BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084F23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 51,337,525 - 51,466,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627543
Upstream geneBbx, LOC100043414, Ccdc54, LOC672778, 5330426P16Rik, EG639820
Downstream geneCblb, Alcam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084F23.bB6Ng01-084F23.g
ACCDH898352DH898353
length1,0811,129
definitionDH898352|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084F23, 5' end.DH898353|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084F23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,337,525 - 51,338,617)(51,465,579 - 51,466,726)
sequence
gaattcattaattgattgacaaggtgggctatcctatgggagaccatcat
cataccttgacttcactggttgagtcttttcatctactccagggtaactt
tgcaaaaataacacattgtaaatggtactatgaataataaaagactgaac
ttatccatttgttagtttaaaaagaaactagcatagatttgtcacctgta
atacatttatctcctatgtattactatctacaattttgtactttttgcta
tttttgcgtttttgaggggtattttagtaaattcttcttcaattgttgtg
tgctttatatttatctaaagccaaaaggctaaactattaaacagtctttt
atgatatgggataagatgggataagaaatatatgaatttatcagagggaa
aattacttacaaatggaacaagctaagacaaactccacatgaattaggct
ttaacacacacttaaaaaatgtatgtatccagttctacacaacaaggata
tctgtatttcaggatacaaggaacaattttttccatttttttccaaggta
gggtttctgtgtagaccaagctgtcctcaaactcaatctgtctgactctt
cctccagagtgctggcatgaaaggtgtgtgtcactactgtctgcttttgc
aatttaaaaaaaatagatactttaagggatgtagtattgaaaatcttgta
aatgtctttgcttttgaccccaatggaggagatagagaaaggactaaaga
agcagaaaggggtttacaaccacataggaagaaaaacaatatcaacaaat
cagacacgcctcaagacctcccaggactaaacccacaaccaaagagtaca
catggagggacccttggctccagctgcatatgtagcagaggatgacctta
tctgacatcaatggaaggaaagacccttggtcctggggagggtcaatgac
ccagcataagggaattctaggacagtgagtgagaaggggttgaggcgcac
cctcatagaacaggaagaagaggatggatagagattgtggagaaaactgg
agagataacatttgaatgtaaaaaaaataaa
gaattctaactggttttgtttttaaccagtggtgactgagaatggtagtg
atggaatgtgcatagtcagacatgaccaggatcactgagctttcacaatc
ataattagagcagcaaatatgtcttgtattgtataaaatgtaagcttagc
aacatgtaaagccacatgggggaatataagaacacttggtatagtataaa
tatatataggcattgatttaaattatttatatgattcctatagataagtt
gaaattgctatatgttctccaccagtaattaaaagtaatctaatcagtat
tcttcatatgttgagaaagggcattataggcattgccaacttatctccat
cacagagtattcctatctgcctagtcaactgagttcactaactggtacgt
aagccttcatccattcgtctattgtataaattacatgggtgtggagtgct
atcaaatagttcaaatgaacactctgatctaaagtttaagtagaaatgat
gagggtatatccataagcagtggcaaaaatatcacaaccccccccccaga
tgattacaaaagtatttgtatctttactcaaaaatattttcaccaacttt
aaaattttacatttagcggtacattatttgaaattctcaaattaaattca
aacttttcataggctttaaagttcaattcactgtagttaaaagtggtaag
acacattgacgtttatttggctatgaagatggatactagagaggaaggcg
tcccaagagacactgatcagttcatactgtgagtaaggctctggactgag
gctaagagcaaagatacagagaaaggatagaagcgttgcagaggggaggt
agattgtcatcaacacgcagtcctgttttgctgtgagctagttacacagt
aaggcatgggttttctgagcagcacgcgcgtctttgcactatgtatcaat
gcggcgtttccagcacacttcctctgagtctggtctggccctcatgtgca
gagagctctctgcatcgctaagctcccatgtgtacatttctttcatttcc
tccttagttattaggctctgcctcatgcaagtcaaatcaccagcctcata
atagagatccgagcccaatacagggtccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_51337525_51338617
seq2: B6Ng01-084F23.b_42_1122

seq1  GAATTCATTAATTGATTGACAAGGTGGGCTATCCTATGGGAGACCATCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATTGATTGACAAGGTGGGCTATCCTATGGGAGACCATCAT  50

seq1  CATACCTTGACTTCACTGGTTGAGTCTTTTCATCTACTCCAGGGTAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTTGACTTCACTGGTTGAGTCTTTTCATCTACTCCAGGGTAACTT  100

seq1  TGCAAAAATAACACATTGTAAATGGTACTATGAATAATAAAAGACTGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAATAACACATTGTAAATGGTACTATGAATAATAAAAGACTGAAC  150

