BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123I19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 43,228,129 - 43,378,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667484
Upstream geneGap43, BC002163
Downstream geneZbtb20, LOC100043314, Drd3, Qtrtd1, 2610015P09Rik, Zdhhc23, Gramd1c, Atp6v1a, Nat13, Gm608, Sidt1, Ccdc52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123I19.bB6Ng01-123I19.g
ACCDH926686DH926687
length1,1461,006
definitionDH926686|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123I19, 5' end.DH926687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,228,129 - 43,229,284)(43,377,939 - 43,378,934)
sequence
gaattccacccatgaataccagagtgtatcttatcccttgagccttagag
ctggacttgcaggcagttagctgccctgtttgagagaagagaaacaaatg
ctggtcctcaggaaaaacagcaagtgcacttatccattaagccttctctg
tagttccttgaagaccatttccccccatgatactagggacttgaaccctg
ggcctcatgcactttaagctagagttgtaccactaagcaatatgccccac
ctctacaagacttctttggagttttctaagcccagttcagggttcagggc
tttgccttattctcaatactagcatgattcttgcatgcacttacctgtgg
tctccactcctaccttctcatccccgtttaggcctcattcctttcttgtc
cccaggtgtcttcacacttagaacctcttacacttaagcttctaggcggt
tgcatttgactatgatctagtcttggatcccacttattgctagttctata
tgccatgattctcttgtaatgtagcttctcctctcagtaatgctgttagg
tagcacatccccattaagatgcacatactaaatatatggtgggagctcca
tgctcaccttcctaccttccctccagtaaacgattctaagaagtttaaga
ctcttgatgttttctgtggactgtatagaactttgttttaaaatcaatgt
tctatagagtttctgaaaactacaaaaaaaagacctctatgtactatgta
ataaatcgtctattgctatgaagagacatctcttttaaaggaaaacattt
attggggctggcttacagtttcagaggtttagttctctatcgtcatggtg
ggacacatgtcaacatgcacgcagacatggttctaaaaaagccaagattt
ccacatattgatccgaagcagcagataagactggaatgcacactgagcaa
accttgagcatagttctgtccccacagtgacacaattccttcgaactatg
cacaatctactccacgaagcactaatactaaaaagttccacttttcaggg
tctaagcattcaaacctggagtctgtggtgtgccaaacctatcaaacccc
tatctaactaggcgatttcttcgtgaatatatccttgaaccttgtt
gaattctatggtgctataaaacagcggagccattctatgtcctaaggaat
tatcagtcagatgctaaggtgacagtaacatgctcagcctgagagctggg
tgagccctcctgagcggcctaggctgatttctcacggtctgttctgggtg
ttgaatgaaaaacaagggatgtccacttgttgctatgtaaaaagaaaacc
acactttttgaggagtttaagtatatgagattattaaaagttagtatttc
ttactaattaggtaatatttatcaagcttctaaggcacttgtgtgatggt
tttagtatgtgagaaaggttaataatgtgggcagattgtgacatccagct
gatgatgtgtatcaagtacttgaggggaccctaaaagagaaattgccttc
actagcaggttgtaattaatagtcatttaccagcaacccatatttggtaa
taagccacatcctcactttctggtagaaatgagagcatcactactttaat
cagtttcccacaggtttcctcatgttgtagtcagagtactgcctgtaaca
atgtagacatcaggaaaaggaggaggcataaaagcacctgtttgatttcc
cagtttctctgttcctttacaattctagtaaaaagaaaaccagtatgcta
tcccatattgtcaaagatttccatcctgagttctgtttctacctttagga
gatgatttcaaaaggaaaaattagggatgaaagggaatattggatttttt
ccattcattcattcattcattcattcattcattcattcattctaaccaaa
atgcctaatatgtcctaaaatattttgctagcatttgtaataaccaggat
gaaagacacaggtctctgtttaaaatatttctgtgtgtaagaaaaaggaa
aaataaatatccaactatttagacatagagtggattagcacttgtaatta
gttgaggcatcaatctcccaaagggaaagcagaagggtgtggggactgtg
cctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_43228129_43229284
seq2: B6Ng01-123I19.b_50_1195

seq1  GAATTCCACCCATGAATACCAGAGTGTATCTTATCCCTTGAGCCTTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCATGAATACCAGAGTGTATCTTATCCCTTGAGCCTTAGAG  50

seq1  CTGGACTTGCAGGCAGTTAGCTGCCCTGTTTGAGAGAAGAGAAACAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTTGCAGGCAGTTAGCTGCCCTGTTTGAGAGAAGAGAAACAAATG  100

seq1  CTGGTCCTCAGGAAAAACAGCAAGTGCACTTATCCATTAAGCCTTCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCTCAGGAAAAACAGCAAGTGCACTTATCCATTAAGCCTTCTCTG  150

seq1  TAGTTCCTTGAAGACCATTTCCCCCCATGATACTAGGGACTTGAACCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCTTGAAGACCATTTCCCCCCATGATACTAGGGACTTGAACCCTG  200

seq1  GGCCTCATGCACTTTAAGCTAGAGTTGTACCACTAAGCAATATGCCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCATGCACTTTAAGCTAGAGTTGTACCACTAAGCAATATGCCCCAC  250

seq1  CTCTACAAGACTTCTTTGGAGTTTTCTAAGCCCAGTTCAGGGTTCAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAAGACTTCTTTGGAGTTTTCTAAGCCCAGTTCAGGGTTCAGGGC  300

seq1  TTTGCCTTATTCTCAATACTAGCATGATTCTTGCATGCACTTACCTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTATTCTCAATACTAGCATGATTCTTGCATGCACTTACCTGTGG  350

seq1  TCTCCACTCCTACCTTCTCATCCCCGTTTAGGCCTCATTCCTTTCTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTCCTACCTTCTCATCCCCGTTTAGGCCTCATTCCTTTCTTGTC  400

seq1  CCCAGGTGTCTTCACACTTAGAACCTCTTACACTTAAGCTTCTAGGCGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTGTCTTCACACTTAGAACCTCTTACACTTAAGCTTCTAGGCGGT  450

seq1  TGCATTTGACTATGATCTAGTCTTGGATCCCACTTATTGCTAGTTCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTGACTATGATCTAGTCTTGGATCCCACTTATTGCTAGTTCTATA  500

seq1  TGCCATGATTCTCTTGTAATGTAGCTTCTCCTCTCAGTAATGCTGTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGATTCTCTTGTAATGTAGCTTCTCCTCTCAGTAATGCTGTTAGG  550

seq1  TAGCACATCCCCATTAAGATGCACATACTAAATATATGGTGGGAGCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATCCCCATTAAGATGCACATACTAAATATATGGTGGGAGCTCCA  600

seq1  TGCTCACCTTCCTACCTTCCCTCCAGTAAACGATTCTAAGAAGTTTAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACCTTCCTACCTTCCCTCCAGTAAACGATTCTAAGAAGTTTAAGA  650

seq1  CTCTTGATGTTTTCTGTGGACTGTATAGAACTTTGTTTTAAAATCAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGATGTTTTCTGTGGACTGTATAGAACTTTGTTTTAAAATCAATGT  700

seq1  TCTATAGAGTTTCTGAAAACTACAAAAAAAAGACCTCTATGTACTATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGAGTTTCTGAAAACTACAAAAAAAAGACCTCTATGTACTATGTA  750

seq1  ATAAATCGTCTATTGCTATGAAGAGACATCTCTTTTAAAGGAAAACATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCGTCTATTGCTATGAAGAGACATCTCTTTTAAAGGAAAACATTT  800

seq1  ATTGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCTCTATCGTCATGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCTCTATCGTCATGGTG  850

seq1  GGACACATGTCAACATGCAGGCAGACATGGTTCTAAAAAAGCCAAGATTT  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACATGTCAACATGCACGCAGACATGGTTCTAAAAAAGCCAAGATTT  900

seq1  CCACATATTGATCCGAAGGCAGCAGAATAAGACTGGAATGCCACACTGAG  950
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CCACATATTGATCCGAA-GCAGCAG-ATAAGACTGGAATG-CACACTGAG  947

seq1  CAAACCTTGAGCATAGTTCTGTCCCCACAGTGACACAATTCC-TCGAACT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAACCTTGAGCATAGTTCTGTCCCCACAGTGACACAATTCCTTCGAACT  997

seq1  ATGCCACATCTACTCCAACGAAGCACTAATACT-AATAGTACCACTTTTC  1048
      ||||   ||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||
seq2  ATGCACAATCTACTCC-ACGAAGCACTAATACTAAAAAGTTCCACTTTTC  1046

seq1  AGGGTCTAAGCATTCAAACACAGGAGTCTGTGGTG-GCCAAACCTATTCA  1097
      ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AGGGTCTAAGCATTCAAAC-CTGGAGTCTGTGGTGTGCCAAACCTA-TCA  1094

seq1  AACCACTATTCATACTTAGGCAGATTTCTTCAGTGGATATTATACCTTTG  1147
      |||| ||||   ||  ||||| ||||||||| |||   | |||| | |||
seq2  AACCCCTAT--CTAACTAGGC-GATTTCTTC-GTG---AATATATCCTTG  1137

seq1  AACCTTGTT  1156
      |||||||||
seq2  AACCTTGTT  1146

seq1: chr16_43377939_43378934
seq2: B6Ng01-123I19.g_67_1072 (reverse)

