BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118L10
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,016,196 - 97,165,892
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscam
Upstream geneLOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4
Downstream geneBace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2, Ripk4, Prdm15, 5830404H04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118L10.bB6Ng01-118L10.g
ACCDH923119DH923120
length1,1761,111
definitionDH923119|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118L10, 5' end.DH923120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118L10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,164,718 - 97,165,892)(97,016,196 - 97,017,315)
sequence
gaattctggttctgggtctggaaggtagtgtgctcaactctggctgactg
caggccacctggacatcaaggggaagccccaagggaccaccattccattc
cttgttactgcctctatggttcattgatttaggctggacttctgaataaa
gacctgtggacaactgaggtatcagtggcaaatatgtgatattttactgt
ttgtatcaaagtactctcagatgtggaaacactttttgtctaagcttctt
agcttatgaaatattattcacttgtctatcaactttgtacgatagagcta
tgcctcctgtgttcttttttagtgagtcagatgcattttgtttgacttct
tgattatctatctggttacgaaatcacagctctcacctcaaatggaataa
cagagtgtttattctggagctcaatgtgagtgactatgacctagcaacag
agattcaggttgccccaaataccatgttactttgtggaaatagataagtg
attgtataattgttttcaaaagcattagtggggacaacaggtaggctgtt
acagtagagtacaaaagtccttctatagatgaaaccctgattgacaacat
tgttaggttatgatggtggggtctaggatctgctaagagtatattttaag
gggttgatagtcatcaggatattagatcaggcacatggtggccagtgaat
ggctttaaatgggactgagaatagctctagataatttggctttggtctgc
cacattttaaatctccttaattatgtttttttccccctagtaacttcagt
ttgcaatctttaggattaagtcagatatcttagagaacttaccatgtaaa
gaaaatactatactctataatcaggtcaggtggctaccagtgaagagatg
ggggtggcatctctttctgtcatctttcttaggattgttggttgttaaag
attagccatacaacagaacaagacttcccagacctcagaagctcgaattc
tagccatgatgagaatatatgataagccaagctataaatatcttgcctct
gagtctttccttattgggaaatgttgtgctcagaactatttgcataacag
ggacttttccaaggcatctgactgcctaaaatccagatgctgaatactca
cttcctgtgtatgccaaggacccact
gaattcaggtgcagggacttgggtgtcattttgatcacattcagaacatt
cactgctcttaggggagctagggcctcttccagtaaccatatgctccagc
caaaactcttggtattttcatgtgatgaatttcaccaatttgatgtttgg
atcgtgtgtggaccaagtgccagcttgagttctgtagctaatggctaagg
ccccagttcgcaatgtggatttatctctgaacagtaacagaatttctctc
tgacactgagcaggaagagtcttaagttactattccttacaatccctggt
catagggtaaaccccactatgccagctatgcagatgagaaagccaagcct
cagagaagtcagccatgtttccaagctcacccagatggtgatacagcaat
gtgggcctggtcagccttcagaaagttctagcatcacatctgcaccttct
ttttcttcctgaactggcttacatatcaaggcgatggagctcactcctct
gtgaagtctgtggtcatatcaagaacaccaatctccctgttatcaaggta
tgttttgctcttgtaattaacagcctgtcactccaagactcccaaaccac
cctcacagtgacaggcaatttcaagacctctaaaccatccattctatgtt
gacatttcccaagctacatctcagaccaagactcctcagcgtgtaagaga
ggcacttcttgattccagtgaaagattaaagcagaaggcacagagtaatt
tgctgtgttttatatactttcatgtgatgtatttcatcaatgtaatgctt
ggatccttcataaaccaagtgctagctggtgcctgtagttagtggttaag
gccccagtttgcatgtggatttctaactgaacagtgacagtgagcaggag
agtcttaatttcacttaatttcccaactgcagtggtgagctggctgctct
ccttgggggaggagtattatcatgcctcctcacactgatttcacacactg
gtactaaaggcatcaaagaaccttatgcaactgtcctcacctgagttctt
tctgcagccaccacagtgtctctgcttctcatcttggaggcatcagctca
gtcattcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_97164718_97165892
seq2: B6Ng01-118L10.b_50_1225 (reverse)

seq1  AGTGGGTCCTGAGCATACACAGG-AGTGAGTTATCAGCATTCTGGATTTC  49
      ||||||||||  ||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||| 
seq2  AGTGGGTCCTTGGCATACACAGGAAGTGAGTATTCAGCA-TCTGGATTTT  49

seq1  TAGCAGTCAG-TGCCTGTGAAAAGTCACTGTTAATGACAAAATAG-TCTG  97
        |||||||| |||||  |||||||| ||||| |||   |||||| ||||
seq2  AGGCAGTCAGATGCCTTGGAAAAGTCCCTGTT-ATG--CAAATAGTTCTG  96

seq1  TAGCAC-ACATTTCCCAATAAGGAAAGACTCAGA-GCAAGATATTTATAA  145
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  -AGCACAACATTTCCCAATAAGGAAAGACTCAGAGGCAAGATATTTAT-A  144

seq1  GCTTGGC-TATCATATATTCTCATCATGGCTAGAATTCGAGCCTCTGGGG  194
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  GCTTGGCTTATCATATATTCTCATCATGGCTAGAATTCGAGCTTCTGAGG  194

seq1  TCTGGG-AGTCTTGTTCTGTTGTATGGCTAATCTTTACCAACCAACAATC  243
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTGGGAAGTCTTGTTCTGTTGTATGGCTAATCTTTAACAACCAACAATC  244

seq1  CTAAGAAAGATGACAG-AAGAGATGCCACCCCCATCTCTTCACTGGTAGC  292
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAAGATGACAGAAAGAGATGCCACCCCCATCTCTTCACTGGTAGC  294

seq1  CACCCTGACCTGATTATAGAGTATAGTATTTTCTTTACATGGTAAGTTCT  342
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CCTGACCTGATTATAGAGTATAGTATTTTCTTTACATGGTAAGTTCT  343

seq1  CTAAGATATCTGACTTAATCCTAAAGATTGCAAACTGAAGTTACTAGGGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATATCTGACTTAATCCTAAAGATTGCAAACTGAAGTTACTAGGGG  393

seq1  GAAAAAAACATAATTAAGGAGATTTAAAATGTGGCAGACCAAAGCCAAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAACATAATTAAGGAGATTTAAAATGTGGCAGACCAAAGCCAAAT  443

seq1  TATCTAGAGCTATTCTCAGTCCCATTTAAAGCCATTCACTGGCCACCATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGAGCTATTCTCAGTCCCATTTAAAGCCATTCACTGGCCACCATG  493

seq1  TGCCTGATCTAATATCCTGATGACTATCAACCCCTTAAAATATACTCTTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGATCTAATATCCTGATGACTATCAACCCCTTAAAATATACTCTTA  543

seq1  GCAGATCCTAGACCCCACCATCATAACCTAACAATGTTGTCAATCAGGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCCTAGACCCCACCATCATAACCTAACAATGTTGTCAATCAGGGT  593

seq1  TTCATCTATAGAAGGACTTTTGTACTCTACTGTAACAGCCTACCTGTTGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTATAGAAGGACTTTTGTACTCTACTGTAACAGCCTACCTGTTGT  643

seq1  CCCCACTAATGCTTTTGAAAACAATTATACAATCACTTATCTATTTCCAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTAATGCTTTTGAAAACAATTATACAATCACTTATCTATTTCCAC  693

seq1  AAAGTAACATGGTATTTGGGGCAACCTGAATCTCTGTTGCTAGGTCATAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAACATGGTATTTGGGGCAACCTGAATCTCTGTTGCTAGGTCATAG  743

seq1  TCACTCACATTGAGCTCCAGAATAAACACTCTGTTATTCCATTTGAGGTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCACATTGAGCTCCAGAATAAACACTCTGTTATTCCATTTGAGGTG  793

seq1  AGAGCTGTGATTTCGTAACCAGATAGATAATCAAGAAGTCAAACAAAATG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTGATTTCGTAACCAGATAGATAATCAAGAAGTCAAACAAAATG  843

seq1  CATCTGACTCACTAAAAAAGAACACAGGAGGCATAGCTCTATCGTACAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGACTCACTAAAAAAGAACACAGGAGGCATAGCTCTATCGTACAAA  893

seq1  GTTGATAGACAAGTGAATAATATTTCATAAGCTAAGAAGCTTAGACAAAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAGACAAGTGAATAATATTTCATAAGCTAAGAAGCTTAGACAAAA  943

seq1  AGTGTTTCCACATCTGAGAGTACTTTGATACAAACAGTAAAATATCACAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCCACATCTGAGAGTACTTTGATACAAACAGTAAAATATCACAT  993

seq1  ATTTGCCACTGATACCTCAGTTGTCCACAGGTCTTTATTCAGAAGTCCAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCACTGATACCTCAGTTGTCCACAGGTCTTTATTCAGAAGTCCAG  1043

seq1  CCTAAATCAATGAACCATAGAGGCAGTAACAAGGAATGGAATGGTGGTCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATCAATGAACCATAGAGGCAGTAACAAGGAATGGAATGGTGGTCC  1093

seq1  CTTGGGGCTTCCCCTTGATGTCCAGGTGGCCTGCAGTCAGCCAGAGTTGA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCTTCCCCTTGATGTCCAGGTGGCCTGCAGTCAGCCAGAGTTGA  1143

seq1  GCACACTACCTTCCAGACCCAGAACCAGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTACCTTCCAGACCCAGAACCAGAATTC  1176

seq1: chr16_97016196_97017315
seq2: B6Ng01-118L10.g_70_1180

seq1  GAATTCAGGTGCAGGGACTTGGGTGTCATTTTGATCACATTCAGAACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTGCAGGGACTTGGGTGTCATTTTGATCACATTCAGAACATT  50

seq1  CACTGCTCTTAGGGGAGCTAGGGCCTCTTCCAGTAACCATATGCTCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCTTAGGGGAGCTAGGGCCTCTTCCAGTAACCATATGCTCCAGC  100

seq1  CAAAACTCTTGGTATTTTCATGTGATGAATTTCACCAATTTGATGTTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCTTGGTATTTTCATGTGATGAATTTCACCAATTTGATGTTTGG  150

seq1  ATCGTGTGTGGACCAAGTGCCAGCTTGAGTTCTGTAGCTAATGGCTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGTGTGGACCAAGTGCCAGCTTGAGTTCTGTAGCTAATGGCTAAGG  200

seq1  CCCCAGTTCGCAATGTGGATTTATCTCTGAACAGTAACAGAATTTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTTCGCAATGTGGATTTATCTCTGAACAGTAACAGAATTTCTCTC  250

seq1  TGACACTGAGCAGGAAGAGTCTTAAGTTACTATTCCTTACAATCCCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGAGCAGGAAGAGTCTTAAGTTACTATTCCTTACAATCCCTGGT  300

seq1  CATAGGGTAAACCCCACTATGCCAGCTATGCAGATGAGAAAGCCAAGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGTAAACCCCACTATGCCAGCTATGCAGATGAGAAAGCCAAGCCT  350

seq1  CAGAGAAGTCAGCCATGTTTCCAAGCTCACCCAGATGGTGATACAGCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGTCAGCCATGTTTCCAAGCTCACCCAGATGGTGATACAGCAAT  400

seq1  GTGGGCCTGGTCAGCCTTCAGAAAGTTCTAGCATCACATCTGCACCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCTGGTCAGCCTTCAGAAAGTTCTAGCATCACATCTGCACCTTCT  450

seq1  TTTTCTTCCTGAACTGGCTTACATATCAAGGCGATGGAGCTCACTCCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCTGAACTGGCTTACATATCAAGGCGATGGAGCTCACTCCTCT  500

seq1  GTGAAGTCTGTGGTCATATCAAGAACACCAATCTCCCTGTTATCAAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTCTGTGGTCATATCAAGAACACCAATCTCCCTGTTATCAAGGTA  550

seq1  TGTTTTGCTCTTGTAATTAACAGCCTGTCACTCCAAGACTCCCAAACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCTCTTGTAATTAACAGCCTGTCACTCCAAGACTCCCAAACCAC  600

seq1  CCTCACAGTGACAGGCAATTTCAAGACCTCTAAACCATCCATTCTATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGTGACAGGCAATTTCAAGACCTCTAAACCATCCATTCTATGTT  650

seq1  GACATTTCCCAAGCTACATCTCAGACCAAGACTCCTCAGCGTGTAAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTCCCAAGCTACATCTCAGACCAAGACTCCTCAGCGTGTAAGAGA  700

seq1  GGCACTTCTTGATTCCAGTGAAAGATTAAAGCAGAAGGCACAGAGTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTCTTGATTCCAGTGAAAGATTAAAGCAGAAGGCACAGAGTAATT  750

seq1  TGCTGTGTTTTATATACTTTCATGTGATGTATTTCATCAATGTAATGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTTTTATATACTTTCATGTGATGTATTTCATCAATGTAATGCTT  800

seq1  GGATCCTTCATAAACCAAGTGCTAGCTGGTGCCTGTAGTTAGTGGTTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTTCATAAACCAAGTGCTAGCTGGTGCCTGTAGTTAGTGGTTAAG  850

seq1  GCCCCAGTTTGCATGTGGATTTCTAACTGAACAGTGACAGTGAGCAGGGA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCCCCAGTTTGCATGTGGATTTCTAACTGAACAGTGACAGTGAGCA-GGA  899

seq1  GAGTCTTAATTTCACTTAATTTCCCCACTGCAGTGGTGAGCTGGCTGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTAATTTCACTTAATTTCCCAACTGCAGTGGTGAGCTGGCTGCTC  949

seq1  -CCTT-GGGGAGGAGTATTATCATGCCTCCTCACACTGATTTCCACACAA  998
       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TCCTTGGGGGAGGAGTATTATCATGCCTCCTCACACTGATTT-CACAC-A  997

seq1  CTGGTCACTAAGGGCATCAAAGAACCTTATGCAAACTGTCCTCACCCTGA  1048
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CTGGT-ACTAAAGGCATCAAAGAACCTTATGC-AACTGTCCTCA-CCTGA  1044

seq1  GTCCTTCCTGCAGCCACCACCAGGTGTCTCTGCTTCTCATCTTGTAGGCA  1098
      || ||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTCTTTCTGCAGCCACCAC--AGTGTCTCTGCTTCTCATCTTGGAGGCA  1092

seq1  TCCAGCTCAGTTCATTCTAGTG  1120
      | |||||||| |||||| ||||
seq2  T-CAGCTCAG-TCATTC-AGTG  1111