BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081D15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 49,787,736 - 49,943,663
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043767, Cd47, EG433024
Upstream geneRetnlb, Retnla, Retnlg, 2310047C04Rik, C330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik, LOC386061, EG216818, LOC628903, Ift57, LOC667796
Downstream geneLOC100043769, LOC628951, EG224180, EG667802, LOC100043404, Bbx, LOC100043414, Ccdc54, LOC672778, 5330426P16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081D15.bB6Ng01-081D15.g
ACCDH896140DH896141
length1,102469
definitionDH896140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081D15, 5' end.DH896141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,787,736 - 49,788,854)(49,943,189 - 49,943,663)
sequence
gaattcagggagatgaagagaagggagaagcccaaaaagaggtaaagaga
tggacacatagtacctgagcacaggtaaccagccacacagcaaaatgtag
gttgaactaaatgggtatatttagttatgatctagtcaaagcagagcctc
gctgtatgacccaggtatttatgaatataatctgagtcaaagttttattt
cttggatcatggggctgaggggcaaaacgaagacctaacaagtgcttgtt
tttctgtgttggtgcacgattgggcaatacgctgagcacagggtcagcag
ggcacatttcacaggggagtgtagggttattccttaagcaatgcaaggaa
aaccagtggaacctaattcctatggctgtacaccagtgtccaacgtacct
ggaaaacatgcctagttgcccattgtattagtcagggttctctagagtca
cagaacttatgaatagtctctaaatagtaaaggaatttattgatgactta
cagtcggcagcccaattcccaacaattgttcagtcgcagctgtgaatgga
agtccaaggatctagcagttactcagtctcacgcagcaagcaggcgaagg
agcaagagctcgagctagagctcccttcttccaatgtccttatattgtct
ccagcagaaggtgtagcccagattaaaggtatgttccaccacacctttaa
tcccagatgaaaggtgtagcccagattaaaggtgtgttccttaaactggg
agattcaatcttctggaatccatagccactgtggctcaagatcttcaaac
caagatccagataaggatctcccaagcctccagataaaggtcactggtga
gcctccaattccggattgtagttcatcctaaatattgtcaagttgacaac
caggaattgccactacactcatctaccagggaaaagctaatccagagatg
gagctcagctactgggacaggcttgttaacttctaaagactcaacacaaa
gtaaactcaacatgacaccccagccccaaaaacagatagttacctgaaaa
gcaactgtgccctggtccaaaagggccctggggatgtgggtactttggag
ac
tatataaagctatgtaactgaaaatcaagcatgagccgttcaaatttatg
gggcctctcatgagctgctagtagttcttaaaaaataaaaagagaacagg
ggattccccctctaaattgaagtgcaactgtgatggatttctctggtcaa
acaaaaactaataggggtatctcatgatcctaacagaagaaatggaaatg
ccatggaaaagtttgggtttgggggctcaagggagatactaaggtggaca
gtccatttagattggagatttattagaagagttgtcagtgccatagacag
acaagcagacagtggcattatgagggctctgtggacagtgtggggtcctt
cctgatacaggtatcagtagaaggggtattctatgcaacaggttttagtg
catgctcacagtagagtatacagtagtgcataatcagctatgagggcggg
gatgggtgggtgggtaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_49787736_49788854
seq2: B6Ng01-081D15.b_45_1146

seq1  GAATTCAGGGAGATGAAGAGAAGGGAGAAGCCCAAAAAGAGGTAAAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGAGATGAAGAGAAGGGAGAAGCCCAAAAAGAGGTAAAGAGA  50

seq1  TGGACACATAGTACCTGAGCACAGGTAACCAGCCACACAGCAAAATGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACATAGTACCTGAGCACAGGTAACCAGCCACACAGCAAAATGTAG  100

seq1  GTTGAACTAAATGGGTATATTTAGTTATGATCTAGTCAAAGCAGAGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAACTAAATGGGTATATTTAGTTATGATCTAGTCAAAGCAGAGCCTC  150

seq1  GCTGTATGACCCAGGTATTTATGAATATAATCTGAGTCAAAGTTTTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATGACCCAGGTATTTATGAATATAATCTGAGTCAAAGTTTTATTT  200

seq1  CTTGGATCATGGGGCTGAGGGGCAAAACGAAGACCTAACAAGTGCTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATCATGGGGCTGAGGGGCAAAACGAAGACCTAACAAGTGCTTGTT  250

seq1  TTTCTGTGTTGGTGCACGATTGGGCAATACGCTGAGCACAGGGTCAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGTTGGTGCACGATTGGGCAATACGCTGAGCACAGGGTCAGCAG  300

seq1  GGCACATTTCACAGGGGAGTGTAGGGTTATTCCTTAAGCAATGCAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATTTCACAGGGGAGTGTAGGGTTATTCCTTAAGCAATGCAAGGAA  350

