BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102F02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 34,907,881 - 35,033,102
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMylk, Ptplb
Upstream geneItgb5, Umps, Kalrn, LOC100043670, Ropn1, Ccdc14
Downstream geneAdcy5, Sec22a, Pdia5, Sema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102F02.bB6Ng01-102F02.g
ACCDH911244DH911245
length1,1321,139
definitionDH911244|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102F02, 5' end.DH911245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,031,950 - 35,033,102)(34,907,881 - 34,909,039)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgagtgctaggattaaaggtgtgcgccaccacacctggccc
cactaagccatcttgtttgtccaaatcaaatgttttaaagggaaggctag
ggatataattcagtagaatggtgcttatgtagcacgcatgagatccaagg
ttcaatcccagtccaaaacaaaacatgattaaaaacaaacaactactaag
ctaccacgactgtaactccaactccaatttgtgtgtatagtactgaccct
gggactcaatcataaactctattatcccatgctaatatcaatctctactt
ggtcaagctggaggaagtctgccttatcaatgactaccaggaatccaaag
ccaaaatccaaagccagaaccaacccacagaacactttagacaagcagca
tctttacagccagatataattcactacactaaaccacccaaactaagtgt
gcaattcagtgtctctggtcactgcagtcgtgcaatcactagttacattt
ccatccctttaaaaggaaatcctgcacctgctagcagtcacttccactaa
tcttcagcctctacagactgtgtcctagacacttcaggtcaaaggactca
catcatcccttgacgctgtgtctgccttccgttctcacatcatgtttcac
ggttcacacagtgggagacaccaccaataactcatccaccaacaattcat
ctatcgcattttgtaatctgtgagtggcatttaaaggtatgctgatgctg
ctcatgttaaccagcacagatgactcaaagcttgacccgaggtacattat
attatttgtactctgatctcttggccaaaaatactgattattaacgttta
cggtttataaatcatactaaagccagatatggtggtgtatgtttgtaggc
ccagtgcttgaaagactgagacaggactgcttaaacccaggacaggaaga
cagctggaaaatccactaaaaaaaattacagcaaacttctagagaaataa
ttaacactattatatatagtatcacactggaacagtattacttgtatgta
tgaagcctggtcaacttcagtgctcttccaca
gaattcaggatcatcatatcccgagtgattaaccccacacctgctggagg
gattcaaaacaaacagggacaccaacctgcagactggagaacaaattatt
tcctcccgttgtccctgtaggactaaagggaagaaagagcgggtagccac
tctggatccaaagcctgagctgtttcctcggactcctctcttggggaggt
gcagtgaagttccactagtttatttttagatctgtcccatggtctctcta
agcatgacatcacagaacttgctttgggccacttaaaaacaaacaaacaa
acaaacaaacaagtcaaatcataatcgtcaggaaggctcaggatccacga
cttcttaggctactgataggtccactgtgtgactctaggcaggcaggagt
cggccagttctcaggagatgtctataaatggcattgatgagtgtagacaa
cgtggacttagggaggttcaacttggaattttcaattttatattgttgtg
aggagcagacagacccagtcagcattgtgaccccaagatgtctgtcagca
ttgtgaccccaagatcaaacagccagtcccctacagcaagctgtgttgct
aagctgccatactctgcagagctgtgtcaccgagctgccatattctatag
agctatgtctctgagcttcaatgctctgtagacctgtgtcactgagctgc
catactctgtagaactgtgtctctgagcttcagagctgtgtttctgagct
gcaatactctctgtagtattcggttcaccaaatgcattttaaacttacca
tactttgttgcttatagtaggtttataggaaaccacactaagttgagaag
cattgtggttgcacatattgttttcaagttctgtcttcaaaactccctga
aactctgagacaccctagagacaggtgaagtgtggggcttcagtagaggc
ctatttacagttcagatccagctcagtctcagtgtctacctgtgctggct
tttgtgtgttttgtgttattttcagtgccccacttagagtcatcagagaa
ctgtaacctccactgaaaaaattgccccataaaatcaactggagaacaat
taaatgtctagaagccaagccaatgtgggtgtgtttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35031950_35033102
seq2: B6Ng01-102F02.b_44_1175 (reverse)

seq1  TGTGGAAGGGAGCACTGGGAGTTGAACCCAGGGCCTTC-TACATACCAGG  49
      |||||||  ||||||| | ||||||  |||||  |||| ||||||| || 
seq2  TGTGGAA--GAGCACT-GAAGTTGA--CCAGG--CTTCATACATACAAG-  42

seq1  TTAATACTGTTCACAGTGTTGATAATTATATATAATAGTGTTTAATTTAT  99
       ||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||  | ||||
seq2  -TAATACTGTTC-CAGTG-TGAT-ACTATATATAATAGTGTT--AATTAT  86

seq1  TTCTCTATGGAGTTTTGCTGTATTTTTTTTTTTAAGTGGATTTTCCAGGC  149
      |||||||  ||  ||||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||
seq2  TTCTCTA--GAAGTTTGCTGTAATTTTTTTT---AGTGGATTTTCCA-GC  130

seq1  TGGTCTCTCTGTCCTGGGTTTAAGCAGTCCTGTCTCAGTCTTTCAAAGCA  199
      | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  T-GTCTTCCTGTCCTGGGTTTAAGCAGTCCTGTCTCAGTCTTTC-AAGCA  178

seq1  CTGGGCCTACAAACATACACCACCATATCTGGCTTTAGTATGATTTATAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTACAAACATACACCACCATATCTGGCTTTAGTATGATTTATAA  228

seq1  ACCGTAAACGTTAATAATCAGTATTTTTGGCCAAGAGATCAGAGTACAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTAAACGTTAATAATCAGTATTTTTGGCCAAGAGATCAGAGTACAAA  278

seq1  TAATATAATGTACCTCGGGTCAAGCTTTGAGTCATCTGTGCTGGTTAACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAATGTACCTCGGGTCAAGCTTTGAGTCATCTGTGCTGGTTAACA  328

seq1  TGAGCAGCATCAGCATACCTTTAAATGCCACTCACAGATTACAAAATGCG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCATCAGCATACCTTTAAATGCCACTCACAGATTACAAAATGCG  378

seq1  ATAGATGAATTGTTGGTGGATGAGTTATTGGTGGTGTCTCCCACTGTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGAATTGTTGGTGGATGAGTTATTGGTGGTGTCTCCCACTGTGTG  428

seq1  AACCGTGAAACATGATGTGAGAACGGAAGGCAGACACAGCGTCAAGGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTGAAACATGATGTGAGAACGGAAGGCAGACACAGCGTCAAGGGAT  478

seq1  GATGTGAGTCCTTTGACCTGAAGTGTCTAGGACACAGTCTGTAGAGGCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGAGTCCTTTGACCTGAAGTGTCTAGGACACAGTCTGTAGAGGCTG  528

seq1  AAGATTAGTGGAAGTGACTGCTAGCAGGTGCAGGATTTCCTTTTAAAGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAGTGGAAGTGACTGCTAGCAGGTGCAGGATTTCCTTTTAAAGGG  578

seq1  ATGGAAATGTAACTAGTGATTGCACGACTGCAGTGACCAGAGACACTGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATGTAACTAGTGATTGCACGACTGCAGTGACCAGAGACACTGAA  628

seq1  TTGCACACTTAGTTTGGGTGGTTTAGTGTAGTGAATTATATCTGGCTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACACTTAGTTTGGGTGGTTTAGTGTAGTGAATTATATCTGGCTGTA  678

seq1  AAGATGCTGCTTGTCTAAAGTGTTCTGTGGGTTGGTTCTGGCTTTGGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTGCTTGTCTAAAGTGTTCTGTGGGTTGGTTCTGGCTTTGGATT  728

seq1  TTGGCTTTGGATTCCTGGTAGTCATTGATAAGGCAGACTTCCTCCAGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTGGATTCCTGGTAGTCATTGATAAGGCAGACTTCCTCCAGCTT  778

seq1  GACCAAGTAGAGATTGATATTAGCATGGGATAATAGAGTTTATGATTGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGTAGAGATTGATATTAGCATGGGATAATAGAGTTTATGATTGAG  828

seq1  TCCCAGGGTCAGTACTATACACACAAATTGGAGTTGGAGTTACAGTCGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGTCAGTACTATACACACAAATTGGAGTTGGAGTTACAGTCGTG  878

seq1  GTAGCTTAGTAGTTGTTTGTTTTTAATCATGTTTTGTTTTGGACTGGGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTAGTAGTTGTTTGTTTTTAATCATGTTTTGTTTTGGACTGGGAT  928

seq1  TGAACCTTGGATCTCATGCGTGCTACATAAGCACCATTCTACTGAATTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTTGGATCTCATGCGTGCTACATAAGCACCATTCTACTGAATTAT  978

seq1  ATCCCTAGCCTTCCCTTTAAAACATTTGATTTGGACAAACAAGATGGCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTAGCCTTCCCTTTAAAACATTTGATTTGGACAAACAAGATGGCTT  1028

seq1  AGTGGGGCCAGGTGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCTAGCACTCGGGAGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGCCAGGTGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCTAGCACTCGGGAGG  1078

seq1  CAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  1128

seq1  ATTC  1153
      ||||
seq2  ATTC  1132

seq1: chr16_34907881_34909039
seq2: B6Ng01-102F02.g_67_1205

seq1  GAATTCAGGATCATCATATCCCGAGTGATTAACCCCACACCTGCTGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATCATCATATCCCGAGTGATTAACCCCACACCTGCTGGAGG  50

seq1  GATTCAAAACAAACAGGGACACCAACCTGCAGACTGGAGAACAAATTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAAAACAAACAGGGACACCAACCTGCAGACTGGAGAACAAATTATT  100

