BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120H03
Chromosome16 (Build37)
Map Location 64,869,681 - 65,009,820
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668242, LOC100043815, LOC677448, Htr1f
Upstream geneLOC100043540, Ckt2, 4930453N24Rik, Zfp654, LOC433036, Cggbp1
Downstream geneLOC668247, LOC672931, Pou1f1, Chmp2b, EG383186, Vgll3, LOC664846
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120H03.bB6Ng01-120H03.g
ACCDH924389DH924390
length1,1231,069
definitionDH924389|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120H03, 5' end.DH924390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,869,681 - 64,870,827)(65,008,742 - 65,009,820)
sequence
gaattcagggttattgaggtggtttcaatgagtatggcccaaatgggctc
agatgtttggatgtttgatctccagttactagactgtttatgaaggacta
ggaagtgggccttctcagaggacctgtgtcactagggggtgggttttgag
gtttcaaaagccgggccaggtcctgtctggctctctctacctgatgcttg
ggggagtaaactctcagctactgctctggtactatggtctgctagtggcc
atattcctggccacaatggtcatgggctcaccctctgaaactgtaagcca
accccaattaaatgcttccatgtataagttgccttggttttagtgtctac
tcacagcaatcggaaagcagctgagacagtccctgtaagcttgaagagta
agaaagtaatttgtaatttataattccttagctcctaagacaggtttgtc
attggacactgagcctatcagcaacctaaatgagctaaaagaaagagcac
agagaactgttttaaatgtatctcatttctctcaaaagtgtaaagacaat
gaaaagctgaaaaaaaaaaaaaaagaaaaagaaaaagaaaaggcaagggc
ctgtatttagcacttggcagatagaaggcttgttacaaacctgggctata
tagcaagtttcagggcatcctggcagtgagactggatcttagtgacaaca
acaacatatatagtgatgtgggtaataatgataagacaatgataatagac
acctgtgcagtttcagaactcttaggactcagaggggttctttaaacatc
cacaaaaggagatgctacccgtataaaaagtgacacatcacaaacaccat
gaagcaagatgtgcatggtcctctctaggcttagcatccttaagatacaa
aagagggctggagaggtagatgactcagtggttaagagcactgacttttc
ttccaaagttccgagtcaaattcatcagccacatggtgctcacaccctct
gtacagtacagcgtactcaaatacattaatactcatatacataataaata
aataatcttttaaaaagatacaaggaactactgggtcgagagtttatgga
acatggctagcacttgaaatcaa
gaattcaaggcacagactgggagacaagaactgtagtaaaaccatggggg
aacaccacttactggcttgcttaacctgtcttcttaaatcacctgcccag
gggtggcaccacctacagtggggtgggccctcccgtgttggtcactaatc
aagaaactgtgtgcatgaaaccttttatcaaaacaaataaaattttataa
aatttcaccaacaataagggagacaaaaagacaagaaattgttgaataga
caaatggaatccagggggtggaaacctgaccaaaaaaagttagaaacaac
ttaactgggttactagtttattaggaataaccccccaaaaaatgtaactt
attcattggtgcctacaattacagccaatcttaggtatcttgggtgcaaa
ccatacccatgtgcactcacacatagtgcagaagacagtagaggaaacac
aaaaagaagaggtgggggaaccgcggataaagagagcagagaacaaattc
agcttctatagatttgcatttgactagatttccaattctacttcagtttt
gaaattgtccacagcaagttaagggaaattttaggcagagacatcaaatt
tgaagagaaaagctactgagactgaattgcctaggggagagtaacactca
tgtgagtatagacttacaagtcattagaagagggaaatgtcctaccagta
aggagaaaacactgcaaggcaaagaatgtgaatttggtgggttgtcaact
ctaatctaaaaattaatctcaaatttcttcatagcaggaagtcttgtctg
atggctgattattttagaagcatgccacctaagcgcaactaggagaatgg
tcttggcacatcccctcacatccctaagggatcaacattagtctcaagta
tcctttatataaaagtacttatgcttcagactgttataaaagatgacata
aggatgatgagctttcagcccgtaggatagtactcttcaatagcactata
ttactatacattcagatagcagagcagttaacccatactaggtagatgac
tgatttacaatacaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_64869681_64870827
seq2: B6Ng01-120H03.b_47_1169

seq1  GAATTCAGGGTTATTGAGGTGGTTTCAATGAGTATGGCCCAAATGGGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGTTATTGAGGTGGTTTCAATGAGTATGGCCCAAATGGGCTC  50

seq1  AGATGTTTGGATGTTTGATCTCCAGTTACTAGACTGTTTATGAAGGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTGGATGTTTGATCTCCAGTTACTAGACTGTTTATGAAGGACTA  100

seq1  GGAAGTGGGCCTTCTCAGAGGACCTGTGTCACTAGGGGGTGGGTTTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGGGCCTTCTCAGAGGACCTGTGTCACTAGGGGGTGGGTTTTGAG  150

seq1  GTTTCAAAAGCCGGGCCAGGTCCTGTCTGGCTCTCTCTACCTGATGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAAAGCCGGGCCAGGTCCTGTCTGGCTCTCTCTACCTGATGCTTG  200

seq1  GGGGAGTAAACTCTCAGCTACTGCTCTGGTACTATGGTCTGCTAGTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTAAACTCTCAGCTACTGCTCTGGTACTATGGTCTGCTAGTGGCC  250

seq1  ATATTCCTGGCCACAATGGTCATGGGCTCACCCTCTGAAACTGTAAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTGGCCACAATGGTCATGGGCTCACCCTCTGAAACTGTAAGCCA  300

seq1  ACCCCAATTAAATGCTTCCATGTATAAGTTGCCTTGGTTTTAGTGTCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAATTAAATGCTTCCATGTATAAGTTGCCTTGGTTTTAGTGTCTAC  350

seq1  TCACAGCAATCGGAAAGCAGCTGAGACAGTCCCTGTAAGCTTGAAGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCAATCGGAAAGCAGCTGAGACAGTCCCTGTAAGCTTGAAGAGTA  400

seq1  AGAAAGTAATTTGTAATTTATAATTCCTTAGCTCCTAAGACAGGTTTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAATTTGTAATTTATAATTCCTTAGCTCCTAAGACAGGTTTGTC  450

seq1  ATTGGACACTGAGCCTATCAGCAACCTAAATGAGCTAAAAGAAAGAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACACTGAGCCTATCAGCAACCTAAATGAGCTAAAAGAAAGAGCAC  500

seq1  AGAGAACTGTTTTAAATGTATCTCATTTCTCTCAAAAGTGTAAAGACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTGTTTTAAATGTATCTCATTTCTCTCAAAAGTGTAAAGACAAT  550

seq1  GAAAAGCTGAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAGGCAAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTGAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAGGCAAGGGC  600

seq1  CTGTATTTAGCACTTGGCAGATAGAAGGCTTGTTACAAACCTGGGCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTTAGCACTTGGCAGATAGAAGGCTTGTTACAAACCTGGGCTATA  650

seq1  TAGCAAGTTTCAGGGCATCCTGGCAGTGAGACTGGATCTTAGTGACAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGTTTCAGGGCATCCTGGCAGTGAGACTGGATCTTAGTGACAACA  700

seq1  ACAACATATATAGTGATGTGGGTAATAATGATAAGACAATGATAATAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATATATAGTGATGTGGGTAATAATGATAAGACAATGATAATAGAC  750

seq1  ACCTGTGCAGTTTCAGAACTCTTAGGACTCAGAGGGGTTCTTTAAACATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGCAGTTTCAGAACTCTTAGGACTCAGAGGGGTTCTTTAAACATC  800

seq1  CACAAAAGGAGATGCTACCCGTATAAAAAGTGACACATCACAAACACCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGGAGATGCTACCCGTATAAAAAGTGACACATCACAAACACCAT  850

seq1  GAAGCAAGATGTGCATGGTCCTCTCTAGGCTTAGCATCCTTAAGATACAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAGCAAGATGTGCATGGTCCTCTCTAGGCTTAGCATCCTTAAGATAC-A  899

seq1  AAAGAGGGCTGGAGAGGTAGATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAGAGGGCTGGAGAGGTAGATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTTTT  949

seq1  CTTCCAAAGGTCCCGAGTTCAAATTCCAGCAGCCACATGGTGGCTCACAA  1000
      |||||||| || ||||| ||||||| || |||||||||||| |||||| |
seq2  CTTCCAAA-GTTCCGAG-TCAAATT-CATCAGCCACATGGT-GCTCAC-A  994

seq1  CCCTCTGTACAGTTACAGCGTACTCATATACATTAAATAACTCATATACA  1050
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||||||||||
seq2  CCCTCTGTACAG-TACAGCGTACTCAAATACATTAA--TACTCATATACA  1041

seq1  TTAAATAAATAAATAAATCTTTTTTAAAAAAAGATACAAAGAGACTACTT  1100
      |  ||||||||||| ||||||||    |||||||||||| || |||||  
seq2  T--AATAAATAAAT-AATCTTTT----AAAAAGATACAAGGA-ACTAC--  1081

seq1  TGTGTCGAGAGGTTTTATTGAAACATTGGCTAGCATCTAGAAATCAA  1147
      || ||||||||  |||| || |||| ||||||||| || ||||||||
seq2  TGGGTCGAGAG--TTTA-TGGAACA-TGGCTAGCA-CTTGAAATCAA  1123

seq1: chr16_65008742_65009820
seq2: B6Ng01-120H03.g_68_1136 (reverse)

seq1  TTTTTTGTATTGTAATATCAGTCATCTACCCTAGTATGGGTTTACTTGCT  50
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||| 
seq2  TTTTTTGTATTGTAA-ATCAGTCATCTA-CCTAGTATGGGTTAAC-TGC-  46

seq1  TCTGCTATTCTGAATGTAATAGTAATTATAGTGCTTATTTTGAAGAAGTA  100
      ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||   | |||||| ||||
seq2  TCTGCTA-TCTGAATGT-ATAGTAA-TATAGTGC---TATTGAAG-AGTA  89

seq1  CTATCCTACGGGCTGAAAGCTCATCAT-CTTATGTCATC-TTTATAACAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  CTATCCTACGGGCTGAAAGCTCATCATCCTTATGTCATCTTTTATAACAG  139

seq1  TCTTGAAGCATAAGTACTTTTATATAAAGGATACTTGAGACTAATGTTGA  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TGAAGCATAAGTACTTTTATATAAAGGATACTTGAGACTAATGTTGA  188

seq1  TCCCTTAGGGATGTGAGGGGATGTGCCAAGACCATTCTCCTAGTTGCGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAGGGATGTGAGGGGATGTGCCAAGACCATTCTCCTAGTTGCGCT  238

seq1  TAGGTGGCATGCTTCTAAAATAATCAGCCATCAGACAAGACTTCCTGCTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGCATGCTTCTAAAATAATCAGCCATCAGACAAGACTTCCTGCTA  288

seq1  TGAAGAAATTTGAGATTAATTTTTAGATTAGAGTTGACAACCCACCAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAATTTGAGATTAATTTTTAGATTAGAGTTGACAACCCACCAAAT  338

seq1  TCACATTCTTTGCCTTGCAGTGTTTTCTCCTTACTGGTAGGACATTTCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCTTTGCCTTGCAGTGTTTTCTCCTTACTGGTAGGACATTTCCC  388

seq1  TCTTCTAATGACTTGTAAGTCTATACTCACATGAGTGTTACTCTCCCCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAATGACTTGTAAGTCTATACTCACATGAGTGTTACTCTCCCCTA  438

seq1  GGCAATTCAGTCTCAGTAGCTTTTCTCTTCAAATTTGATGTCTCTGCCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTCAGTCTCAGTAGCTTTTCTCTTCAAATTTGATGTCTCTGCCTA  488

seq1  AAATTTCCCTTAACTTGCTGTGGACAATTTCAAAACTGAAGTAGAATTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCCTTAACTTGCTGTGGACAATTTCAAAACTGAAGTAGAATTGG  538

seq1  AAATCTAGTCAAATGCAAATCTATAGAAGCTGAATTTGTTCTCTGCTCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGTCAAATGCAAATCTATAGAAGCTGAATTTGTTCTCTGCTCTC  588

seq1  TTTATCCGCGGTTCCCCCACCTCTTCTTTTTGTGTTTCCTCTACTGTCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCGCGGTTCCCCCACCTCTTCTTTTTGTGTTTCCTCTACTGTCTT  638

seq1  CTGCACTATGTGTGAGTGCACATGGGTATGGTTTGCACCCAAGATACCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTATGTGTGAGTGCACATGGGTATGGTTTGCACCCAAGATACCTA  688

seq1  AGATTGGCTGTAATTGTAGGCACCAATGAATAAGTTACATTTTTTGGGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGCTGTAATTGTAGGCACCAATGAATAAGTTACATTTTTTGGGGG  738

seq1  GTTATTCCTAATAAACTAGTAACCCAGTTAAGTTGTTTCTAACTTTTTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCCTAATAAACTAGTAACCCAGTTAAGTTGTTTCTAACTTTTTTT  788

seq1  GGTCAGGTTTCCACCCCCTGGATTCCATTTGTCTATTCAACAATTTCTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGTTTCCACCCCCTGGATTCCATTTGTCTATTCAACAATTTCTTG  838

seq1  TCTTTTTGTCTCCCTTATTGTTGGTGAAATTTTATAAAATTTTATTTGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTGTCTCCCTTATTGTTGGTGAAATTTTATAAAATTTTATTTGTT  888

seq1  TTGATAAAAGGTTTCATGCACACAGTTTCTTGATTAGTGACCAACACGGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAAAGGTTTCATGCACACAGTTTCTTGATTAGTGACCAACACGGG  938

seq1  AGGGCCCACCCCACTGTAGGTGGTGCCACCCCTGGGCAGGTGATTTAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCCACCCCACTGTAGGTGGTGCCACCCCTGGGCAGGTGATTTAAGA  988

seq1  AGACAGGTTAAGCAAGCCAGTAAGTGGTGTTCCCCCATGGTTTTACTACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGTTAAGCAAGCCAGTAAGTGGTGTTCCCCCATGGTTTTACTACA  1038

seq1  GTTCTTGTCTCCCAGTCTGTGCCTTGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGTCTCCCAGTCTGTGCCTTGAATTC  1069