BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110L05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,082,021 - 9,229,356
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110L05.bB6Ng01-110L05.g
ACCDH917250DH917251
length1,2071,075
definitionDH917250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110L05, 5' end.DH917251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,228,125 - 9,229,356)(9,082,021 - 9,083,106)
sequence
gaattcctcagtagcaggactctgcatgatttgattcccccccacatccc
caccccccagcaacagcattacagctgtaaccttcagggcagtcaatctg
gcatccagtttaacaacacaggaattctaaaactcttcttgtacaaacag
aggcgggatttagagagggtggaggagcctttgtgctggcttctaagcag
atctagacctttctgcacctcacatcccagagataggctgtgaagtttcg
tacccactcttctgcccaagggggtctgctcaatttgaagacttggattg
agtcatgtttcccaagaagtcatcttaaccaccacgtcaatcatgacaca
tgcagatagtgttctttcctcctgaaacccacaggatgaggtcgttttga
ttgggagtcaaaatcaagccaatctggttacattaatgaatgacacacag
gaaacctagaagccaccattccaggtcagctgattgttaccacacaggaa
catacatagtcattagatattttttaggatgaactagaagatgactttgt
ggcagctttaatattcaagtactggaaaacaacttgtaaaaaacaaagac
ccatgttcaggtatatgtaaggttcagaatcagcccaaaggcttataatt
caagaaagggaaagggctggtgttcatgatgctctgttatttggtaacct
tggttcagtctccttacccgcagaaggaagacactgatggcagctatctt
gttgattagcattcataatggttgagattaaactcacaaaacccaaagcc
aaatacctggcacatttgaactaatactagatgagctaatactagtttaa
taaattattagggcatcaaatgtgggaacagaattcaagaatatcagata
aagttaagccccacaaactttacacagtgtctaactatgcatcttccagg
ttaaattctcaaatattactcttattttccagttggcagaaactctgagc
cagacatgtcccagagctagccctgacaaatgatctcttttgccccaatc
tagccatgctccacaatactgtcgcttattatctgcctgtattgaaacag
gctgggggaccaggctctggtggatgctggaatacttggaactttctctg
caatattgatcactcatctttgccaacatggcattgttagtcagatccta
ttcctgc

gaattcagtgtggggcggtgtaggggaatttttctgggaactgctatctt
gttatggttatttttctgagaacagctcattttgttttggcagctgtaga
cttagtcatacagctatattttgaaagtcccttcagaggggaagggtctg
ggtggtcttgaacttattttggattctacagtatctatgtatttatctat
gtatctatctatccatctatgtattttctatggaaatcaatacatgttta
ctgaacagctattattaaccagtggttgccctagtcacttgggtaacatt
agtgaacaaaacaaccattaggctggagaggtggctcagctggcaaaggg
cttgccttgccaaggataagagttcaactcttagaactcctgtttaaaaa
gaagctaattttggtactgaacacatgtaactgcagagccagggacttgt
tggacagccagcttagcctacttgatgagttctaggccagtgagaaactt
tgtctcaaaaaaaatgaggagaactatacctgaggaacaatagccaaggt
ctttgccttcataaagcctgcattcatacagaaatgatggagactatgca
gtatgtagagaaataacatcagaggttaggaggtcatgtcacagaggaca
aagggaaggtcatgtattgtgatgaatggggcaaagttaggcatggatag
ggcagtagccattcctccctaatgggatgaactatgttaggacattttct
tgaaataatcctttttatttgcacaaatattgattgtttgcttcttcttt
ctcttagcatataaaggctcatgaggcagaaaccgtgtgtgactgttgct
catctgtatccagtgcccccacccactctaagtgttcagtgactgtcaga
tgttccaaggacaggaggagagtctttgtcttttatctaatataaagtcc
ttgccattggtgcctgatacttcaccccccttgtatactttctatgggat
agcatctccttctttccacaaatagcagaatacttgattgcatcagtcta
gctgactgtaatgattgtgctaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9228125_9229356
seq2: B6Ng01-110L05.b_44_1250 (reverse)

seq1  GCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAATGGCCATGATGGCAAAGATGAG  50
      |||||||||| |   |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GCAGGAATAGGA--TCTGACTA--ACAAT-GCCATGTTGGCAAAGATGAG  45

seq1  TGATCATATTTGCAGAGAAAGTTCCCAAAGGTAATCCAGCACTCACCAGG  100
      ||||||   ||||||||||||||||   | ||| |||||||  |||||| 
seq2  TGATCAATATTGCAGAGAAAGTTCC---AAGTATTCCAGCATCCACCAGA  92

seq1  AGCTGGGTTCCCCCAGCCCTGTTTCAAATACAGGGGCAGATAATAAGCGA  150
        ||||  |||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||
seq2  GCCTGG--TCCCCCAG-CCTGTTTC-AATACA--GGCAGATAATAAGCGA  136

