACATGATCATTCTGGGATTTACACAACACATCA  750

seq1  TCTGAGCTATTCAGCACTTTATTGTAAAGAGGGCTTTGTTTTGATGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTATTCAGCACTTTATTGTAAAGAGGGCTTTGTTTTGATGATTT  800

seq1  TGATATTGCAGGTTTTCCAAGATGGCTTAAAATTGGTGAGGCTAAACTAG  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTGCATGTTTTCCAAGATGGCTTAAAATTGGTGAGGCTAAACTAG  850

seq1  GATCCTTACTAGAGGAGAGCTTGTTACTAACAGTATCTCAATTTATGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTACTAGAGGAGAGCTTGTTACTAACAGTATCTCAATTTATGTTG  900

seq1  AACTGACTGGTATACAATCTCACATACCACGTGCTGGTCCCCCTTCATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACTGGTATACAATCTCACATACCACGTGCTGGTCCCCCTTCATGC  950

seq1  TTACACACGTATGACACATACCACACACTGGGCTCTCTTCATGTTTACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTACACACGTATGACACATACCACACACTGGGCTCTC-TCATGTTTACAC  999

seq1  ACATGTGATGCATACCACATGCTGGGCTCCCTTCATGTTTACACACTTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  ACATGTGATGCATACCACATGCTGGGCTCCC-TCATG-TTACACACTTAT  1047

seq1  GATGCATACCACTCACTGGGCTTCCTCTCTGTTAAGCACTTCCTTTGGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | |  |||
seq2  GATGCATACCACTCACTGGGCTTCCTCTCTGT--AGCACT--CGT--GAT  1091

seq1  CACACACCTATTCCTCTACTCTAAAGGTTGAGGCTGTCCCATTTTTGTGT  1150
      |||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||  
seq2  CACACACCTATTC--CTACTCTAAAGG-TGA-GCTGTCCAATTTTGGT-A  1136

seq1  ATG-TCTATACA  1161
      ||| ||||||||
seq2  ATGTTCTATACA  1148

seq1: chr16_95644532_95645584
seq2: B6Ng01-079I04.g_68_1101 (reverse)

seq1  TCATGAGAAAACTCTGGCACAATGGAGAACCTTGGCAAGAGGCAGAAGGA  50
      ||||||| ||||||| |||||   ||||  ||  |||||| |||||    
seq2  TCATGAG-AAACTCT-GCACA--TGAGA--CT--GCAAGA-GCAGA---G  38

seq1  AGCAGCAGATGTCCTGGCCTCCTCCCACAGCTCTGTCTCCAGCTCAGCTA  100
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGATGT-CTGG-CTCCTCCCACAGCTCTGTCTCCAGCTCAGCTA  86

seq1  GTGTCCATGGTGCATCTATCTCATGCCTTCAAAACAGGCAATCTGAAATT  150
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGT-CATGGTGCATCTATCTCATGCCTTCAAAACAGGCAATCTGAAA-T  134

seq1  TTCCATAAGAGGCAGGCTTTATAGCAGCCTTGAGGTTTTAAAGAATGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCATAAGAGGCAGGCTTTATAGCAGCCTTGAGG-TTTAAAGAATGGAC  183

seq1  ATAGTTTCCTGAAATGGAGGTCACGGTGGATTTGATATGCAGGTGTCGGG  250
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTT-CTGAAATGGAGGTCACGGTGGA-TTGATATGCAGGTGTCGGG  231

seq1  AGGGATGCATCAGGAACAGTCATAGCACAGGGTTCTAGGCAGAGACTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGCATCAGGAACAGTCATAGCACAGGGTTCTAGGCAGAGACTTGG  281

seq1  TGTTCCTCGTGCCCTGGGCTTCAACCTTCTGGCCTTCTCAATGAGGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTCGTGCCCTGGGCTTCAACCTTCTGGCCTTCTCAATGAGGGCCT  331

seq1  GGTCCCCTAATGTTGGCTAGGGCCCTGTCTCACGCCCAAGTAAAACCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCTAATGTTGGCTAGGGCCCTGTCTCACGCCCAAGTAAAACCTGA  381

seq1  TTTATTTAACCGGCAGCATTCTCTCCCTGCCATACACAGACTCCTCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAACCGGCAGCATTCTCTCCCTGCCATACACAGACTCCTCCATC  431

seq1  TGAGCAGCTACATGGTAAGATTAACATTTATTGTAGGCAAACTTCAGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCTACATGGTAAGATTAACATTTATTGTAGGCAAACTTCAGTTA  481

seq1  GAAGATAACTGTAGGTCCCCCTCTGTGTTAGCTCAAGGTTTTAATTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAACTGTAGGTCCCCCTCTGTGTTAGCTCAAGGTTTTAATTCCCT  531

seq1  ATGTCTTTATAGACATCTTGGTGTTAATAGTAAGAAGCTAGTGTGTGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTATAGACATCTTGGTGTTAATAGTAAGAAGCTAGTGTGTGGAC  581

seq1  TGTGGTGATAGCTAGGTGGGTACAGTGCTTGCAACGTAAGGAGGAGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGATAGCTAGGTGGGTACAGTGCTTGCAACGTAAGGAGGAGGACC  631

seq1  TGAATTCAAACTCAGCAAAAGCTGAGCATGGTGATGTGTACTTAAAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAAACTCAGCAAAAGCTGAGCATGGTGATGTGTACTTAAAACCC  681

seq1  TCAACCCTCAGGGTGTGAAGACAAGACATGCCAGGGACTCGCCAGCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTCAGGGTGTGAAGACAAGACATGCCAGGGACTCGCCAGCCAGC  731

seq1  CGGTCTGGCTGAAACAATGCCTTTGGTTTACTGGAGTGCACTGTCTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTGGCTGAAACAATGCCTTTGGTTTACTGGAGTGCACTGTCTCAAA  781

seq1  AGCTGTGGAAAAGAGTTGAAGAAGATACCAATGCTGATCTGTGGACATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGAAAAGAGTTGAAGAAGATACCAATGCTGATCTGTGGACATCA  831

seq1  CACACGCATGCACAGGGAGGCATCCCACAAACAGGCATGTGCACACACGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCATGCACAGGGAGGCATCCCACAAACAGGCATGTGCACACACGA  881

seq1  ATGCATATGTGCACATACACTACATCATACACACAGTTGTTTTTAATTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGTGCACATACACTACATCATACACACAGTTGTTTTTAATTGC  931

seq1  AAAAATAAGCTAGCTTGTGCCCTAGAGCTATCTCCATGTCTTCCAGTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAGCTAGCTTGTGCCCTAGAGCTATCTCCATGTCTTCCAGTGTG  981

seq1  GCTGTGACTCTATTGCCTGTGTGCAAATTCTAGCCGTTCTATCCGCAGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGACTCTATTGCCTGTGTGCAAATTCTAGCCGTTCTATCCGCAGAA  1031

seq1  TTC  1053
      |||
seq2  TTC  1034