BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090K12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 33,796,017 - 33,956,076
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMuc13, Itgb5, Umps
Upstream geneMuc20, 1700021K19Rik, Fyttd1, Lrch3, EG625660, Iqcg, Rpl35a, Lmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1
Downstream geneKalrn, LOC100043670, Ropn1, Ccdc14, Mylk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090K12.bB6Ng01-090K12.g
ACCDH902897DH902898
length1,1631,075
definitionDH902897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090K12, 5' end.DH902898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,796,017 - 33,797,191)(33,954,976 - 33,956,076)
sequence
tagtcatggatctcaaggtaccttagaggtgtagaaaggagacttgggcc
agagaattcccccagcagggtacaggagcaggctccacacttcagagctt
ggtaggcagggatccaaatacagtgtagtcggttactagctgtggtttct
ccttccgtaataacagaggagacagcccacagcaggaagcttaggctcac
agcactgtatctgccatcggatccaatatttaaacatttgtgtttgctct
tgcttgcgtatgttccatgtcggtctcagcagttgaggacaggaggtgga
tcttatacaccttccacctgtctcacccagaaatgtcataaggacttcct
gaacaatgaggacatgctcagatgacatcttaagccccctcaggatccat
ttgccagcgttttgcttcccctgagcactagggctcctctttcccatggc
atctagtgagagccagcatctcttactattgaggacttctgtctgtcaga
agcattttagtatggctctcagctagcattgggtaccatgtgctctgggc
agatggtggtcctagagtgttctccagaaaagaacccataaaaagaactt
ttttttctcatttaagtcaatagttggcaccctatagttgatctatagct
gtagggttattactgtggtgtgggttagaaagcagctctcagatctgagg
aaacagaaagatggaagctggggctggagagatgcctcagtagctaagag
tgtttatagttcttgtagaggaccggggctcacctctcaactggaactcc
agttgtataggatccaatagcctcttctgacttccataggctcatgcatg
cctctccacagacctctgacaaagttgtagttcaaacagtgccatggaca
aatcatctcaaccaatgcccacgggctcttcacaggtggcatttgtgtct
gtctcacagggtcacatcagtatagggtaagcccttgataaatgagaagt
ccaggagatgtgaggcagtgggccacgtgactgtggtcagctagtgacga
ttttctggtgatggaaacaattgcttatctcttttgtctcttctagttac
tagtagcaagcctgtcaagggtgaagactgggctgctggaacatcttatg
gtcctgggggaat
gaattcacagcccccgtaaacttgaaccagttgcccctgtggtccgcatg
cttactgagcaaagcaccaccaccctagtttctgccctccacacatcatc
agtggtaccttaagtcttattcctgccaaaaggaaagatcctttagcact
cacagacagctgtatgtaaatagtctagacttgagataactggtgagcgc
cagacagaatggtctgagagtatgtagcctgctaacttccttagcactga
gtcagtacagcacccggtctacacatctataagattagcaactgcataca
ctcagcaagtaatggtgcatcctgtagtaaagtggaatcaaagtagcaat
agcacgtgcttgaaggagtccgactgcagcatggtcccatcgagtaaaag
cataacaaggcatgagcctcaggtgggtttgagctaatgtctgagaaaag
ctgtcaggagctaatggaacttcccttctaggctttagcttagtcatagt
ctccaacagctatgtggttccaggagtccaaggtccaggagttgtaagat
gcagacctaaactgagaccctgaagttaagtgcacacacacgctctttag
agcaggcttttaggaaccaaaaggaaaaatgcattaagttctacactgtt
aactcagatcagtatttggggaaataggaaacaaagtcctcttgaggacg
acttactattccacccattaaaactaacaacagtacccttggccaaatca
gttcatcaaaaataatgttaaatgctgtctgcttttccagatggctgggc
atggcagtttcataattaacagctacataatttacccaagaaaatggttt
tgtcactggagatgtctccaatgtttactccataaatagatgctccccag
tggcatctatctgctcctgtcacaatgggcttcctataagcaaaaacaac
tatcatgagaaatatttatgtcctactgaagtgcagtttatgagtctctg
tagtctcttaaactctgagtctcttgcgtcatcagtgtgcaagatgcact
atgaccctcctgtgaggcattttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_33796017_33797191
seq2: B6Ng01-090K12.b_55_1217

seq1  TAGTCATGGATCTCAAGGTACCTTAGAGGTGTAGAAAGGAGACTTGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGATCTCAAGGTACCTTAGAGGTGTAGAAAGGAGACTTGGGCC  50

seq1  AGAGAATTCCCCCAGCAGGGTACAGGAGCAGGCTCCACACTTCAGAGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTCCCCCAGCAGGGTACAGGAGCAGGCTCCACACTTCAGAGCTT  100

seq1  GGTAGGCAGGGATCCAAATACAGTGTAGTCGGTTACTAGCTGTGGTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCAGGGATCCAAATACAGTGTAGTCGGTTACTAGCTGTGGTTTCT  150

seq1  CCTTCCGTAATAACAGAGGAGACAGCCCACAGCAGGAAGCTTAGGCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCGTAATAACAGAGGAGACAGCCCACAGCAGGAAGCTTAGGCTCAC  200

seq1  AGCACTGTATCTGCCATCGGATCCAATATTTAAACATTTGTGTTTGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTATCTGCCATCGGATCCAATATTTAAACATTTGTGTTTGCTCT  250

seq1  TGCTTGCGTATGTTCCATGTCGGTCTCAGCAGTTGAGGACAGGAGGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCGTATGTTCCATGTCGGTCTCAGCAGTTGAGGACAGGAGGTGGA  300

seq1  TCTTATACACCTTCCACCTGTCTCACCCAGAAATGTCATAAGGACTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACACCTTCCACCTGTCTCACCCAGAAATGTCATAAGGACTTCCT  350

seq1  GAACAATGAGGACATGCTCAGATGACATCTTAAGCCCCCTCAGGATCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGAGGACATGCTCAGATGACATCTTAAGCCCCCTCAGGATCCAT  400

seq1  TTGCCAGCGTTTTGCTTCCCCTGAGCACTAGGGCTCCTCTTTCCCATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGCGTTTTGCTTCCCCTGAGCACTAGGGCTCCTCTTTCCCATGGC  450

seq1  ATCTAGTGAGAGCCAGCATCTCTTACTATTGAGGACTTCTGTCTGTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTGAGAGCCAGCATCTCTTACTATTGAGGACTTCTGTCTGTCAGA  500

seq1  AGCATTTTAGTATGGCTCTCAGCTAGCATTGGGTACCATGTGCTCTGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTTAGTATGGCTCTCAGCTAGCATTGGGTACCATGTGCTCTGGGC  550

seq1  AGATGGTGGTCCTAGAGTGTTCTCCAGAAAAGAACCCATAAAAAGAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGGTCCTAGAGTGTTCTCCAGAAAAGAACCCATAAAAAGAACTT  600

seq1  TTTTTTCTCATTTAAGTCAATAGTTGGCACCCTATAGTTGATCTATAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCATTTAAGTCAATAGTTGGCACCCTATAGTTGATCTATAGCT  650

seq1  GTAGGGTTATTACTGTGGTGTGGGTTAGAAAGCAGCTCTCAGATCTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTTATTACTGTGGTGTGGGTTAGAAAGCAGCTCTCAGATCTGAGG  700

seq1  AAACAGAAAGATGGAAGCTGGGGCTGGAGAGATGCCTCAGTAGCTAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAAGATGGAAGCTGGGGCTGGAGAGATGCCTCAGTAGCTAAGAG  750

seq1  TGTTTATAGTTCTTGTAGAGGACCGGGGCTCACCTCTCAACTGGAACTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATAGTTCTTGTAGAGGACCGGGGCTCACCTCTCAACTGGAACTCC  800

seq1  AGTTGTATAGGATCCAATAGCCTCTTCTGACTTCCATAGGCTCATGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATAGGATCCAATAGCCTCTTCTGACTTCCATAGGCTCATGCATG  850

seq1  CCTCTCCACAGACCTCTGACAAAGTTGTAGTTCAAACAGTGCCATGGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCACAGACCTCTGACAAAGTTGTAGTTCAAACAGTGCCATGGACA  900

seq1  AATCATCTCAACCAATGCCCACGGGCTCTTCACAGGTGGCATTTGTGTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCTCAACCAATGCCCACGGGCTCTTCACAGGTGGCATTTGTGTCT  950

seq1  GTCTCACAGGGTCACATCAGGTATAGGGTAAGCCCTTGATAAATGAGAAA  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTCACAGGGTCACATCA-GTATAGGGTAAGCCCTTGATAAATGAG-AA  998

seq1  GTCCCAGGAGATGTGAGGCAGTGGGCCACGTGACTGTGGTCAGCTAGTGA  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-CCAGGAGATGTGAGGCAGTGGGCCACGTGACTGTGGTCAGCTAGTGA  1047

seq1  CGATTTTCTTGGTGATGGAAAAACAATTGCTTATCTC-TTTGTCTCTTCT  1099
      |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CGATTTTC-TGGTGATGG--AAACAATTGCTTATCTCTTTTGTCTCTTCT  1094

seq1  AGTTACTAGTAGCCAAGCCCTGTCCAAGGTGAAGAACTGGGCCTTGCCTG  1149
      |||||||||||| |||| |||||| | ||||||| |||||||  || |||
seq2  AGTTACTAGTAG-CAAG-CCTGTCAAGGGTGAAG-ACTGGGC--TG-CTG  1138

seq1  GAGCATCTTATGGTCCCTGGGGGAAT  1175
      || ||||||||||| |||||||||||
seq2  GAACATCTTATGGT-CCTGGGGGAAT  1163

seq1: chr16_33954976_33956076
seq2: B6Ng01-090K12.g_65_1139 (reverse)

seq1  AGAAAATGCCCTCACAGGAGTGTCCATAGTGCAATCTTGGCACACTGATG  50
      |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AGAAAATG-CCTCACAGGAGGGT-CATAGTGC-ATCTT-GCACACTGATG  46

seq1  GACCGCCAAAGAGGAACTCAGGAGTTTAAAGAGGAACTTACAAGAGGAAC  100
         |||  |||||  ||||| |||||| |||||  || ||| ||||  ||
seq2  --ACGC--AAGAG--ACTCA-GAGTTT-AAGAG--AC-TAC-AGAG--AC  82

seq1  TCATAAAACTGCCACCTTCAGTAGGACATAAATATTTTCTCATGATAGTT  150
      |||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAT-AAACTGC--ACTTCAGTAGGACATAAATA-TTTCTCATGATAGTT  128

seq1  TGTTTTTTGCTTATAGGAAGGCCATTGTGACAGGAGCAGATAAGATGCCA  200
         ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  --GTTTTTGCTTATAGGAAGCCCATTGTGACAGGAGCAGAT-AGATGCCA  175

seq1  CTGGGGAGCATCTTATTTATGGAGTAAACATTGGAGACATCTCCAGTGAC  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGCATC-TATTTATGGAGTAAACATTGGAGACATCTCCAGTGAC  224

seq1  AAAACCATTTTCTTGGGTAAATTATGTAGCTGTTAATTATGAAACTGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATTTTCTTGGGTAAATTATGTAGCTGTTAATTATGAAACTGCCA  274

seq1  TGCCCAGCCATCTGGAAAAGCAGACAGCATTTAACATTATTTTTGATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCCATCTGGAAAAGCAGACAGCATTTAACATTATTTTTGATGAA  324

seq1  CTGATTTGGCCAAGGGTACTGTTGTTAGTTTTAATGGGTGGAATAGTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTGGCCAAGGGTACTGTTGTTAGTTTTAATGGGTGGAATAGTAAG  374

seq1  TCGTCCTCAAGAGGACTTTGTTTCCTATTTCCCCAAATACTGATCTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCCTCAAGAGGACTTTGTTTCCTATTTCCCCAAATACTGATCTGAGT  424

seq1  TAACAGTGTAGAACTTAATGCATTTTTCCTTTTGGTTCCTAAAAGCCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGTAGAACTTAATGCATTTTTCCTTTTGGTTCCTAAAAGCCTGC  474

seq1  TCTAAAGAGCGTGTGTGTGCACTTAACTTCAGGGTCTCAGTTTAGGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGCGTGTGTGTGCACTTAACTTCAGGGTCTCAGTTTAGGTCTG  524

seq1  CATCTTACAACTCCTGGACCTTGGACTCCTGGAACCACATAGCTGTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACAACTCCTGGACCTTGGACTCCTGGAACCACATAGCTGTTGGA  574

seq1  GACTATGACTAAGCTAAAGCCTAGAAGGGAAGTTCCATTAGCTCCTGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGACTAAGCTAAAGCCTAGAAGGGAAGTTCCATTAGCTCCTGACA  624

seq1  GCTTTTCTCAGACATTAGCTCAAACCCACCTGAGGCTCATGCCTTGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCTCAGACATTAGCTCAAACCCACCTGAGGCTCATGCCTTGTTAT  674

seq1  GCTTTTACTCGATGGGACCATGCTGCAGTCGGACTCCTTCAAGCACGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTACTCGATGGGACCATGCTGCAGTCGGACTCCTTCAAGCACGTGC  724

seq1  TATTGCTACTTTGATTCCACTTTACTACAGGATGCACCATTACTTGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTACTTTGATTCCACTTTACTACAGGATGCACCATTACTTGCTGA  774

seq1  GTGTATGCAGTTGCTAATCTTATAGATGTGTAGACCGGGTGCTGTACTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCAGTTGCTAATCTTATAGATGTGTAGACCGGGTGCTGTACTGA  824

seq1  CTCAGTGCTAAGGAAGTTAGCAGGCTACATACTCTCAGACCATTCTGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCTAAGGAAGTTAGCAGGCTACATACTCTCAGACCATTCTGTCT  874

seq1  GGCGCTCACCAGTTATCTCAAGTCTAGACTATTTACATACAGCTGTCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCTCACCAGTTATCTCAAGTCTAGACTATTTACATACAGCTGTCTGT  924

seq1  GAGTGCTAAAGGATCTTTCCTTTTGGCAGGAATAAGACTTAAGGTACCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTAAAGGATCTTTCCTTTTGGCAGGAATAAGACTTAAGGTACCAC  974

seq1  TGATGATGTGTGGAGGGCAGAAACTAGGGTGGTGGTGCTTTGCTCAGTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGTGTGGAGGGCAGAAACTAGGGTGGTGGTGCTTTGCTCAGTAA  1024

seq1  GCATGCGGACCACAGGGGCAACTGGTTCAAGTTTACGGGGGCTGTGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCGGACCACAGGGGCAACTGGTTCAAGTTTACGGGGGCTGTGAATT  1074

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1075