BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095I05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,554,752 - 97,687,031
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBace2, Mx1
Upstream geneJam4, Itgb2l, Pcp4, Dscam
Downstream geneORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2, Ripk4, Prdm15, 5830404H04Rik, Zfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095I05.bB6Ng01-095I05.g
ACCDH906437DH906438
length8221,133
definitionDH906437|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095I05, 5' end.DH906438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,554,752 - 97,555,573)(97,685,882 - 97,687,031)
sequence
gaattcagtgcaaaatgtagctttacccagggaaatggggggaccatgag
aaagcaagaatggcctgggaaaaggacacagggacttcctcagatggtag
ctgttcactcactggttcgaggttcactgcaacttcatgtcagctgtttc
cacacatctgcagggttgtcgcagacaatcccttcagcttgagacaggtc
ctggaaaagtgctgcctttcagaagaactgccccgagagccgactattcc
aacaccgtcgtcagtttagatgtcagaaataggagtcactatttgcagat
ataacactgtccaaagcagcaacttctgaagtaggacagatcaggcaaag
ctttttattctaaaagatggattgattattatcctaactagaataattac
gctgtgtagttaaataatcctgaaccagaagtttccagaagcaaactaga
agtgtggtagagactgcatagtcccaagggccctcctttcaaccagcagt
tccaggaatggtaccctttagggaagatttcagaaccatcaggctggaag
ctgagcagagtcaagaagtctgcctctttcagaccaagcagtgtggattg
ggagatggtgggcatgaagaacacactgtcattttcctgtccactgggca
tgcacaccacccattccatgaccactgatgttacagaagatggtagactg
tggcgaggataatggaagggcaaaggttgttaagaaggatgtgactggct
tccctctctgaagtgcctgctccgggaggtgtcatgggtaaggaagtatg
agtgagtgtgtgtatgtgtgta
gaattcaagcaaatgaagatgacgtagaggtgagatgtgtccaagacccc
atagatgtatattgctgggattgtttgccagccagttgtagatctgccca
aggacaggtggccttaaaggtggctgctgccatggagacaatcacatcca
ttcccctttctgaaggtttgggttatcttcattttggcagttcctggttg
cagggaaccatgtacctttgtagtcagcatggcccagtgcacatagagag
agctggagattcagttcccagtctgggacatagtcttagctagtatcttg
gcttcttttctattgctgtggcaacacaccttgaccaaggcaatgtataa
aagaaagtgtttaacttgacatagtttcaggccatgatggtagagtaaaa
gaacagttgagagctcatgccttcatctatgatcatgaggcagagagtga
gctaactaggaagctgagacaggaagattgcagtgagtttgaggccggcc
tgttctacaatgggaatttcaggtcagcctgagctatactgtgagaccct
gacccaaggaggaggatgaggaattgagggataggcatcttaattcaccc
tcactgccccacctggtgctgttttccagtctcttgtgcttggcagtcac
tagctaaaggaccctctttgtcctgtgtctagagatagacaaggggcatg
tgtgagagaagactttgggatactgctttgtccttccaccatgtggcctc
gggggccatacttaggttggcagggctggtgtagcaaatgtctttacttg
ctgagtcatatcactgacccccagaatcctttttagcacctgaggcctca
ctttggaaggaaagcaggacaggtggtggtgctggctatgctgggactga
agtggcacctgttttcagatgcagcatccaagacatggaaaacagaatgg
tcctcatagagaagcagaatgaaaggaagaaaaacagttagagctctgat
agcagcagactgtcagagtgggcaccatatgtagaacccttctctactgg
ctctcagatcaaatcccagcctactcagttgatatcagtagtcaggctgg
gcccatcttttccttgtgcccaggtatcctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_97554752_97555573
seq2: B6Ng01-095I05.b_47_868

seq1  GAATTCAGTGCAAAATGTAGCTTTACCCAGGGAAATGGGGGGACCATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCAAAATGTAGCTTTACCCAGGGAAATGGGGGGACCATGAG  50

seq1  AAAGCAAGAATGGCCTGGGAAAAGGACACAGGGACTTCCTCAGATGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGAATGGCCTGGGAAAAGGACACAGGGACTTCCTCAGATGGTAG  100

seq1  CTGTTCACTCACTGGTTCGAGGTTCACTGCAACTTCATGTCAGCTGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCACTCACTGGTTCGAGGTTCACTGCAACTTCATGTCAGCTGTTTC  150

seq1  CACACATCTGCAGGGTTGTCGCAGACAATCCCTTCAGCTTGAGACAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCTGCAGGGTTGTCGCAGACAATCCCTTCAGCTTGAGACAGGTC  200

seq1  CTGGAAAAGTGCTGCCTTTCAGAAGAACTGCCCCGAGAGCCGACTATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAAGTGCTGCCTTTCAGAAGAACTGCCCCGAGAGCCGACTATTCC  250

seq1  AACACCGTCGTCAGTTTAGATGTCAGAAATAGGAGTCACTATTTGCAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCGTCGTCAGTTTAGATGTCAGAAATAGGAGTCACTATTTGCAGAT  300

seq1  ATAACACTGTCCAAAGCAGCAACTTCTGAAGTAGGACAGATCAGGCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACTGTCCAAAGCAGCAACTTCTGAAGTAGGACAGATCAGGCAAAG  350

seq1  CTTTTTATTCTAAAAGATGGATTGATTATTATCCTAACTAGAATAATTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTCTAAAAGATGGATTGATTATTATCCTAACTAGAATAATTAC  400

seq1  GCTGTGTAGTTAAATAATCCTGAACCAGAAGTTTCCAGAAGCAAACTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTAGTTAAATAATCCTGAACCAGAAGTTTCCAGAAGCAAACTAGA  450

seq1  AGTGTGGTAGAGACTGCATAGTCCCAAGGGCCCTCCTTTCAACCAGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTAGAGACTGCATAGTCCCAAGGGCCCTCCTTTCAACCAGCAGT  500

seq1  TCCAGGAATGGTACCCTTTAGGGAAGATTTCAGAACCATCAGGCTGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAATGGTACCCTTTAGGGAAGATTTCAGAACCATCAGGCTGGAAG  550

seq1  CTGAGCAGAGTCAAGAAGTCTGCCTCTTTCAGACCAAGCAGTGTGGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAGAGTCAAGAAGTCTGCCTCTTTCAGACCAAGCAGTGTGGATTG  600

seq1  GGAGATGGTGGGCATGAAGAACACACTGTCATTTTCCTGTCCACTGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGTGGGCATGAAGAACACACTGTCATTTTCCTGTCCACTGGGCA  650

seq1  TGCACACCACCCATTCCATGACCACTGATGTTACAGAAGATGGTAGACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACCACCCATTCCATGACCACTGATGTTACAGAAGATGGTAGACTG  700

seq1  TGGCGAGGATAATGGAAGGGCAAAGGTTGTTAAGAAGGATGTGACTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAGGATAATGGAAGGGCAAAGGTTGTTAAGAAGGATGTGACTGGCT  750

seq1  TCCCTCTCTGAAGTGCCTGCTCCGGGAGGTGTCATGGGTAAGGAAGTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTGAAGTGCCTGCTCCGGGAGGTGTCATGGGTAAGGAAGTATG  800

seq1  AGTGAGTGTGTGTATGTGTGTA  822
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTGTGTGTATGTGTGTA  822

seq1: chr16_97685882_97687031
seq2: B6Ng01-095I05.g_70_1202 (reverse)

seq1  ACCAGGATACACAGGCCACAGAGAAAAGATGGGGCCCAAGCCCTGGCTAC  50
      |||||||||| | || ||||  |||||||| |||||||   |||| ||||
seq2  ACCAGGATAC-CTGGGCACAAGGAAAAGAT-GGGCCCA--GCCTGACTAC  46

seq1  TGGTATCACCCTGAGGTAGGCTGGGATTTTGGTTCTGAGAGCCAGTAGAG  100
      || |||||  |||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||
seq2  TGATATCA-ACTGA-GTAGGCTGGGATTT--GATCTGAGAGCCAGTAGAG  92

seq1  ATGGGTCTTACATATGGTGCCCACTCTGGCCAGTCTGCTTGCTCTTCAGA  150
      | ||||  ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  |||||
seq2  AAGGGTTCTACATATGGTGCCCACTCT-GACAGTCTGC-TGCT-ATCAGA  139

seq1  GCTCCTAACCTGTTTTTCCTTCCTTTCTTTCTGCTTCTCCTATGAGGACC  200
      ||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GCT-CTAA-CTGTTTTT-CTTCCTTTCATTCTGCTTCT-CTATGAGGACC  185

