BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108H06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 33,547,435 - 33,689,480
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc12a8, 4632417D23Rik
Upstream geneLOC385820, Tfrc, Tnk2, ENSMUSG00000075265, LOC672302, Muc4, Muc20, 1700021K19Rik, Fyttd1, Lrch3, EG625660, Iqcg, Rpl35a, Lmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148
Downstream geneHeg1, Muc13, Itgb5, Umps, Kalrn, LOC100043670, Ropn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108H06.bB6Ng01-108H06.g
ACCDH915636DH915637
length1,03067
definitionDH915636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108H06, 5' end.DH915637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,688,451 - 33,689,480)(33,547,435 - 33,547,501)
sequence
gaattcaacacttcatatcagtgaaaacgaatgagctaccccaggcacct
gtaatctatggattggtgtgtgtatatgtacatatacatatacatataca
tatacatatacttatacatatacatatacatatacatatacatatacata
tacatatgcatgttgtgtatcataataacaatataagacatcattctata
catttatacacttaagcactttcatgggcaatccctctgctcattaaaat
aatcttaaaatcttctctcttggagctggagagatggctcagaggttcag
agtgtacaatgttctttcagaggccctgagttctgttccaagagcccaca
ctgggcagcttacaaccatctgcctctggcctccacaggcacctgcacac
acatgcatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acatactcacatacacatgcacacaaacatgcacacacttaaaattaaaa
atattttgaaattatttttgtgtatttttgtggtttttctgttttgtttt
gttttatgtgcactgatgttaggcttgcatgtatgtctgttgagggtgcc
agatcccttgggagctagagttacagacagttgtgaattaccatgtgggt
gctgggaattgaaccccggtcctctggaagagcagccagtactcttaacc
actgagccatctctccagccttagaaattatttttggaaaagctctctcc
tgtcaacatcttgattgccacctcgttctagtcagggtccccaacttcac
gccaggatgttgagccggagagcctcctaagggtctataacaaggttttc
ctgtcctttcagatgagaaacagagacctcataacgtggtgagatgggct
aatgaatttgattgaaatcatacccagtttcttcctttccctgtaaccta
accttgctaggtttcgtctcccataaagggagattaatgagaagcaatac
ccttggcaggactttgagggtgaaatgggg
actaattctggctaggaattcctggagctccctctgtgtgcctccttttt
ttggggggggggggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_33688451_33689480
seq2: B6Ng01-108H06.b_45_1074 (reverse)

seq1  CCCCATTTCACCCTCAAAGTCCTGCCAGGGGTATTGCTTCTCATTAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTCACCCTCAAAGTCCTGCCAAGGGTATTGCTTCTCATTAATCT  50

seq1  CCCTTTATGGGAGACGAAACCTAGCAAGGTTAGGTTACAGGGAAAGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCCTTTATGGGAGACGAAACCTAGCAAGGTTAGGTTACAGGGAAAGGAA-  99

seq1  GAAACTGGGTATGATTTCAATCAAATTCATTAGCCCATCTCACCACGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGGGTATGATTTCAATCAAATTCATTAGCCCATCTCACCACGTTA  149

seq1  TGAGGTCTCTGTTTCTCATCTG-AAGGACAGGAAAACCTTGTTATAGACC  199
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTCTGTTTCTCATCTGAAAGGACAGGAAAACCTTGTTATAGACC  199

seq1  CTTAGGAGGCTCTCCGGCTCAACATCCTGGCGTGAAGTTGGGGACCCTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGGCTCTCCGGCTCAACATCCTGGCGTGAAGTTGGGGACCCTGA  249

seq1  CTAGAACGAGGTGGCAATCAAGATGTTGACAGGAGAGAGCTTTTCCAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACGAGGTGGCAATCAAGATGTTGACAGGAGAGAGCTTTTCCAAAA  299

seq1  ATAATTTCTAAGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGTACTGGCTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCTAAGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGTACTGGCTGC  349

seq1  TCTTCCAGAGGACCGGGGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGTAATTCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGAGGACCGGGGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGTAATTCACA  399

seq1  ACTGTCTGTAACTCTAGCTCCCAAGGGATCTGGCACCCTCAACAGACATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGTAACTCTAGCTCCCAAGGGATCTGGCACCCTCAACAGACATA  449

seq1  CATGCAAGCCTAACATCAGTGCACATAAAACAAAACAAAACAGAAAAACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGCCTAACATCAGTGCACATAAAACAAAACAAAACAGAAAAACC  499

seq1  ACAAAAATACACAAAAATAATTTCAAAATATTTTTAATTTTAAGTGTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATACACAAAAATAATTTCAAAATATTTTTAATTTTAAGTGTGTG  549

seq1  CATGTTTGTGTGCATGTGTATGTGAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTGTGTGCATGTGTATGTGAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  599

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCATGTGTGTGCAGGTGCCTGTGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCATGTGTGTGCAGGTGCCTGTGGA  649

seq1  GGCCAGAGGCAGATGGTTGTAAGCTGCCCAGTGTGGGCTCTTGGAACAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGGCAGATGGTTGTAAGCTGCCCAGTGTGGGCTCTTGGAACAGA  699

seq1  ACTCAGGGCCTCTGAAAGAACATTGTACACTCTGAACCTCTGAGCCATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGGCCTCTGAAAGAACATTGTACACTCTGAACCTCTGAGCCATCT  749

seq1  CTCCAGCTCCAAGAGAGAAGATTTTAAGATTATTTTAATGAGCAGAGGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCTCCAAGAGAGAAGATTTTAAGATTATTTTAATGAGCAGAGGGA  799

seq1  TTGCCCATGAAAGTGCTTAAGTGTATAAATGTATAGAATGATGTCTTATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCATGAAAGTGCTTAAGTGTATAAATGTATAGAATGATGTCTTATA  849

seq1  TTGTTATTATGATACACAACATGCATATGTATATGTATATGTATATGTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTATGATACACAACATGCATATGTATATGTATATGTATATGTAT  899

seq1  ATGTATATGTATATGTATAAGTATATGTATATGTATATGTATATGTATAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGTATATGTATAAGTATATGTATATGTATATGTATATGTATAT  949

seq1  GTACATATACACACACCAATCCATAGATTACAGGTGCCTGGGGTAGCTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATACACACACCAATCCATAGATTACAGGTGCCTGGGGTAGCTCA  999

seq1  TTCGTTTTCACTGATATGAAGTGTTGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTTCACTGATATGAAGTGTTGAATTC  1030

seq1: chr16_33547435_33547501
seq2: B6Ng01-108H06.g_73_139

seq1  ACTAATTCTGGCTAGGAATTCCTGGAGCTCCCTCTGTGTGCCTCCTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTCTGGCTAGGAATTCCTGGAGCTCCCTCTGTGTGCCTCCTTTTT  50

seq1  TTGGGGGGGGGGGGTTG  67
      |||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGGGGGGGGTTG  67