BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090A07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,878,901 - 40,959,915
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090A07.bB6Ng01-090A07.g
ACCDH902434DH902435
length1,169700
definitionDH902434|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090A07, 5' end.DH902435|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090A07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,878,901 - 40,880,076)(40,959,216 - 40,959,915)
sequence
gaattctcataaagcagatatctttatttttgaattgtcatatgggggat
tcaacaggcatgcaggtggttggttggagtttagaaattacattttatat
atattagatcttataaagatataatacaaatgaaataatgaagagaagtt
atgctcccaggagcgaagagcaaagcaacctccttattgctgtatttgca
tcctgtaccctttacaccatttcatacaggaacataattcatgcagaact
tgaatttaatgtccaatgaagcatctctaccactgactttaaagagatat
atgcactggaagtttagagttcttttggtgcagaattcagattctgttga
ttcagcaggcttagcgtaccgttcctctaaccctggcactacttactgct
acgtgtcctacattagtcactttacatgtctaagtccaatatttgtcttt
aaaactataggtttaagttgcttcctctaaaatttaacattataataaag
attacagagatttagatcttacaaagtccaaagttctatgtggaagggca
atgaaatgtattctttgagtaccagacagcacttaaggttctcttgagtt
ttattttcatgtattaatatttcttataaaataagaagtttccttgcata
tggtcatagaatatgaggaaattgaacttctgtgaactgcagcttttaat
atgagagatcacatatctacatgtagaacaggtctaaacccaggtatgcc
taattttgagcttcattctgtcttcaatatctttaaagcaagccacgaag
tggttacaactgcttcattaaaaaaaagaagaaagctattgagtctatat
taggcaaaactgtggaaaggccaggatgcctgacacttttcagagattca
aatccagcaacaccaagattaggcaactcaagcttgagaaaatccccaaa
gcctgttactatttatcccattggggtccatgatcctctgctctcctcgt
tctgttataaatactcatctcactatcaccacctcatggagtgtacacta
agaaccagagatccattaccacaggcatcgtctacaggcttacagacaag
tacagtagcatccacaaagcatatatatttgcctcccatggagtgaaact
atgggaagattcaaaacaa
gaattcatttatgttttatatacatttttacatatcactcaaatgtaagt
atgtttaataatttcagtacctctgtggtttgtttgtttttcttcttgaa
acagagtctctttatgtacccttagttatcctgaaattcaattcatagta
caagctgaccccaaattttgagatctgcctccttctgctctagggtgctg
aaattaagaggcatgagccactgcatctggctcatctatgagtttaaatc
tcaattgttatgtgcacagggtacagagttttctacatgtgatatcacct
tatcacttaaaatgtcttggcctttgaattatttcaaacttgggttttca
gattgtggaacctaagcaaggagtggccactcaaaggaaaccagataaca
ctggaccttacagataaggaggcaagctcctccccagagttcagccagga
atgagaagctgattaacccagtattattagaggacactttcatttcaaat
tcttgtctaggaagacaatcggatttggcaatgtacaataaaaatcaaga
agaattctgaggaaggctttcctgctccagcaggtccgcaagcagtggga
gtgaatctctctctcactacaaagtttatactgtcccctagtatgttcaa
acttttctgtttttatgtggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40878901_40880076
seq2: B6Ng01-090A07.b_47_1215

seq1  GAATTCTCATAAAGCAGATATCTTTATTTTTGAATTGTCATATGGGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATAAAGCAGATATCTTTATTTTTGAATTGTCATATGGGGGAT  50

seq1  TCAACAGGCATGCAGGTGGTTGGTTGGAGTTTAGAAATTACATTTTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGGCATGCAGGTGGTTGGTTGGAGTTTAGAAATTACATTTTATAT  100

seq1  ATATTAGATCTTATAAAGATATAATACAAATGAAATAATGAAGAGAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGATCTTATAAAGATATAATACAAATGAAATAATGAAGAGAAGTT  150

seq1  ATGCTCCCAGGAGCGAAGAGCAAAGCAACCTCCTTATTGCTGTATTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCAGGAGCGAAGAGCAAAGCAACCTCCTTATTGCTGTATTTGCA  200

seq1  TCCTGTACCCTTTACACCATTTCATACAGGAACATAATTCATGCAGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTACCCTTTACACCATTTCATACAGGAACATAATTCATGCAGAACT  250

seq1  TGAATTTAATGTCCAATGAAGCATCTCTACCACTGACTTTAAAGAGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTAATGTCCAATGAAGCATCTCTACCACTGACTTTAAAGAGATAT  300

seq1  ATGCACTGGAAGTTTAGAGTTCTTTTGGTGCAGAATTCAGATTCTGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTGGAAGTTTAGAGTTCTTTTGGTGCAGAATTCAGATTCTGTTGA  350

seq1  TTCAGCAGGCTTAGCGTACCGTTCCTCTAACCCTGGCACTACTTACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGGCTTAGCGTACCGTTCCTCTAACCCTGGCACTACTTACTGCT  400

seq1  ACGTGTCCTACATTAGTCACTTTACATGTCTAAGTCCAATATTTGTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTCCTACATTAGTCACTTTACATGTCTAAGTCCAATATTTGTCTTT  450

seq1  AAAACTATAGGTTTAAGTTGCTTCCTCTAAAATTTAACATTATAATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATAGGTTTAAGTTGCTTCCTCTAAAATTTAACATTATAATAAAG  500

seq1  ATTACAGAGATTTAGATCTTACAAAGTCCAAAGTTCTATGTGGAAGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGAGATTTAGATCTTACAAAGTCCAAAGTTCTATGTGGAAGGGCA  550

seq1  ATGAAATGTATTCTTTGAGTACCAGACAGCACTTAAGGTTCTCTTGAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTATTCTTTGAGTACCAGACAGCACTTAAGGTTCTCTTGAGTT  600

seq1  TTATTTTCATGTATTAATATTTCTTATAAAATAAGAAGTTTCCTTGCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCATGTATTAATATTTCTTATAAAATAAGAAGTTTCCTTGCATA  650

seq1  TGGTCATAGAATATGAGGAAATTGAACTTCTGTGAACTGCAGCTTTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATAGAATATGAGGAAATTGAACTTCTGTGAACTGCAGCTTTTAAT  700

seq1  ATGAGAGATCACATATCTACATGTAGAACAGGTCTAAACCCAGGTATGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGATCACATATCTACATGTAGAACAGGTCTAAACCCAGGTATGCC  750

seq1  TAATTTTGAGCTTCATTCTGTCTTCAATATCTTTAAAGCAAGCCACGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTGAGCTTCATTCTGTCTTCAATATCTTTAAAGCAAGCCACGAAG  800

seq1  TGGTTACAACTGCTTCATTAAAAAAAAGAAGAAAGCTATTGAGTCTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACAACTGCTTCATTAAAAAAAAGAAGAAAGCTATTGAGTCTATAT  850

seq1  TAGGCAAAACTGTGGAAAGGCCAGGATGCCTGACACTTTTCAGAGATTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAAACTGTGGAAAGGCCAGGATGCCTGACACTTTTCAGAGATTCA  900

seq1  AATCCAGCAACACCAAGATTAGGCAACTCAAGCTTGAGAAAATCCCCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGCAACACCAAGATTAGGCAACTCAAGCTTGAGAAAATCCCCAAA  950

seq1  GCCTGTTACTATTTATCCCATTGGGGTCCATGATCCTCTGCTCTCCTCGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTACTATTTATCCCATTGGGGTCCATGATCCTCTGCTCTCCTCGT  1000

seq1  TCTGTTATAAATACTTCATCTCACTATCACCA-CTCATGGAGTTGTACAC  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TCTGTTATAAATAC-TCATCTCACTATCACCACCTCATGGAG-TGTACAC  1048

seq1  TAAGAACCAAGAAGATCCATTACCAACAAGGCATCGTCTACAGGCTTACA  1099
      |||||||||   |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACCA--GAGATCCATTACCA--CAGGCATCGTCTACAGGCTTACA  1094

seq1  GACAAGTACAGTAGCATCCACAAAGCATATATATTTGCTCCCCAATGGAG  1149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
seq2  GACAAGTACAGTAGCATCCACAAAGCATATATATTTGC-CTCCCATGGAG  1143

seq1  TGAAACTATGGAAAATGA-TCAAAACAA  1176
      ||||||||||| ||  || |||||||||
seq2  TGAAACTATGGGAA--GATTCAAAACAA  1169

seq1: chr16_40959216_40959915
seq2: B6Ng01-090A07.g_69_768 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACCACATAAAAACAGAAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACCACATAAAAACAGAAAAGT  50

seq1  TTGAACATACTAGGGGACAGTATAAACTTTGTAGTGAGAGAGAGATTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATACTAGGGGACAGTATAAACTTTGTAGTGAGAGAGAGATTCAC  100

seq1  TCCCACTGCTTGCGGACCTGCTGGAGCAGGAAAGCCTTCCTCAGAATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCTTGCGGACCTGCTGGAGCAGGAAAGCCTTCCTCAGAATTCT  150

seq1  TCTTGATTTTTATTGTACATTGCCAAATCCGATTGTCTTCCTAGACAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTTTTATTGTACATTGCCAAATCCGATTGTCTTCCTAGACAAGA  200

seq1  ATTTGAAATGAAAGTGTCCTCTAATAATACTGGGTTAATCAGCTTCTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAATGAAAGTGTCCTCTAATAATACTGGGTTAATCAGCTTCTCAT  250

seq1  TCCTGGCTGAACTCTGGGGAGGAGCTTGCCTCCTTATCTGTAAGGTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTGAACTCTGGGGAGGAGCTTGCCTCCTTATCTGTAAGGTCCAG  300

seq1  TGTTATCTGGTTTCCTTTGAGTGGCCACTCCTTGCTTAGGTTCCACAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTGGTTTCCTTTGAGTGGCCACTCCTTGCTTAGGTTCCACAATC  350

seq1  TGAAAACCCAAGTTTGAAATAATTCAAAGGCCAAGACATTTTAAGTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACCCAAGTTTGAAATAATTCAAAGGCCAAGACATTTTAAGTGATA  400

seq1  AGGTGATATCACATGTAGAAAACTCTGTACCCTGTGCACATAACAATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATATCACATGTAGAAAACTCTGTACCCTGTGCACATAACAATTGA  450

seq1  GATTTAAACTCATAGATGAGCCAGATGCAGTGGCTCATGCCTCTTAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAACTCATAGATGAGCCAGATGCAGTGGCTCATGCCTCTTAATTT  500

seq1  CAGCACCCTAGAGCAGAAGGAGGCAGATCTCAAAATTTGGGGTCAGCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCCTAGAGCAGAAGGAGGCAGATCTCAAAATTTGGGGTCAGCTTG  550

seq1  TACTATGAATTGAATTTCAGGATAACTAAGGGTACATAAAGAGACTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGAATTGAATTTCAGGATAACTAAGGGTACATAAAGAGACTCTGT  600

seq1  TTCAAGAAGAAAAACAAACAAACCACAGAGGTACTGAAATTATTAAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAAGAAAAACAAACAAACCACAGAGGTACTGAAATTATTAAACAT  650

seq1  ACTTACATTTGAGTGATATGTAAAAATGTATATAAAACATAAATGAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACATTTGAGTGATATGTAAAAATGTATATAAAACATAAATGAATTC  700