BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120N02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 60,650,826 - 60,783,395
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEpha6, LOC100043804, EG668168, LOC668170
Downstream geneLOC100043524, LOC668183
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120N02.bB6Ng01-120N02.g
ACCDH924660DH924661
length1,0771,145
definitionDH924660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120N02, 5' end.DH924661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,650,826 - 60,651,910)(60,782,239 - 60,783,395)
sequence
gaattcacagtgcatttatgaatgtcaatagtattttttgactaaaaatg
atacaacagttggttaacttcaggaggtctggctttgcttatgaattacg
tttgacattaaaagtagaaataatgattatgttttatgttaaactttaga
ccaacataacttcacatgatacacatatcgcactaacatcacgaaccatc
acagcactactctttctgtttgtgaagaagattgatttttgtctccttaa
ctattgattgtgggtctctaatattctgagtcaatattaaatcattagca
gatacttaaatacattttctaaagatataaaattcaattgatctttgtta
tctaaaggaaattggtttaaagaaactcacatgtgtaaaaaaactatgaa
tattcaaatttcttatgtaaaatggccttttttaaaataagctatgtttt
actcttatataattcaattcatgtctagattacattttaaatgatatata
gttattatattatgccattatgctttatatactatatagttattataatg
tatgatttacaggatattaacaaggggaagtctatatacattctgtatgg
aaacaatgttttatgattatttttgatgtattgttgttgaatctgtaaat
caaagagccatcaatacagtgatctgtatatattagtgtagtgacttatt
tctggaataatatcaataaaatttattagaaaattaatggcataaaagac
cagttgacattatatttaaagctcacaattgcagaattataatccctcta
ttctgtacttattagggactatgtgtttcacacaactctgtgaaaaagca
ggtcctgattaagtgcatagagcaataatttaatgagcacagatgggaca
ccaagctgatggctcagcccaaggctatcacatattttttatgcaatttg
gtgacagctcaagcaacctggctgataaaagcagccatggctgaaatcta
ctgtgtgttgcttacactcatgaaatttatatgaaatcatgtactttaga
actgttcctaagtccctcatggtgctg
gaattcactctgaaagaagacagaaggagagttgaataaatgcattatgc
tgtagccccagtggggaagaatgcactccaatgagactatattcccatag
gtatcctgaagggctcatttgttagcagtgttagtggcttgggttctact
ttcatatcatctgttgtcctattatgcttagtgttctggaataactggag
ctggtgtttattatggttttcaaaagcttaaccttgaacacagtatgtca
ctgtgctcagacagaaataatgcagcagaccaacttggtctaaactagca
tccatggtttgcagataggccttttagtgtaaataatatttttcattttt
tatattcataaatccactttaatatagtcaagtcaaaagcaaaaatatca
tacagctggtttaaggaagccattcaaacacttgaacattctcaatgact
gtgcatcacagtgatcttctataaagatgaacaaatctgaagcaatggag
tttcatttagggttttatggttccagtatcattcacattttatactttta
ttacaagacacacagagacacacatatacacaaacaaactaaaactacaa
aagtgtggactaattgccttgtctgaaaaagaaccaaatcatattgtctc
taccaacaaatttagttaacaaaattcagtataaaatgatgtaaaataaa
taaccatgctaataaaatttagttcatattaaatgacttagaagataaag
aaagacaccaccatatattttaaaagataatgattttggttgtgagtcta
ggctttaactgctggtgtggatgtagaaaaagagcaacactcccccattg
ctggtgggaccgcaatctgataaaaccacaatctggtggtacctcagaaa
attggaaatagttcttcctgagacacagctgtacccatactgggcatata
cctgaaaatttctgacatatatacgacacaccctcctatgtttatatcag
ccttattcatacagccaaagctggaaacacttaagttccctcaacagaga
tggatacagaaattgtggtacatttaaccatggtgtactaacctagctat
taagaaacaatgacttcatgaatatgtgggccaggtaaatggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_60650826_60651910
seq2: B6Ng01-120N02.b_46_1122

seq1  GAATTCACAGTGCATTTATGAATGTCAATAGTATTTTTTGACTAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGCATTTATGAATGTCAATAGTATTTTTTGACTAAAAATG  50

seq1  ATACAACAGTTGGTTAACTTCAGGAGGTCTGGCTTTGCTTATGAATTACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACAGTTGGTTAACTTCAGGAGGTCTGGCTTTGCTTATGAATTACG  100

seq1  TTTGACATTAAAAGTAGAAATAATGATTATGTTTTATGTTAAACTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACATTAAAAGTAGAAATAATGATTATGTTTTATGTTAAACTTTAGA  150

seq1  CCAACATAACTTCACATGATACACATATCGCACTAACATCACGAACCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATAACTTCACATGATACACATATCGCACTAACATCACGAACCATC  200

