BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116L24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 33,947,638 - 34,017,555
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItgb5, Umps, Kalrn, LOC100043670
Upstream geneLrch3, Iqcg, Rpl35a, Lmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13
Downstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116L24.bB6Ng01-116L24.g
ACCDH921670DH921671
length1,1101,113
definitionDH921670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116L24, 5' end.DH921671|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,016,434 - 34,017,555)(33,947,638 - 33,948,753)
sequence
gaattctccccaggagccgcaggggctgcgctcaggcaggcctgctatac
attttgatacacacgggagaaatgatgcagtaatagaacagggccaggct
tcttacagacacatgtgcgggcacctccgtcagacttccctcttgagacc
ggttaaaaaggagtgtgtgacacacacacacaccccgccaccccccaaca
ccccccccattgaatctgctgaaatgcatgctgcacccatcactgtgtgc
tggactgcagcaattaatctacttaaattgcttctatggcaaacaccagt
aaaagtagcctaattgcacttgccctgaaagtcctttatacagcagtcta
ccgaggactttcttctgcctgctcctttcaaatctgctgtctacctgcta
caaggtttgcattcctcaaatgcaccccagtgataggagtctgaatccaa
aacttttaaggttacttaatacaaccgcttctagtcttcaggctgacggc
cagctgcgctgagcctcctaagacccaggcaccctatctcccttacctgt
ttcgtcccctccccttccatggagacctgtgaccctaacacaggtcttct
gagtgctacctattcccaatagttcacacatacttctgcccttttaaatg
tcagagtggcagccagtccccttctgaagttctttaaacacgcacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgtgca
cacacctagcataaactttggtacctagccggcctctgcatcctctcggg
atccctgaaggtagagtaactcactcttctcacctgcagcactacagtca
cccattgagtatcagcggaaagagagaagcacagctgtgatccggtccca
gcccccgagggttccacaagccagccccaggccctactcttctggcccgg
tgggctcagagaagccccccaaggctccagctataccgcctctgcaactc
ctgagatatctacttctaatggcagtcagggttcgactaccatcagcctg
gggacagtttgacgctagcagtaagtgcagctgctcatgccttgtcacct
ctggacctga
gaattctctgactctgtctgttccttggggagacctagctcagctttcag
tctcactgaggcaacatgaagggggaatggacagaagggagggagcaact
tttcacctcggacataaccaggatgctaacggctctgcccacccgtctcc
tggtcccttccagaatgtggaagtgcccccaatgccatgaccatcctgct
ggctgtggttggcagcatcctcctgattgggatggcactcctggccatct
ggaagctgctcgtcaccatccacgaccgccgagagtttgccaagttccaa
agtgagcgctccagggcccgttatgaaatggtaagagggggtggttaaaa
aagaggttgctggcttagagccagggtcaaaggctaaaaacaatcaatca
aacaaacaaaaaaaagagctaggtgtggtagtattcacctataatcccag
ctgctttggaggctgagacaggagtttgaagttcaaagcttagcctgggt
tacttaccaagcccttgtctggaaataaatgaccaaattttgagtgtagt
tcagtggtagtgtgcttgcctagcatgcgcagggctctgggctcaatcct
cagtatcacagagcaaacaaaccgacctaccaacaatgaagagtcaacac
cttcagtactgaataggagaattacacacctggaagactcgaggggcgtg
cagatcctggtgcatgttgggactgctgagggtgaagcgccagaggcagg
ctcagtggggagttggacagacacagagacggaacccaagaaaaaagctc
gagctctcaggcctggttggatggtcacatgagcaagccctcttgcccgg
gcacacgcaggctcagaacagagctcaggggaagtacccctgactcccca
gagttaagagtctgtctgttcaggtttcagggacttctggggctttctgc
ctaagccctgtattccacagatgaaaagtagagcttcagaggatgaaagt
gatttccctcaaagtcacagacaagtctagaagcagcatccctgcagtgt
tgacgggcctgagcttgacttacccaggtgctctcctcctcttgtgctcg
cagcttcaaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_34016434_34017555
seq2: B6Ng01-116L24.b_43_1152 (reverse)

seq1  TCAGGTCTCAGAGGTGACAAGGGCATGAGCAAGCTGCCACTTACCTTGCT  50
      ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||  ||||
seq2  TCAGGTC-CAGAGGTGACAA-GGCATGAGC-AGCTG-CACTTAC--TGCT  44

seq1  AGCGTCAAACTTGTCCCCAGGCTGATGGTAGTCGAACCCTGGACTGCCAT  100
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCGTCAAAC-TGTCCCCAGGCTGATGGTAGTCGAACCCT-GACTGCCAT  92

seq1  TAGAGGTAGATATCTTCAGGGGTGGCAGAGGCGGGTTATAGCTGGAGCCC  150
      |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| ||
seq2  TAGAAGTAGATATC-TCAGGAGTTGCAGAGGCGG--TATAGCTGGAG-CC  138

seq1  TTGGGGGGCTTCTCTGAGCCCACCGGGCCAGAAGAGTAGGGCCTGGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGGCTTCTCTGAGCCCACCGGGCCAGAAGAGTAGGGCCTGGGGCT  188

seq1  GGCTTGTGGAACCCTCGGGGGCTGGGACCGGATCACAGCTGTGCTTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTGGAACCCTCGGGGGCTGGGACCGGATCACAGCTGTGCTTCTCT  238

seq1  CCTTCCGCTGATACTCAATGGGTGACTGTAGTGCTGCAGGTGAGAAGAGT  300
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCGCTGATACTCAATGGGTGACTGTAGTGCTGCAGGTGAGAAGAGT  288

seq1  GAGTTACTCTACCTTCAGGGATCCCGAGAGGATGCAGAGGCCGGCTAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACTCTACCTTCAGGGATCCCGAGAGGATGCAGAGGCCGGCTAGGT  338

seq1  ACCAAAGTTTATGCTAGGTGTGTGCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGTTTATGCTAGGTGTGTGCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  388

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTTTAAAGAACTTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTTTAAAGAACTTCAGA  438

seq1  AGGGGACTGGCTGCCACTCTGACATTTAAAAGGGCAGAAGTATGTGTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACTGGCTGCCACTCTGACATTTAAAAGGGCAGAAGTATGTGTGAA  488

seq1  CTATTGGGAATAGGTAGCACTCAGAAGACCTGTGTTAGGGTCACAGGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGGAATAGGTAGCACTCAGAAGACCTGTGTTAGGGTCACAGGTCT  538

seq1  CCATGGAAGGGGAGGGGACGAAACAGGTAAGGGAGATAGGGTGCCTGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAAGGGGAGGGGACGAAACAGGTAAGGGAGATAGGGTGCCTGGGT  588

seq1  CTTAGGAGGCTCAGCGCAGCTGGCCGTCAGCCTGAAGACTAGAAGCGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGGCTCAGCGCAGCTGGCCGTCAGCCTGAAGACTAGAAGCGGTT  638

seq1  GTATTAAGTAACCTTAAAAGTTTTGGATTCAGACTCCTATCACTGGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAGTAACCTTAAAAGTTTTGGATTCAGACTCCTATCACTGGGGTG  688

seq1  CATTTGAGGAATGCAAACCTTGTAGCAGGTAGACAGCAGATTTGAAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGGAATGCAAACCTTGTAGCAGGTAGACAGCAGATTTGAAAGGA  738

seq1  GCAGGCAGAAGAAAGTCCTCGGTAGACTGCTGTATAAAGGACTTTCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAGAAGAAAGTCCTCGGTAGACTGCTGTATAAAGGACTTTCAGGG  788

seq1  CAAGTGCAATTAGGCTACTTTTACTGGTGTTTGCCATAGAAGCAATTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCAATTAGGCTACTTTTACTGGTGTTTGCCATAGAAGCAATTTAA  838

seq1  GTAGATTAATTGCTGCAGTCCAGCACACAGTGATGGGTGCAGCATGCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAATTGCTGCAGTCCAGCACACAGTGATGGGTGCAGCATGCATT  888

seq1  TCAGCAGATTCAATGGGGGGGGTGTTGGGGGGTGGCGGGGTGTGTGTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGATTCAATGGGGGGGGTGTTGGGGGGTGGCGGGGTGTGTGTGTG  938

seq1  TGTCACACACTCCTTTTTAACCGGTCTCAAGAGGGAAGTCTGACGGAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACACACTCCTTTTTAACCGGTCTCAAGAGGGAAGTCTGACGGAGGT  988

seq1  GCCCGCACATGTGTCTGTAAGAAGCCTGGCCCTGTTCTATTACTGCATCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGCACATGTGTCTGTAAGAAGCCTGGCCCTGTTCTATTACTGCATCA  1038

seq1  TTTCTCCCGTGTGTATCAAAATGTATAGCAGGCCTGCCTGAGCGCAGCCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCGTGTGTATCAAAATGTATAGCAGGCCTGCCTGAGCGCAGCCC  1088

seq1  CTGCGGCTCCTGGGGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGCTCCTGGGGAGAATTC  1110

seq1: chr16_33947638_33948753
seq2: B6Ng01-116L24.g_68_1180

seq1  GAATTCTCTGACTCTGTCTGTTCCTTGGGGAGACCTAGCTCAGCTTTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGACTCTGTCTGTTCCTTGGGGAGACCTAGCTCAGCTTTCAG  50

seq1  TCTCACTGAGGCAACATGAAGGGGGAATGGACAGAAGGGAGGGAGCAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGAGGCAACATGAAGGGGGAATGGACAGAAGGGAGGGAGCAACT  100

seq1  TTTCACCTCGGACATAACCAGGATGCTAACGGCTCTGCCCACCCGTCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTCGGACATAACCAGGATGCTAACGGCTCTGCCCACCCGTCTCC  150

seq1  TGGTCCCTTCCAGAATGTGGAAGTGCCCCCAATGCCATGACCATCCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCTTCCAGAATGTGGAAGTGCCCCCAATGCCATGACCATCCTGCT  200

seq1  GGCTGTGGTTGGCAGCATCCTCCTGATTGGGATGGCACTCCTGGCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGTTGGCAGCATCCTCCTGATTGGGATGGCACTCCTGGCCATCT  250

seq1  GGAAGCTGCTCGTCACCATCCACGACCGCCGAGAGTTTGCCAAGTTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTGCTCGTCACCATCCACGACCGCCGAGAGTTTGCCAAGTTCCAA  300

seq1  AGTGAGCGCTCCAGGGCCCGTTATGAAATGGTAAGAGGGGGTGGTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCGCTCCAGGGCCCGTTATGAAATGGTAAGAGGGGGTGGTTAAAA  350

seq1  AAGAGGTTGCTGGCTTAGAGCCAGGGTCAAAGGCTAAAAACAATCAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTTGCTGGCTTAGAGCCAGGGTCAAAGGCTAAAAACAATCAATCA  400

seq1  AACAAACAAAAAAAAGAGCTAGGTGTGGTAGTATTCACCTATAATCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAAAAAGAGCTAGGTGTGGTAGTATTCACCTATAATCCCAG  450

seq1  CTGCTTTGGAGGCTGAGACAGGAGTTTGAAGTTCAAAGCTTAGCCTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGGAGGCTGAGACAGGAGTTTGAAGTTCAAAGCTTAGCCTGGGT  500

seq1  TACTTACCAAGCCCTTGTCTGGAAATAAATGACCAAATTTTGAGTGTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACCAAGCCCTTGTCTGGAAATAAATGACCAAATTTTGAGTGTAGT  550

seq1  TCAGTGGTAGTGTGCTTGCCTAGCATGCGCAGGGCTCTGGGCTCAATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTAGTGTGCTTGCCTAGCATGCGCAGGGCTCTGGGCTCAATCCT  600

seq1  CAGTATCACAGAGCAAACAAACCGACCTACCAACAATGAAGAGTCAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCACAGAGCAAACAAACCGACCTACCAACAATGAAGAGTCAACAC  650

seq1  CTTCAGTACTGAATAGGAGAATTACACACCTGGAAGACTCGAGGGGCGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTACTGAATAGGAGAATTACACACCTGGAAGACTCGAGGGGCGTG  700

seq1  CAGATCCTGGTGCATGTTGGGACTGCTGAGGGTGAAGCGCCAGAGGCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTGGTGCATGTTGGGACTGCTGAGGGTGAAGCGCCAGAGGCAGG  750

seq1  CTCAGTGGGGAGTTGGACAGACACAGAGACGGAACCCAAGAAAAAAGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGGAGTTGGACAGACACAGAGACGGAACCCAAGAAAAAAGCTC  800

seq1  GAGCTCTCAGGCCTGGTTGGATGGTCACATGAGCAAGCCCTCTGCCCCGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GAGCTCTCAGGCCTGGTTGGATGGTCACATGAGCAAGCCCTCTTGCCCGG  850

seq1  GCACACGCAGGCTCAGAACAGAGCTCAGGGGAAGTACCCCTGACTCCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGCAGGCTCAGAACAGAGCTCAGGGGAAGTACCCCTGACTCCCCA  900

seq1  GAGTTAAGAGTCTGTCTGTTCAGGTTCCAGGGGACTTCTGGGGCTTTCTG  950
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAGAGTCTGTCTGTTCAGGTTTCA-GGGACTTCTGGGGCTTTCTG  949

seq1  CCTAAGCCCTGTATTCCACAGATGAAAAGTAAGAGC-TCAGAGAAGGAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||
seq2  CCTAAGCCCTGTATTCCACAGATGAAAAGT-AGAGCTTCAGAGGATGAAA  998

seq1  GGGA-TTCCCCCAGAG-CACAGAACAAGTC-AGAAGCAGGCATCCCTGCA  1046
      | || ||||| || || ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GTGATTTCCCTCAAAGTCACAG-ACAAGTCTAGAAGCA-GCATCCCTGCA  1046

seq1  GGTGCTGGACGGGCCTGAGGCTGAACTAACACGTGTGCTCTCCT-CTCTT  1095
       ||| | ||||||||||| |||  ||| || |  |||||||||| |||||
seq2  -GTG-TTGACGGGCCTGA-GCTTGACTTACCCAGGTGCTCTCCTCCTCTT  1093

seq1  GTGCTCGCAGGCCTCAAACCC  1116
      ||||||||| || ||||||||
seq2  GTGCTCGCA-GCTTCAAACCC  1113