seq1  TCCTCCCGTTGTCCCTGTAGGACTAAAGGGAAGAAAGAGCGGGTAGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCGTTGTCCCTGTAGGACTAAAGGGAAGAAAGAGCGGGTAGCCAC  150

seq1  TCTGGATCCAAAGCCTGAGCTGTTTCCTCGGACTCCTCTCTTGGGGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATCCAAAGCCTGAGCTGTTTCCTCGGACTCCTCTCTTGGGGAGGT  200

seq1  GCAGTGAAGTTCCACTAGTTTATTTTTAGATCTGTCCCATGGTCTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAGTTCCACTAGTTTATTTTTAGATCTGTCCCATGGTCTCTCTA  250

seq1  AGCATGACATCACAGAACTTGCTTTGGGCCACTTAAAAACAAACAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGACATCACAGAACTTGCTTTGGGCCACTTAAAAACAAACAAACAA  300

seq1  ACAAACAAACAAGTCAAATCATAATCGTCAGGAAGGCTCAGGATCCACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAGTCAAATCATAATCGTCAGGAAGGCTCAGGATCCACGA  350

seq1  CTTCTTAGGCTACTGATAGGTCCACTGTGTGACTCTAGGCAGGCAGGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGGCTACTGATAGGTCCACTGTGTGACTCTAGGCAGGCAGGAGT  400

seq1  CGGCCAGTTCTCAGGAGATGTCTATAAATGGCATTGATGAGTGTAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCAGTTCTCAGGAGATGTCTATAAATGGCATTGATGAGTGTAGACAA  450

seq1  CGTGGACTTAGGGAGGTTCAACTTGGAATTTTCAATTTTATATTGTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGACTTAGGGAGGTTCAACTTGGAATTTTCAATTTTATATTGTTGTG  500

seq1  AGGAGCAGACAGACCCAGTCAGCATTGTGACCCCAAGATGTCTGTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGACAGACCCAGTCAGCATTGTGACCCCAAGATGTCTGTCAGCA  550

seq1  TTGTGACCCCAAGATCAAACAGCCAGTCCCCTACAGCAAGCTGTGTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACCCCAAGATCAAACAGCCAGTCCCCTACAGCAAGCTGTGTTGCT  600

seq1  AAGCTGCCATACTCTGCAGAGCTGTGTCACCGAGCTGCCATATTCTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCATACTCTGCAGAGCTGTGTCACCGAGCTGCCATATTCTATAG  650

seq1  AGCTATGTCTCTGAGCTTCAATGCTCTGTAGACCTGTGTCACTGAGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGTCTCTGAGCTTCAATGCTCTGTAGACCTGTGTCACTGAGCTGC  700

seq1  CATACTCTGTAGAACTGTGTCTCTGAGCTTCAGAGCTGTGTTTCTGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCTGTAGAACTGTGTCTCTGAGCTTCAGAGCTGTGTTTCTGAGCT  750

seq1  GCAATACTCTCTGTAGTATTCGGTTCACCAAATGCATTTTAAACTTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATACTCTCTGTAGTATTCGGTTCACCAAATGCATTTTAAACTTACCA  800

seq1  TACTTTGTTGCTTATAGTAGGTTTATAGGAAACCACACTAAGTTGAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTTGCTTATAGTAGGTTTATAGGAAACCACACTAAGTTGAGAAG  850

seq1  CATTGTGGTTGCACATATTGTTTTCAAGTTCTGTCTTCAAAACTCCCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGGTTGCACATATTGTTTTCAAGTTCTGTCTTCAAAACTCCCTGA  900

seq1  AACTCTGAGACAACCCTAGAGACAGGTGAAGGTGTGGGGCTTCAGGTAGA  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AACTCTGAGAC-ACCCTAGAGACAGGTGAA-GTGTGGGGCTTCA-GTAGA  947

seq1  GGCCTATTTACAGTTCAGATCCAGCTCCAAGTCTCAGGTGTCTACCTGTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||
seq2  GGCCTATTTACAGTTCAGATCCAGCTC--AGTCTCA-GTGTCTACCTGTG  994

seq1  CTGGCTTTTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTTATTTTCAGGTTGCCACAACTT  1050
      |||||||    ||||   ||||||   ||||||||||  |||| | ||||
seq2  CTGGCTT----TTGTGTGTTTTGT--GTTATTTTCAG--TGCC-CCACTT  1035

seq1  AGAGTCATCCAGAGATACTGTAACCTCAACTGAAAAAATGCCCCCATAAA  1100
      |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||| ||
seq2  AGAGTCAT-CAGAGA-ACTGTAACCTCCACTGAAAAAATTGCCCCAT-AA  1082

seq1  AATCAACCTGTAG-ACAA-TAGATGTCTAGAGAGCCCAGCCCACTGTGGG  1148
      |||||| ||| || |||| || ||||||||| |||| || ||| ||||||
seq2  AATCAA-CTGGAGAACAATTAAATGTCTAGA-AGCCAAG-CCAATGTGGG  1129

seq1  TGGTGTTTCCT  1159
      | |||||||||
seq2  T-GTGTTTCCT  1139