BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105I08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 33,969,941 - 34,159,909
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKalrn, LOC100043670
Upstream geneLrch3, Iqcg, Rpl35a, Lmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13, Itgb5, Umps
Downstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105I08.bB6Ng01-105I08.g
ACCDH913522DH913523
length921820
definitionDH913522|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105I08, 5' end.DH913523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,969,941 - 33,970,863)(34,159,095 - 34,159,909)
sequence
gaattcaaatatagacttctgagtaaacagagtcacataaattatagtct
caatgcatttcatactttgttcatttggccatgtggacttcagaagtcaa
caaatcaactcccatgtgacgagaattctccatgtattatccctaatggt
tttgaatggtcctaaatggttttccagtagaaaaactgacccacctgggc
tgcctgaaaaatggatagatttctgcatatgagcaataacatatacatac
atattatacactatatacatgctcagatgtacatatatcaatattttcca
acagtttgccctccattgccactgttctctgcataaatagcattttctca
agggtatggttagtttttcacagtctttctatttattcctcttctagttt
tattgactttcccacagagtcgtctaacgttcagcagaaacagaagtaaa
agcaccagggttttgatttaaaaaaaaaaaaattcaaacacagaggtgaa
agatatggcttaagttagtaagagaagacttgagattcgtagccacagtc
tttgaggtcacagtaacggtcttcatggactccgacatgcggacttagtt
atttgatggaaatgggggattaatgcagctcctatccctgcactggcaga
tctacttggttaaattaacactcaggagttccaagacttgctatctaaac
ctttccttgcgctccccccttgtgaactgttgggttggtcattcaaataa
aaatgaaatctgaccacagcattggaagttcttgacaatagcctgggagt
gtttatttttaggctttaattaatgtcatttagataaagcattgtagtgg
aattgaccgttttcttctcctataatgtcaacttatattaaaaaatagag
aaaaatgtctttttaacaaat
gaattcattccagcactgtctcatggctgaagcttggcttggtgccagtt
gctttcaaggattacataagaacctgtgaggtcatgtgattggtttctcc
agtggactttaagtccacaaggataaaaacatgttggtctcacacctcta
ctgcatcaccaaatcttagcagtgctagctcacagctgacttttgataaa
tactcattaaatacatagtggcgagtgagcaacagttggactcaaggtgg
tgtgtttggcatcatggtcaaagagtcaggacattaaatctgggaggatc
agagatggttccacacatggctttgctaccagaacatactagggaaatga
agacattgggagagggaggaagctcagttccgacagggaagtataagata
actggggcaaggagaataagtttcctaggttaaagttaagtgtttatgtg
gtgggtcatttccctaggtttgtgaacatgagtgcacttttggcccagtc
tctggaagccaatatgctgccatgtcctgtgtgtaattcattctctcttg
ccaccttgcaggcattgtagaaggtctgcccttgagcatgacttcccatt
gtttgtgtcatgttggaaatttgtccctgggtgtgtcaggaacagcaaca
tgcctctgaaccatagcagcatcccccaaagaccttacacttccaacagt
ttcaatcccttgccttccttttctgtgtccctcgtgtgtcccccccccca
ccccccgcttcttgtgcccctaggtgcctgcagacctctcctctctggta
tacatgtaaacatctttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_33969941_33970863
seq2: B6Ng01-105I08.b_49_969

seq1  GAATTCAAATATAGACTTCTGAGTAAACAGAGTCACATAAATTATAGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATATAGACTTCTGAGTAAACAGAGTCACATAAATTATAGTCT  50

seq1  CAATGCATTTCATACTTTGTTCATTTGGCCATGTGGACTTCAGAAGTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCATTTCATACTTTGTTCATTTGGCCATGTGGACTTCAGAAGTCAA  100

seq1  CAAATCAACTCCCATGTGACGAGAATTCTCCATGTATTATCCCTAATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAACTCCCATGTGACGAGAATTCTCCATGTATTATCCCTAATGGT  150

seq1  TTTGAATGGTCCTAAATGGTTTTCCAGTAGAAAAACTGACCCACCTGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGGTCCTAAATGGTTTTCCAGTAGAAAAACTGACCCACCTGGGC  200

seq1  TGCCTGAAAAATGGATAGATTTCTGCATATGAGCAATAACATATACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAAAAATGGATAGATTTCTGCATATGAGCAATAACATATACATAC  250

seq1  ATATTATACACTATATACATGCTCAGATGTACATATATCAATATTTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATACACTATATACATGCTCAGATGTACATATATCAATATTTTCCA  300

seq1  ACAGTTTGCCCTCCATTGCCACTGTTCTCTGCATAAATAGCATTTTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGCCCTCCATTGCCACTGTTCTCTGCATAAATAGCATTTTCTCA  350

seq1  AGGGTATGGTTAGTTTTTCACAGTCTTTCTATTTATTCCTCTTCTAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGGTTAGTTTTTCACAGTCTTTCTATTTATTCCTCTTCTAGTTT  400

seq1  TATTGACTTTCCCACAGAGTCGTCTAACGTTCAGCAGAAACAGAAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGACTTTCCCACAGAGTCGTCTAACGTTCAGCAGAAACAGAAGTAAA  450

seq1  AGCACCAGGGTTTTGATTTAAAAAAAAAAAAATTCAAACACAGAGGTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAGGGTTTTGATTTAAAAAAAAAAAAATTCAAACACAGAGGTGAA  500

seq1  AGATATGGCTTAAGTTAGTAAGAGAAGACTTGAGATTCGTAGCCACAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGCTTAAGTTAGTAAGAGAAGACTTGAGATTCGTAGCCACAGTC  550