seq1  ACAGCACTACTCTTTCTGTTTGTGAAGAAGATTGATTTTTGTCTCCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACTACTCTTTCTGTTTGTGAAGAAGATTGATTTTTGTCTCCTTAA  250

seq1  CTATTGATTGTGGGTCTCTAATATTCTGAGTCAATATTAAATCATTAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGATTGTGGGTCTCTAATATTCTGAGTCAATATTAAATCATTAGCA  300

seq1  GATACTTAAATACATTTTCTAAAGATATAAAATTCAATTGATCTTTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTAAATACATTTTCTAAAGATATAAAATTCAATTGATCTTTGTTA  350

seq1  TCTAAAGGAAATTGGTTTAAAGAAACTCACATGTGTAAAAAAACTATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGAAATTGGTTTAAAGAAACTCACATGTGTAAAAAAACTATGAA  400

seq1  TATTCAAATTTCTTATGTAAAATGGCCTTTTTTAAAATAAGCTATGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAATTTCTTATGTAAAATGGCCTTTTTTAAAATAAGCTATGTTTT  450

seq1  ACTCTTATATAATTCAATTCATGTCTAGATTACATTTTAAATGATATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTATATAATTCAATTCATGTCTAGATTACATTTTAAATGATATATA  500

seq1  GTTATTATATTATGCCATTATGCTTTATATACTATATAGTTATTATAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTATATTATGCCATTATGCTTTATATACTATATAGTTATTATAATG  550

seq1  TATGATTTACAGGATATTAACAAGGGGAAGTCTATATACATTCTGTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTACAGGATATTAACAAGGGGAAGTCTATATACATTCTGTATGG  600

seq1  AAACAATGTTTTATGATTATTTTTGATGTATTGTTGTTGAATCTGTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGTTTTATGATTATTTTTGATGTATTGTTGTTGAATCTGTAAAT  650

seq1  CAAAGAGCCATCAATACAGTGATCTGTATATATTAGTGTAGTGACTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGCCATCAATACAGTGATCTGTATATATTAGTGTAGTGACTTATT  700

seq1  TCTGGAATAATATCAATAAAATTTATTAGAAAATTAATGGCATAAAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATAATATCAATAAAATTTATTAGAAAATTAATGGCATAAAAGAC  750

seq1  CAGTTGACATTATATTTAAAGCTCACAATTGCAGAATTATAATCCCTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGACATTATATTTAAAGCTCACAATTGCAGAATTATAATCCCTCTA  800

seq1  TTCTGTACTTATTAGGGACTATGTGTTTCACACAACTCTGTGAAAAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACTTATTAGGGACTATGTGTTTCACACAACTCTGTGAAAAAGCA  850

seq1  GGTCCTGATTAAGTGCATAGAGCAATAATTTAATGAGCACAGATGGGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGATTAAGTGCATAGAGCAATAATTTAATGAGCACAGATGGGACA  900

seq1  CCAAGCTGATGGCTCAGCCCAAGGCTATCACATA-TGTTTATGCAATTTG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  CCAAGCTGATGGCTCAGCCCAAGGCTATCACATATTTTTTATGCAATTTG  950

seq1  GTGACAGCTCAAGCAACCTGGCTGATAAAAGCAGCCATGGCTGAAATCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGACAGCTCAAGCAACCTGGCTGATAAAAGCAGCCATGGCTGAAATCT-  999

seq1  ACTGTGTGTTGCCTACCAACTCATGAAAATCTATATGAAAATCCATGTAC  1049
      |||||||||||| |||  ||||||| |||| |||||||||   |||||||
seq2  ACTGTGTGTTGCTTAC--ACTCATG-AAATTTATATGAAA--TCATGTAC  1044

seq1  TTTAAGATACCTGTCCCTAAGTCACTCATGGTGCTG  1085
      |||   | | |||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TTT---AGAACTGTTCCTAAGTCCCTCATGGTGCTG  1077

seq1: chr16_60782239_60783395
seq2: B6Ng01-120N02.g_67_1211 (reverse)

seq1  GTTCCATTCA-CTTGCCCACATATTTCATGAAGTCATTG-TTCTTAATAG  48
      |||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTCCATTTACCTGGCCCACATA-TTCATGAAGTCATTGTTTCTTAATAG  49

seq1  CT-GAGTAGTACACCATTGTGTAAATGTACCACAATTTCTGTATCCATTC  97
      || |  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  
seq2  CTAGGTTAGTACACCATGGT-TAAATGTACCACAATTTCTGTATCCAT--  96

seq1  TTCTGTTGAGGGACTTTTAAGTTGTTTCCAGCTTTTGGCTTGTATGAATA  147
       ||||||||||||   ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CTCTGTTGAGGGA-ACTTAAG-TGTTTCCAGC-TTTGGC-TGTATGAATA  142

seq1  AGGCTGATATAAACATAAAGGAGGGTGTGTCCTTATTATATGTTCAAGAA  197
      ||||||||||||||||  ||||||||||||| |   |||||||   ||||
seq2  AGGCTGATATAAACAT--AGGAGGGTGTGTCGT--ATATATGT--CAGAA  186

seq1  ATTTTCAGGTATATGCCCAGTATTGGTACAGCTGTGTCTTCAGGAAGAAC  247
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTTTCAGGTATATGCCCAGTATGGGTACAGCTGTGTC-TCAGGAAGAAC  235

seq1  TATTTCCAATTTTCTGAGGTACCACCAGATTGTGGTTTTATCAGATTGCG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCAATTTTCTGAGGTACCACCAGATTGTGGTTTTATCAGATTGCG  285

seq1  GTCCCACCAGCAATGGGGGAGTGTTGCTCTTTTTCTACATCCACACCAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACCAGCAATGGGGGAGTGTTGCTCTTTTTCTACATCCACACCAGC  335

seq1  AGTTAAAGCCTAGACTCACAACCAAAATCATTATCTTTTAAAATATATGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGCCTAGACTCACAACCAAAATCATTATCTTTTAAAATATATGG  385

seq1  TGGTGTCTTTCTTTATCTTCTAAGTCATTTAATATGAACTAAATTTTATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTTTCTTTATCTTCTAAGTCATTTAATATGAACTAAATTTTATT  435

seq1  AGCATGGTTATTTATTTTACATCATTTTATACTGAATTTTGTTAACTAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGTTATTTATTTTACATCATTTTATACTGAATTTTGTTAACTAAA  485

seq1  TTTGTTGGTAGAGACAATATGATTTGGTTCTTTTTCAGACAAGGCAATTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGTAGAGACAATATGATTTGGTTCTTTTTCAGACAAGGCAATTA  535

seq1  GTCCACACTTTTGTAGTTTTAGTTTGTTTGTGTATATGTGTGTCTCTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACACTTTTGTAGTTTTAGTTTGTTTGTGTATATGTGTGTCTCTGTG  585

seq1  TGTCTTGTAATAAAAGTATAAAATGTGAATGATACTGGAACCATAAAACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTAATAAAAGTATAAAATGTGAATGATACTGGAACCATAAAACC  635

seq1  CTAAATGAAACTCCATTGCTTCAGATTTGTTCATCTTTATAGAAGATCAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGAAACTCCATTGCTTCAGATTTGTTCATCTTTATAGAAGATCAC  685

seq1  TGTGATGCACAGTCATTGAGAATGTTCAAGTGTTTGAATGGCTTCCTTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCACAGTCATTGAGAATGTTCAAGTGTTTGAATGGCTTCCTTAA  735

seq1  ACCAGCTGTATGATATTTTTGCTTTTGACTTGACTATATTAAAGTGGATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGTATGATATTTTTGCTTTTGACTTGACTATATTAAAGTGGATT  785

seq1  TATGAATATAAAAAATGAAAAATATTATTTACACTAAAAGGCCTATCTGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATATAAAAAATGAAAAATATTATTTACACTAAAAGGCCTATCTGC  835

seq1  AAACCATGGATGCTAGTTTAGACCAAGTTGGTCTGCTGCATTATTTCTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATGGATGCTAGTTTAGACCAAGTTGGTCTGCTGCATTATTTCTGT  885

seq1  CTGAGCACAGTGACATACTGTGTTCAAGGTTAAGCTTTTGAAAACCATAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCACAGTGACATACTGTGTTCAAGGTTAAGCTTTTGAAAACCATAA  935

seq1  TAAACACCAGCTCCAGTTATTCCAGAACACTAAGCATAATAGGACAACAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACCAGCTCCAGTTATTCCAGAACACTAAGCATAATAGGACAACAG  985

seq1  ATGATATGAAAGTAGAACCCAAGCCACTAACACTGCTAACAAATGAGCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATGAAAGTAGAACCCAAGCCACTAACACTGCTAACAAATGAGCCC  1035

seq1  TTCAGGATACCTATGGGAATATAGTCTCATTGGAGTGCATTCTTCCCCAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATACCTATGGGAATATAGTCTCATTGGAGTGCATTCTTCCCCAC  1085

seq1  TGGGGCTACAGCATAATGCATTTATTCAACTCTCCTTCTGTCTTCTTTCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTACAGCATAATGCATTTATTCAACTCTCCTTCTGTCTTCTTTCA  1135

seq1  GAGTGAATTC  1157
      ||||||||||
seq2  GAGTGAATTC  1145