BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082H08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,759,825 - 10,921,778
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSocs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik
Downstream geneLitaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171, C530044N13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082H08.bB6Ng01-082H08.g
ACCDH897007DH897008
length1,0221,110
definitionDH897007|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082H08, 5' end.DH897008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,759,825 - 10,760,913)(10,920,667 - 10,921,778)
sequence
gaattctgtgagcacctcagtatgtgttcagtaccttttatttaaatgag
cctctgttggattctactgtttaacaaacactggaggtgtctcttgagat
gccattagacagccttcagaagggttgatggatgggagaggggatgggca
gaaaatgcagttaacagcagggacagctgtcaggatccaagtcaggcttc
cagacagtatctgggattgttgaggctgctactcgcctggaacagggcgt
ttaagagatgctgcaggaagcagatccaaaagtagacaccctgtcctggg
ctgatgcttggatgcaggcagtgggacccaggggtatagcttaactggat
cagatttctgttgcaaagagctcagtgtggcaaagatgatagaggggaag
ctaggctaagaccatgctagagactgctgcagacagtcctggagggcaaa
gaaatgacaaaaatggaaggcagagattcagtgtggctgtcagtagggaa
ccatggagctttgagaagaccatagggaaatggggtataaactccatgga
cacctggaacaccagggtccctgttgtctctcagggatttttccctaagg
actgctttgtgctgggaactttgcagtcaagatagagtctgaggatgaac
cacgtgtctacaaaggagaggaaggccactgccagagggccacatctgtg
tgataagacatcagctgggtaggacggctcatgccaataatgtccatgtt
ctggaggctgaggcaggaggacagcaagtccaaagccagactatcctaca
tagtgagactgtctcaaaaaagcaaaagggggcctgagcagaggctccga
aagtaaagatgctggacacacagcctgaccacttgagtccacacctggag
gctgagtaaggatgaaaggacagaaccaactccacaaagttgtcctgtga
cttcacactttcccacttcccagtttcactcacacacaccacaccacaca
tacacacacacactcaccacac
gaattcattcagctaactgacagagaagcttgctttaaggtctgcaccta
gcatggatcatgaaccctacattactgcatagacggagctctctgttcct
agcctgtgtccctctctaaggccaagaggccacatgcaactagaatcgaa
tggcacataactgacttcctcgggccttccttccacaagtgatcaacagt
caacaagcccagcagtgactacctgtgagcagatacagccggtctcgtga
aaatggccacagtgatgttcagaggaagacagataaaagtgacaaaggaa
acttaaactgtgtttgcagatatgaggttgagctgagacaaagggtgggc
attgtattaaatttcttgttgttgtaacaaacacaacaaaatcagctgag
ggaaggagagtttaatagtgtagtccattatagcaggaagtcagaaagtc
atggcgggggcaggagtgtgaggtggctggtcacattgcatccacagctg
ggaagcaggtcatgtgtgtgtgtatctgtacacacacacatacagagaca
cacacgcatagacacacacacagatacacacagacatacacacagataca
cacacagagacacacacagacacacacagatacacacacacagacacaca
cacagacacacacacatacacacacacatgcacgcacctgcactggtaca
cagcttgctttctttttttgattttaaaatgtttatttatttatttattg
tcagggtggagcatgtgggtaccaccatgtgcatgcagggggtgggagtc
aggtatctccttccttcctctgtcctctgatggaactcacattctcagca
ttaactgcaagcgcctttatctgctgagctgtatcaccagctctgagtgt
ctccttttttattcagtccagaaatcagttcatagcctggagtaagtttg
gagtgggtctcccttcctcattttagcctcttgggaacacccttacagat
gggccagagatgtgttcaaggataggtgatttctaaattcagtcgaggtg
actgggcagagctaagggcaaagaatagctgtctaagcagtttactagat
aagttcaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10759825_10760913
seq2: B6Ng01-082H08.b_43_1064

seq1  GAATTCTGTGAGCACCTCAGTATGTGTTCAGTACCTTTTATTTAAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGAGCACCTCAGTATGTGTTCAGTACCTTTTATTTAAATGAG  50

seq1  CCTCTGTTGGATTCTACTGTTTAACAAACACTGGAGGTGTCTCTTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTGGATTCTACTGTTTAACAAACACTGGAGGTGTCTCTTGAGAT  100

seq1  GCCATTAGACAGCCTTCAGAAGGGTTGATGGATGGGAGAGGGGATGGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAGACAGCCTTCAGAAGGGTTGATGGATGGGAGAGGGGATGGGCA  150