seq1  TTTGAGGTCACAGTAACGGTCTTCATGGACTCCGACATGCGGACTTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGTCACAGTAACGGTCTTCATGGACTCCGACATGCGGACTTAGTT  600

seq1  A-TTGATGGAAATGGGGGATTAATGCAGCTCCTATCCCTGCACTGGCAGA  649
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGGAAATGGGGGATTAATGCAGCTCCTATCCCTGCACTGGCAGA  650

seq1  TCTACTTGGTTAAATTAACACTCAGGAGTTCCAAGACTTGCTATCTAAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTGGTTAAATTAACACTCAGGAGTTCCAAGACTTGCTATCTAAAC  700

seq1  CTTTCCTTGCGCTCCCCCCTTGTGAACTGTTGGGTTGGTCATTCAGATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTCCTTGCGCTCCCCCCTTGTGAACTGTTGGGTTGGTCATTCAAATAA  750

seq1  AAATGAAATCTGACCACAGCA-TGGAAGTTCTTGACAATAGCCTGGGAGT  798
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATCTGACCACAGCATTGGAAGTTCTTGACAATAGCCTGGGAGT  800

seq1  G-TTAATTTTAGGCTTTTAATTAATGTCATTTAAGATTAAAGCATTGTAG  847
      | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  GTTTATTTTTAGGC-TTTAATTAATGTCATTT-AGA-TAAAGCATTGTAG  847

seq1  TGGAA-TGACCGTTTTCTTCTCCTATAATGTCAACTTATATTTAAAAAAT  896
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGAATTGACCGTTTTCTTCTCCTATAATGTCAACTTATA-TTAAAAAAT  896

seq1  AAGAGAAAAATGTCTTTTATAACAAAT  923
       ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  -AGAGAAAAATGTCTTTT-TAACAAAT  921

seq1: chr16_34159095_34159909
seq2: B6Ng01-105I08.g_69_888 (reverse)

seq1  AGCAAAGATGATTACATGTATACCAGAGAGGAGAGGTCTGCAGACAACTA  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  AGCAAAGATGTTTACATGTATACCAGAGAGGAGAGGTCTGCAGGCACCTA  50

seq1  GGGGC-CCAGGAGCGGGGGGTGGGGGGGGGGACACACGAGGGACACAGAA  99
      ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACAAGAAGCGGGGGGTGGGGGGGGGGACACACGAGGGACACAGAA  100

seq1  CAGG-AGGCAA-GGATTGAAACTGTTGGAAGTGTAAGGTC-TTGGGGGAT  146
       ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGAAGGCAAGGGATTGAAACTGTTGGAAGTGTAAGGTCTTTGGGGGAT  150

seq1  GCTGCTATGGTTCAGAGGCATGTTGCTGTTCCTGACACACCCAGGGACAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTATGGTTCAGAGGCATGTTGCTGTTCCTGACACACCCAGGGACAA  200

seq1  ATTTCCAACATGACAC-AACAATGGGAAGTCATGCTCAAGGGCAGACCTT  245
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAACATGACACAAACAATGGGAAGTCATGCTCAAGGGCAGACCTT  250

seq1  CTACAATGCCTGCAAGGTGGCAAGAGAGAATGAATTACACACAGGACATG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGCCTGCAAGGTGGCAAGAGAGAATGAATTACACACAGGACATG  300

seq1  GCAGCATATTGGCTTCCAGAGACTGGGCCAAAAGTGCACTCATGTTCACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATATTGGCTTCCAGAGACTGGGCCAAAAGTGCACTCATGTTCACA  350

seq1  AACCTAGGGAAATGACCCACCACATAAACACTTAACTTTAACCTAGGAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGGGAAATGACCCACCACATAAACACTTAACTTTAACCTAGGAAA  400

seq1  CTTATTCTCCTTGCCCCAGTTATCTTATACTTCCCTGTCGGAACTGAGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTCCTTGCCCCAGTTATCTTATACTTCCCTGTCGGAACTGAGCT  450

seq1  TCCTCCCTCTCCCAATGTCTTCATTTCCCTAGTATGTTCTGGTAGCAAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCTCTCCCAATGTCTTCATTTCCCTAGTATGTTCTGGTAGCAAAG  500

seq1  CCATGTGTGGAACCATCTCTGATCCTCCCAGATTTAATGTCCTGACTCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTGGAACCATCTCTGATCCTCCCAGATTTAATGTCCTGACTCTT  550

seq1  TGACCATGATGCCAAACACACCACCTTGAGTCCAACTGTTGCTCACTCGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGATGCCAAACACACCACCTTGAGTCCAACTGTTGCTCACTCGC  600

seq1  CACTATGTATTTAATGAGTATTTATCAAAAGTCAGCTGTGAGCTAGCACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTATTTAATGAGTATTTATCAAAAGTCAGCTGTGAGCTAGCACT  650

seq1  GCTAAGATTTGGTGATGCAGTAGAGGTGTGAGACCAACATGTTTTTATCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGATTTGGTGATGCAGTAGAGGTGTGAGACCAACATGTTTTTATCC  700

seq1  TTGTGGACTTAAAGTCCACTGGAGAAACCAATCACATGACCTCACAGGTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGACTTAAAGTCCACTGGAGAAACCAATCACATGACCTCACAGGTT  750

seq1  CTTATGTAATCCTTGAAAGCAACTGGCACCAAGCCAAGCTTCAGCCATGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTAATCCTTGAAAGCAACTGGCACCAAGCCAAGCTTCAGCCATGA  800

seq1  GACAGTGCTGGAATGAATTC  815
      ||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGCTGGAATGAATTC  820