BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119N11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 88,321,733 - 88,430,034
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneN6amt1, Zfp294, ORF5, LOC100040088, Usp16, Cct8, B130034C11Rik, LOC435486, ORF63, Bach1, LOC100039901, Grik1
Downstream geneEG622373, Cldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15, Krtap16-9, Krtap16-1, Krtap16-5, Krtap16-4, Krtap8-2, LOC100040191, AY026312, Krtap16-10, EG621595, LOC100040167, 1110032D16Rik, LOC100040201, Krtap6-1, LOC100040214, Krtap16-8, 1110025L11Rik, LOC100040249, LOC100040267, EG622794, LOC100040281, ENSMUSG00000044227, EG665661, LOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654, LOC100040425, LOC100040374, LOC640656, LOC100040445, LOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119N11.bB6Ng01-119N11.g
ACCDH923948DH923949
length9931,143
definitionDH923948|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119N11, 5' end.DH923949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,321,733 - 88,322,726)(88,428,858 - 88,430,034)
sequence
gaattcaatacatatttctcccttaaaaattccttatgattaagacttta
aagtttctgtagaagagactttttaaaatgttacaacaacatctaaaggt
aatggatgtttgctgaagcataaatgtcctttcatgctattatttcatat
tgagttagtgtgaaacaaaaaaaaaattcagcacacctacaacaatgcag
tgaaaactagctatggtgataaaaaatatggaaagacctaaataacttta
atagtcttaataataagacctatagaacaaaaatgtggaaaaagtggaac
tctcataaaaacacatgactaaatgcgtaatagtcacagttctcacaaaa
agaataccttgtactcaagcagggtaaagacaaaggaaacactaatgctt
atcattgaatttctgcaatacagggataaagatacaaaaactaaagctaa
gttggccccaaatatagacattatatacatacggtaacaagtttataagt
aatgacatctactttgagaaaagtgatagactgtgatcaaaccagcaaca
aagtaattagtcaataagagaatccagacaaaaatcaatagtgtatttcc
atgttggcaaaattaagttatgatcagaaaatcgattaatttttgtccct
ataatggaaaaattcaaaggaaaatggtgaaatgacagttgaggaataat
gccattattctttgtcttggtgataaccatatgctttatctatttgttag
aaaagaccagagtgagcatttaaaataggtgtgcattttgttgtaggtgc
atggccttgtagcagagttaattttgcaatgagcagaggccatcgtacaa
tgtcactgtgtacctgacaagaagattcatataattggataccagatttg
cctatagttttccccttttctgtctttaacaagagatctacgattcattt
gacatgcttgttctacccagaaactagagttggcaaattgtgc
gaattcacattggctcaaaggaacagtggctgcccactgggaagcacaaa
gatactgttgatccccagcgaagggatatgcaaagctgcctttgctggcc
ctgaaggcagaaagcttcatggttctttgcagacctgtaagatataggga
actgaaattctccaattcagaccacagattaaaaactgaaactgggcttg
aaaaaaggcccagtggttaagagcactggacgctcttccagaggtcctga
gttcaattcctagtaaccacatggtggctcacaactatttataatgggat
ctgataataacttatggtgtgcagatgtacacgaagatagaacacacaca
aacacatattacacaaataaatctttaaaaaataaaacattaaaataatg
aaaccaagaagcaaggaacaggctgaggagatggctctgggagtaagatg
cttacaccattgagtttcgaccaccccagcatctatagaataaataggca
aagcatctagcagatgggtgagatctaaacaaaagagagaccctaatcaa
aatatgaagcagggagtgatagataccagataacaacatgcctccacatg
tccctgcacactctggaacacctgcacacacttaggtacacactgaaaca
cctgcacacaaacaggcatacacaggaacctgcacacatacagaggcaca
cacaggaacaccagcacacacatgtgcacacatgtgcacagacacacaaa
ggaactcttgcacacacaaacacaatcaatcacacacaggcatacacaag
cacagacatggagtgtttacttgcacacaggcacacacagggacatctgc
acacacatgggcagacacaggaatgcctacacatatggacaacacagaca
taaatcctggtatctaaaattgtacaattttgctaaattgaagaaccata
tatttgtatagacagttctggttgtgttgctcgatttgtgtcctgtttca
taaaatacacatagagcaagagatggaaataggaacatctatgagctgaa
gagtagatcacacaagattgtattgttgtgttttttatctttagcatgtt
tcccatgatttgaagatgctgacattaaaaattatggataaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_88321733_88322726
seq2: B6Ng01-119N11.b_48_1040

seq1  GAATTCAATACATATTTCTCCCTTAAAAATTCCTTATGATTAAGACTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACATATTTCTCCCTTAAAAATTCCTTATGATTAAGACTTTA  50

seq1  AAGTTTCTGTAGAAGAGACTTTTTAAAATGTTACAACAACATCTAAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTGTAGAAGAGACTTTTTAAAATGTTACAACAACATCTAAAGGT  100

seq1  AATGGATGTTTGCTGAAGCATAAATGTCCTTTCATGCTATTATTTCATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATGTTTGCTGAAGCATAAATGTCCTTTCATGCTATTATTTCATAT  150

seq1  TGAGTTAGTGTGAAACAAAAAAAAAATTCAGCACACCTACAACAATGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAGTGTGAAACAAAAAAAAAATTCAGCACACCTACAACAATGCAG  200

seq1  TGAAAACTAGCTATGGTGATAAAAAATATGGAAAGACCTAAATAACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACTAGCTATGGTGATAAAAAATATGGAAAGACCTAAATAACTTTA  250

seq1  ATAGTCTTAATAATAAGACCTATAGAACAAAAATGTGGAAAAAGTGGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTAATAATAAGACCTATAGAACAAAAATGTGGAAAAAGTGGAAC  300

seq1  TCTCATAAAAACACATGACTAAATGCGTAATAGTCACAGTTCTCACAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAAAAACACATGACTAAATGCGTAATAGTCACAGTTCTCACAAAA  350

seq1  AGAATACCTTGTACTCAAGCAGGGTAAAGACAAAGGAAACACTAATGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACCTTGTACTCAAGCAGGGTAAAGACAAAGGAAACACTAATGCTT  400

seq1  ATCATTGAATTTCTGCAATACAGGGATAAAGATACAAAAACTAAAGCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGAATTTCTGCAATACAGGGATAAAGATACAAAAACTAAAGCTAA  450

seq1  GTTGGCCCCAAATATAGACATTATATACATACGGTAACAAGTTTATAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCCCAAATATAGACATTATATACATACGGTAACAAGTTTATAAGT  500

seq1  AATGACATCTACTTTGAGAAAAGTGATAGACTGTGATCAAACCAGCAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATCTACTTTGAGAAAAGTGATAGACTGTGATCAAACCAGCAACA  550

seq1  AAGTAATTAGTCAATAAGAGAATCCAGACAAAAATCAATAGTGTATTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTAGTCAATAAGAGAATCCAGACAAAAATCAATAGTGTATTTCC  600

seq1  ATGTTGGCAAAATTAAGTTATGATCAGAAAATCGATTAATTTTTGTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGCAAAATTAAGTTATGATCAGAAAATCGATTAATTTTTGTCCCT  650

seq1  ATAATGGAAAAATTCAAAGGAAAATGGTGAAATGACAGTTGAGGAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAAAAATTCAAAGGAAAATGGTGAAATGACAGTTGAGGAATAAT  700

seq1  GCCATTATTCTTTGTCTTGGTGATAACCATATGCTTTATCTATTTGTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTATTCTTTGTCTTGGTGATAACCATATGCTTTATCTATTTGTTAG  750

seq1  AAAAGACCAGAGTGAGCATTTAAAATAGGTGTGCATTTTGTTGTAGGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACCAGAGTGAGCATTTAAAATAGGTGTGCATTTTGTTGTAGGTGC  800

seq1  ATGGCCTTGTAGCAGAGTTAATTTTGCAATGAGCAGAGGCCATCGTACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTTGTAGCAGAGTTAATTTTGCAATGAGCAGAGGCCATCGTACAA  850

seq1  TGTCACTGTGTACCTGACAAGAAGATTCATATAATTGGATACCAGATTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGTGTACCTGACAAGAAGATTCATATAATTGGATACCAGATTTG  900

seq1  CCTATAGTTTTCCCCTTTTCCTGTCTTTAACAAGAGAATCTACGATTCAT  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTATAGTTTTCCCCTTTT-CTGTCTTTAACAAGAG-ATCTACGATTCAT  948

seq1  TTGACATGC-TGTCTTACCCAAGAAACTAGAGTTGGCAAA-TGTGC  994
      ||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGACATGCTTGTTCTACCC-AGAAACTAGAGTTGGCAAATTGTGC  993

seq1: chr16_88428858_88430034
seq2: B6Ng01-119N11.g_69_1211 (reverse)

seq1  GTTTATCACTTAATTTTTAATAGTCAAACCACTCTTCAGAAATCATGGGA  50
      ||||||| | ||||||||||| |||  | || |||||  |||||||||||
seq2  GTTTATC-CATAATTTTTAAT-GTC--AGCA-TCTTC--AAATCATGGGA  43

seq1  AACAATTGCCTTAGAAAGATAAAAAAAACCACAACAATAACAAATTCTGT  100
      ||||  |||     ||||||||||||   ||||||||| ||||  ||| |
seq2  AACA--TGC----TAAAGATAAAAAA---CACAACAAT-ACAA--TCT-T  80

seq1  GTGTGAATTCTAACTCTTCAGCTTCATTAGATGTTCCTATTTCCATCTCT  150
      ||||||  ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGTGA--TCT-ACTCTTCAGC-TCA-TAGATGTTCCTATTTCCATCTC-  124

seq1  TTGCTTCTATTGTGTATTTTAATGAAAACAGGACACAAATCGAGCAAACA  200
      |||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGC-TCTA-TGTGTATTTT-ATG-AAACAGGACACAAATCGAGC-AACA  169

seq1  CAACCAGGAACTGTCTAATACAAATATATGGTTCTTCAATTTAGCAAAAT  250
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCA-GAACTGTCT-ATACAAATATATGGTTCTTCAATTTAGCAAAAT  217

seq1  TGTACAATTTTTAGATACCAGGATTTATGTCTGTGTTGTCCATATGTGTA  300
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAA-TTTTAGATACCAGGATTTATGTCTGTGTTGTCCATATGTGTA  266

seq1  GGCATTCCTGTGTCTGCCCATGTGTGTGCAGATGTCCCTGTGTGTGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTCCTGTGTCTGCCCATGTGTGTGCAGATGTCCCTGTGTGTGCCTG  316

seq1  TGTGCAAGTAAACACTCCATGTCTGTGCTTGTGTATGCCTGTGTGTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAGTAAACACTCCATGTCTGTGCTTGTGTATGCCTGTGTGTGATT  366

seq1  GATTGTGTTTGTGTGTGCAAGAGTTCCTTTGTGTGTCTGTGCACATGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGTTTGTGTGTGCAAGAGTTCCTTTGTGTGTCTGTGCACATGTGT  416

seq1  GCACATGTGTGTGCTGGTGTTCCTGTGTGTGCCTCTGTATGTGTGCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTGTGTGCTGGTGTTCCTGTGTGTGCCTCTGTATGTGTGCAGGT  466

seq1  TCCTGTGTATGCCTGTTTGTGTGCAGGTGTTTCAGTGTGTACCTAAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTATGCCTGTTTGTGTGCAGGTGTTTCAGTGTGTACCTAAGTGT  516

seq1  GTGCAGGTGTTCCAGAGTGTGCAGGGACATGTGGAGGCATGTTGTTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTGTTCCAGAGTGTGCAGGGACATGTGGAGGCATGTTGTTATCT  566

seq1  GGTATCTATCACTCCCTGCTTCATATTTTGATTAGGGTCTCTCTTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTATCACTCCCTGCTTCATATTTTGATTAGGGTCTCTCTTTTGTT  616

seq1  TAGATCTCACCCATCTGCTAGATGCTTTGCCTATTTATTCTATAGATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCACCCATCTGCTAGATGCTTTGCCTATTTATTCTATAGATGCT  666

seq1  GGGGTGGTCGAAACTCAATGGTGTAAGCATCTTACTCCCAGAGCCATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGTCGAAACTCAATGGTGTAAGCATCTTACTCCCAGAGCCATCTC  716

seq1  CTCAGCCTGTTCCTTGCTTCTTGGTTTCATTATTTTAATGTTTTATTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTGTTCCTTGCTTCTTGGTTTCATTATTTTAATGTTTTATTTTT  766

seq1  TAAAGATTTATTTGTGTAATATGTGTTTGTGTGTGTTCTATCTTCGTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTTATTTGTGTAATATGTGTTTGTGTGTGTTCTATCTTCGTGTA  816

seq1  CATCTGCACACCATAAGTTATTATCAGATCCCATTATAAATAGTTGTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCACACCATAAGTTATTATCAGATCCCATTATAAATAGTTGTGAG  866

seq1  CCACCATGTGGTTACTAGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCGTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGTGGTTACTAGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCGTCC  916

seq1  AGTGCTCTTAACCACTGGGCCTTTTTTCAAGCCCAGTTTCAGTTTTTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTTAACCACTGGGCCTTTTTTCAAGCCCAGTTTCAGTTTTTAAT  966

seq1  CTGTGGTCTGAATTGGAGAATTTCAGTTCCCTATATCTTACAGGTCTGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCTGAATTGGAGAATTTCAGTTCCCTATATCTTACAGGTCTGCA  1016

seq1  AAGAACCATGAAGCTTTCTGCCTTCAGGGCCAGCAAAGGCAGCTTTGCAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCATGAAGCTTTCTGCCTTCAGGGCCAGCAAAGGCAGCTTTGCAT  1066

seq1  ATCCCTTCGCTGGGGATCAACAGTATCTTTGTGCTTCCCAGTGGGCAGCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTCGCTGGGGATCAACAGTATCTTTGTGCTTCCCAGTGGGCAGCC  1116

seq1  ACTGTTCCTTTGAGCCAATGTGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCCTTTGAGCCAATGTGAATTC  1143