BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104K18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 48,719,781 - 48,874,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrat1, EG667501, Retnlb, Retnla, Retnlg
Upstream geneEG667741, EG639644, EG637273, Dppa4, Dppa2, EG433023, Morc1
Downstream gene2310047C04Rik, C330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik, LOC386061, EG216818, LOC628903, Ift57, LOC667796, LOC100043767, Cd47
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104K18.bB6Ng01-104K18.g
ACCDH912898DH912899
length1,211816
definitionDH912898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104K18, 5' end.DH912899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,873,342 - 48,874,552)(48,719,781 - 48,720,593)
sequence
gaattcatcaatgggatatgagccaggtttccaagttgggattgtgcttt
tgttatagtcttcatttcaaagctaggttctcagcttcctcattcttagg
ccagttggcagcaacgggcggtggcccagtccattgttgagcactgacag
tggcaagtatttccatcccggatatcccaagatccacagccatagccaca
agcacaaccagtgacagtcattcctgcatggtcatgtgagacacagatgt
cagagcccttggactgtaagcaatggggagtctcaacctgtcatttctta
ggaagcatatgagtagatctaggttttgcaggacatttgcagctattcaa
atttcacagttctcctcaagcaaactaattgcaagttacttaaactgaag
gacttgaaaggaggagtttcacagtctttgaattaatagcaaactcatcc
ctgttttggcccctcccctgcccatgatataaggaaatagattaggaaag
aaatgaaggctatatccatggccaggcagatgaagaacaggaagggctgt
catgtggtggcatgaaggaagaagtgacagaaagggcaaaacccaaaagt
cctttagtagcatccttggggaactgaaaatcaggaacaggtgtctacac
acctggaactatagctcaggtccgtggtagtacaaacctgagttaggaga
aggtggtatccctccttgagcacttactcaccagaaggacaggaggccag
tctgcctgaagccgtgatactagtacaggagaaagtctttgttacagtgg
agggacagtcatctgagggagagagaaagaaaagtgacattgcccatgat
ttttctcacaactcccttgtattccctcttgtatcttaaaggttgtcact
gtttccataaatagtccacttaccagcttttaagatccagcttcttcatt
tgtgaagagaaagtcatagttgtacttacctcataaagttgcctgtgaaa
attgcatgaactaactgaatgctttatgttcataaattacagtccctatc
ctgatcagaaccatggagcttcttattgagaggtctaaaggttagggtgg
tgcttgggaagagatggctcaccagttagacactgactcactcttcccct
aggagtgtagttcaattcacccaaccatacggggttcccacatttcggta
tgggatccaat
gaattcttgggtagcaggatttgtgtcttggctcgcctgacttcactaca
gcgctttcctgagctgttttggaagtgtctcagaacaagggggaaatgtc
agagtaactgctgctgtccagcatgacaggaaatgaccattgtgggtggg
gattttgataggatttcaggacctggtcaaactcaggaaaatactgtttc
taacatactgagcatggttcagctcatggaggaatgtcacatctttaatg
taacatggcaaatgtatcatgaacagactgttctgtggcaagaagccttc
aaaacacaccaaaatgagaaaaagaacattactcaataacttaggaaatt
tctagtatatccaacagctgtttgttattaggcttgtttgttgggctctc
ccaacccgaactcccaaatctacagatgaaagaaaaaaagttattataaa
taaaccgtgattaagttaatatagccaagagacccagtagattctgtgtg
cttatatttaattttggaggaatggagtgaattttgaatttcagccttgc
tttgtttgtacctctcttcagcaaaggtcctttccctatacagaatacaa
gtattgatcattacacaaaatgatcatttcatctgagcactcccaaatgt
tgagttaaaaagtgggccctttgttgctgacacatgcgcacgtgctattg
aacaaaatgcagatgcaaattgctggtttttgtattctctatcttgtgga
agcctccctttataatcaaatggggcgtttaattcccttgattagcggaa
ggacatttccccaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_48873342_48874552
seq2: B6Ng01-104K18.b_46_1256 (reverse)

seq1  ATTGGATCCCATTACAGATAGTTGTGAACCACCGTGTGGTTGCTGGGAAT  50
      ||||||||||| ||| || |  || ||||| |||| ||||||  | ||||
seq2  ATTGGATCCCA-TACCGAAATGTGGGAACC-CCGTATGGTTG-GGTGAAT  47

seq1  TGAACTCAGCTCTTCTGGG-AGAGT-AGTCAGTGTTCTTAACTGCTGAGC  98
      ||||||   ||| |  ||| ||||| |||||||||   |||||| |||||
seq2  TGAACTACACTCCTAGGGGAAGAGTGAGTCAGTGT--CTAACTGGTGAGC  95