seq1  CAGTTATTGTTGTGAGCATGGGCTAGATTTGGGGGCAAAAGAGATCATTT  200
      ||| ||||||   |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CAG-TATTGT--GGAGCAT-GGCTAGATT--GGGGCAAAAGAGATCATTT  180

seq1  GTCAGGGCTAGCTCTTGGGGACATGTCTGGCTCAGAGTTTCTGCCAACTT  250
      |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCAGGGCTAGCTCT--GGGACATGTCTGGCTCAGAGTTTCTGCCAAC-T  227

seq1  GGAAAATAAGAGTAATATTTTGAGAATTTAACCTGGAAGATGCATAGTTA  300
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATAAGAGTAATA-TTTGAGAATTTAACCTGGAAGATGCATAGTTA  276

seq1  GACACTGTGTAAAGTTTGTGGGGCTTAACTTTATCTGATATTCTTGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTGTAAAGTTTGTGGGGCTTAACTTTATCTGATATTCTTGAATT  326

seq1  CTGTTCCCACATTTTGATGCCCTAATAATTTATTAAACTAGTATTAGCTC  400
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCCACA-TTTGATGCCCTAATAATTTATTAAACTAGTATTAGCTC  375

seq1  ATCTAGTATTAGTTCAAATGTGCCAGGTATTTGGCTTTGGGTTTTGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTATTAGTTCAAATGTGCCAGGTATTTGGCTTTGGGTTTTGTGAG  425

seq1  TTTAATCTCAACCATTATGAATGCTAATCAACAAGATAGCTGCCATCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTCAACCATTATGAATGCTAATCAACAAGATAGCTGCCATCAGT  475

seq1  GTCTTCCTTCTGCGGGTAAGGAGACTGAACCAAGGTTACCAAATAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTTCTGCGGGTAAGGAGACTGAACCAAGGTTACCAAATAACAGA  525

seq1  GCATCATGAACACCAGCCCTTTCCCTTTCTTGAATTATAAGCCTTTGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATGAACACCAGCCCTTTCCCTTTCTTGAATTATAAGCCTTTGGGC  575

seq1  TGATTCTGAACCTTACATATACCTGAACATGGGTCTTTGTTTTTTACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGAACCTTACATATACCTGAACATGGGTCTTTGTTTTTTACAAG  625

seq1  TTGTTTTCCAGTACTTGAATATTAAAGCTGCCACAAAGTCATCTTCTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCCAGTACTTGAATATTAAAGCTGCCACAAAGTCATCTTCTAGT  675

seq1  TCATCCTAAAAAATATCTAATGACTATGTATGTTCCTGTGTGGTAACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTAAAAAATATCTAATGACTATGTATGTTCCTGTGTGGTAACAAT  725

seq1  CAGCTGACCTGGAATGGTGGCTTCTAGGTTTCCTGTGTGTCATTCATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGACCTGGAATGGTGGCTTCTAGGTTTCCTGTGTGTCATTCATTAA  775

seq1  TGTAACCAGATTGGCTTGATTTTGACTCCCAATCAAAACGACCTCATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCAGATTGGCTTGATTTTGACTCCCAATCAAAACGACCTCATCCT  825

seq1  GTGGGTTTCAGGAGGAAAGAACACTATCTGCATGTGTCATGATTGACGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTTCAGGAGGAAAGAACACTATCTGCATGTGTCATGATTGACGTG  875

seq1  GTGGTTAAGATGACTTCTTGGGAAACATGACTCAATCCAAGTCTTCAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTAAGATGACTTCTTGGGAAACATGACTCAATCCAAGTCTTCAAAT  925

seq1  TGAGCAGACCCCCTTGGGCAGAAGAGTGGGTACGAAACTTCACAGCCTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGACCCCCTTGGGCAGAAGAGTGGGTACGAAACTTCACAGCCTAT  975

seq1  CTCTGGGATGTGAGGTGCAGAAAGGTCTAGATCTGCTTAGAAGCCAGCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGATGTGAGGTGCAGAAAGGTCTAGATCTGCTTAGAAGCCAGCAC  1025

seq1  AAAGGCTCCTCCACCCTCTCTAAATCCCGCCTCTGTTTGTACAAGAAGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCCTCCACCCTCTCTAAATCCCGCCTCTGTTTGTACAAGAAGAG  1075

seq1  TTTTAGAATTCCTGTGTTGTTAAACTGGATGCCAGATTGACTGCCCTGAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAATTCCTGTGTTGTTAAACTGGATGCCAGATTGACTGCCCTGAA  1125

seq1  GGTTACAGCTGTAATGCTGTTGCTGGGGGGTGGGGATGTGGGGGGGAATC  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAGCTGTAATGCTGTTGCTGGGGGGTGGGGATGTGGGGGGGAATC  1175

seq1  AAATCATGCAGAGTCCTGCTACTGAGGAATTC  1232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGCAGAGTCCTGCTACTGAGGAATTC  1207


seq1: chr16_9082021_9083106
seq2: B6Ng01-110L05.g_66_1140

seq1  GAATTCAGTGTGGGGCGGTGTAGGGGAATTTTTCTGGGAACTGCTATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGGGGCGGTGTAGGGGAATTTTTCTGGGAACTGCTATCTT  50

seq1  GTTATGGTTATTTTTCTGAGAACAGCTCATTTTGTTTTGGCAGCTGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGTTATTTTTCTGAGAACAGCTCATTTTGTTTTGGCAGCTGTAGA  100

seq1  CTTAGTCATACAGCTATATTTTGAAAGTCCCTTCAGAGGGGAAGGGTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCATACAGCTATATTTTGAAAGTCCCTTCAGAGGGGAAGGGTCTG  150

seq1  GGTGGTCTTGAACTTATTTTGGATTCTACAGTATCTATGTATTTATCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCTTGAACTTATTTTGGATTCTACAGTATCTATGTATTTATCTAT  200

seq1  GTATCTATCTATCCATCTATGTATTTTCTATGGAAATCAATACATGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTATCTATCCATCTATGTATTTTCTATGGAAATCAATACATGTTTA  250

seq1  CTGAACAGCTATTATTAACCAGTGGTTGCCCTAGTCACTTGGGTAACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGCTATTATTAACCAGTGGTTGCCCTAGTCACTTGGGTAACATT  300

seq1  AGTGAACAAAACAACCATTAGGCTGGAGAGGTGGCTCAGCTGGCAAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACAAAACAACCATTAGGCTGGAGAGGTGGCTCAGCTGGCAAAGGG  350

seq1  CTTGCCTTGCCAAGGATAAGAGTTCAACTCTTAGAACTCCTGTTTAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTGCCAAGGATAAGAGTTCAACTCTTAGAACTCCTGTTTAAAAA  400

seq1  GAAGCTAATTTTGGTACTGAACACATGTAACTGCAGAGCCAGGGACTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAATTTTGGTACTGAACACATGTAACTGCAGAGCCAGGGACTTGT  450

seq1  TGGACAGCCAGCTTAGCCTACTTGATGAGTTCTAGGCCAGTGAGAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCCAGCTTAGCCTACTTGATGAGTTCTAGGCCAGTGAGAAACTT  500

seq1  TGTCTCAAAAAAAATGAGGAGAACTATACCTGAGGAACAATAGCCAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAAAAAAAATGAGGAGAACTATACCTGAGGAACAATAGCCAAGGT  550

seq1  CTTTGCCTTCATAAAGCCTGCATTCATACAGAAATGATGGAGACTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTTCATAAAGCCTGCATTCATACAGAAATGATGGAGACTATGCA  600

seq1  GTATGTAGAGAAATAACATCAGAGGTTAGGAGGTCATGTCACAGAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAGAGAAATAACATCAGAGGTTAGGAGGTCATGTCACAGAGGACA  650

seq1  AAGGGAAGGTCAGGTATTGTGATGAATGGGGCAAAGTTAGGCATGGATAG  700
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGGTCATGTATTGTGATGAATGGGGCAAAGTTAGGCATGGATAG  700

seq1  GGCAGTAGCCATTCCTCCCTAATGGGATGAACTATGTTAGGACATTTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAGCCATTCCTCCCTAATGGGATGAACTATGTTAGGACATTTTCT  750

seq1  TGAAATAATCCTTTTTATTTGCACAAATATTGATTGTTTGCTTCTTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAATCCTTTTTATTTGCACAAATATTGATTGTTTGCTTCTTCTTT  800

seq1  CTCTTAGCATAT-AAGGCTCATGAGGCAGAAACCGTGTGTGACTGTTGCT  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCATATAAAGGCTCATGAGGCAGAAACCGTGTGTGACTGTTGCT  850

seq1  CATCTGTATCCAGTGCCCCCACCCACTCTAAGTGTTCAGTGACTGTCAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTATCCAGTGCCCCCACCCACTCTAAGTGTTCAGTGACTGTCAGA  900

seq1  TGTTCC-AGGACAGGAGGAGAAGTCTTTGTC-TATATCTAATATAAAGTC  947
      |||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAAGGACAGGAGGAG-AGTCTTTGTCTTTTATCTAATATAAAGTC  949

seq1  CTTGCCATTGGTGCCTGATACTTCACCCCCCTGTGATACTTTCTATGGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  CTTGCCATTGGTGCCTGATACTTCACCCCCCTTGTATACTTTCTATGGGA  999

seq1  TAGCATTCCTCCTTCCTTTCCCACAAAATAGCCAGAATACTGAATTTGCA  1047
      ||||||  |||||||  || |||| |||||| |||||||||  | |||||
seq2  TAGCAT--CTCCTTC--TTTCCAC-AAATAG-CAGAATACTTGA-TTGCA  1042

seq1  TCCAGTTCTAGCTGACCTGTTACATGATTGTGGCTAGGC  1086
      | ||| ||||||||| ||||   |||||||| |||||||
seq2  T-CAG-TCTAGCTGA-CTGT--AATGATTGT-GCTAGGC  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |