BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107M04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 65,016,766 - 65,134,821
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtr1f
Upstream geneCkt2, 4930453N24Rik, Zfp654, LOC433036, Cggbp1, LOC668242, LOC100043815, LOC677448, LOC668247
Downstream geneLOC672931, Pou1f1, Chmp2b, EG383186, Vgll3, LOC664846
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107M04.bB6Ng01-107M04.g
ACCDH915131DH915132
length755880
definitionDH915131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107M04, 5' end.DH915132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,016,766 - 65,017,524)(65,133,856 - 65,134,821)
sequence
gaattcaaggccagcttggtctatatagtaagttctaagatagccagagc
cacatagagagaacctgtcacaaaacttaaaacaacaacaacaacaacaa
caaaaaaaaccaaaaaaaaccccaacaacaaacaaataaacaaaaaacaa
aaaaattcaacaaaaagaaggaaaaatagaatgaaagaaagtaaaacaag
gacacaatgtatgtattttactaacttcagaattcatctagtcagcttct
acacggtgacctaaatagtatagctttaatttttttttaatttaaaagtt
taaaaattaccttttattttttgagattccatatactactcctttcaaat
tcatggcctctttttttttcattaattcaattgtagacacatgcacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacca
tctgcttagcctgtatgatgttacctgcgggtatgttttcacaggtcaac
atttggtcttagataactgaggggtgtgcttttacctggttaagactctt
accccattactctcaacagttttttagttgcctgtagctgttagtataag
gttgaggctctatgatttgttctcatgcccactttgacatatctcttgtg
cttattcagctcatgtttactcttaaactatgttcctttgggctagaaga
atgtgcatgctcatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatg
tgtgt
gaattcacatataggttactgactttcaaaatcatgaatgtcatggcact
ctccactattaataatattgaataacagatgatagcttataacatactgt
gtcgcagtgatcctcccattctcttaggctttgcaaaatctacaaaatca
aaaggtgggccctactctcactaagactatctcagagacatttgcacatt
catgtttatttttagcactctttgtaataccaagatacagggccagccta
gatgtcacaaacaaaagaaaggataatgagtatgtgatccatatatgggc
aggggatacataggtgtgttttatttaggaataaataagtattgtgttgc
ttgcaagaaaatatatgcaattggagatcatcatgttaaataaagtaagc
taggcctggtggtaaatacatgtactgttcttgcacagaggacccaagtt
cagtttccagtacccatactaggcagctcacaactgaatataactccagc
atcagtatcactagtatagccagtactgtctcctggactctactatttta
catagatagatgagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagaccatatatatgcattatataatatataccac
atatataatataaaatatatacataatatgtatataatgaatgaaggcag
agaggaaatggcctaaagatgtgaacaagagaaggaaattgtggctaaga
gaacaaaatacagcttgttttctctcctatgcagatccaaatacaagcta
tgcatacatggtcaacattaagaatacttaaagaaagaaataggttggga
gtgggagaagcgaagggagcaaattgagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_65016766_65017524
seq2: B6Ng01-107M04.b_44_798

seq1  GAATTCAAGGCCAGCTTGGTCTATATAGTAAGTTCTAAGATAGCCAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCTTGGTCTATATAGTAAGTTCTAAGATAGCCAGAGC  50

seq1  CACATAGAGAGAACCTGTCACAAAACTTAAAACAACAACAACAACAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGAGAGAACCTGTCACAAAACTTAAAACAACAACAACAACAACAA  100

seq1  CAAAAAAAACCAAAAAAAACCCCAACAACAAACAAATAAACAAAAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAACCAAAAAAAACCCCAACAACAAACAAATAAACAAAAAACAA  150

seq1  AAAAATTCAACAAAAAGAAGGAAAAATAGAATGAAAGAAAGTAAAACAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCAACAAAAAGAAGGAAAAATAGAATGAAAGAAAGTAAAACAAG  200

seq1  GACACAATGTATGTATTTTACTAACTTCAGAATTCATCTAGTCAGCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAATGTATGTATTTTACTAACTTCAGAATTCATCTAGTCAGCTTCT  250

seq1  ACACGGTGACCTAAATAGTATAGCTTTAATTTTTTTTTAATTTAAAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGTGACCTAAATAGTATAGCTTTAATTTTTTTTTAATTTAAAAGTT  300

seq1  TAAAAATTACCTTTTATTTTTTGAGATTCCATATACTACTCCTTTCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTACCTTTTATTTTTTGAGATTCCATATACTACTCCTTTCAAAT  350

seq1  TCATGGCCTCTTTTTTTTTCATTAATTCAATTGTAGACACATGCACACAC  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||
seq2  TCATGGCCTCTTTTTTTTTCATTAATTCAATTGTAGACACATG----CAC  396

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACAC  446

seq1  ACCATCTGCTTAGCCTGTATGATGTTACCTGCGGGTATGTTTTCACAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGCTTAGCCTGTATGATGTTACCTGCGGGTATGTTTTCACAGGT  496

seq1  CAACATTTGGTCTTAGATAACTGAGGGGTGTGCTTTTACCTGGTTAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTGGTCTTAGATAACTGAGGGGTGTGCTTTTACCTGGTTAAGAC  546

seq1  TCTTACCCCATTACTCTCAACAGTTTTTTAGTTGCCTGTAGCTGTTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCCCATTACTCTCAACAGTTTTTTAGTTGCCTGTAGCTGTTAGTA  596

seq1  TAAGGTTGAGGCTCTATGATTTGTTCTCATGCCCACTTTGACATATCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGAGGCTCTATGATTTGTTCTCATGCCCACTTTGACATATCTCT  646

seq1  TGTGCTTATTCAGCTCATGTTTACTCTTAAACTATGTTCCTTTGGGCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTATTCAGCTCATGTTTACTCTTAAACTATGTTCCTTTGGGCTAG  696

seq1  AAGAATGTGCATGCTCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTGCATGCTCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  746

seq1  TATGTGTGT  759
      |||||||||
seq2  TATGTGTGT  755

seq1: chr16_65133856_65134821
seq2: B6Ng01-107M04.g_68_947 (reverse)

seq1  TACTCAATTTGCATTTCCTTTTTACAAATTTTAAAAGATTAATTATTTTA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CCTGGCATATTAAAAAAATAGACTTTGTTATACTTTACTCATATTTGCTC  100
                                         |||||| ||||||||
seq2  -----------------------------------TACTCA-ATTTGCTC  14

seq1  CCTTACGCTTCTCCCACTCCC-ACCTATTTCTTTCTTTAAGTATTCTTAA  149
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTT-CGCTTCTCCCACTCCCAACCTATTTCTTTCTTTAAGTATTCTTAA  63

seq1  TGTTGACCATGTATGCATAGCTTGTATTTGGATCTGCATAGGAGAGAAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACCATGTATGCATAGCTTGTATTTGGATCTGCATAGGAGAGAAAA  113

seq1  CAAGCTGTATTTTGTTCTCTTAGCCACAATTACCTTCTCTTGTTCACATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTATTTTGTTCTCTTAGCCACAATTTCCTTCTCTTGTTCACATC  163

seq1  TTTAGGCCATTTCCTCTCTGCCTTCATTCATTATATACATATTATGTATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCCATTTCCTCTCTGCCTTCATTCATTATATACATATTATGTATA  213

seq1  TATTTTATATTATATATGTGGTATATATTATATAATGCATATATATGGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATATTATATATGTGGTATATATTATATAATGCATATATATGGTC  263

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  313

seq1  TCTCTCATCTATCTATGTAAAATAGTAGAGTCCAGGAGACAGTACTGGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATCTATCTATGTAAAATAGTAGAGTCCAGGAGACAGTACTGGCT  363

seq1  ATACTAGTGATACTGATGCTGGAGTTATATTCAGTTGTGAGCTGCCTAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGTGATACTGATGCTGGAGTTATATTCAGTTGTGAGCTGCCTAGT  413

seq1  ATGGGTACTGGAAACTGAACTTGGGTCCTCTGTGCAAGAACAGTACATGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTACTGGAAACTGAACTTGGGTCCTCTGTGCAAGAACAGTACATGT  463

seq1  ATTTACCACCAGGCCTAGCTTACTTTATTTAACATGATGATCTCCAATTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCACCAGGCCTAGCTTACTTTATTTAACATGATGATCTCCAATTG  513

seq1  CATATATTTTCTTGCAAGCAACACAATACTTATTTATTCCTAAATAAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTTTCTTGCAAGCAACACAATACTTATTTATTCCTAAATAAAAC  563

seq1  ACACCTATGTATCCCCTGCCCATATATGGATCACATACTCATTATCCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTATGTATCCCCTGCCCATATATGGATCACATACTCATTATCCTTT  613

seq1  CTTTTGTTTGTGACATCTAGGCTGGCCCTGTATCTTGGTATTACAAAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTGTGACATCTAGGCTGGCCCTGTATCTTGGTATTACAAAGAG  663

seq1  TGCTAAAAATAAACATGAATGTGCAAATGTCTCTGAGATAGTCTTAGTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAAATAAACATGAATGTGCAAATGTCTCTGAGATAGTCTTAGTGA  713

seq1  GAGTAGGGCCCACCTTTTGATTTTGTAGATTTTGCAAAGCCTAAGAGAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGGCCCACCTTTTGATTTTGTAGATTTTGCAAAGCCTAAGAGAAT  763

seq1  GGGAGGATCACTGCGACACAGTATGTTATAAGCTATCATCTGTTATTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATCACTGCGACACAGTATGTTATAAGCTATCATCTGTTATTCAA  813

seq1  TATTATTAATAGTGGAGAGTGCCATGACATTCATGATTTTGAAAGTCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTAATAGTGGAGAGTGCCATGACATTCATGATTTTGAAAGTCAGT  863

seq1  AACCTATATGTGAATTC  966
      |||||||||||||||||
seq2  AACCTATATGTGAATTC  880