BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097H19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,125,973 - 35,316,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdcy5, Sec22a
Upstream geneKalrn, Ropn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb
Downstream genePdia5, Sema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097H19.bB6Ng01-097H19.g
ACCDH907853DH907854
length1,1201,143
definitionDH907853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097H19, 5' end.DH907854|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,315,066 - 35,316,169)(35,125,973 - 35,127,108)
sequence
gaattccaattaatgaatgtagaaagaatgatggagataaaacgtcacta
ttaaatcaccattaagcaaacaccactgtaataactgaggcaggcagagg
gtggcatacattcccatcaaggggtccaagttgacagcactgataaaaca
tactgcctggcacctctgtgttgttcttggcaaaattacatatgcttaac
tcaatcttggaacactggacacatccaaattgaggaacacagctccagca
taactgatgaatatttatcaggtctgtcaaggtcatgactgagaagttat
tacagattggaggagacgtgaccgctaagagtagcacagaatcctgggtg
ggaaaaaggtccctaatgggacactggacaaaatcaaagcccatcagtta
gcaatcctcactgtgatcacgtcctggtgtgatgactgttctgtggtggc
tgtggaaacagtacagctctgctatttcaaatctactccaagtccaaagt
ttattcaaaagaaaactcatgtctttaaacctttatttcacagtgaaaat
cactctcttaaaataaatgcttttatttgtggcatatagatagcaatagg
gtttttttttggtttgttttttttaacagcaggcagggtcttactgtata
gttctctggcttgcctggaactttataggccatgctaacctacagagatt
ctcctgcctccaagtgctgggattaaaagcatcactctggtgtgcattct
tcagttttaaatatggactaatctttcactcgtgaaagaactaatgtttg
gcaagaactcccttacctcccattcctgaagcctggatacagttcacaga
aactaccgctgcttttcagaggacttcacgagtgtatacaaatcccttac
ttcccagatagtagatttcaggcacattcttgaaaaggatccattcagtc
attaaatttttgtacagcacttatttaatgtactttggcactatttctag
actctgagatgagccaaatgcacaggagctgtaggtgacaagcaaaaata
gccatgttttattaacgttgggaaaatgaaaggaataaaggggacaagta
ctagggctggtggggtgggg
gaattctccagccatggaatctgcccatctgccccagctaggcactgaca
gtgtctccctcatccaaactcttctgctattcttcttaaaggtccccaca
aagcagaattcaacaagcttcccttcctttggggctggtggcagtgaatt
tcttaagctctttgtggtcagggaagttcttggagcctggatcttacatt
tcagactccatctcaacccccacgctcctccgagttagtcaacatgagct
agctctctcagtactcgacaagagcttagagatcagtcaggaaagtaagt
ggctttcgatttccaaggctgaggcaggaggttgtcctgagtcagttcat
ttgagctaagtatgaaagccagtctggctgaggccacatagtaatctgtc
tcaaaagaacggaggctgggctgcagggcaaggggggcgggggaagagaa
gactgtgtcaaattgttgctgttttctaagtagcaaaatctcttttccag
aaagtaagactctgaactctaaaatgtaagaccggcaaaacgggagcaga
tctggttgccacaagaggtgggtgttcccacccagcagggtacaaggaac
ccaaactgaaccccctaatcaggtccaatggatcactttctggataaaaa
gactgcagccaagatcctcccctagacaggatcttagcttagccctaatc
tttcctgatatgacgtctcctggcaaccttgtttggacctcaatgaaaac
tgataaagtttatgttctgaagatattctgttaatttgattgatttaaag
atgggagggctcactatgctacttcagacttagtcttgaactcagtttta
tttattgaatgtatgtgagtacactgtagtttgtcttcagacacacccga
agagggcatggatcccattacagatggttgtgagccaccatgtgggtggc
tggggattgaactcaggacttctgggggaacaggcagtgctctttaacct
ctggagccatccctccatccctttgactcatgaactaaaccctcacactt
cagcttctgatatacctgaagacctcctcaaatgggcgcgcatatggcct
gattcaagagtatttttgtgagggttcctgatctccttggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35315066_35316169
seq2: B6Ng01-097H19.b_46_1165 (reverse)

seq1  CCCCA-CCCACCAGCCCTAGTAC-TGTCCCCTTTAT--CCTTCATTTTCC  46
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||
seq2  CCCCACCCCACCAGCCCTAGTACTTGTCCCCTTTATTCCTTTCATTTTCC  50

seq1  C-ACGTTA--TAAACAT-GCTTATTTTGCTTGTCACCTACAGCTCCTGTG  92
      | ||||||   |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTAATAAAACATGGCTATTTTTGCTTGTCACCTACAGCTCCTGTG  100

seq1  CATTT-GCTCATCTCCAGAGTCTAG-AATAGTGCC-AAGTACAT--AATA  137
      ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||
seq2  CATTTGGCTCATCT-CAGAGTCTAGAAATAGTGCCAAAGTACATTAAATA  149

seq1  AGTGCTGTAC-AAAATTTAATGACTGAATGGATCCTTTTCAAGAATGTGC  186
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGTACAAAAATTTAATGACTGAATGGATCCTTTTCAAGAATGTGC  199

seq1  CTGAAATCTACTATCTGGGAAGTAAGGGATTTGTATACACTCGTGAAGT-  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGAAATCTACTATCTGGGAAGTAAGGGATTTGTATACACTCGTGAAGTC  249

seq1  CTCTGAAAAGCAGCGGTAGTTTCTGTGAACTGTATCCAGGCTTCA-GAAT  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCTGAAAAGCAGCGGTAGTTTCTGTGAACTGTATCCAGGCTTCAGGAAT  299

seq1  GGGAGGTAAGGGAGTTCTTGCCAAACATTAGTTCTTTCACGAGTG-AAGA  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGGAGGTAAGGGAGTTCTTGCCAAACATTAGTTCTTTCACGAGTGAAAGA  349

seq1  TTAGTCCATATTTAAAACTGAAGAATGCACACCAGAGTGATGCTTTTAAT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCATATTTAAAACTGAAGAATGCACACCAGAGTGATGCTTTTAAT  399

seq1  CCCAGCACTTGGAGGCAGGAGAATCTCTGTAGGTTAGCATGGCCTATAAA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTTGGAGGCAGGAGAATCTCTGTAGGTTAGCATGGCCTATAAA  449

seq1  GTTCCAGGCAAGCCAGAGAACTATACAGTAAGACCCTGCCTGCTGTTAAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGCAAGCCAGAGAACTATACAGTAAGACCCTGCCTGCTGTTAAA  499

seq1  AAAAACAAACCAAAAAAAAACCCTATTGCTATCTATATGCCACAAATAAA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAACCAAAAAAAAACCCTATTGCTATCTATATGCCACAAATAAA  549

seq1  AGCATTTATTTTAAGAGAGTGATTTTCACTGTGAAATAAAGGTTTAAAGA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTATTTTAAGAGAGTGATTTTCACTGTGAAATAAAGGTTTAAAGA  599

seq1  CATGAGTTTTCTTTTGAATAAACTTTGGACTTGGAGTAGATTTGAAATAG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTTTCTTTTGAATAAACTTTGGACTTGGAGTAGATTTGAAATAG  649

seq1  CAGAGCTGTACTGTTTCCACAGCCACCACAGAACAGTCATCACACCAGGA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGTACTGTTTCCACAGCCACCACAGAACAGTCATCACACCAGGA  699

seq1  CGTGATCACAGTGAGGATTGCTAACTGATGGGCTTTGATTTTGTCCAGTG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATCACAGTGAGGATTGCTAACTGATGGGCTTTGATTTTGTCCAGTG  749

seq1  TCCCATTAGGGACCTTTTTCCCACCCAGGATTCTGTGCTACTCTTAGCGG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTAGGGACCTTTTTCCCACCCAGGATTCTGTGCTACTCTTAGCGG  799

seq1  TCACGTCTCCTCCAATCTGTAATAACTTCTCAGTCATGACCTTGACAGAC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTCTCCTCCAATCTGTAATAACTTCTCAGTCATGACCTTGACAGAC  849

seq1  CTGATAAATATTCATCAGTTATGCTGGAGCTGTGTTCCTCAATTTGGATG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAATATTCATCAGTTATGCTGGAGCTGTGTTCCTCAATTTGGATG  899

seq1  TGTCCAGTGTTCCAAGATTGAGTTAAGCATATGTAATTTTGCCAAGAACA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTGTTCCAAGATTGAGTTAAGCATATGTAATTTTGCCAAGAACA  949

seq1  ACACAGAGGTGCCAGGCAGTATGTTTTATCAGTGCTGTCAACTTGGACCC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGGTGCCAGGCAGTATGTTTTATCAGTGCTGTCAACTTGGACCC  999

seq1  CTTGATGGGAATGTATGCCACCCTCTGCCTGCCTCAGTTATTACAGTGGT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGGGAATGTATGCCACCCTCTGCCTGCCTCAGTTATTACAGTGGT  1049

seq1  GTTTGCTTAATGGTGATTTAATAGTGACGTTTTATCTCCATCATTCTTTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTAATGGTGATTTAATAGTGACGTTTTATCTCCATCATTCTTTC  1099

seq1  TACATTCATTAATTGGAATTC  1104
      |||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCATTAATTGGAATTC  1120

seq1: chr16_35125973_35127108
seq2: B6Ng01-097H19.g_69_1211

seq1  GAATTCTCCAGCCATGGAATCTGCCCATCTGCCCCAGCTAGGCACTGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGCCATGGAATCTGCCCATCTGCCCCAGCTAGGCACTGACA  50

seq1  GTGTCTCCCTCATCCAAACTCTTCTGCTATTCTTCTTAAAGGTCCCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCCCTCATCCAAACTCTTCTGCTATTCTTCTTAAAGGTCCCCACA  100

seq1  AAGCAGAATTCAACAAGCTTCCCTTCCTTTGGGGCTGGTGGCAGTGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAATTCAACAAGCTTCCCTTCCTTTGGGGCTGGTGGCAGTGAATT  150

seq1  TCTTAAGCTCTTTGTGGTCAGGGAAGTTCTTGGAGCCTGGATCTTACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGCTCTTTGTGGTCAGGGAAGTTCTTGGAGCCTGGATCTTACATT  200

seq1  TCAGACTCCATCTCAACCCCCACGCTCCTCCGAGTTAGTCAACATGAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTCCATCTCAACCCCCACGCTCCTCCGAGTTAGTCAACATGAGCT  250

seq1  AGCTCTCTCAGTACTCGACAAGAGCTTAGAGATCAGTCAGGAAAGTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCTCAGTACTCGACAAGAGCTTAGAGATCAGTCAGGAAAGTAAGT  300

seq1  GGCTTTCGATTTCCAAGGCTGAGGCAGGAGGTTGTCCTGAGTCAGTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCGATTTCCAAGGCTGAGGCAGGAGGTTGTCCTGAGTCAGTTCAT  350

seq1  TTGAGCTAAGTATGAAAGCCAGTCTGGCTGAGGCCACATAGTAATCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTAAGTATGAAAGCCAGTCTGGCTGAGGCCACATAGTAATCTGTC  400

seq1  TCAAAAGAACGGAGGCTGGGCTGCAGGGCAAGGGGGGCGGGGGAAGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAACGGAGGCTGGGCTGCAGGGCAAGGGGGGCGGGGGAAGAGAA  450

seq1  GACTGTGTCAAATTGTTGCTGTTTTCTAAGTAGCAAAATCTCTTTTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTCAAATTGTTGCTGTTTTCTAAGTAGCAAAATCTCTTTTCCAG  500

seq1  AAAGTAAGACTCTGAACTCTAAAATGTAAGACCGGCAAAACGGGAGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAGACTCTGAACTCTAAAATGTAAGACCGGCAAAACGGGAGCAGA  550

seq1  TCTGGTTGCCACAAGAGGTGGGTGTTCCCACCCAGCAGGGTACAAGGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGCCACAAGAGGTGGGTGTTCCCACCCAGCAGGGTACAAGGAAC  600

seq1  CCAAACTGAACCCCCTAATCAGGTCCAATGGATCACTTTCTGGATAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGAACCCCCTAATCAGGTCCAATGGATCACTTTCTGGATAAAAA  650

seq1  GACTGCAGCCAAGATCCTCCCCTAGACAGGATCTTAGCTTAGCCCTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAGCCAAGATCCTCCCCTAGACAGGATCTTAGCTTAGCCCTAATC  700

seq1  TTTCCTGATATGACGTCTCCTGGCAACCTTGTTTGGACCTCAATGAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGATATGACGTCTCCTGGCAACCTTGTTTGGACCTCAATGAAAAC  750

seq1  TGATAAAGTTTATGTTCTGAAGATATTCTGTTAA-TTGATTGATTTAAAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGATAAAGTTTATGTTCTGAAGATATTCTGTTAATTTGATTGATTTAAAG  800

seq1  AT-GGAGGGCTCACTATGCTAC-TCAGAC-TAGTCTTGAACTCAGTTTTA  846
      || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGGCTCACTATGCTACTTCAGACTTAGTCTTGAACTCAGTTTTA  850

seq1  TTTATTGAATGTATGTGAGTACACTGTAG-TTGTCTTCAGACACACCCGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAATGTATGTGAGTACACTGTAGTTTGTCTTCAGACACACCCGA  900

seq1  AGAGGGCATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGT-GGTTG  944
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  AGAGGGCA-TGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGG  949

seq1  CTGGGGATTGAACTCAGGACTTCTGGGGGAACAGGCAGTGCTC-TTAACC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGGGATTGAACTCAGGACTTCTGGGGGAACAGGCAGTGCTCTTTAACC  999

seq1  TCT-GAGCCATCCCTCCATCCCTTGAACTCATGAACATAACCCTCACACT  1042
      ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||
seq2  TCTGGAGCCATCCCTCCATCCCTTTGACTCATGAACTAAACCCTCACACT  1049

seq1  TCAGCCTCTGAAATAGCTG-AGACCTCCTCAAAT-GGCGC-CATTATGTC  1089
      ||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||   | |
seq2  TCAGCTTCTGATATACCTGAAGACCTCCTCAAATGGGCGCGCATATGGCC  1099

seq1  TGATTCAAAGATGTATTTTTGTGAGTGTGTTCTGGTCTCCTTGGTGG  1136
      |||||| |||| ||||||||||||| || | ||| ||||||||||||
seq2  TGATTC-AAGA-GTATTTTTGTGAGGGT-TCCTGATCTCCTTGGTGG  1143