seq1  AACCAGTGGAACCTAATTCCTATGGCTGTACACCAGTGTCCAACGTACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTGGAACCTAATTCCTATGGCTGTACACCAGTGTCCAACGTACCT  400

seq1  GGAAAACATGCCTAGTTGCCCATTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACATGCCTAGTTGCCCATTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCA  450

seq1  CAGAACTTATGAATAGTCTCTAAATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTATGAATAGTCTCTAAATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTA  500

seq1  CAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTGTGAATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTGTGAATGGA  550

seq1  AGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGG  600

seq1  AGCAAGAGCTCGAGCTAGAGCTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGCTCGAGCTAGAGCTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCT  650

seq1  CCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTATGTTCCACCACACCTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTATGTTCCACCACACCTTTAA  700

seq1  TCCCAGATGAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATGAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTGGG  750

seq1  AGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTGTGGCTCAAGATCTTCAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTGTGGCTCAAGATCTTCAAAC  800

seq1  CAAGATCCAGATAAGGATCT-CCAAGCCTCCAGATAAGGGTCACTGGTGA  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAGATCCAGATAAGGATCTCCCAAGCCTCCAGATAAAGGTCACTGGTGA  850

seq1  GCCTTCCAATTCCGGATTGTAGTTCATTCCAAATATTGTCAAGTTGACAA  899
      ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  GCC-TCCAATTCCGGATTGTAGTTCATCCTAAATATTGTCAAGTTGACAA  899

seq1  CCAGGAATAGCCACTACACCCATCTACCAGGGAAAAGCTAATTCCAGAGA  949
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAGGAATTGCCACTACACTCATCTACCAGGGAAAAGCTAA-TCCAGAGA  948

seq1  TGGAGCTCAGGCAACTTGGGACAGGCTTGTATAACTTCTAAAAGACCTCA  999
      ||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||
seq2  TGGAGCTCA-GCTAC-TGGGACAGGCTTGT-TAACTTCT-AAAGA-CTCA  993

seq1  ACAACAAAAGTAAACACAACAATGACACCCCCAGCCCCCAGAAAACAGAA  1049
      |||   ||||||||| |||| |||||| ||||||||||   ||||||| |
seq2  ACA--CAAAGTAAACTCAAC-ATGACA-CCCCAGCCCC--AAAAACAG-A  1036

seq1  GAGTTACCTGAGAAAGGCAACTGTG-CCTTGTCCAAGAAGGGCCCTGGTG  1098
       ||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |
seq2  TAGTTACCT--GAAAAGCAACTGTGCCCTGGTCCAA-AAGGGCCCTGGGG  1083

seq1  ATGTTGGTTACATTTGGAGAC  1119
      ||| ||| ||| |||||||||
seq2  ATG-TGGGTAC-TTTGGAGAC  1102

seq1: chr16_49943189_49943663
seq2: B6Ng01-081D15.g_69_543 (reverse)

seq1  TCTTACCCACCCACCCATCCCCGCCCTCATAGCTGATTATGCACTACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCCACCCACCCATCCCCGCCCTCATAGCTGATTATGCACTACTGT  50

seq1  ATACTCTACTGTGAGCATGCACTAAAACCTGTTGCATAGAATACCCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTACTGTGAGCATGCACTAAAACCTGTTGCATAGAATACCCCTTC  100

seq1  TACTGATACCTGTATCAGGAAGGACCCCACACTGTCCACAGAGCCCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATACCTGTATCAGGAAGGACCCCACACTGTCCACAGAGCCCTCAT  150

seq1  AATGCCACTGTCTGCTTGTCTGTCTATGGCACTGACAACTCTTCTAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCACTGTCTGCTTGTCTGTCTATGGCACTGACAACTCTTCTAATAA  200

seq1  ATCTCCAATCTAAATGGACTGTCCACCTTAGTATCTCCCTTGAGCCCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAATCTAAATGGACTGTCCACCTTAGTATCTCCCTTGAGCCCCCA  250

seq1  AACCCAAACTTTTCCATGGCATTTCCATTTCTTCTGTTAGGATCATGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAACTTTTCCATGGCATTTCCATTTCTTCTGTTAGGATCATGAGA  300

seq1  TACCCCTATTAGTTTTTGTTTGACCAGAGAAATCCATCACAGTTGCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTATTAGTTTTTGTTTGACCAGAGAAATCCATCACAGTTGCACTT  350

seq1  CAATTTAGAGGGGGAATCCCCTGTTCTCTTTTTATTTTTTAAGAACTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAGAGGGGGAATCCCCTGTTCTCTTTTTATTTTTTAAGAACTACT  400

seq1  AGCAGCTCATGAGAGGCCCCATAAATTTGAACGGCTCATGCTTGATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTCATGAGAGGCCCCATAAATTTGAACGGCTCATGCTTGATTTTC  450

seq1  AGTTACATAGCTTTATATAGAATTC  475
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACATAGCTTTATATAGAATTC  475