BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119C08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 95,111,376 - 95,318,456
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnj6
Upstream geneSim2, Hlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a
Downstream geneLOC666201, Kcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119C08.bB6Ng01-119C08.g
ACCDH923437DH923438
length1,1541,063
definitionDH923437|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119C08, 5' end.DH923438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,111,376 - 95,112,532)(95,317,380 - 95,318,456)
sequence
gaattctgcgttactattcattagttttgacttataatttatataataat
ttgttacttaggtaggctgtttgaaacaaaggtcattcactgctagctgc
ctccatgccatctactggggccacctctcttaccccagcttctctgtccc
taacctattcagcaatgatctggctcttgcctcttgatcccagggccttg
tgtctgtccttaacctagaactgttacatctgcaatactgcccacatgct
ggaccatccagcatttggatagatcaggactttttacgaagaattaagaa
tcaagtactactctcagctgactaacagtaggtggtggatgtcttatttt
gataactggcattgcctctttaaagttttgcataaaggagagctaatggc
cattttatcagtgagtgctctggggaattgcataacacaatcttgcctat
tcgcttgaaggaactaagtgttggctgcagccttgccagcctggctctgt
tccagtgctcctgccatctgagaatgtggcgagatgctacatgggtgcct
ggagaaagatttgtagctctccagaaggaagcaagccactgaagcaggaa
ctccatccacccctgcagcttagcacacctggactgtagggctgagcctt
gtcccttctgcaggtcaaaggcccaaggacagcatctacctcaaaccaga
aatgatattcccatattcttagcacaccaagttgccagctgatgtttgaa
aagaagggaaacggtgtcccaaagcatgaaggccgtgtggttcttgatgc
taggataaggactatgtttggtttatattggggcagaaatctgtggggct
tgtctaaaggacacataaattaatcaggtgtgactttgacccagcaagca
cttgggcacgcactggagttcctgaagaaaagacatcttcgtgcaaccta
actctgttccctaaagtcattgttttcatggagactgacttacaagtctc
ctattttagattgtgcgtcagctgttccaatactgtgacaattgtctcct
tcccggagacacagaaggacgtttattacggtcctggggatgtcctcacc
cagactgattattctgattttaatgagtaagcctatattattttccatat
gaca
gaattcaatcttggatagagacagcctcaaattctggtttctccatcctt
ggaagaaattccctctgccatgtcctgtgctctcatctctgaggaccacc
acctgcatgtgagctgcccagaacacacaaccacccaattgacaattgct
atgtcctaccctctcagtcagctgaggaatccaaggtggtccttgagaga
cccctgctcctcagtggtgagattctactgagaagggagagtgaccacat
agctgggaagaggtatttcctgtccccaccatgtctctccacacctcacc
ccactgtcttccttttcttagtggaaccagattacagactcattcagctc
tcaagtttcactgctccagatcggaggatagagtaaacatgaagatacaa
taccagtaagaaaatgctggcagatttaggaatcgtttcatttgtatatg
tatgtgcatgttacataggtgtgctcgtggcaggggtgctcccccacatg
gcatatgtggaggccacatttgatgataggacctttctgaattcctctta
gacttgtgcttgagtcagggtctctgattgaactttaaaggccccatatc
agctaaactgactggctggcaagccactaggacccgcctgtctctgcgat
accagcaccaggcatttaacccccagggatctaaatttaggtctttgtgt
atgtgcaataagcactttacccttgacccaagagacttcttaattcctac
atttataaaatctctcaatgttctgtgttattctttctgctttgcttctg
ctgctggaagggcatctgcccacctcccagtagcctttctttttctcatt
cctggaatcaatgcctgacaagaaaagtttaggtgactcacagtttgcag
ggccccagtccatcatggtggagaagacatggcagtagacgctgtatgtg
gtggggaattcagatgctgttcatatctcagtgggtgagaggacaggacc
tataacccatatgccaataccagcaacccacttcctccatggtgggccca
cttcgtgtatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95111376_95112532
seq2: B6Ng01-119C08.b_42_1195

seq1  GAATTCTGCGTTACTATTCATTAGTTTTGACTTATAATTTATATAATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCGTTACTATTCATTAGTTTTGACTTATAATTTATATAATAAT  50

seq1  TTGTTACTTAGGTAGGCTGTTTGAAACAAAGGTCATTCACTGCTAGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTTAGGTAGGCTGTTTGAAACAAAGGTCATTCACTGCTAGCTGC  100

seq1  CTCCATGCCATCTACTGGGGCCACCTCTCTTACCCCAGCTTCTCTGTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCCATCTACTGGGGCCACCTCTCTTACCCCAGCTTCTCTGTCCC  150

seq1  TAACCTATTCAGCAATGATCTGGCTCTTGCCTCTTGATCCCAGGGCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTATTCAGCAATGATCTGGCTCTTGCCTCTTGATCCCAGGGCCTTG  200

