BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109N16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,736,436 - 97,910,661
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMx2, Tmprss2
Upstream genePcp4, Dscam, Bace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436
Downstream geneRipk4, Prdm15, 5830404H04Rik, Zfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109N16.bB6Ng01-109N16.g
ACCDH916645DH916646
length1,0871,039
definitionDH916645|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109N16, 5' end.DH916646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109N16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,736,436 - 97,737,529)(97,909,610 - 97,910,661)
sequence
gaattcactctgttccaaggactgccttgttctgttcagtgacctcataa
caccaccctctgttcatgaagaaaatgatgcttggaacaaaaaaaaaaaa
aaaacgcacaaaaaaaactttgtaaataaaataaacagatgccttgtaaa
ccaccaggggtttgactgataactttaatataacaaataaccactgtggg
taccctgcttagaaaagcatcccaaaaagccactgagatgatacagactc
taagtcagggatgctgcatgctgaactagccaaagtcttagggaaatggc
agtcaaagtaagggtaaagctagtttatcccttaaatggatccccaggac
tacacaaataatctaaacataaattggacattgcaatggtgctgggtgat
gtctgagagttttgttctccttcacctgtaactgatgcaaatcatttcct
ggcgtgacttagaactggttctgtctagatgggagtggtagcttaatgac
tttcctatacacctacacaaaatccccatcagaacaaacacctcttataa
tgtggatggggcaatcttgcagctcacaggagctggaccaggcccagtct
catttattccagttgtgcagaccctggcttgctggtgatgacatggtagc
cacccccagccctgtacacagcactggactccaaggcacctgaagacagg
agaatgacagatgtgtatccagagaagtatatccagagaagtggagccag
gtcaggctgcagtgcttgattttgggtcttctgtggaacgaggctactaa
ggcaagtgcttatgtcaaagtggcacagccaggggtggtatcaggcgagg
gcaaggggaaagccaatccaagagttcaaaagacagatcatcagaacagt
tggtgagagcagaaagctttgagctgttgagaaacaaaacaaatgaataa
cccatgcagagcaggacagggaagaggtcagaagggcctcttggttcaga
ctgcttttgtgaagttttctaccattcacaaggcaacccaaggagttagg
ggttgatgatagataggctgtcctgaaggaagaatac
gaattccaccccagcatcatgcccagatctcttttgtctgtctgtctctg
agactcactttccctagcagaatatgctgtgcagcttattggtttaagta
ttaaaagatggccaacctctccttttgtactcttgagaactctgaggtac
cccacagggccagctcgctctaagagtgtcacagatagagctctagagat
tttgctgtgggaagcaaaaccctaagagagaactacagagagaaacaggc
tataccaagtcaccatgttacctacatgtcacacaaaggacatcaggata
gccatagaggagttgcctgactgagctcagcctagcccacagctcatgag
ggagtttgtataatggctgttttccctgtgaggttttcaggtgactgtca
catgtactttctctctgatctagtgtcagatgctgctccctgcagtccct
cattctactgtgctggtcccttgctgctcagacagtgtgtgtttcacaga
tactctaagtgtctggaggatgagtggaaaactgtagacactaggtaaaa
acgtcttatgaaggaaggatataagggaaagaggaaaggagacaaggaga
gatgaggggaagcaggtcacctgagaaggactgggctggagctcagggca
gagtacccgactggcatgccggaggctctagttacatctctagcaccaca
gacaacagccaatcaaacacatggcaggctgcccaacataccatagaaga
cccataaaataaatttcacattccacaaatgccctttgcagtgagcaggg
ctgtgtgtgagaattggaggtgaggaacagacggctctactcacttagcc
ttgcttggctggcctggctctaatctgaggtgtccacataagctgtcctt
ttgacattccaacgtttctactgtctttccctggttcagatgatatagaa
ggaacctcatgtctcctcatattagcagagtactagtgaagacagtctca
gcacagcatgctatgcactgtgggtcagggtagagaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_97736436_97737529
seq2: B6Ng01-109N16.b_50_1136

seq1  GAATTCACTCTGTTCCAAGGACTGCCTTGTTCTGTTCAGTGACCTCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTTCCAAGGACTGCCTTGTTCTGTTCAGTGACCTCATAA  50

seq1  CACCACCCTCTGTTCATGAAGAAAATGATGCTTGGAACAAAAAAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCCTCTGTTCATGAAGAAAATGATGCTTGGAACAAAAAAAAAAAA  100

seq1  AAAACGCACAAAAAAAACTTTGTAAATAAAATAAACAGATGCCTTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGCACAAAAAAAACTTTGTAAATAAAATAAACAGATGCCTTGTAAA  150

seq1  CCACCAGGGGTTTGACTGATAACTTTAATATAACAAATAACCACTGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGGGTTTGACTGATAACTTTAATATAACAAATAACCACTGTGGG  200

seq1  TACCCTGCTTAGAAAAGCATCCCAAAAAGCCACTGAGATGATACAGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGCTTAGAAAAGCATCCCAAAAAGCCACTGAGATGATACAGACTC  250

seq1  TAAGTCAGGGATGCTGCATGCTGAACTAGCCAAAGTCTTAGGGAAATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAGGGATGCTGCATGCTGAACTAGCCAAAGTCTTAGGGAAATGGC  300

seq1  AGTCAAAGTAAGGGTAAAGCTAGTTTATCCCTTAAATGGATCCCCAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGTAAGGGTAAAGCTAGTTTATCCCTTAAATGGATCCCCAGGAC  350

seq1  TACACAAATAATCTAAACATAAATTGGACATTGCAATGGTGCTGGGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAATAATCTAAACATAAATTGGACATTGCAATGGTGCTGGGTGAT  400

seq1  GTCTGAGAGTTTTGTTCTCCTTCACCTGTAACTGATGCAAATCATTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGAGTTTTGTTCTCCTTCACCTGTAACTGATGCAAATCATTTCCT  450

seq1  GGCGTGACTTAGAACTGGTTCTGTCTAGATGGGAGTGGTAGCTTAATGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGACTTAGAACTGGTTCTGTCTAGATGGGAGTGGTAGCTTAATGAC  500

seq1  TTTCCTATACACCTACACAAAATCCCCATCAGAACAAACACCTCTTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTATACACCTACACAAAATCCCCATCAGAACAAACACCTCTTATAA  550

seq1  TGTGGATGGGGCAATCTTGCAGCTCACAGGAGCTGGACCAGGCCCAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGGGGCAATCTTGCAGCTCACAGGAGCTGGACCAGGCCCAGTCT  600

seq1  CATTTATTCCAGTTGTGCAGACCCTGGCTTGCTGGTGATGACATGGTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTCCAGTTGTGCAGACCCTGGCTTGCTGGTGATGACATGGTAGC  650

seq1  CACCCCCAGCCCTGTACACAGCACTGGACTCCAAGGCACCTGAAGACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCAGCCCTGTACACAGCACTGGACTCCAAGGCACCTGAAGACAGG  700

seq1  AGAATGACAGATGTGTATCCAGAGAAGTATATCCAGAGAAGTGGAGCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGACAGATGTGTATCCAGAGAAGTATATCCAGAGAAGTGGAGCCAG  750

seq1  GTCAGGCTGCAGTGCTTGATTTTGGGTCTTCTGTGGAACGAGGCTACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCTGCAGTGCTTGATTTTGGGTCTTCTGTGGAACGAGGCTACTAA  800

seq1  GGCAAGTGCTTATGTCAAAGTGGCACAGCCAGGGGTGGTATCAAGGCGAG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCAAGTGCTTATGTCAAAGTGGCACAGCCAGGGGTGGTATC-AGGCGAG  849

seq1  GGCAAGGGGAAAGCCAATCCAAGAGTTCAAAAGACAGATCATCAGAACAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGCAAGGGGAAAGCCAATCCAAGAGTTCAAAAGACAGATCATCAGAAC-A  898

seq1  GTTGGGTGAGAGCAGAAAGCTTTGAGCTGTTGAGAAAACAAAACAAATGA  950
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTT-GGTGAGAGCAGAAAGCTTTGAGCTGTTGAG-AAACAAAACAAATGA  946

seq1  ATAACCAATGCAGAGCAGGACAGGG-AGAGGTCAGAAGGG-CTCTGGTTC  998
      |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | | 
seq2  ATAACCCATGCAGAGCAGGACAGGGAAGAGGTCAGAAGGGCCTCTTGGTT  996

seq1  CAGACTGC-TTTGTGAAGGTTTTCTACCATCCAACAAGGCAGACCCCAAG  1047
      |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||  | 
seq2  CAGACTGCTTTTGTGAA-GTTTTCTACCATTC-ACAAGGCA-ACCC--AA  1041

seq1  GGAGTTAGGGGTTGATGATAGATAGGCTGTCCTGAAGGAAAGAATAC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGAGTTAGGGGTTGATGATAGATAGGCTGTCCTGAAGG-AAGAATAC  1087

seq1: chr16_97909610_97910661
seq2: B6Ng01-109N16.g_68_1106 (reverse)

seq1  TGTTCTCTACCCCTGAACCCAACAGTGGCATAGCATTGCTGTGGCTGAGA  50
      ||||||||| ||||||  || ||||| |||||||| |||||| |||||||
seq2  TGTTCTCTA-CCCTGA--CCCACAGT-GCATAGCA-TGCTGT-GCTGAGA  44

seq1  CTTGTC-TCACTAGGTACTCTTGCTAATATGAGGAGACATGAGGTTTCCC  99
      | |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  C-TGTCTTCACTA-GTACTC-TGCTAATATGAGGAGACATGAGGTT--CC  89

seq1  TTCTTATTATCATCCTGAACCAGGGAAAGACAGTTGAAACGTTGGAATGT  149
      ||||   |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCT--ATATCAT-CTGAACCAGGGAAAGACAGTAGAAACGTTGGAATGT  136

seq1  CAAAAGGACAGCTTATGTGGACACCTCAGATTAGAGCCAGGCCAGCCCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAAAAGGACAGCTTATGTGGACACCTCAGATTAGAGCCAGGCCAG-CCAA  185

seq1  GCAAGGCTAAGTGAGTAGAGCCGTCTGTTCCTCACCTCC-ATTCTCACAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAAGGCTAAGTGAGTAGAGCCGTCTGTTCCTCACCTCCAATTCTCACAC  235

seq1  ACAGCCCTGCTCACTGCAAAGGGCATTTGTGGAATGTGAAATTTATTTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTGCTCACTGCAAAGGGCATTTGTGGAATGTGAAATTTATTTTA  285

seq1  TGGGTCTTCTATGGTATGTTGGGCAGCCTGCCATGTGTTTGATTGGCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTTCTATGGTATGTTGGGCAGCCTGCCATGTGTTTGATTGGCTGT  335

seq1  TGTCTGTGGTGCTAGAGATGTAACTAGAGCCTCCGGCATGCCAGTCGGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGGTGCTAGAGATGTAACTAGAGCCTCCGGCATGCCAGTCGGGT  385

seq1  ACTCTGCCCTGAGCTCCAGCCCAGTCCTTCTCAGGTGACCTGCTTCCCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCCTGAGCTCCAGCCCAGTCCTTCTCAGGTGACCTGCTTCCCCT  435

seq1  CATCTCTCCTTGTCTCCTTTCCTCTTTCCCTTATATCCTTCCTTCATAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCTTGTCTCCTTTCCTCTTTCCCTTATATCCTTCCTTCATAAG  485

seq1  ACGTTTTTACCTAGTGTCTACAGTTTTCCACTCATCCTCCAGACACTTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTTACCTAGTGTCTACAGTTTTCCACTCATCCTCCAGACACTTAG  535

seq1  AGTATCTGTGAAACACACACTGTCTGAGCAGCAAGGGACCAGCACAGTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGTGAAACACACACTGTCTGAGCAGCAAGGGACCAGCACAGTAG  585

seq1  AATGAGGGACTGCAGGGAGCAGCATCTGACACTAGATCAGAGAGAAAGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGGACTGCAGGGAGCAGCATCTGACACTAGATCAGAGAGAAAGTA  635

seq1  CATGTGACAGTCACCTGAAAACCTCACAGGGAAAACAGCCATTATACAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGACAGTCACCTGAAAACCTCACAGGGAAAACAGCCATTATACAAA  685

seq1  CTCCCTCATGAGCTGTGGGCTAGGCTGAGCTCAGTCAGGCAACTCCTCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCATGAGCTGTGGGCTAGGCTGAGCTCAGTCAGGCAACTCCTCTA  735

seq1  TGGCTATCCTGATGTCCTTTGTGTGACATGTAGGTAACATGGTGACTTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATCCTGATGTCCTTTGTGTGACATGTAGGTAACATGGTGACTTGG  785

seq1  TATAGCCTGTTTCTCTCTGTAGTTCTCTCTTAGGGTTTTGCTTCCCACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCTGTTTCTCTCTGTAGTTCTCTCTTAGGGTTTTGCTTCCCACAG  835

seq1  CAAAATCTCTAGAGCTCTATCTGTGACACTCTTAGAGCGAGCTGGCCCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTCTAGAGCTCTATCTGTGACACTCTTAGAGCGAGCTGGCCCTG  885

seq1  TGGGGTACCTCAGAGTTCTCAAGAGTACAAAAGGAGAGGTTGGCCATCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTACCTCAGAGTTCTCAAGAGTACAAAAGGAGAGGTTGGCCATCTT  935

seq1  TTAATACTTAAACCAATAAGCTGCACAGCATATTCTGCTAGGGAAAGTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACTTAAACCAATAAGCTGCACAGCATATTCTGCTAGGGAAAGTGA  985

seq1  GTCTCAGAGACAGACAGACAAAAGAGATCTGGGCATGATGCTGGGGTGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGAGACAGACAGACAAAAGAGATCTGGGCATGATGCTGGGGTGGA  1035

seq1  ATTC  1052
      ||||
seq2  ATTC  1039