seq1  ATTCTGTTTTCCATGTCTTGGATGCTGCATCTGAAAACAGGTGCCACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTTTCCATGTCTTGGATGCTGCATCTGAAAACAGGTGCCACTTC  235

seq1  AGTCCCCAGCATAGCCAGCACCACCACCTGTCCTGCCTTCCTTCCAAAGT  300
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGT-CCCAGCATAGCCAGCACCACCACCTGTCCTGCTTTCCTTCCAAAGT  284

seq1  GAGGCCTCAGGTGCTTAAAAGGGATTCTGGGGGTCAGTGATATGACTCAG  350
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTCAGGTGC-TAAAAAGGATTCTGGGGGTCAGTGATATGACTCAG  333

seq1  CAAGTAAAGACATTTGCTACACCAGCCCTGCCAACCTAAGTATGGCCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAAGACATTTGCTACACCAGCCCTGCCAACCTAAGTATGGCCCCC  383

seq1  GAGGCCACATGGTGGAAGGACAAAGCAGTATCCCAAAGTCTTCTCTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCACATGGTGGAAGGACAAAGCAGTATCCCAAAGTCTTCTCTCACA  433

seq1  CATGCCCCTTGTCTATCTCTAGACACAGGACAAAGAGGGTCCTTTAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCCTTGTCTATCTCTAGACACAGGACAAAGAGGGTCCTTTAGCTA  483

seq1  GTGACTGCCAAGCACAAGAGACTGGAAAACAGCACCAGGTGGGGCAGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGCCAAGCACAAGAGACTGGAAAACAGCACCAGGTGGGGCAGTGA  533

seq1  GGGTGAATTAAGATGCCTATCCCTCAATTCCTCATCCTCCTCCTTGGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAATTAAGATGCCTATCCCTCAATTCCTCATCCTCCTCCTTGGGTC  583

seq1  AGGGTCTCACAGTATAGCTCAGGCTGACCTGAAATTCCCATTGTAGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTCACAGTATAGCTCAGGCTGACCTGAAATTCCCATTGTAGAACA  633

seq1  GGCCGGCCTCAAACTCACTGCAATCTTCCTGTCTCAGCTTCCTAGTTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGGCCTCAAACTCACTGCAATCTTCCTGTCTCAGCTTCCTAGTTAGC  683

seq1  TCACTCTCTGCCTCATGATCATAGATGAAGGCATGAGCTCTCAACTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTCTGCCTCATGATCATAGATGAAGGCATGAGCTCTCAACTGTTC  733

seq1  TTTTACTCTACCATCATGGCCTGAAACTATGTCAAGTTAAACACTTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTCTACCATCATGGCCTGAAACTATGTCAAGTTAAACACTTTCTT  783

seq1  TTATACATTGCCTTGGTCAAGGTGTGTTGCCACAGCAATAGAAAAGAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATTGCCTTGGTCAAGGTGTGTTGCCACAGCAATAGAAAAGAAGC  833

seq1  CAAGATACTAGCTAAGACTATGTCCCAGACTGGGAACTGAATCTCCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATACTAGCTAAGACTATGTCCCAGACTGGGAACTGAATCTCCAGCT  883

seq1  CTCTCTATGTGCACTGGGCCATGCTGACTACAAAGGTACATGGTTCCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTATGTGCACTGGGCCATGCTGACTACAAAGGTACATGGTTCCCTG  933

seq1  CAACCAGGAACTGCCAAAATGAAGATAACCCAAACCTTCAGAAAGGGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGAACTGCCAAAATGAAGATAACCCAAACCTTCAGAAAGGGGAA  983

seq1  TGGATGTGATTGTCTCCATGGCAGCAGCCACCTTTAAGGCCACCTGTCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTGATTGTCTCCATGGCAGCAGCCACCTTTAAGGCCACCTGTCCT  1033

seq1  TGGGCAGATCTACAACTGGCTGGCAAACAATCCCAGCAATATACATCTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGATCTACAACTGGCTGGCAAACAATCCCAGCAATATACATCTAT  1083

seq1  GGGGTCTTGGACACATCTCACCTCTACGTCATCTTCATTTGCTTGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTGGACACATCTCACCTCTACGTCATCTTCATTTGCTTGAATTC  1133