BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082E07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 94,951,745 - 95,088,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnj6
Upstream geneCldn14, Sim2, Hlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a
Downstream geneLOC666201, Kcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082E07.bB6Ng01-082E07.g
ACCDH896871DH896872
length1,119908
definitionDH896871|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082E07, 5' end.DH896872|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,951,745 - 94,952,876)(95,087,098 - 95,088,003)
sequence
gaattccttgtgaaaaatctaaggccttagcgtcagcaaactgccttctg
agaatctgggcagacgcttttggggaggatgcaggtacctaagcacaaat
ctctgctgccacaggggcctggcggttgagcttcattttacctagagctt
gggacaatcaagtcatagaagactagaatcaggctggagagatggctcag
cagttaagagaaccgactgctcttccagaggtcccaagttcaattcccgg
caaccacatagtggctcacaaccatctgtaatgggatctgatgcctcttc
tggtgtgtctgaagagagcaatggtgtactcacatacataaaataagtat
actgtagctgtacagatggttgtgagccttcatgtggttgttgggaattg
aattttaggacctctgctggcgctggttgtccccgctcgctccaatcaac
tccactcactcagtccctgcagtccaaagatttatttattattatacata
agtacactgtagttgacttcagatgcaccagaagagggagtcagatctca
ttacggaaggttgtgagtcaccatgtggttgctgggatttgaactcagga
ccttcggaagagcagtcagtgttcttacccactgagccatcttgccagcc
cataaataaatcttaaaaaaaaaaaaaaggaaaactagaataatcgagaa
taatgaagcctttaggagtagctacagggaagatcagctctgagcagaac
actgaatggagagactgaacagtttatcagcagagaatggctgcctgaga
accaagaggaagtgtgagtcctgaccggtcttgatggataccagtcgctt
gatggagtggcgcggcttgtgaaggggtggaatctggggaccagagcaaa
ctggtgggtggcataaactggaaggttacaggagagaaacaaaatgagct
cttcttcctacacagaacagagaaacgccccagtgccaggactatgtgac
atccggcaaagctgcagacgatctgcactgcgatggtttctgggattctc
tcctcatcagaagtcgatctgcagctctggcgagcttgtctacagacgcc
cacggggctccttaccagc
gaattccagggttgaaatcaggaaattagcaacctctagtgagaaagaag
gcagaggttgtacccttctgtgtgtgagagctgctgtttctggctgctgc
ttgaacttgctgttggcagtacgctccagaaaaaaaactactcctccacc
tctcgcactggtttcaatagagtcttcatgaaaagcaaacagaattctct
cacatcagaacttcaaggtttcgtttttaaattctcttaactctaaacac
ttaacaagggttttttgtgaatgtgtaaattcaaagaacaatagcaggca
agtttccattctttagttttataaggattatttttattttgtgtgtagga
gtggttttgtttgcatgcatgtgtgtgtaccataggtatgtagtacctgt
ggaggccagaagagggcatcagaattcatacaactaaagttatgagccac
catgagggtgctcagaaacaaacctgggtcctctgcaagaacagcaagtg
atcttaactgctgagccatttccccataccccagttttctgttctttcca
ggttttagtttctgataagagcattgaatttatgtggctttatacaaaag
atacaaatatgcaaataaaaacacattctcccatagttaaaggtttagac
tggtgatggggttaaacaattatggaccatttcatggttgactaagtaac
taactaactctaactaaccaaacttacatgagttaggagccctctcagca
atggttccaggcactggggcaagcacaattaccacctttgacaaatctca
tcactgtttctccaaagtcatcttttcattccattcttgtctcagtcgat
tatcccctgtcaacttaaaataacagacagattcttctccaaaaagtcaa
actgcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_94951745_94952876
seq2: B6Ng01-082E07.b_48_1166

seq1  GAATTCCTTGTGAAAAATCTAAGGCCTTAGCGTCAGCAAACTGCCTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGAAAAATCTAAGGCCTTAGCGTCAGCAAACTGCCTTCTG  50

seq1  AGAATCTGGGCAGACGCTTTTGGGGAGGATGCAGGTACCTAAGCACAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGGGCAGACGCTTTTGGGGAGGATGCAGGTACCTAAGCACAAAT  100

seq1  CTCTGCTGCCACAGGGGCCTGGCGGTTGAGCTTCATTTTACCTAGAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGCCACAGGGGCCTGGCGGTTGAGCTTCATTTTACCTAGAGCTT  150

seq1  GGGACAATCAAGTCATAGAAGACTAGAATCAGGCTGGAGAGATGGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAATCAAGTCATAGAAGACTAGAATCAGGCTGGAGAGATGGCTCAG  200

seq1  CAGTTAAGAGAACCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCCAAGTTCAATTCCCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGAGAACCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCCAAGTTCAATTCCCGG  250

seq1  CAACCACATAGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACATAGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCTCTTC  300

seq1  TGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATGGTGTACTCACATACATAAAATAAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATGGTGTACTCACATACATAAAATAAGTAT  350

seq1  ACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTG  400

seq1  AATTTTAGGACCTCTGCTGGCGCTGGTTGTCCCCGCTCGCTCCAATCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGGACCTCTGCTGGCGCTGGTTGTCCCCGCTCGCTCCAATCAAC  450

seq1  TCCACTCACTCAGTCCCTGCAGTCCAAAGATTTATTTATTATTATACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCACTCAGTCCCTGCAGTCCAAAGATTTATTTATTATTATACATA  500

seq1  AGTACACTGTAGTTGACTTCAGATGCACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACTGTAGTTGACTTCAGATGCACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCA  550

seq1  TTACGGAAGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGAAGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGA  600

seq1  CCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGTTCTTACCCACTGAGCCATCTTGCCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGTTCTTACCCACTGAGCCATCTTGCCAGCC  650

seq1  CATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAAAACTAGAATAATCGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAAAACTAGAATAATCGAGAA  700

seq1  TAATGAAGCCTTTAGGAGTAGCTACAGGGAAGATCAGCTCTGAGCAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGCCTTTAGGAGTAGCTACAGGGAAGATCAGCTCTGAGCAGAAC  750

seq1  ACTGAATGGAGAGACTGAACAGTTTATCAGCAGAGAATGGCTGCCTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGGAGAGACTGAACAGTTTATCAGCAGAGAATGGCTGCCTGAGA  800

seq1  ACCAAGAGGAAGTGTGAGTCCTGACCGGTCTTGATGGATACCAGTCGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGGAAGTGTGAGTCCTGACCGGTCTTGATGGATACCAGTCGCTT  850

seq1  GATGGAGTGGCGCGGCTTGTGAAGGGGTGGAATCTGGGGACCAGAGCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTGGCGCGGCTTGTGAAGGGGTGGAATCTGGGGACCAGAGCAAA  900

seq1  CTGGTGGGTGGCATAAACTGGAAGGTTACAGGAGAGAAACAAAAATGAGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGGTGGGTGGCATAAACTGGAAGGTTACAGGAGAGAAAC-AAAATGAGC  949

seq1  TCTTCTTCCTACACAGAACAGAGAAACGCCCCCAGTGCCAGGACTATGTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  TCTTCTTCCTACACAGAACAGAGAAACG-CCCCAGTGCCAGGACTATG-T  997

seq1  GACATCCGGCAAAGCCTGCAGACGATCCTGCACCTGCGGATGGTGTCTGG  1050
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||
seq2  GACATCCGGCAAAG-CTGCAGACGAT-CTGCA-CTGC-GATGGTTTCTGG  1043

seq1  GATTCTCTTCCTCATCAGGAAGTCGATCTGCAGCTCCTGGCAGAGCTTGT  1100
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GATTCTC-TCCTCATCA-GAAGTCGATCTGCAGCT-CTGGC-GAGCTTGT  1089

seq1  CAAACAGACGCCCACGGGGCTCCTTACACAGC  1132
      |  |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  C-TACAGACGCCCACGGGGCTCCTTAC-CAGC  1119

seq1: chr16_95087098_95088003
seq2: B6Ng01-082E07.g_70_977 (reverse)

seq1  CTTGCAGTTTGACTCTTTGGAGAAG-ATCTGTCTGTTATTTTAAGTTGAC  49
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGTTTGACTTTTTGGAGAAGAATCTGTCTGTTATTTTAAGTTGAC  50

seq1  AGGGGGATAATCGACTGAGAC-AGAATGGAATG-AAAGATGACTTTGGAG  97
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  A-GGGGATAATCGACTGAGACAAGAATGGAATGAAAAGATGACTTTGGAG  99

seq1  AAACAGTGATGAGATTTGTCAAAGGTGGTTAATTGTGCTTGCCCCAGTGC  147
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTGATGAGATTTGTCAAAGGTGG-TAATTGTGCTTGCCCCAGTGC  148

seq1  CTGGCACCATTGCTGAGAGGGCTCCTAACTCATGTAAGTTTGGTTAGTTA  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACCATTGCTGAGAGGGCTCCTAACTCATGTAAGTTTGGTTAGTTA  198

seq1  GAGTTAGTTAGTTACTTAGTCAACCATGAAATGGTCCATAATTGTTTAAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGTTAGTTACTTAGTCAACCATGAAATGGTCCATAATTGTTTAAC  248

seq1  CCCATCACCAGTCTAAACCTTTAACTATGGGAGAATGTGTTTTTATTTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCACCAGTCTAAACCTTTAACTATGGGAGAATGTGTTTTTATTTGC  298

seq1  ATATTTGTATCTTTTGTATAAAGCCACATAAATTCAATGCTCTTATCAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTATCTTTTGTATAAAGCCACATAAATTCAATGCTCTTATCAGA  348

seq1  AACTAAAACCTGGAAAGAACAGAAAACTGGGGTATGGGGAAATGGCTCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAACCTGGAAAGAACAGAAAACTGGGGTATGGGGAAATGGCTCAG  398

seq1  CAGTTAAGATCACTTGCTGTTCTTGCAGAGGACCCAGGTTTGTTTCTGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGATCACTTGCTGTTCTTGCAGAGGACCCAGGTTTGTTTCTGAG  448

seq1  CACCCTCATGGTGGCTCATAACTTTAGTTGTATGAATTCTGATGCCCTCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCATGGTGGCTCATAACTTTAGTTGTATGAATTCTGATGCCCTCT  498

seq1  TCTGGCCTCCACAGGTACTACATACCTATGGTACACACACATGCATGCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTCCACAGGTACTACATACCTATGGTACACACACATGCATGCAA  548

seq1  ACAAAACCACTCCTACACACAAAATAAAAATAATCCTTATAAAACTAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCACTCCTACACACAAAATAAAAATAATCCTTATAAAACTAAAG  598

seq1  AATGGAAACTTGCCTGCTATTGTTCTTTGAATTTACACATTCACAAAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAACTTGCCTGCTATTGTTCTTTGAATTTACACATTCACAAAAAA  648

seq1  CCCTTGTTAAGTGTTTAGAGTTAAGAGAATTTAAAAACGAAACCTTGAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTTAAGTGTTTAGAGTTAAGAGAATTTAAAAACGAAACCTTGAAG  698

seq1  TTCTGATGTGAGAGAATTCTGTTTGCTTTTCATGAAGACTCTATTGAAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGTGAGAGAATTCTGTTTGCTTTTCATGAAGACTCTATTGAAAC  748

seq1  CAGTGCGAGAGGTGGAGGAGTAGTTTTTTTTCTGGAGCGTACTGCCAACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCGAGAGGTGGAGGAGTAGTTTTTTTTCTGGAGCGTACTGCCAACA  798

seq1  GCAAGTTCAAGCAGCAGCCAGAAACAGCAGCTCTCACACACAGAAGGGTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCAAGCAGCAGCCAGAAACAGCAGCTCTCACACACAGAAGGGTA  848

seq1  CAACCTCTGCCTTCTTTCTCACTAGAGGTTGCTAATTTCCTGATTTC-TC  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  CAACCTCTGCCTTCTTTCTCACTAGAGGTTGCTAATTTCCTGATTTCAAC  898

seq1  CCTGGAATTC  906
      ||||||||||
seq2  CCTGGAATTC  908