seq1  AAAAGGCACAGT-CCCACACC--TCTGCTCTCCCTT--GGAGATTGATG-  44
      |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||  ||||||||||| 
seq2  AAAAGGCACAGTCCCCACACCCTTCTGCTTTCCCTTTGGGAGATTGATGC  50

seq1  CTCAACTTAATTACAAGTGCTTAT-CACTCTATGTTCTAATTAGTTGGAT  93
      |||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||
seq2  CTCAAC-TAATTACAAGTGCTAATCCACTCTATG-TCTAAATAGTTGGAT  98

seq1  ATTTATTTTTCCTTTTTCTTACAACACAGAAATATTTTAAAACAGAGA-C  142
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATTTATTTTTCCTTTTTCTTAC-ACACAGAAATATTTT-AAACAGAGACC  146

seq1  TGTGTCTTTCAT-CTTGTTATTACAAATGCTAGCAAAATA-TTTAGGACA  190
      |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGTCTTTCATCCTGGTTATTACAAATGCTAGCAAAATATTTTAGGACA  196

seq1  TATTAGGCA-TTTGGTTAGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAT  239
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGCATTTTGGTTAGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAT  246

seq1  GAATGAATGGAAAAAATCCAATATTCCC-TTCATCCCTAATTTTTCCTTT  288
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATGGAAAAAATCCAATATTCCCTTTCATCCCTAATTTTTCCTTT  296

seq1  TGAAATCATCTCCT-AAGGTAGAAACAGAACTCAGGATGGAAATCTTTGA  337
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCATCTCCTAAAGGTAGAAACAGAACTCAGGATGGAAATCTTTGA  346

seq1  CAATAT-GGATAGCATACTGGTTTTCTTTTTACTAGAATTGTAAAGGAAC  386
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGGGATAGCATACTGGTTTTCTTTTTACTAGAATTGTAAAGGAAC  396

seq1  AGAGAAACTGGGAAATCAAACAGGTGCTTTTATGCCTCCTCCTTTTCCTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAACTGGGAAATCAAACAGGTGCTTTTATGCCTCCTCCTTTTCCTG  446

seq1  ATGTCTACATTGTTACAGGCAGTACTCTGACTACAACATGAGGAAACCTG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTACATTGTTACAGGCAGTACTCTGACTACAACATGAGGAAACCTG  496

seq1  TGGGAAACTGATTAAAGTAGTGATGCTCTCATTTCTACCAGAAAGTGAGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAACTGATTAAAGTAGTGATGCTCTCATTTCTACCAGAAAGTGAGG  546

seq1  ATGTGGCTTATTACCAAATATGGGTTGCTGGTAAATGACTATTAATTACA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCTTATTACCAAATATGGGTTGCTGGTAAATGACTATTAATTACA  596

seq1  ACCTGCTAGTGAAGGCAATTTCTCTTTTAGGGTCCCCTCAAGTACTTGAT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTAGTGAAGGCAATTTCTCTTTTAGGGTCCCCTCAAGTACTTGAT  646

seq1  ACACATCATCAGCTGGATGTCACAATCTGCCCACATTATTAACCTTTCTC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCATCAGCTGGATGTCACAATCTGCCCACATTATTAACCTTTCTC  696

seq1  ACATACTAAAACCATCACACAAGTGCCTTAGAAGCTTGATAAATATTACC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAAAACCATCACACAAGTGCCTTAGAAGCTTGATAAATATTACC  746

seq1  TAATTAGTAAGAAATACTAACTTTTAATAATCTCATATACTTAAACTCCT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGTAAGAAATACTAACTTTTAATAATCTCATATACTTAAACTCCT  796

seq1  CAAAAAGTGTGGTTTTCTTTTTACATAGCAACAAGTGGACATCCCTTGTT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGTGTGGTTTTCTTTTTACATAGCAACAAGTGGACATCCCTTGTT  846

seq1  TTTCATTCAACACCCAGAACAGACCGTGAGAAATCAGCCTAGGCCGCTCA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCAACACCCAGAACAGACCGTGAGAAATCAGCCTAGGCCGCTCA  896

seq1  GGAGGGCTCACCCAGCTCTCAGGCTGAGCATGTTACTGTCACCTTAGCAT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCTCACCCAGCTCTCAGGCTGAGCATGTTACTGTCACCTTAGCAT  946

seq1  CTGACTGATAATTCCTTAGGACATAGAATGGCTCCGCTGTTTTATAGCAC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGATAATTCCTTAGGACATAGAATGGCTCCGCTGTTTTATAGCAC  996

seq1  CATAGAATTC  996
      ||||||||||
seq2  CATAGAATTC  1006