BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081C05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 85,593,171 - 85,728,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC622000
Upstream geneLOC100039893, LOC100039634, Mrpl39, Jam2, Atp5j, LOC100039950, Gabpa, Gm311, App, Cyyr1, LOC100039994
Downstream geneAdamts1, Adamts5, LOC100040025, LOC100039780
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081C05.bB6Ng01-081C05.g
ACCDH896076DH896077
length1,042661
definitionDH896076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081C05, 5' end.DH896077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081C05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,593,171 - 85,594,146)(85,727,792 - 85,728,454)
sequence
gaattcattgtttttaatagctgacttgtatttacattgtataaaggtac
cacattttctgcttccattcctctgttgagggacattggggttctttcca
gcttctggctattataaataaggctgccatgaacatagtggagcatgtgt
ccttattacatgttggagcatcttctgggtatatgcccaggaatggtata
gctgggtcctctagtagtactatgttctgtatcatttagtagcttctctt
tcctgtctttttctcaggtcagttgagtgtatcctatctcagactccttc
tgtcacatctttgtttgattcctcactttgtctgcccctcaattggatgc
cactttcaagcatgggtgctttcttctacattttatccttcattgttaaa
gataaaaagatgtgctaagggtgactgtatttcatccagatcatactgta
atctagggcatggctacattctggcatggttgtatctttggatgtgatcc
cttgccagagaagctatgttactggattaaaattcttctacagtgtagca
tctccccaggaaagttttgtcacacaacaataagagattttaaagcagtt
gaaaaataaaacagcctatgtaggtcaaacacacacaaaataatatgctt
ttaaaaagcaagatgctgttacatgatctagaagatagactgtaaggatt
ggttgagtgttatttgtctctaataagttaacatcatctttggaaatcct
tatgaaaatgagagatgcatcagatctctggattcaattacttaatgttt
ctcttcccctagtgttgaccagaggattcctctcctctagagggatgctt
ttcatctattttcatagtctatctcttcaaagcattggctgcctccagag
tctatttaactccatttccccttagatgcaaagtgagcgctgtgcccatt
tcttttctaaatatattggtgaacctcagaatctgcatcctgaattccat
ctgctccttagccttaaatttctgtttagagccccctccctc
gaattcctgttatacttctggtcaacagacaattgttcttcctcaaaggc
atataagcgcgtatcttctgagaaactctagtccctccacttcctgagca
tttaaggtcgctcatccactatgggaatagttttctgttctccacctggt
tcactgtggattctatgtgtagggatctagggagcctttatctgaagagt
ctactacgtatctttttgataattcctcctttgacacaaagaggtggtct
atagtttttaatcatataggacaatttttaatgttttcttagtagtatct
ataaattcaacagcaaatacattctaaggatttactcttagaaaattgta
tacaccctccaactgtgttttgataaatccacctccctcttttccaatgt
cttttataagtccccataacaatggtgcctcccaacttcataactcttta
gaacaagagtcccctcaactctataaacatgtgcatgggtgtggggacac
tatagagatagcaaatatataaatcgcagctctagaagaggaaatcccag
tcaaagtcacagagatattttcaataaaatcaaggaaataacaaatgttt
cactttactagaattctcttttttggcattagactaactttatttaaaat
tatatgctatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_85593171_85594146
seq2: B6Ng01-081C05.b_114_1073

seq1  ACATTGGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCCATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCCATGA  50

seq1  ACATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACATGTTGGAGCATCTTCTGGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACATGTTGGAGCATCTTCTGGGTAT  100

seq1  ATGCCCAGGAATGGTATAGCTGGGTCCTCTAGTAGTACTATGTTCTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAGGAATGGTATAGCTGGGTCCTCTAGTAGTACTATGTTCTGTAT  150

seq1  CATTTAGTAGCTTCTCTTTCCTGTCTTTTTCTCAGGTCAGTTGAGTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGTAGCTTCTCTTTCCTGTCTTTTTCTCAGGTCAGTTGAGTGTAT  200

seq1  CCTATCTCAGACTCCTTCTGTCACATCTTTGTTTGATTCCTCACTTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCAGACTCCTTCTGTCACATCTTTGTTTGATTCCTCACTTTGTC  250

seq1  TGCCCCTCAATTGGATGCCACTTTCAAGCATGGGTGCTTTCTTCTACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTCAATTGGATGCCACTTTCAAGCATGGGTGCTTTCTTCTACATT  300

seq1  TTATCCTTCATTGTTAAAGATAAAAAGATGTGCTAAGGGTGACTGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTCATTGTTAAAGATAAAAAGATGTGCTAAGGGTGACTGTATTT  350

seq1  CATCCAGATCATACTGTAATCTAGGGCATGGCTACATTCTGGCATGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGATCATACTGTAATCTAGGGCATGGCTACATTCTGGCATGGTTG  400

seq1  TATCTTTGGATGTGATCCCTTGCCAGAGAAGCTATGTTACTGGATTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTGGATGTGATCCCTTGCCAGAGAAGCTATGTTACTGGATTAAAA  450

seq1  TTCTTCTACAGTGTAGCATCTCCCCAGGAAAGTTTTGTCACACAACAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTACAGTGTAGCATCTCCCCAGGAAAGTTTTGTCACACAACAATA  500

seq1  AGAGATTTTAAAGCAGTTGAAAAATAAAACAGCCTATGTAGGTCAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTTAAAGCAGTTGAAAAATAAAACAGCCTATGTAGGTCAAACAC  550

seq1  ACACAAAATAATATGCTTTTTAAAAGCAAGATGCTGTTACATGATCTAGA  600
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAATAATATGCTTTTAAAAAGCAAGATGCTGTTACATGATCTAGA  600

seq1  AGATAGACTGTAAGGATTGGTTGAGTGTTATTTGTCTCTAATAAGTTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACTGTAAGGATTGGTTGAGTGTTATTTGTCTCTAATAAGTTAAC  650

seq1  ATCATCTTTGGAAATCCTTATGAAAATGAGAGATGCATCAGATCTCTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTTGGAAATCCTTATGAAAATGAGAGATGCATCAGATCTCTGGA  700

seq1  TTCAATTACTTAATGTTTCTCTTCCCCTAGTGTTGACCAGAGGATTCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTACTTAATGTTTCTCTTCCCCTAGTGTTGACCAGAGGATTCCTC  750

seq1  TCCTCTAGAGGGATGCTTTTCATCTATTTTCATAGTCTATCTCTTCAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGAGGGATGCTTTTCATCTATTTTCATAGTCTATCTCTTCAAAG  800

seq1  CATTGGCTGCCTCCAGAGTTCTATTTAACTCCATTTCCCCTTAGATGCAA  850
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCTGCCTCCAGAG-TCTATTTAACTCCATTTCCCCTTAGATGCAA  849

seq1  AGTGAAGCGCTGTGCCCATTTCTTTTCTAAAATATAATTGGTGAACCTCA  900
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AGTG-AGCGCTGTGCCCATTTCTTTTCT-AAATAT-ATTGGTGAACCTCA  896

seq1  GAATCTGCCATCCTGAATCTCCATCTGCTCCTAAAGCCTTTTATATTTTC  950
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    | ||||
seq2  GAATCTG-CATCCTGAAT-TCCATCTGCTCCT-TAGCCTT---AAATTTC  940

seq1  TGTTTTAGAGCCCCCCTCTCTCCCTC  976
      || |||||||||||     |||||||
seq2  TG-TTTAGAGCCCC-----CTCCCTC  960

seq1: chr16_85727792_85728454
seq2: B6Ng01-081C05.g_60_720 (reverse)

seq1  AATAGCATATAATTTTAAATAAAGTTAGTCTAATGCCAAAAAAAGAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATAGCATATAATTTTAAATAAAGTTAGTCTAATGCC-AAAAAAGAGAAT  49

seq1  TCTAGTAAAAGTGAAACATTTGTTATTTCCTTGATTTTATTGAAAATATC  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGT-AAAGTGAAACATTTGTTATTTCCTTGATTTTATTGAAAATATC  98

seq1  TCTGTGACTTTGACTGGGATTTCCTCTTCTAGAGCTGCGATTTATATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACTTTGACTGGGATTTCCTCTTCTAGAGCTGCGATTTATATATT  148

seq1  TGCTATCTCTATAGTGTCCCCACACCCATGCACATGTTTATAGAGTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCTCTATAGTGTCCCCACACCCATGCACATGTTTATAGAGTTGAG  198

seq1  GGGACTCTTGTTCTAAAGAGTTATGAAGTTGGGAGGCACCATTGTTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCTTGTTCTAAAGAGTTATGAAGTTGGGAGGCACCATTGTTATGG  248

seq1  GGACTTATAAAAGACATTGGAAAAGAGGGAGGTGGATTTATCAAAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTATAAAAGACATTGGAAAAGAGGGAGGTGGATTTATCAAAACACA  298

seq1  GTTGGAGGGTGTATACAATTTTCTAAGAGTAAATCCTTAGAATGTATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGGGTGTATACAATTTTCTAAGAGTAAATCCTTAGAATGTATTTG  348

seq1  CTGTTGAATTTATAGATACTACTAAGAAAACATTAAAAATTGTCCTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAATTTATAGATACTACTAAGAAAACATTAAAAATTGTCCTATAT  398

seq1  GATTAAAAACTATAGACCACCTCTTTGTGTCAAAGGAGGAATTATCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAAACTATAGACCACCTCTTTGTGTCAAAGGAGGAATTATCAAAA  448

seq1  AGATACGTAGTAGACTCTTCAGATAAAGGCTCCCTAGATCCCTACACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACGTAGTAGACTCTTCAGATAAAGGCTCCCTAGATCCCTACACATA  498

seq1  GAATCCACAGTGAACCAGGTGGAGAACAGAAAACTATTCCCATAGTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCACAGTGAACCAGGTGGAGAACAGAAAACTATTCCCATAGTGGAT  548

seq1  GAGCGACCTTAAATGCTCAGGAAGTGGAGGGACTAGAGTTTCTCAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGACCTTAAATGCTCAGGAAGTGGAGGGACTAGAGTTTCTCAGAAGA  598

seq1  TACGTGCTTGTATGCCTTTGAGGAAGAACAATTGTCTGTTGACCAGAAGT  650
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCGCTTATATGCCTTTGAGGAAGAACAATTGTCTGTTGACCAGAAGT  648

seq1  GTTCCAGGAATTC  663
       |  |||||||||
seq2  ATAACAGGAATTC  661