seq1  TGTCTGTCCTTAACCTAGAACTGTTACATCTGCAATACTGCCCACATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCCTTAACCTAGAACTGTTACATCTGCAATACTGCCCACATGCT  250

seq1  GGACCATCCAGCATTTGGATAGATCAGGACTTTTTACGAAGAATTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATCCAGCATTTGGATAGATCAGGACTTTTTACGAAGAATTAAGAA  300

seq1  TCAAGTACTACTCTCAGCTGACTAACAGTAGGTGGTGGATGTCTTATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTACTACTCTCAGCTGACTAACAGTAGGTGGTGGATGTCTTATTTT  350

seq1  GATAACTGGCATTGCCTCTTTAAAGTTTTGCATAAAGGAGAGCTAATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTGGCATTGCCTCTTTAAAGTTTTGCATAAAGGAGAGCTAATGGC  400

seq1  CATTTTATCAGTGAGTGCTCTGGGGAATTGCATAACACAATCTTGCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATCAGTGAGTGCTCTGGGGAATTGCATAACACAATCTTGCCTAT  450

seq1  TCGCTTGAAGGAACTAAGTGTTGGCTGCAGCCTTGCCAGCCTGGCTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTGAAGGAACTAAGTGTTGGCTGCAGCCTTGCCAGCCTGGCTCTGT  500

seq1  TCCAGTGCTCCTGCCATCTGAGAATGTGGCGAGATGCTACATGGGTGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGCTCCTGCCATCTGAGAATGTGGCGAGATGCTACATGGGTGCCT  550

seq1  GGAGAAAGATTTGTAGCTCTCCAGAAGGAAGCAAGCCACTGAAGCAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGATTTGTAGCTCTCCAGAAGGAAGCAAGCCACTGAAGCAGGAA  600

seq1  CTCCATCCACCCCTGCAGCTTAGCACACCTGGACTGTAGGGCTGAGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCACCCCTGCAGCTTAGCACACCTGGACTGTAGGGCTGAGCCTT  650

seq1  GTCCCTTCTGCAGGTCAAAGGCCCAAGGACAGCATCTACCTCAAACCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTCTGCAGGTCAAAGGCCCAAGGACAGCATCTACCTCAAACCAGA  700

seq1  AATGATATTCCCATATTCTTAGCACACCAAGTTGCCAGCTGATGTTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATTCCCATATTCTTAGCACACCAAGTTGCCAGCTGATGTTTGAA  750

seq1  AAGAAGGGAAACGGTGTCCCAAAGCATGAAGGCCGTGTGGTTCTTCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGAAGGGAAACGGTGTCCCAAAGCATGAAGGCCGTGTGGTTCTTGATGC  800

seq1  TAGGATAAGGACTATGTTTGGTTTATATTGGGGCAGAAATCTGTGGGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATAAGGACTATGTTTGGTTTATATTGGGGCAGAAATCTGTGGGGCT  850

seq1  TGTCT-AAGGACACATAAATTAATCAGGTGTGACTTTGACCCCAGCAAGC  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTCTAAAGGACACATAAATTAATCAGGTGTGACTTTGA-CCCAGCAAGC  899

seq1  ACTT-GGCACGCACTGGAGTTCCTGAAGAAAAGACATCTTTCGTGCAACC  948
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTGGGCACGCACTGGAGTTCCTGAAGAAAAGACATC-TTCGTGCAACC  948

seq1  TAACTCTGTTCCCTAAAGTCATTGTTTTCAT-GAGACTGACTTACAAGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TAACTCTGTTCCCTAAAGTCATTGTTTTCATGGAGACTGACTTACAAGT-  997

seq1  CTCCTATTTTTAGATTGTTGCGTCAGCTGTCCAAATACTGTGACAATTGT  1047
      |||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  CTCCTA-TTTTAGATTG-TGCGTCAGCTGTTCCAATACTGTGACAATTGT  1045

seq1  CT-CTTCCCGGAGAACACAGGAAGGACGTATATTAC-GTTCTGGGGATGT  1095
      || |||||||||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||
seq2  CTCCTTCCCGGAG-ACACA-GAAGGACGTTTATTACGGTCCTGGGGATGT  1093

seq1  -CTCACCCAGACTTGTATTATTCTGATTTTATAGAGTAAGCTTATATTAT  1144
       ||||||||||||   |||||||||||||||  |||||||| ||||||||
seq2  CCTCACCCAGACT--GATTATTCTGATTTTAATGAGTAAGCCTATATTAT  1141

seq1  TTTCATAATGACA  1157
      ||||   ||||||
seq2  TTTCCATATGACA  1154

seq1: chr16_95317380_95318456
seq2: B6Ng01-119C08.g_70_1131 (reverse)

seq1  AGATACACTGGAAGTGGGCCCACCATGGAGGAAGTGGGTTGCTGGGTATT  50
      ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGATACAC--GAAGTGGGCCCACCATGGAGGAAGTGGGTTGCT-GGTATT  47

seq1  GGGCCTTATGGGTTATAGGTTCCCTGTCCTTCTTCACCCACTGAGATATG  100
      ||  | ||||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||
seq2  GG--CATATGGGTTATAGGT--CCTGTCCT--CTCACCCACTGAGATATG  91

seq1  AACAAGCATCTGAATTCCCCCACCACCATACAGCGTCCTACTGCCATGTC  150
      ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  AAC-AGCATCTGAATT-CCCCACCA-CATACAGCGT-CTACTGCCATGTC  137

seq1  TTCTCCACCATGATGGACTGGGGCCCCTGCAAACTGTGAGTCAACCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCTCCACCATGATGGACTGGGG-CCCTGCAAACTGTGAGTC-ACCTAAA  185

seq1  CTTTTCTTGTCAGGCATTGATTCCAGGAATGAGAAAAAGAAAGGCTACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTGTCAGGCATTGATTCCAGGAATGAGAAAAAGAAAGGCTACTG  235

seq1  GGAGGTGGGCAGATGCCCTTCCAGCAGCAGAAGCAAAGCAGAAAGAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGGCAGATGCCCTTCCAGCAGCAGAAGCAAAGCAGAAAGAATAA  285

seq1  CACAGAACATTGAGAGATTTTATAAATGTAGGAATTAAGAAGTCTCTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAACATTGAGAGATTTTATAAATGTAGGAATTAAGAAGTCTCTTGG  335

seq1  GTCAAGGGTAAAGTGCTTATTGCACATACACAAAGACCTAAATTTAGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGGTAAAGTGCTTATTGCACATACACAAAGACCTAAATTTAGATC  385

seq1  CCTGGGGGTTAAATGCCTGGTGCTGGTATCGCAGAGACAGGCGGGTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGGTTAAATGCCTGGTGCTGGTATCGCAGAGACAGGCGGGTCCTA  435

seq1  GTGGCTTGCCAGCCAGTCAGTTTAGCTGATATGGGGCCTTTAAAGTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGCCAGCCAGTCAGTTTAGCTGATATGGGGCCTTTAAAGTTCAA  485

seq1  TCAGAGACCCTGACTCAAGCACAAGTCTAAGAGGAATTCAGAAAGGTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGACCCTGACTCAAGCACAAGTCTAAGAGGAATTCAGAAAGGTCCT  535

seq1  ATCATCAAATGTGGCCTCCACATATGCCATGTGGGGGAGCACCCCTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAATGTGGCCTCCACATATGCCATGTGGGGGAGCACCCCTGCCA  585

seq1  CGAGCACACCTATGTAACATGCACATACATATACAAATGAAACGATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCACACCTATGTAACATGCACATACATATACAAATGAAACGATTCCT  635

seq1  AAATCTGCCAGCATTTTCTTACTGGTATTGTATCTTCATGTTTACTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCCAGCATTTTCTTACTGGTATTGTATCTTCATGTTTACTCTAT  685

seq1  CCTCCGATCTGGAGCAGTGAAACTTGAGAGCTGAATGAGTCTGTAATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGATCTGGAGCAGTGAAACTTGAGAGCTGAATGAGTCTGTAATCTG  735

seq1  GTTCCACTAAGAAAAGGAAGACAGTGGGGTGAGGTGTGGAGAGACATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACTAAGAAAAGGAAGACAGTGGGGTGAGGTGTGGAGAGACATGGT  785

seq1  GGGGACAGGAAATACCTCTTCCCAGCTATGTGGTCACTCTCCCTTCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACAGGAAATACCTCTTCCCAGCTATGTGGTCACTCTCCCTTCTCAG  835

seq1  TAGAATCTCACCACTGAGGAGCAGGGGTCTCTCAAGGACCACCTTGGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTCACCACTGAGGAGCAGGGGTCTCTCAAGGACCACCTTGGATT  885

seq1  CCTCAGCTGACTGAGAGGGTAGGACATAGCAATTGTCAATTGGGTGGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGACTGAGAGGGTAGGACATAGCAATTGTCAATTGGGTGGTTG  935

seq1  TGTGTTCTGGGCAGCTCACATGCAGGTGGTGGTCCTCAGAGATGAGAGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTGGGCAGCTCACATGCAGGTGGTGGTCCTCAGAGATGAGAGCA  985

seq1  CAGGACATGGCAGAGGGAATTTCTTCCAAGGATGGAGAAACCAGAATTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACATGGCAGAGGGAATTTCTTCCAAGGATGGAGAAACCAGAATTTG  1035

seq1  AGGCTGTCTCTATCCAAGATTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTCTCTATCCAAGATTGAATTC  1062