BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098K20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,528,642 - 75,606,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930038D03Rik, Rbm11
Upstream geneLOC665042
Downstream geneStch, LOC546667, Samsn1, 4930578N18Rik, LOC100039457, Nrip1, LOC100039316
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098K20.bB6Ng01-098K20.g
ACCDH908702DH908703
length1,1681,168
definitionDH908702|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K20, 5' end.DH908703|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,528,642 - 75,529,823)(75,605,616 - 75,606,800)
sequence
gaattccttcacttaaaaccgaatcctataactacaccacagagatacat
agtcaaagcaatttttaggtgaggactgctcaactattagaaactataga
tatttttcaacttggttcaaaaatatttctttttgagattgtacatttaa
aaatccttcagccataaactgaaaattctatataattaatttcaaattaa
tttcagttcctgaaatgatagctagtgatacatgctttattgtacagaat
acaatattatatatatagagagaaacatatatatagaaatatatatgaga
tttatagatataatatgaacagctattccttagagctttaatcaattcat
ttttctagtttgaattcagaattgcccacagtgaccagtgctaaattatt
tctttcagaaccaatttatgctatcatgctgacatactttccagagtcta
ctactaatttatgttttaaccttctgccttcagatcttgcagtgacgagg
aatttaatagatcctcccctggcacaaagtcaatttaatgaagctcaaag
aatacatggaaatggttatattttagagtagaaaatgatcagtaccatga
ttttatcatcaggagataaaatgtggttttcaatctttaaaagtttaata
aattcaaatctaccttacatggagattagctatctctacgataacaatgt
tagcagcaaagaacacaatttggtaaatatttccttcttgttcaatggct
ttgatatttcccatcactagataagttgataaaggcaaagcttactttcc
ttgtctagtttcaagactgagaactgtcaagaggggctgttaattaggca
ccaattgatgtccactttgctttttattgctgccataaagaccatgacca
aagcaacttagacaggaaacagtttacggtacattcaactcatggtcaat
catgaagggaaatgagtacaagaagtgaaacaggccatggagggatgcaa
cctactgccttctggcttgtctccagactcccatttagctgcctctcata
tacctcccagatcacctgcccagaaagcactacctcagtagctagaccct
cccatcaatatccaattgaaggtactctaagcccaagaaaactccatcat
tggagagtgccttcttcc
gaattcatccatgaaccataatgtgcttttctctagaacactgattgtaa
attcactgacctttttggagcactaaaagtctttttaatgttgattttaa
atagcttatttaattatgtgtgtgtgtctatgtgtatatctgtgaatatc
tctgtgtatgtctgcgtttgtgtgtgtgtacatgtgtgtgtatctgtctg
tgtgtgtctatgtctgtgactgagtttaactatggttgcttgcataagtt
tgttaggagactacttactagatcaaaagcagcttagccgtgaacattga
tcaaagtgataccctctttcccagcaaccataactgtcattagttactca
gatgtgtggcatcatcatcctttcccttccttgtgaattatgaaatgatg
acagggccaaccttgtgcttatcttgtgcaggtcatcacagcctctctaa
gttcatgagtacaattgctctgccagggccaaaagatggttttcatgaga
actcagtccaaccacttttgtaaaattcttccagaatcataatctatgtg
tcacagaacatgaccaaagatgaaatcctcactatgctgtgaatatacta
tacctaaaggacaggctttgatggaaaactttgaagggagagtgcctgac
tatttttacctcttagagaagcttgttaaaataccacagtatgttagttc
acgtgtaattgcacagggtaaggctgactttaaagttaagtgtctagtca
tgaacttcttaattatacgagggatttaactttctcatcttggagctcat
ctctttggcaagattagcctgccaggaagcttctaagacctccgtcctct
acctaccagggctagtattacaaaacttgccaccattcccagcttgtgcc
tgggcactattgatctcaacacaggctcacatgcttacacagcagacacg
ttgccaactgagacagctctgagctctcactatcctcatttcaaccttgt
caacattccttatttttctatggagatatttcattagtctgaagatcagt
gatcatggataatgttcaccccacagtaattttgatactggaagctactt
ccctcaaatgtatgactcacctcaagaacttaattcttcgacaagatgaa
tgctgaaatggtacgaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_75528642_75529823
seq2: B6Ng01-098K20.b_50_1217

seq1  GAATTCCTTCACTTAAAACCGAATCCTATAACTACACCACAGAGATACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCACTTAAAACCGAATCCTATAACTACACCACAGAGATACAT  50

seq1  AGTCAAAGCAATTTTTAGGTGAGGACTGCTCAACTATTAGAAACTATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGCAATTTTTAGGTGAGGACTGCTCAACTATTAGAAACTATAGA  100

seq1  TATTTTTCAACTTGGTTCAAAAATATTTCTTTTTGAGATTGTACATTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCAACTTGGTTCAAAAATATTTCTTTTTGAGATTGTACATTTAA  150

seq1  AAATCCTTCAGCCATAAACTGAAAATTCTATATAATTAATTTCAAATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTCAGCCATAAACTGAAAATTCTATATAATTAATTTCAAATTAA  200

seq1  TTTCAGTTCCTGAAATGATAGCTAGTGATACATGCTTTATTGTACAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTCCTGAAATGATAGCTAGTGATACATGCTTTATTGTACAGAAT  250

seq1  ACAATATTATATATATAGAGAGAAACATATATATAGAAATATATATGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTATATATATAGAGAGAAACATATATATAGAAATATATATGAGA  300

seq1  TTTATAGATATAATATGAACAGCTATTCCTTAGAGCTTTAATCAATTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGATATAATATGAACAGCTATTCCTTAGAGCTTTAATCAATTCAT  350

seq1  TTTTCTAGTTTGAATTCAGAATTGCCCACAGTGACCAGTGCTAAATTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGTTTGAATTCAGAATTGCCCACAGTGACCAGTGCTAAATTATT  400

seq1  TCTTTCAGAACCAATTTATGCTATCATGCTGACATACTTTCCAGAGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGAACCAATTTATGCTATCATGCTGACATACTTTCCAGAGTCTA  450

seq1  CTACTAATTTATGTTTTAACCTTCTGCCTTCAGATCTTGCAGTGACGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAATTTATGTTTTAACCTTCTGCCTTCAGATCTTGCAGTGACGAGG  500

seq1  AATTTAATAGATCCTCCCCTGGCACAAAGTCAATTTAATGAAGCTCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAATAGATCCTCCCCTGGCACAAAGTCAATTTAATGAAGCTCAAAG  550

seq1  AATACATGGAAATGGTTATATTTTAGAGTAGAAAATGATCAGTACCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATGGAAATGGTTATATTTTAGAGTAGAAAATGATCAGTACCATGA  600

seq1  TTTTATCATCAGGAGATAAAATGTGGTTTTCAATCTTTAAAAGTTTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCATCAGGAGATAAAATGTGGTTTTCAATCTTTAAAAGTTTAATA  650

seq1  AATTCAAATCTACCTTACATGGAGATTAGCTATCTCTACGATAACAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATCTACCTTACATGGAGATTAGCTATCTCTACGATAACAATGT  700

seq1  TAGCAGCAAAGAACACAATTTGGTAAATATTTCCTTCTTGTTCAATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAAAGAACACAATTTGGTAAATATTTCCTTCTTGTTCAATGGCT  750

seq1  TTGATATTTCCCATCACTAGATAAGTTGATAAAGGCAAAGCTTACTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTTCCCATCACTAGATAAGTTGATAAAGGCAAAGCTTACTTTCC  800

seq1  TTGTCTAGTTTCAAGACTGAGAACTGTCAAGAGGGGCTGTTAATTAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAGTTTCAAGACTGAGAACTGTCAAGAGGGGCTGTTAATTAGGCA  850

seq1  CCAATTGATGTCCACTTTGCTTTTTATTGCTGCCATAAAGACCATGACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAATTGATGTCCACTTTGCTTTTTATTGCTGCCATAAAGACCATGACC-  899

seq1  AAAGCAACTTAGACAGGAAACAGTTTACGGTAACATTCAACTCATGGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACTTAGACAGGAAACAGTTTACGGT-ACATTCAACTCATGGTCA  948

seq1  ATCATGAAGGGAAATGAGTACAAGAAGTGAAACAGGCCATGGAGGGATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAAGGGAAATGAGTACAAGAAGTGAAACAGGCCATGGAGGGATGC  998

seq1  AACCTACTGCCTTTCTGGCTTGGTCTCCAGACTCCCATTTAGCTGCCTCT  1050
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACTGCC-TTCTGGCTT-GTCTCCAGACTCCCATTTAGCTGCCTCT  1046

seq1  CATATACCTCCCAAGATCACCTGCCCAGAAAGCAAACTACCCTCAGTAGG  1100
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |
seq2  CATATACCTCCC-AGATCACCTGCCCAGAAAGC--ACTA-CCTCAGTA-G  1091

seq1  CTAGACCCTCACAATCAATTATCAAATATGAAAGTACTCTACAGCCCACA  1150
      |||||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||||| ||||  ||
seq2  CTAGACCCTC-CCATCAA-TATCCAAT-TGAAGGTACTCTA-AGCC--CA  1135

seq1  AGATAATCTCATCATTTGAGA-TGCCTTCTTCC  1182
      ||| ||   ||||||| |||| |||||||||||
seq2  AGAAAACTCCATCATTGGAGAGTGCCTTCTTCC  1168

seq1: chr16_75605616_75606800
seq2: B6Ng01-098K20.g_68_1235 (reverse)

seq1  ATTCGTACCCATTTTTCAGCTATCTATCCTTGTCTGAAGAATATAGTTCC  50
      |||||||||    ||||||| ||  || |||||| |||||||  |||| |
seq2  ATTCGTACC---ATTTCAGC-ATTCAT-CTTGTC-GAAGAATTAAGTT-C  43

seq1  TTGAGTTTGGGAGTCATACATTTTGAGTGATGTAGCTT-CAGTATCAAAA  99
      |||||   | |||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||
seq2  TTGAG---GTGAGTCATACA-TTTGAGGGAAGTAGCTTCCAGTATCAAAA  89

seq1  TTACTGTTGGGTGGACATTTATTCATTGATCACTGATTCTCAGACTAATG  149
      ||||||| ||||| ||| |||| || |||||||||||  |||||||||||
seq2  TTACTGTGGGGTGAACA-TTATCCA-TGATCACTGATCTTCAGACTAATG  137

seq1  AATATTCTCCATAG-AAAATAAGGAATGTTGAACAAGGTTGAAATGAGGA  198
      ||   ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  AAATATCTCCATAGAAAAATAAGGAATGTTG-ACAAGGTTGAAATGAGG-  185

seq1  ATAGTGAGGAGCTCAAGAGCTGTCTCAGTTGGCAACGTGTCTGCTGTGTA  248
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGA-GAGCTC-AGAGCTGTCTCAGTTGGCAACGTGTCTGCTGTGTA  233

seq1  AGCATGTGAGCCTGTGTTGAGATCAATAGTGCCCAGGCACAAAGCTGGGA  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCATGTGAGCCTGTGTTGAGATCAATAGTGCCCAGGCAC-AAGCTGGGA  282

seq1  ATGGTGGCAAGTTTTTGTAATACTAGCCCTGGTAGGTAGAGGACGGAGGT  348
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCAAG-TTTTGTAATACTAGCCCTGGTAGGTAGAGGACGGAGGT  331

seq1  CTTAGAAGCTTCCTGGCAGGCTAATCTTGCCAAAGAGATGAGCTCCAAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAGCTTCCTGGCAGGCTAATCTTGCCAAAGAGATGAGCTCCAAGA  381

seq1  TGAGAAAGTTAAATCCCTCGTATAATTAAGAAGTTCATGACTAGACACTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGTTAAATCCCTCGTATAATTAAGAAGTTCATGACTAGACACTT  431

seq1  AACTTTAAAGTCAGCCTTACCCTGTGCAATTACACGTGAACTAACATACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAAGTCAGCCTTACCCTGTGCAATTACACGTGAACTAACATACT  481

seq1  GTGGTATTTTAACAAGCTTCTCTAAGAGGTAAAAATAGTCAGGCACTCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATTTTAACAAGCTTCTCTAAGAGGTAAAAATAGTCAGGCACTCTC  531

seq1  CCTTCAAAGTTTTCCATCAAAGCCTGTCCTTTAGGTATAGTATATTCACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAAAGTTTTCCATCAAAGCCTGTCCTTTAGGTATAGTATATTCACA  581

seq1  GCATAGTGAGGATTTCATCTTTGGTCATGTTCTGTGACACATAGATTATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTGAGGATTTCATCTTTGGTCATGTTCTGTGACACATAGATTATG  631

seq1  ATTCTGGAAGAATTTTACAAAAGTGGTTGGACTGAGTTCTCATGAAAACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGAAGAATTTTACAAAAGTGGTTGGACTGAGTTCTCATGAAAACC  681

seq1  ATCTTTTGGCCCTGGCAGAGCAATTGTACTCATGAACTTAGAGAGGCTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGGCCCTGGCAGAGCAATTGTACTCATGAACTTAGAGAGGCTGT  731

seq1  GATGACCTGCACAAGATAAGCACAAGGTTGGCCCTGTCATCATTTCATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTGCACAAGATAAGCACAAGGTTGGCCCTGTCATCATTTCATAA  781

seq1  TTCACAAGGAAGGGAAAGGATGATGATGCCACACATCTGAGTAACTAATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAGGAAGGGAAAGGATGATGATGCCACACATCTGAGTAACTAATG  831

seq1  ACAGTTATGGTTGCTGGGAAAGAGGGTATCACTTTGATCAATGTTCACGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATGGTTGCTGGGAAAGAGGGTATCACTTTGATCAATGTTCACGG  881

seq1  CTAAGCTGCTTTTGATCTAGTAAGTAGTCTCCTAACAAACTTATGCAAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTGCTTTTGATCTAGTAAGTAGTCTCCTAACAAACTTATGCAAGC  931

seq1  AACCATAGTTAAACTCAGTCACAGACATAGACACACACAGACAGATACAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAGTTAAACTCAGTCACAGACATAGACACACACAGACAGATACAC  981

seq1  ACACATGTACACACACACAAACGCAGACATACACAGAGATATTCACAGAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTACACACACACAAACGCAGACATACACAGAGATATTCACAGAT  1031

seq1  ATACACATAGACACACACACATAATTAAATAAGCTATTTAAAATCAACAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATAGACACACACACATAATTAAATAAGCTATTTAAAATCAACAT  1081

seq1  TAAAAAGACTTTTAGTGCTCCAAAAAGGTCAGTGAATTTACAATCAGTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGACTTTTAGTGCTCCAAAAAGGTCAGTGAATTTACAATCAGTGT  1131

seq1  TCTAGAGAAAAGCACATTATGGTTCATGGATGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGAAAAGCACATTATGGTTCATGGATGAATTC  1168