seq1  TTATCCATTTGTTAGTTTAAAAAGAAACTAGCATAGATTTGTCACCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATTTGTTAGTTTAAAAAGAAACTAGCATAGATTTGTCACCTGTA  200

seq1  ATACATTTATCTCCTATGTATTACTATCTACAATTTTGTACTTTTTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTATCTCCTATGTATTACTATCTACAATTTTGTACTTTTTGCTA  250

seq1  TTTTTGCGTTTTTGAGGGGTATTTTAGTAAATTCTTCTTCAATTGTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCGTTTTTGAGGGGTATTTTAGTAAATTCTTCTTCAATTGTTGTG  300

seq1  TGCTTTATATTTATCTAAAGCCAAAAGGCTAAACTATTAAACAGTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATATTTATCTAAAGCCAAAAGGCTAAACTATTAAACAGTCTTTT  350

seq1  ATGATATGGGATAAGATGGGATAAGAAATATATGAATTTATCAGAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATGGGATAAGATGGGATAAGAAATATATGAATTTATCAGAGGGAA  400

seq1  AATTACTTACAAATGGAACAAGCTAAGACAAACTCCACATGAATTAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTACAAATGGAACAAGCTAAGACAAACTCCACATGAATTAGGCT  450

seq1  TTAACACACACTTAAAAAATGTATGTATCCAGTTCTACACAACAAGGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACACACTTAAAAAATGTATGTATCCAGTTCTACACAACAAGGATA  500

seq1  TCTGTATTTCAGGATACAAGGAACAATTTTTTCCATTTTTTTCCAAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTCAGGATACAAGGAACAATTTTTTCCATTTTTTTCCAAGGTA  550

seq1  GGGTTTCTGTGTAGACCAAGCTGTCCTCAAACTCAATCTGTCTGACTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTGTGTAGACCAAGCTGTCCTCAAACTCAATCTGTCTGACTCTT  600

seq1  CCTCCAGAGTGCTGGCATGAAAGGTGTGTGTCACTACTGTCTGCTTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGAGTGCTGGCATGAAAGGTGTGTGTCACTACTGTCTGCTTTTGC  650

seq1  AATTTAAAAAAAATAGATACTTTAAGGGATGTAGTATTGAAAATCTTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAAAAAATAGATACTTTAAGGGATGTAGTATTGAAAATCTTGTA  700

seq1  AATGTCTTTGCTTTTGACCCCAATGGAGGAGATAGAGAAAGGACTAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTTTGCTTTTGACCCCAATGGAGGAGATAGAGAAAGGACTAAAGA  750

seq1  AGCAG-AAGGGGTTTACAACCACATAGGAAGAAAAACAATATCAACAAAT  799
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAGGGGTTTACAACCACATAGGAAGAAAAACAATATCAACAAAT  800

seq1  CAGACACGCCTCAAGACCTCCCAGGACTAAACCCACAACCAAAGAGTACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACGCCTCAAGACCTCCCAGGACTAAACCCACAACCAAAGAGTACA  850

seq1  CATGGAGGGACCCTTGGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAGGATGACCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGGACCCTTGGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAGGATGACCTTA  900

seq1  TCTGACATCAATGGAAGGAAAGACCCTTGGTCCTGGGGAGGGTCAATGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATCAATGGAAGGAAAGACCCTTGGTCCTGGGGAGGGTCAATGAC  950

seq1  CCAGCATAAGGGAATTCTAGGACAGTGAGGTGAGAGGGGGTGAGGGCGCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||||||
seq2  CCAGCATAAGGGAATTCTAGGACAGTGA-GTGAGAAGGGGTTGAGGCGCA  999

seq1  CCCTCATAGAAACAGGGAAGAAGAGGAAGGGATAGAGGATTTGTGGAGGA  1049
      ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||   ||||||||  
seq2  CCCTCATAG-AACA-GGAAGAAGAGG-ATGGATAGAG--ATTGTGGAG--  1042

seq1  AAAACTGGGAAGGAGGATAACATTTGAAATGTAAAAAAAATAAA  1093
      ||||||||  |    ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAACTGGAGA----GATAACATTTG-AATGTAAAAAAAATAAA  1081

seq1: chr16_51465579_51466726
seq2: B6Ng01-084F23.g_68_1196 (reverse)

seq1  CGGACCCTGTTTTGTGGCTCTGTATCTCTTATTTATGAAGCTGGTGTATT  50
      |||||||||| ||| ||||| | ||||||   |||||| |||||||   |
seq2  CGGACCCTGTATTG-GGCTC-GGATCTCT--ATTATGAGGCTGGTG--AT  44

seq1  TTGACCTGCATGAAGCAGAGCCTAATAAATACCTACAGGA-GAAATGAAA  99
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||     |||| |||||| ||
seq2  TTGACTTGCATGAGGCAGAGCCTAATAACTA-----AGGAGGAAATG-AA  88

seq1  AGAAAATTGTACAACATGGGAAGCTTAGCGGATGCAGAGAGCTCTCTGCA  149
      |||||  ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAA--TGTAC-ACATGGG-AGCTTAGC-GATGCAGAGAGCTCTCTGCA  133

seq1  CATGAGGGCCAGACCAGAACTCAGAAGGAAGTGTGCTGGAAACGCCGCAT  199
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGGCCAGACCAG-ACTCAG-AGGAAGTGTGCTGGAAACGCCGCAT  181

seq1  TGATACATAAGTGCAAAGACGCGCGTGCTGCTTCAGAAAACCATTGCCTT  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||
seq2  TGATACAT-AGTGCAAAGACGCGCGTGCTGC-TCAGAAAACCCATGCCTT  229

seq1  ACTGTGTAACTAGCTCACAGCAAAACAGGACTGCGTGTTGATGACAATCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAACTAGCTCACAGCAAAACAGGACTGCGTGTTGATGACAATCT  279

seq1  ACCTCCCCTCTGCAACGCTTCTATCC-TTCTCTGTATCTTTGCTCTTAGC  348
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCTCTGCAACGCTTCTATCCTTTCTCTGTATCTTTGCTCTTAGC  329

seq1  CTCAGTCCAGAGCCTTACTCACAGTATGAACTGATCAGTGTCTCTTGGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCCAGAGCCTTACTCACAGTATGAACTGATCAGTGTCTCTTGGGA  379

seq1  CGCCTTCCTCTCTAGTATCCATCTTCATAGCCAAATAAACGTCAATGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTTCCTCTCTAGTATCCATCTTCATAGCCAAATAAACGTCAATGTGT  429

seq1  CTTACCACTTTTAACTACAGTGAATTGAACTTTAAAGCCTATGAAAAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCACTTTTAACTACAGTGAATTGAACTTTAAAGCCTATGAAAAGTT  479

seq1  TGAATTTAATTTGAGAATTTCAAATAATGTACCGCTAAATGTAAAATTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTAATTTGAGAATTTCAAATAATGTACCGCTAAATGTAAAATTTT  529

seq1  AAAGTTGGTGAAAATATTTTTGAGTAAAGATACAAATACTTTTGTAATCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGGTGAAAATATTTTTGAGTAAAGATACAAATACTTTTGTAATCA  579

seq1  TCTGGGGGGGGGGTTGTGATATTTTTGCCACTGCTTATGGATATACCCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGGGGGGGTTGTGATATTTTTGCCACTGCTTATGGATATACCCTC  629

seq1  ATCATTTCTACTTAAACTTTAGATCAGAGTGTTCATTTGAACTATTTGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTACTTAAACTTTAGATCAGAGTGTTCATTTGAACTATTTGAT  679

seq1  AGCACTCCACACCCATGTAATTTATACAATAGACGAATGGATGAAGGCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCCACACCCATGTAATTTATACAATAGACGAATGGATGAAGGCTT  729

seq1  ACGTACCAGTTAGTGAACTCAGTTGACTAGGCAGATAGGAATACTCTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTACCAGTTAGTGAACTCAGTTGACTAGGCAGATAGGAATACTCTGTG  779

seq1  ATGGAGATAAGTTGGCAATGCCTATAATGCCCTTTCTCAACATATGAAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGATAAGTTGGCAATGCCTATAATGCCCTTTCTCAACATATGAAGA  829

seq1  ATACTGATTAGATTACTTTTAATTACTGGTGGAGAACATATAGCAATTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGATTAGATTACTTTTAATTACTGGTGGAGAACATATAGCAATTTC  879

seq1  AACTTATCTATAGGAATCATATAAATAATTTAAATCAATGCCTATATATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATCTATAGGAATCATATAAATAATTTAAATCAATGCCTATATATA  929

seq1  TTTATACTATACCAAGTGTTCTTATATTCCCCCATGTGGCTTTACATGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTATACCAAGTGTTCTTATATTCCCCCATGTGGCTTTACATGTT  979

seq1  GCTAAGCTTACATTTTATACAATACAAGACATATTTGCTGCTCTAATTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCTTACATTTTATACAATACAAGACATATTTGCTGCTCTAATTAT  1029

seq1  GATTGTGAAAGCTCAGTGATCCTGGTCATGTCTGACTATGCACATTCCAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGAAAGCTCAGTGATCCTGGTCATGTCTGACTATGCACATTCCAT  1079

seq1  CACTACCATTCTCAGTCACCACTGGTTAAAAACAAAACCAGTTAGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCATTCTCAGTCACCACTGGTTAAAAACAAAACCAGTTAGAATTC  1129