BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087F19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 38,785,304 - 38,890,250
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUpk1b, 4930435E12Rik
Upstream geneFstl1, LOC100043264, Lrrc58, Gpr156, LOC100043271, LOC100043713, Gsk3b, Nr1i2, 4932425I24Rik, Cox17, LOC100043715, Popdc2, Pla1a, Adprh, Cd80, LOC667353, Ck-ps3, 4930455C21Rik, 9630046K23Rik, Tmem39a, Cdgap, B4galt4, LOC100043289
Downstream geneIgsf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087F19.bB6Ng01-087F19.g
ACCDH900508DH900509
length1,2291,161
definitionDH900508|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087F19, 5' end.DH900509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087F19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,889,026 - 38,890,250)(38,785,304 - 38,786,492)
sequence
gaattctttgtaaaggaatagtatctggcccagaactcaacacactggag
aaagaaatagaagattttaacagactgtattgtagtctgatggtgtctat
agttatggggcccagagccagaacataatgcacagttcatatttaaattc
agtttatacttatggcattatttactatgttctttgcaatgaaattatgt
gacttgcttttaacctatatagccttattcaaatcctcagtgcaatgcta
tgtgataggttgtgtcaccattgtgacatttgatagtcactgtcaacttg
actatatctgtaatcttctaggaaacacacatctggtcgtgtctgtaggg
ttgttgccatcttgacggaagaggaaatacttgcctatatataagtggca
cccatccatgagctggggtcccagcctggataaaaagggggagaagccag
gagagcaccagcatttgcctctctcttgctctctgactgtggagagtgtg
accagctgtttcacgttcatgtggccctgttttcgctgccatgatggacc
acatacccttaagtcctgtcccataacattcttgtatggaatacttggtt
atagtaatgagaaaagtgactgatgcaacctgttgctctggataaaggaa
acagattcaggactggggaggtgactgcatggggaggtgactggctgatc
ttccagaggattcgggttcaattcccagcacccacatcataactccaggt
ctagggcagccaatactttgttctgtccaatacctctgaattattaatgt
gatggcttgcagctgataatttctacttttaatactaaaagtttcttcaa
attttaacctatcttctctatatcagctaatgaccctctcttccttgaca
tagcaaaaaaaaagcaccaacctcatggtgcttttagcctgaattttata
tttagtgagaatgaagactaaaataatatttgggttttctatgatcttaa
tagtaaaattaaaatagcctgtaacaatgggaacctaaattaaaaacagt
gagctatgctctgttttctatggtaacacatgaggaaagatttagatgga
ctaaggagatatttaaataatatacataggtccaaggcccttaatataat
ttttagaaaaaaatccatgtagtgcataaattattgtcattggagtccca
ccataggcatcacggtcgctctcctgaag
gaattctctcatcccgaattctattttaatgtggggggagataagataaa
caatgaaggaatgtgtggccttttcagaggattttttttttttggtatat
gtacatgcccggtggctggcaagatagcctcagtgcgtcatacctgacac
tgggcattgtaagtccctttaagtgggagtcattttcttcctgaactgct
gaaaacatagatccacagaagtcaggaaaggatgacgaacatgactaatg
ccttgtgtccttcctacccagtctcatctctaaggagcaggcagccttcc
ggcatagaggctcactgctcacacagaacacacacccatgttctagtgat
accagctcaggcgagggaagcagagctctctatgcgctgtttctgctgtg
cgtgcatgtggctgcaagtcacccccggggtctggctggaacagagttga
acagcagatgcctctcagtgaaggcccctgccttgcacacttttatacat
gcactgtctctccttgtgtccttttttggggagaaggactgtagagtagg
tggggggacttgtcctccctctttgggatgtttgtgggttcaaaggtcag
gaccctttgtgctttcactgcctgaccctcaaacaaaacaaaccaacaac
cctcccacgcccctcaaaaccccaactacctctgtggtaagagagctttc
agagattctaataaccctccccatattggctactgccttgcttcctgtca
tgagctttgatggctcccattacagaacctcaggaccccttaggattagg
ccagagaggagcccagggtgaagtctgtgcttgtcatcaggaagatctct
cagttctccccctcttccctgtgttcctttccctactctctcagagtgag
tttgcccagcactaactcactcaaaggaaacagagaagcaaacagtctgc
attcctgggcactaggggaatggtacctgagagagcagaccgaaaagctc
cctcagtggctcagcttcttcagaggagactcagagtaggggttacttca
ggtacacgactagtgtgatgggtcactcacatgtactgttgggtcttcaa
ggttctgtactgctagcaatgaccgtgggcagtgcaccatggctcagcca
tggccttgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_38889026_38890250
seq2: B6Ng01-087F19.b_45_1273 (reverse)

seq1  CTTCAGGA----GCACGTGATGCTAATGTGTGGACTTCAATGACAATAAT  46
      ||||||||    |  ||||||||  |||   ||||| |||||||||||||
seq2  CTTCAGGAGAGCGACCGTGATGCCTATGGTGGGACTCCAATGACAATAAT  50

seq1  TATTACA-TACATGTGATTTTTTTTCTAAAAATTATATTAA-GGCCTTGG  94
      |  | || |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTATGCACTACATG-GA-TTTTTTTCTAAAAATTATATTAAGGGCCTTGG  98

seq1  ACCTATGTATTATAATTATAATATCT-CTTAGTCCATCTAATCTTTTCCT  143
      ||||||||| ||| |||  ||||||| ||||||||||||||   ||||||
seq2  ACCTATGTA-TATTATTTAAATATCTCCTTAGTCCATCTAAATCTTTCCT  147

seq1  CATTGTGTTACCATAG-AAACAGAGCATAGCTCACTGTTTTTAATTTAGG  192
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TGTGTTACCATAGAAAACAGAGCATAGCTCACTGTTTTTAATTTAGG  196

seq1  TTCCCATTGTTACAGGCTATTTTTAATTTTACTATTAAGATCATAGAAAA  242
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATTGTTACAGGCTA-TTTTAATTTTACTATTAAGATCATAGAAAA  245

seq1  -CCAAATATTATTTTAGTCTTCATTCTCACTAAATATAAAATTCAGGCTA  291
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATATTATTTTAGTCTTCATTCTCACTAAATATAAAATTCAGGCTA  295

seq1  AAAGCACCATGAGGTTGGTGCTTTTTTTTTGCTATGTCAAGGAAGAGAGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACCATGAGGTTGGTGCTTTTTTTTTGCTATGTCAAGGAAGAGAGG  345

seq1  GTCATTAGCTGATATAGAGAAGATAGGTTAAAATTTGAAGAAACTTTTAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAGCTGATATAGAGAAGATAGGTTAAAATTTGAAGAAACTTTTAG  395

seq1  TATTAAAAGTAGAAATTATCAGCTGCAAGCCATCACATTAATAATTCAGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAGTAGAAATTATCAGCTGCAAGCCATCACATTAATAATTCAGA  445

seq1  GGTATTGGACAGAACAAAGTATTGGCTGCCCTAGACCTGGAGTTATGATG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTGGACAGAACAAAGTATTGGCTGCCCTAGACCTGGAGTTATGATG  495

seq1  TGGGTGCTGGGAATTGAACCCGAATCCTCTGGAAGATCAGCCAGTCACCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTGGGAATTGAACCCGAATCCTCTGGAAGATCAGCCAGTCACCT  545

seq1  CCCCATGCAGTCACCTCCCCAGTCCTGAATCTGTTTCCTTTATCCAGAGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGCAGTCACCTCCCCAGTCCTGAATCTGTTTCCTTTATCCAGAGC  595

seq1  AACAGGTTGCATCAGTCACTTTTCTCATTACTATAACCAAGTATTCCATA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTTGCATCAGTCACTTTTCTCATTACTATAACCAAGTATTCCATA  645

seq1  CAAGAATGTTATGGGACAGGACTTAAGGGTATGTGGTCCATCATGGCAGC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATGTTATGGGACAGGACTTAAGGGTATGTGGTCCATCATGGCAGC  695

seq1  GAAAACAGGGCCACATGAACGTGAAACAGCTGGTCACACTCTCCACAGTC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGGGCCACATGAACGTGAAACAGCTGGTCACACTCTCCACAGTC  745

seq1  AGAGAGCAAGAGAGAGGCAAATGCTGGTGCTCTCCTGGCTTCTCCCCCTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAAGAGAGAGGCAAATGCTGGTGCTCTCCTGGCTTCTCCCCCTT  795

seq1  TTTATCCAGGCTGGGACCCCAGCTCATGGATGGGTGCCACTTATATATAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCAGGCTGGGACCCCAGCTCATGGATGGGTGCCACTTATATATAG  845

seq1  GCAAGTATTTCCTCTTCCGTCAAGATGGCAACAACCCTACAGACACGACC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTATTTCCTCTTCCGTCAAGATGGCAACAACCCTACAGACACGACC  895

seq1  AGATGTGTGTTTCCTAGAAGATTACAGATATAGTCAAGTTGACAGTGACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTGTTTCCTAGAAGATTACAGATATAGTCAAGTTGACAGTGACT  945

seq1  ATCAAATGTCACAATGGTGACACAACCTATCACATAGCATTGCACTGAGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGTCACAATGGTGACACAACCTATCACATAGCATTGCACTGAGG  995

seq1  ATTTGAATAAGGCTATATAGGTTAAAAGCAAGTCACATAATTTCATTGCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATAAGGCTATATAGGTTAAAAGCAAGTCACATAATTTCATTGCA  1045

seq1  AAGAACATAGTAAATAATGCCATAAGTATAAACTGAATTTAAATATGAAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATAGTAAATAATGCCATAAGTATAAACTGAATTTAAATATGAAC  1095

seq1  TGTGCATTATGTTCTGGCTCTGGGCCCCATAACTATAGACACCATCAGAC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTATGTTCTGGCTCTGGGCCCCATAACTATAGACACCATCAGAC  1145

seq1  TACAATACAGTCTGTTAAAATCTTCTATTTCTTTCTCCAGTGTGTTGAGT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATACAGTCTGTTAAAATCTTCTATTTCTTTCTCCAGTGTGTTGAGT  1195

seq1  TCTGGGCCAGATACTATTCCTTTACAAAGAATTC  1225
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCCAGATACTATTCCTTTACAAAGAATTC  1229

seq1: chr16_38785304_38786492
seq2: B6Ng01-087F19.g_68_1228

seq1  GAATTCTCTCATCCCGAATTCTATTTTAATGTGGGGGGAGATAAGATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCATCCCGAATTCTATTTTAATGTGGGGGGAGATAAGATAAA  50

seq1  CAATGAAGGAATGTGTGGCCTTTTCAGAGGATTTTTTTTTTTTGGTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAGGAATGTGTGGCCTTTTCAGAGGATTTTTTTTTTTTGGTATAT  100

seq1  GTACATGCCCGGTGGCTGGCAAGATAGCCTCAGTGCGTCATACCTGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGCCCGGTGGCTGGCAAGATAGCCTCAGTGCGTCATACCTGACAC  150

seq1  TGGGCATTGTAAGTCCCTTTAAGTGGGAGTCATTTTCTTCCTGAACTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATTGTAAGTCCCTTTAAGTGGGAGTCATTTTCTTCCTGAACTGCT  200

seq1  GAAAACATAGATCCACAGAAGTCAGGAAAGGATGACGAACATGACTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATAGATCCACAGAAGTCAGGAAAGGATGACGAACATGACTAATG  250

seq1  CCTTGTGTCCTTCCTACCCAGTCTCATCTCTAAGGAGCAGGCAGCCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTCCTTCCTACCCAGTCTCATCTCTAAGGAGCAGGCAGCCTTCC  300

seq1  GGCATAGAGGCTCACTGCTCACACAGAACACACACCCATGTTCTAGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGAGGCTCACTGCTCACACAGAACACACACCCATGTTCTAGTGAT  350

seq1  ACCAGCTCAGGCGAGGGAAGCAGAGCTCTCTATGCGCTGTTTCTGCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTCAGGCGAGGGAAGCAGAGCTCTCTATGCGCTGTTTCTGCTGTG  400