seq1  CATCTCT--CCAACCACCACCCTACCCTTTAGACCTCTTCAATAAG-AGC  145
      |||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||
seq2  CATCTCTTCCCAAGCACCACCCTAACCTTTAGACCTC-TCAATAAGAAGC  144

seq1  TCCATGTTCTTGATCAGGATAGGGACTGTAATTTATGAACATAAAGCATT  195
      |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGTTCTGATCAGGATAGGGACTGTAATTTATGAACATAAAGCATT  194

seq1  CAGTTAGTTCATGCAATTTTCACAGGCAACTTTATGAGGTAAGTACAACT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGTTCATGCAATTTTCACAGGCAACTTTATGAGGTAAGTACAACT  244

seq1  ATGACTTTCTCTTCACAAATGAAGAAGCTGGATCTTAAAAGCTGGTAAGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTCTCTTCACAAATGAAGAAGCTGGATCTTAAAAGCTGGTAAGT  294

seq1  GGACTATTTATGGAAACAGTGACAACC-TTAAGATACAAGAGGGAATACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATTTATGGAAACAGTGACAACCTTTAAGATACAAGAGGGAATACA  344

seq1  AGGGAGTTGTGAGAAAAATCATGGGCAATGTCACTTTTCTTTCTCTCTCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTTGTGAGAAAAATCATGGGCAATGTCACTTTTCTTTCTCTCTCC  394

seq1  CTCAGATGACTGTCCCTCCACTGTAACAAAGACTTTCTCCTGTACTAGTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGACTGTCCCTCCACTGTAACAAAGACTTTCTCCTGTACTAGTA  444

seq1  TCACGGCTTCAGGCAGACTGGCCTCCTGTCCTTCTGGTGAGTAAGTGCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGCTTCAGGCAGACTGGCCTCCTGTCCTTCTGGTGAGTAAGTGCTC  494

seq1  AAGGAGGGATACCACCTTCTCCTAACTCAGGTTTGTACTACCACGGACCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGATACCACCTTCTCCTAACTCAGGTTTGTACTACCACGGACCT  544

seq1  GAGCTATAGTTCCAGGTGTGTAGACACCTGTTCCTGATTTTCAGTTCCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATAGTTCCAGGTGTGTAGACACCTGTTCCTGATTTTCAGTTCCCC  594

seq1  AAGGATGCTACTAAAGGACTTTTGGGTTTTGCCCTTTCTGTCACTTCTTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGCTACTAAAGGACTTTTGGGTTTTGCCCTTTCTGTCACTTCTTC  644

seq1  CTTCATGCCACCACATGACAGCCCTTCCTGTTCTTCATCTGCCTGGCCAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGCCACCACATGACAGCCCTTCCTGTTCTTCATCTGCCTGGCCAT  694

seq1  GGATATAGCCTTCATTTCTTTCCTAATCTATTTCCTTATATCATGGGCAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATAGCCTTCATTTCTTTCCTAATCTATTTCCTTATATCATGGGCAG  744

seq1  GGGAGGGGCCAAAACAGGGATGAGTTTGCTATTAATTCAAAGACTGTGAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGGCCAAAACAGGGATGAGTTTGCTATTAATTCAAAGACTGTGAA  794

seq1  ACTCCTCCTTTCAAGTCCTTCAGTTTAAGTAACTTGCAATTAGTTTGCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCCTTTCAAGTCCTTCAGTTTAAGTAACTTGCAATTAGTTTGCTT  844

seq1  GAGGAGAACTGTGAAATTTGAATAGCTGCAAATGTCCTGCAAAACCTAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAACTGTGAAATTTGAATAGCTGCAAATGTCCTGCAAAACCTAGA  894

seq1  TCTACTCATATGCTTCCTAAGAAATGACAGGTTGAGACTCCCCATTGCTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCATATGCTTCCTAAGAAATGACAGGTTGAGACTCCCCATTGCTT  944

seq1  ACAGTCCAAGGGCTCTGACATCTGTGTCTCACATGACCATGCAGGAATGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCAAGGGCTCTGACATCTGTGTCTCACATGACCATGCAGGAATGA  994

seq1  CTGTCACTGGTTGTGCTTGTGGCTATGGCTGTGGATCTTGGGATATCCGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTGGTTGTGCTTGTGGCTATGGCTGTGGATCTTGGGATATCCGG  1044

seq1  GATGGAAATACTTGCCACTGTCAGTGCTCAACAATGGACTGGGCCACCGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAATACTTGCCACTGTCAGTGCTCAACAATGGACTGGGCCACCGC  1094

seq1  CCGTTGCTGCCAACTGGCCTAAGAATGAGGAAGCTGAGAACCTAGCTTTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGCTGCCAACTGGCCTAAGAATGAGGAAGCTGAGAACCTAGCTTTG  1144

seq1  AAATGAAGACTATAACAAAAGCACAATCCCAACTTGGAAACCTGGCTCAT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGACTATAACAAAAGCACAATCCCAACTTGGAAACCTGGCTCAT  1194

seq1  ATCCCATTGATGAATTC  1211
      |||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTGATGAATTC  1211

seq1: chr16_48719781_48720593
seq2: B6Ng01-104K18.g_69_884

seq1  GAATTCTTGGGTAGCAGGATTTGTGTCTTGGCTCGCCTGACTTCACTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGGTAGCAGGATTTGTGTCTTGGCTCGCCTGACTTCACTACA  50

seq1  GCGCTTTCCTGAGCTGTTTTGGAAGTGTCTCAGAACAAGGGGGAAATGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTTCCTGAGCTGTTTTGGAAGTGTCTCAGAACAAGGGGGAAATGTC  100

seq1  AGAGTAACTGCTGCTGTCCAGCATGACAGGAAATGACCATTGTGGGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAACTGCTGCTGTCCAGCATGACAGGAAATGACCATTGTGGGTGGG  150

seq1  GATTTTGATAGGATTTCAGGACCTGGTCAAACTCAGGAAAATACTGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGATAGGATTTCAGGACCTGGTCAAACTCAGGAAAATACTGTTTC  200

seq1  TAACATACTGAGCATGGTTCAGCTCATGGAGGAATGTCACATCTTTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATACTGAGCATGGTTCAGCTCATGGAGGAATGTCACATCTTTAATG  250

seq1  TAACATGGCAAATGTATCATGAACAGACTGTTCTGTGGCAAGAAGCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGCAAATGTATCATGAACAGACTGTTCTGTGGCAAGAAGCCTTC  300

seq1  AAAACACACCAAAATGAGAAAAAGAACATTACTCAATAACTTAGGAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACACCAAAATGAGAAAAAGAACATTACTCAATAACTTAGGAAATT  350

seq1  TCTAGTATATCCAACAGCTGTTTGTTATTAGGCTTGTTTGTTGGGCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTATATCCAACAGCTGTTTGTTATTAGGCTTGTTTGTTGGGCTCTC  400

seq1  CCAACCCGAACTCCCAAATCTACAGATGAAAGAAAAAAAGTTATTATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCGAACTCCCAAATCTACAGATGAAAGAAAAAAAGTTATTATAAA  450

seq1  TAAACCGTGATTAAGTTAATATAGCCAAGAGACCCAGTAGATTCTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCGTGATTAAGTTAATATAGCCAAGAGACCCAGTAGATTCTGTGTG  500

seq1  CTTATATTTAATTTTGGAGGAATGGAGTGAATTTTGAATTTCAGCCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTTAATTTTGGAGGAATGGAGTGAATTTTGAATTTCAGCCTTGC  550

seq1  TTTGTTTGTACCTCTCTTCAGCAAAGGTCCTTTCCCTATACAGAATACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTACCTCTCTTCAGCAAAGGTCCTTTCCCTATACAGAATACAA  600

seq1  GTATTGATCATTACACAAAATGATCATTTCATCTGAGCACTCCCAAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGATCATTACACAAAATGATCATTTCATCTGAGCACTCCCAAATGT  650

seq1  TGAGTTAAAAAGTGGGCCCTTTGTTGCTGACACATGCGCAGGTGCTATTG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGAGTTAAAAAGTGGGCCCTTTGTTGCTGACACATGCGCACGTGCTATTG  700

seq1  AACAAAATGCAGATGCAAATAGCTGGTTCTTGTATTCTTCTATCTTGTGG  750
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  AACAAAATGCAGATGCAAATTGCTGGTTTTTGTATTC-TCTATCTTGTGG  749

seq1  AAG-CTTCCTTTATAATCAAGT-GGGCGTTTAATTCCCTTGATTAGCGG-  797
      ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGCCTCCCTTTATAATCAAATGGGGCGTTTAATTCCCTTGATTAGCGGA  799

seq1  AGGACATTACCCAAAT-  813
      |||||||| ||| ||| 
seq2  AGGACATTTCCCCAATT  816