seq1  GAAAATGCAGTTAACAGCAGGGACAGCTGTCAGGATCCAAGTCAGGCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGCAGTTAACAGCAGGGACAGCTGTCAGGATCCAAGTCAGGCTTC  200

seq1  CAGACAGTATCTGGGATTGTTGAGGCTGCTACTCGCCTGGAACAGGGCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTATCTGGGATTGTTGAGGCTGCTACTCGCCTGGAACAGGGCGT  250

seq1  TTAAGAGATGCTGCAGGAAGCAGATCCAAAAGTAGACACCCTGTCCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGATGCTGCAGGAAGCAGATCCAAAAGTAGACACCCTGTCCTGGG  300

seq1  CTGATGCTTGGATGCAGGCAGTGGGACCCAGGGGTATAGCTTAACTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTTGGATGCAGGCAGTGGGACCCAGGGGTATAGCTTAACTGGAT  350

seq1  CAGATTTCTGTTGCAAAGAGCTCAGTGTGGCAAAGATGATAGAGGGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTCTGTTGCAAAGAGCTCAGTGTGGCAAAGATGATAGAGGGGAAG  400

seq1  CTAGGCTAAGACCATGCTAGAGACTGCTGCAGACAGTCCTGGAGGGCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTAAGACCATGCTAGAGACTGCTGCAGACAGTCCTGGAGGGCAAA  450

seq1  GAAATGACAAAAATGGAAGGCAGAGATTCAGTGTGGCTGTCAGTAGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGACAAAAATGGAAGGCAGAGATTCAGTGTGGCTGTCAGTAGGGAA  500

seq1  CCATGGAGCTTTGAGAAGACCATAGGGAAATGGGGTATAAACTCCATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGCTTTGAGAAGACCATAGGGAAATGGGGTATAAACTCCATGGA  550

seq1  CACCTGGAACACCAGGGTCCCTGTTGTCTCTCAGGGATTTTTCCCTAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGAACACCAGGGTCCCTGTTGTCTCTCAGGGATTTTTCCCTAAGG  600

seq1  ACTGCTTTGTGCTGGGAACTTTGCAGTCAAGATAGAGTCTGAGGATGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTGTGCTGGGAACTTTGCAGTCAAGATAGAGTCTGAGGATGAAC  650

seq1  CACGTGTCTACAAAGGAGAGGAAGGCCACTGCCAGAGGGCCACATCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTCTACAAAGGAGAGGAAGGCCACTGCCAGAGGGCCACATCTGTG  700

seq1  TGATAAGACATCAGCTGGGTAGGACGGCTCATGCCAATAATGTCCATGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGACATCAGCTGGGTAGGACGGCTCATGCCAATAATGTCCATGTT  750

seq1  CTGGAGGCTGAGGCAGGAGGACAGCAAGTCCAAAGCCAGACTATCCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGCTGAGGCAGGAGGACAGCAAGTCCAAAGCCAGACTATCCTACA  800

seq1  TAGTGAGACTGTCTCAAAAAAGGCAAAAGGGGGCCTGAGCAGAGGCTCCG  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGACTGTCTCAAAAAA-GCAAAAGGGGGCCTGAGCAGAGGCTCCG  849

seq1  AAGGTAAAGATGCTGGACACACAGCCTGACCACTTGAGTCCACACCTGGA  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAGATGCTGGACACACAGCCTGACCACTTGAGTCCACACCTGGA  899

seq1  GGCTGAGTAAGGATG-AAGGACAGAACCAACTCCACAAAGTTGTCCTGTG  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGTAAGGATGAAAGGACAGAACCAACTCCACAAAGTTGTCCTGTG  949

seq1  ACCTCCACAC-TTCCCACTTCCCAGTGTCACTCACACACACACACACACA  998
      | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
seq2  A-CTTCACACTTTCCCACTTCCCAGTTTCACTCACACACAC-CACAC-CA  996

seq1  CACACACACACACACACACA-CACACACGCACACACATACACACACACAC  1047
      |||| |||||||||||| || |||||                        
seq2  CACATACACACACACACTCACCACAC------------------------  1022

seq1  ATACACACACACACACATACACACACACACACTCACACACAC  1089
                                                
seq2  ------------------------------------------  1022

seq1: chr16_10920667_10921778
seq2: B6Ng01-082H08.g_68_1177 (reverse)

seq1  CTTTGCACTTA-CTAGTAACCTGCTTAGCAGGCTATCCTCTGCCCTTAGC  49
      ||||| ||||| ||||||| ||||||||   ||||| || ||||||||||
seq2  CTTTGAACTTATCTAGTAAACTGCTTAGACAGCTATTCTTTGCCCTTAGC  50

seq1  TCTGCACAGGTCACCTCGACTGAATTTAG-AATCACC-ATCCATTGAAAC  97
      ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||
seq2  TCTGCCCA-GTCACCTCGACTGAATTTAGAAATCACCTATCC-TTG-AAC  97

seq1  ACATCTCTGGGCCCATCTGTAAGGGTGTTTCCCAAGAGGCTAAAATGAGG  147
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCT-GGCCCATCTGTAAGGGTG-TTCCCAAGAGGCTAAAATGAGG  145

seq1  AAGGGAGACCCACTCCAAACTTACTCCAGGCTATGAACTGGATTTCTGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGGGAGACCCACTCCAAACTTACTCCAGGCTATGAACT-GATTTCTGGA  194

seq1  CTGAAT-AAAAAGGAGACACTCAGAGCTGGTGATACAGCTCAGCAGATAA  246
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAAAAAGGAGACACTCAGAGCTGGTGATACAGCTCAGCAGATAA  244

seq1  AGGCGCTTGCAGTTAATGCTGAGAATGTGAGTTCCATCAGAGGACAGAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGCTTGCAGTTAATGCTGAGAATGTGAGTTCCATCAGAGGACAGAGG  294

seq1  AAGGAAGGAGATACCTGACTCCCACCCCCTGCATGCACATGGTGGTACCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGAGATACCTGACTCCCACCCCCTGCATGCACATGGTGGTACCC  344

seq1  ACATGCTCCACCCTGACAATAAATAAATAAATAAACATTTTAAAATCAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTCCACCCTGACAATAAATAAATAAATAAACATTTTAAAATCAAA  394

seq1  AAAAGAAAGCAAGCTGTGTACCAGTGCAGGTGCGTGCATGTGTGTGTGTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGCAAGCTGTGTACCAGTGCAGGTGCGTGCATGTGTGTGTGTA  444

seq1  TGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTCTG  494

seq1  TGTGTGTCTCTGTGTGTGTATCTGTGTGTATGTCTGTGTGTATCTGTGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTCTGTGTGTGTATCTGTGTGTATGTCTGTGTGTATCTGTGTG  544

seq1  TGTGTCTATGCGTGTGTGTCTCTGTATGTGTGTGTGTACAGATACACACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTATGCGTGTGTGTCTCTGTATGTGTGTGTGTACAGATACACACA  594

seq1  CACATGACCTGCTTCCCAGCTGTGGATGCAATGTGACCAGCCACCTCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGACCTGCTTCCCAGCTGTGGATGCAATGTGACCAGCCACCTCACA  644

seq1  CTCCTGCCCCCGCCATGACTTTCTGACTTCCTGCTATAATGGACTACACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCCCCGCCATGACTTTCTGACTTCCTGCTATAATGGACTACACT  694

seq1  ATTAAACTCTCCTTCCCTCAGCTGATTTTGTTGTGTTTGTTACAACAACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTCTCCTTCCCTCAGCTGATTTTGTTGTGTTTGTTACAACAACA  744

seq1  AGAAATTTAATACAATGCCCACCCTTTGTCTCAGCTCAACCTCATATCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTAATACAATGCCCACCCTTTGTCTCAGCTCAACCTCATATCTG  794

seq1  CAAACACAGTTTAAGTTTCCTTTGTCACTTTTATCTGTCTTCCTCTGAAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAGTTTAAGTTTCCTTTGTCACTTTTATCTGTCTTCCTCTGAAC  844

seq1  ATCACTGTGGCCATTTTCACGAGACCGGCTGTATCTGCTCACAGGTAGTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTGGCCATTTTCACGAGACCGGCTGTATCTGCTCACAGGTAGTC  894

seq1  ACTGCTGGGCTTGTTGACTGTTGATCACTTGTGGAAGGAAGGCCCGAGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGGGCTTGTTGACTGTTGATCACTTGTGGAAGGAAGGCCCGAGGA  944

seq1  AGTCAGTTATGTGCCATTCGATTCTAGTTGCATGTGGCCTCTTGGCCTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTATGTGCCATTCGATTCTAGTTGCATGTGGCCTCTTGGCCTTA  994

seq1  GAGAGGGACACAGGCTAGGAACAGAGAGCTCCGTCTATGCAGTAATGTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGACACAGGCTAGGAACAGAGAGCTCCGTCTATGCAGTAATGTAG  1044

seq1  GGTTCATGATCCATGCTAGGTGCAGACCTTAAAGCAAGCTTCTCTGTCAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATGATCCATGCTAGGTGCAGACCTTAAAGCAAGCTTCTCTGTCAG  1094

seq1  TTAGCTGAATGAATTC  1112
      ||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGAATGAATTC  1110