seq1  CGTGCATGTGGCTGCAAGTCACCCCCGGGGTCTGGCTGGAACAGAGTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATGTGGCTGCAAGTCACCCCCGGGGTCTGGCTGGAACAGAGTTGA  450

seq1  ACAGCAGATGCCTCTCAGTGAAGGCCCCTGCCTTGCACACTTTTATACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGATGCCTCTCAGTGAAGGCCCCTGCCTTGCACACTTTTATACAT  500

seq1  GCACTGTCTCTCCTTGTGTCCTTTTTTGGGGAGAAGGACTGTAGAGTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTCTCTCCTTGTGTCCTTTTTTGGGGAGAAGGACTGTAGAGTAGG  550

seq1  TGGGGGGACTTGTCCTCCCTCTTTGGGATGTTTGTGGGTTCAAAGGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGACTTGTCCTCCCTCTTTGGGATGTTTGTGGGTTCAAAGGTCAG  600

seq1  GACCCTTTGTGCTTTCACTGCCTGACCCTCAAACAAAACAAACCAACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTTGTGCTTTCACTGCCTGACCCTCAAACAAAACAAACCAACAAC  650

seq1  CCTCCCACGCCCCTCAAAACCCCAACTACCTCTGTGGTAAGAGAGCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCACGCCCCTCAAAACCCCAACTACCTCTGTGGTAAGAGAGCTTTC  700

seq1  AGAGATTCTAATAACCCTCCCCATATTGGCTACTGCCTTGCTTCCTGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCTAATAACCCTCCCCATATTGGCTACTGCCTTGCTTCCTGTCA  750

seq1  TGAGCTTTGATGGCTCCCATTACAGAACCTCAGGACCCCTTAGGATTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTTGATGGCTCCCATTACAGAACCTCAGGACCCCTTAGGATTAGG  800

seq1  CCAGAGAGGAGCCCAGGGTGAAGTCTGTGCTTGTCATCAGGAAGATCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGGAGCCCAGGGTGAAGTCTGTGCTTGTCATCAGGAAGATCTCT  850

seq1  CAGTTCTCCCCCTCTTCCCTGTGTTCCTTTCCCTACTCTCTCAGAGTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTCCCCCTCTTCCCTGTGTTCCTTTCCCTACTCTCTCAGAGTGAG  900

seq1  TTTGCCCAGGAACTAACTCACCCAAAGGAAACAGAGAAGGCAAACAGTCT  950
      |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGCCCA-GCACTAACTCACTCAAAGGAAACAGAGAA-GCAAACAGTCT  948

seq1  GCATTCCTGGGCACTAGGGGAATGGTTACCTGAGAGAAGCAGACCGAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  GCATTCCTGGGCACTAGGGGAATGG-TACCTGAGAG-AGCAGACCGAAAA  996

seq1  GCTCCCTCAGTGGCTCAGCTTCTTCAGAAGAGGGACTCAGAGTAGGGGAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||  |
seq2  GCTCCCTCAGTGGCTCAGCTTCTTCAGAGGA--GACTCAGAGTAGGG--G  1042

seq1  TTACTTCAGGGGTACCACCGACTAGTGTGAATGGGTCACTCACAATGGTA  1100
      ||||||||  |||||   ||||||||||| ||||||||||||||   |||
seq2  TTACTTCA--GGTAC--ACGACTAGTGTG-ATGGGTCACTCACA--TGTA  1085

seq1  CTGTTTGGGGTCTTCCAGGGTTCCTGTACTGCAGAGCAAATGACAGTGTG  1150
      |||||  |||||||| |||  | |||||||||  ||| |||||| ||   
seq2  CTGTT--GGGTCTTCAAGG--TTCTGTACTGC-TAGC-AATGACCGT---  1126

seq1  GGGCA-TGCAGCCATGGCTCAAAAGCCATTGGCCTTGAAC  1189
      ||||| |||| |||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  GGGCAGTGCA-CCATGGCTC---AGCCA-TGGCCTTGAAC  1161