BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084J16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 8,472,939 - 8,613,367
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC024814, Abat
Upstream gene4930511J11Rik
Downstream geneLOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106, Grin2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084J16.bB6Ng01-084J16.g
ACCDH898513DH898514
length1,184904
definitionDH898513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J16, 5' end.DH898514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,612,154 - 8,613,367)(8,472,939 - 8,473,840)
sequence
gaattctcctccaccacaccccactggcactgcggtgctgagtcacatcc
aggagaggggactgctcttctctggggtccgtggaaagctgctgggttgc
cagccagtataagctttgctcccttgttactggaggtctctttagctttg
gtctgccggttccacagcatcaactgcaggttttccaggcaaacatcctc
tgtcacaatattgagatgctctacctgaaaccagtgggccatgcctccct
gtgtggttcccacaggatctcatagagaagcccactcaagtcctgtttgt
tttttgttgaagaaaggcatcgttttcatcagaatctacttacatttgag
cctcagacgagtatctctcctctagcaggatgtcttgcttatctaccagt
gtacatatagtcttcccagccacttagccagagctgcacgatgcccagct
ggaagtcagtcatggcctggcctgcactgatagtgcttcacccttggagg
ttcccagctcaatggggctagggcatggctgccatcctctggggctagcc
agagccaatcagtaagctttagggaaagaccctgtctcaaaaaaggtgga
cagcccctaaggaacaacattgtccctcaggttgaccacaggtgggctga
cctggcttgagcaacctcacaccaaaccctgccttttttgtatatgtatg
tgtatgtgtatgtatgtaggggcatgtgtatgttcatgtgggtattcatg
cgcattcgtgcacatgtatgtggaggtcagaagtcgaccaggctgaggaa
caatgttgtccctcaggagctatctaccatctgttttgaggcagggtcta
tctctaatgcaaagcttactgatttggctggctgcctagctagcaagcct
gaggaagcttcctgtttctgcctgggattacagtatgcaccaccatgcct
ggctttcatctggatgttggggctcaaagtcatgtctcatgcttgcaggc
aatcggctcactgactgagcatctccttgcacctaacacatttcatctcc
cgcagagagactgactaacagaatttttctcatggctgggagtacatgga
attgtttaatctccaatgcaacccctacagttgcctattgagagacctgg
tgtcaataaggatatcttaacagcagccaaatta

gaattcaaaggagaaatcatagatggatagatagatagatagatagatag
tagatagtaggtaatatgctttactggataagatagataatatgtattaa
tagatgattgctagataatacattattaaatatatggtctcttattagat
agatggtctcttagatagatgggtatatattatttgatagtctccattat
taggtaggtggtctctattaggaatatagtctgttattaggcaaatgatc
tattatatatagggactctattttggggagcgttgtttgtttgtttgttt
tgatttcgagacagggtttctctgtgtagccatggctgtcctggaactca
ctctgtaggccatgctgacttcagagccacagagctctgcctcagcctga
gtgctggaattaaaagcatctacaccaccaccgcccagctgcgtgtctat
tattaaacagacaatctctactattagatagatggtctcagtagtaagta
gatggtctctactattgagtagatagtcttttattaggtagatgttatat
tattcatagatagatgttccctattattaggtagatgttatatattcttt
agatagattgtgtaactacacataacaaagtgctagtttttccatcaatc
caagcggtggatataccatgtttaccgtgcggtttccccagctttcttgg
ctgcttgaaaagtgcaagtagtacagacctgttatcccactaagatcaca
aactcaagcttgtctgaaatacagaataagtcaaggccagtctgtctcaa
aataaaaacatggctgagatatagcttagtgatggagagcttgccaagcc
cgtgcaaggccttggacggatcctcagccacagaagagacatgggggggg
gggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_8612154_8613367
seq2: B6Ng01-084J16.b_43_1226 (reverse)

seq1  TAATTTGTGGCTGCTGTTAAGGAATTATCCTCTATTTGACAACCAGGTCT  50
      |||||  ||||||||||||||    |||||| || ||||| |||||||||
seq2  TAATT--TGGCTGCTGTTAAG---ATATCCT-TA-TTGAC-ACCAGGTCT  42

seq1  CTCAATAGTGCCAACCTGTAGGGTTGTCATTGGAAGATTTTAAAAACATA  100
      |||||||| ||  | |||||||| |  |||||| |||||    ||||| |
seq2  CTCAATAG-GC--AACTGTAGGGGTTGCATTGG-AGATT----AAACA-A  83

seq1  TTCAATGTTACCTTCCCAGCCCTTGAGAGATA-TCTGTTAGTTCAGTTTC  149
      ||| ||| |||  |||||| || ||||| | | |||||||| ||||| ||
seq2  TTCCATG-TAC--TCCCAG-CCATGAGAAAAATTCTGTTAG-TCAGTCTC  128

seq1  TCTTCTTTGCGGGAGATGAAAATGTG-TAGGTGCAAGGGAGATGCTCAGT  198
      ||     ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  TC-----TGCGGGAGATG-AAATGTGTTAGGTGCAA-GGAGATGCTCAGT  171

seq1  CAGTGAGCCGATTGCCTTGCAAGCATGAGGACATGACTTTGAGCCCCAAC  248
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCCGATTGCC-TGCAAGCATGA-GACATGACTTTGAGCCCCAAC  219

seq1  ATCCAGATGAAAGCCAGGCATGGTGGTGCATACTTGTAATCCCAGGCAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATCCAGATGAAAGCCAGGCATGGTGGTGCATAC-TGTAATCCCAGGCAGA  268

seq1  AACAGGAAGCTTCCTCAGGCTTGCTAGCTAGGCAGCCAGCCAAATCAGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAGCTTCCTCAGGCTTGCTAGCTAGGCAGCCAGCCAAATCAGTA  318

seq1  AGCTTTGCATTAGAGATAGACCCTGCCTCAAAACAGATGGTAGATAGCTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGCATTAGAGATAGACCCTGCCTCAAAACAGATGGTAGATAGCTC  368

seq1  CTGAGGGACAACATTGTTCCTCAGCCTGGTCGACTTCTGACCTCCACATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGACAACATTGTTCCTCAGCCTGGTCGACTTCTGACCTCCACATA  418

seq1  CATGTGCACGAATGCGCATGAATACCCACATGAACATACACATGCCCCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCACGAATGCGCATGAATACCCACATGAACATACACATGCCCCTA  468

seq1  CATACATACACATACACATACATATACAAAAAAGGCAGGGTTTGGTGTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACACATACACATACATATACAAAAAAGGCAGGGTTTGGTGTGA  518

seq1  GGTTGCTCAAGCCAGGTCAGCCCACCTGTGGTCAACCTGAGGGACAATGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTCAAGCCAGGTCAGCCCACCTGTGGTCAACCTGAGGGACAATGT  568

seq1  TGTTCCTTAGGGGCTGTCCACCTTTTTTGAGACAGGGTCTTTCCCTAAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTAGGGGCTGTCCACCTTTTTTGAGACAGGGTCTTTCCCTAAAG  618

seq1  CTTACTGATTGGCTCTGGCTAGCCCCAGAGGATGGCAGCCATGCCCTAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGATTGGCTCTGGCTAGCCCCAGAGGATGGCAGCCATGCCCTAGC  668

seq1  CCCATTGAGCTGGGAACCTCCAAGGGTGAAGCACTATCAGTGCAGGCCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGAGCTGGGAACCTCCAAGGGTGAAGCACTATCAGTGCAGGCCAG  718

seq1  GCCATGACTGACTTCCAGCTGGGCATCGTGCAGCTCTGGCTAAGTGGCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGACTGACTTCCAGCTGGGCATCGTGCAGCTCTGGCTAAGTGGCTG  768

seq1  GGAAGACTATATGTACACTGGTAGATAAGCAAGACATCCTGCTAGAGGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTATATGTACACTGGTAGATAAGCAAGACATCCTGCTAGAGGAG  818

seq1  AGATACTCGTCTGAGGCTCAAATGTAAGTAGATTCTGATGAAAACGATGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTCGTCTGAGGCTCAAATGTAAGTAGATTCTGATGAAAACGATGC  868

seq1  CTTTCTTCAACAAAAAACAAACAGGACTTGAGTGGGCTTCTCTATGAGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCAACAAAAAACAAACAGGACTTGAGTGGGCTTCTCTATGAGAT  918

seq1  CCTGTGGGAACCACACAGGGAGGCATGGCCCACTGGTTTCAGGTAGAGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGAACCACACAGGGAGGCATGGCCCACTGGTTTCAGGTAGAGCA  968

seq1  TCTCAATATTGTGACAGAGGATGTTTGCCTGGAAAACCTGCAGTTGATGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATATTGTGACAGAGGATGTTTGCCTGGAAAACCTGCAGTTGATGC  1018

seq1  TGTGGAACCGGCAGACCAAAGCTAAAGAGACCTCCAGTAACAAGGGAGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAACCGGCAGACCAAAGCTAAAGAGACCTCCAGTAACAAGGGAGCA  1068

seq1  AAGCTTATACTGGCTGGCAACCCAGCAGCTTTCCACGGACCCCAGAGAAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTATACTGGCTGGCAACCCAGCAGCTTTCCACGGACCCCAGAGAAG  1118

seq1  AGCAGTCCCCTCTCCTGGATGTGACTCAGCACCGCAGTGCCAGTGGGGTG  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCCCCTCTCCTGGATGTGACTCAGCACCGCAGTGCCAGTGGGGTG  1168

seq1  TGGTGGAGGAGAATTC  1214
      ||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGGAGAATTC  1184


seq1: chr16_8472939_8473840
seq2: B6Ng01-084J16.g_71_974

seq1  GAATTCAAAGGAGAAATCATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGAGAAATCATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  50

seq1  TAGATAGTAGGTAATATGCTTTACTGGATAAGATAGATAATATGTATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGTAGGTAATATGCTTTACTGGATAAGATAGATAATATGTATTAA  100

seq1  TAGATGATTGCTAGATAATACATTATTAAATATATGGTCTCTTATTAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGATTGCTAGATAATACATTATTAAATATATGGTCTCTTATTAGAT  150

seq1  AGATGGTCTCTTAGATAGATGGGTATATATTATTTGATAGTCTCCATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTCTCTTAGATAGATGGGTATATATTATTTGATAGTCTCCATTAT  200

seq1  TAGGTAGGTGGTCTCTATTAGGAATATAGTCTGTTATTAGGCAAATGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGGTGGTCTCTATTAGGAATATAGTCTGTTATTAGGCAAATGATC  250

seq1  TATTATATATAGGGACTCTATTTTGGGGAGCGTTGTTTGTTTGTTTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATATAGGGACTCTATTTTGGGGAGCGTTGTTTGTTTGTTTGTTT  300

seq1  TGATTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCATGGCTGTCCTGGAACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCATGGCTGTCCTGGAACTCA  350

seq1  CTCTGTAGGCCATGCTGACTTCAGAGCCACAGAGCTCTGCCTCAGCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGGCCATGCTGACTTCAGAGCCACAGAGCTCTGCCTCAGCCTGA  400

seq1  GTGCTGGAATTAAAAGCATCTACACCACCACCGCCCAGCTGCGTGTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGAATTAAAAGCATCTACACCACCACCGCCCAGCTGCGTGTCTAT  450

seq1  TATTAAACAGACAATCTCTACTATTAGATAGATGGTCTCAGTAGTAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAACAGACAATCTCTACTATTAGATAGATGGTCTCAGTAGTAAGTA  500

seq1  GATGGTCTCTACTATTGAGTAGATAGTCTTTTATTAGGTAGATGTTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTCTACTATTGAGTAGATAGTCTTTTATTAGGTAGATGTTATAT  550

seq1  TATTCATAGATAGATGTTCCCTATTATTAGGTAGATGTTATATATTC-TT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATTCATAGATAGATGTTCCCTATTATTAGGTAGATGTTATATATTCTTT  600

seq1  AGATAGATTGTGTAACTACACATAACAAAGTGCTAG-TTTTCCATCAATC  648
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATAGATTGTGTAACTACACATAACAAAGTGCTAGTTTTTCCATCAATC  650

seq1  CAAGCGGTGGATATACCATGTTTACCGTGCGGTTTCCCCAGCTTTCTTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGGTGGATATACCATGTTTACCGTGCGGTTTCCCCAGCTTTCTTGG  700

seq1  CTGCTTGAAAAGTGCAAGTAGTACAGACCTGTTATCCCACTAAGATCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGAAAAGTGCAAGTAGTACAGACCTGTTATCCCACTAAGATCACA  750

seq1  AACTCAAGCTTGTCTGAAATACAGAATAAGTCAAGGCCAGTCTGTCTCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGCTTGTCTGAAATACAGAATAAGTCAAGGCCAGTCTGTCTCAA  800

seq1  AATAAAAACATGGCTGAGATATAGCTTAGTGATGGAGAGCTTGCCAAGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAACATGGCTGAGATATAGCTTAGTGATGGAGAGCTTGCCAAGCC  850

seq1  GGTGCAAGGCCTTGGACGGATCCTCAGCCACAGAAGAGACATGGGGGGGG  898
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAAGGCCTTGGACGGATCCTCAGCCACAGAAGAGACATGGGGGGGG  900

seq1  GGGG  902
      ||||
seq2  GGGG  904


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |