BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127D02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,883,048 - 97,013,249
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscam
Upstream geneEts2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4
Downstream geneBace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2, Ripk4, Prdm15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127D02.bB6Ng01-127D02.g
ACCDH929372DH929373
length879885
definitionDH929372|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127D02, 5' end.DH929373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,883,048 - 96,883,924)(97,012,368 - 97,013,249)
sequence
gaattccagcatggatcggggaggaactcatgaacccgcatccctagctg
agaagctattggtagttgatagctgctgggggaggaagtgcagctactgg
aagatttccatgtcacagtggatggttcccacactcatgcaataatttgg
ctcagtgggtttaaacaatatagagaaatagaataaaaaaggatacaaag
tttggagggagatgtgttgtgtgtattagaagggaggagtgaagctggag
acgatcaagatactttgtatacatcatgaacaccttaaagaatatactac
tctttaaaagacacttaagtatctaaacatttttcttcccttagattttt
atctattgacttttaaattccgagttaggtcaggattgaagagtctagat
tttattatatgcctgaagagtgacttgattttgaacaggctgctgctgtg
tttgggtaccatggctagaagttcagtccaagcttcccagagtgctggat
ccgggcacatggccaccacagaactcattggttctcagtggggaaggggt
ctacctctgctgtgctcagcaggaggctccaggggagactttgtgagtcg
ggctgctaatggctctacatctatcattttgttagctgtctcaggaaaag
gctgcccccttttcaccttaaaagctttgaacatccttgactgtaccaga
gtccagaattaatctatccttgtcaccaaatcacttcttgggtgatgtga
aataggttcttagatcttggctcatcagaggagatggaagagaacaagat
tctgctctgggtgaaatccgtgtgacaggacagcccattgttgttctcct
agaggagttggtattcggtctgaagtttc
gaattcactacacaaccaggttctgaatttcgtgggttttgtgaggacac
tagagtgattctggcaacccccattaaccagtctctgtagttgtactttg
ctcctgcctggtgatgacatatctggaagagtgactaatgtgtcctggtg
agatccggggcaaagttcatcaccataccatgctctttgctacctctgtg
gaaagtacttgtcagcacttccatcttctgctagaagaaattcaccaaga
ctttgaacagtccttaaccaagaaaacactcatcctttataagtacaatt
ttaggaacaccatatactttacttcttttacatattgtctgtgattctat
tctgtatggagtaaatccctgacaaaattgagtatcacatgcccacatat
ctatgaaagagcaatttccctactaaaaacatttccactaaaaccaattt
gtagaagacccaccagcacctaaactgtttcttccattgatcctgagctg
ccaacatggctattgtcttttgtatttgtgtgaaagcattcttcttactt
gaaggtttacagagataattgttttttataagatcacaacttttaatccg
tggccctctctgaatgacaacatctctcttttcagttccccctaagttcg
tggtacagccccgggaccaggacgggatctatggcaaagcagtgattctc
aattgctctgcagagggttatcctgtgcctacattgtgtggaattctcaa
aggtatgaagttgatgaactgtctgttgtgtgctaaacattacagtgggt
tgtcaacaatttttgtccttttggagctattgaaggggaaaatgttatcc
tcccctcaccctaagccaacttgtatacattccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96883048_96883924
seq2: B6Ng01-127D02.b_46_924

seq1  GAATTCCAGCATGGATCGGGGAGGAACTCATGAACCCGCATCCCTAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCATGGATCGGGGAGGAACTCATGAACCCGCATCCCTAGCTG  50

seq1  AGAAGCTATTGGTAGTTGATAGCTGCTGGGGGAGGAAGTGCAGCTACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTATTGGTAGTTGATAGCTGCTGGGGGAGGAAGTGCAGCTACTGG  100

seq1  AAGATTTCCATGTCACAGTGGATGGTTCCCACACTCATGCAATAATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTCCATGTCACAGTGGATGGTTCCCACACTCATGCAATAATTTGG  150

seq1  CTCAGTGGGTTTAAACAATATAGAGAAATAGAATAAAAAAGGATACAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGTTTAAACAATATAGAGAAATAGAATAAAAAAGGATACAAAG  200

seq1  TTTGGAGGGAGATGTGTTGTGTGTATTAGAAGGGAGGAGTGAAGCTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGGAGATGTGTTGTGTGTATTAGAAGGGAGGAGTGAAGCTGGAG  250

seq1  ACGATCAAGATACTTTGTATACATCATGAACACCTTAAAGAATATACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATCAAGATACTTTGTATACATCATGAACACCTTAAAGAATATACTAC  300

seq1  TCTTTAAAAGACACTTAAGTATCTAAACATTTTTCTTCCCTTAGATTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAAGACACTTAAGTATCTAAACATTTTTCTTCCCTTAGATTTTT  350

seq1  ATCTATTGACTTTTAAATTCCGAGTTAGGTCAGGATTGAAGAGTCTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTGACTTTTAAATTCCGAGTTAGGTCAGGATTGAAGAGTCTAGAT  400

seq1  TTTATTATATGCCTGAAGAGTGACTTGATTTTGAACAGGCTGCTGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATATGCCTGAAGAGTGACTTGATTTTGAACAGGCTGCTGCTGTG  450

seq1  TTTGGGTACCATGGCTAGAAGTTCAGTCCAAGCTTCCCAGAGTGCTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTACCATGGCTAGAAGTTCAGTCCAAGCTTCCCAGAGTGCTGGAT  500

seq1  CCGGGCACATGGCCACCACAGAACTCATTGGTTCTCAGTGGGGAAGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGCACATGGCCACCACAGAACTCATTGGTTCTCAGTGGGGAAGGGGT  550

seq1  CTACCTCTGCTGTGCTCAGCAGGAGGCTCCAGGGGAGACTTTGTGAGTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTGCTGTGCTCAGCAGGAGGCTCCAGGGGAGACTTTGTGAGTCG  600

seq1  GGCTGCTAATGGCTCTACATCTATCATTTTGTTAGCTGTCTCAGGAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTAATGGCTCTACATCTATCATTTTGTTAGCTGTCTCAGGAAAAG  650

seq1  GCTGCCCCC-TTTCACCTAAAAAGC-TTGAACATCC-TGACTGTACCAGA  697
      ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTGCCCCCTTTTCACCTTAAAAGCTTTGAACATCCTTGACTGTACCAGA  700

seq1  GTCCAGAATTAATCTATCCTTGTCACCAAATCACTTCTTGGGTGATGTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAATTAATCTATCCTTGTCACCAAATCACTTCTTGGGTGATGTGA  750

seq1  AATAGGTTCTTAGATCTTGGCTCATCAGAGGAGATGGAAGAAGAACAAGA  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATAGGTTCTTAGATCTTGGCTCATCAGAGGAGATGGAAG-AGAACAAGA  799

seq1  ATCTGCTCTGGGTG-AATCCGTGTGACAGGGACAGCCCA-TGGTGTTCTC  845
       ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||
seq2  TTCTGCTCTGGGTGAAATCCGTGTGACA-GGACAGCCCATTGTTGTTCTC  848

seq1  CCAGAGGAGGCTGGTATTCTGTCTGAAGTTTC  877
      | |||||| | |||||||| ||||||||||||
seq2  CTAGAGGA-GTTGGTATTCGGTCTGAAGTTTC  879

seq1: chr16_97012368_97013249
seq2: B6Ng01-127D02.g_68_952 (reverse)

seq1  TGGG-ATGTATACAAGATGGCTTAGGGTGA-GGGAGGATAACATATTCAC  48
      |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
seq2  TGGGAATGTATACAAGTTGGCTTAGGGTGAGGGGAGGATAACATTTTCCC  50

seq1  CTTCAAATAGCTCCAAAAGGAC-AAAATTGTTGACAACACACTGT-ATGT  96
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTTC-AATAGCTCCAAAAGGACAAAAATTGTTGACAACCCACTGTAATGT  99

seq1  TTAGCACACAACAGACAGTTCAATCAACTTCATACCTTTTGAGAATTTCC  146
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TTAGCACACAACAGACAGTTC-ATCAACTTCATACC-TTTGAGAA-TTCC  146

seq1  ACACAATTGTAGGCACAGGATAACCCTCTGCAGAGCAATTGAGAATCACT  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAA-TGTAGGCACAGGATAACCCTCTGCAGAGCAATTGAGAATCACT  195

seq1  GCTTTGCCATAGATCCCGTCCTGGTCCCGGGGCTGTACCACGAACTTAGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCATAGATCCCGTCCTGGTCCCGGGGCTGTACCACGAACTTAGG  245

seq1  GGGAACTGAAAAGAGAGATGTTGTCATTCAGAGAGGGCCACGGATT-AAA  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGAACTGAAAAGAGAGATGTTGTCATTCAGAGAGGGCCACGGATTAAAA  295

seq1  GTTGTGATCTTAT-AAAAACAATTATCTCTGTAAACCTTCAAGTAAGAAG  344
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGATCTTATAAAAAACAATTATCTCTGTAAACCTTCAAGTAAGAAG  345

seq1  AATGC-TTCACACAAATAC-AAAGACAATAGCCATGTTGGCAGCTCAGGA  392
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTCACACAAATACAAAAGACAATAGCCATGTTGGCAGCTCAGGA  395

seq1  TCAATGGAAGAAACAGTTTAGGTGCTGGTGGGTCTTCTACAAATTGGTTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGAAGAAACAGTTTAGGTGCTGGTGGGTCTTCTACAAATTGGTTT  445

seq1  TAGTGGAAATGTTTTTAGTAGGGAAATTGCTCTTTCATAGATATGTGGGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGAAATGTTTTTAGTAGGGAAATTGCTCTTTCATAGATATGTGGGC  495

seq1  ATGTGATACTCAATTTTGTCAGGGATTTACTCCATACAGAATAGAATCAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATACTCAATTTTGTCAGGGATTTACTCCATACAGAATAGAATCAC  545

seq1  AGACAATATGTAAAAGAAGTAAAGTATATGGTGTTCCTAAAATTGTACTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATATGTAAAAGAAGTAAAGTATATGGTGTTCCTAAAATTGTACTT  595

seq1  ATAAAGGATGAGTGTTTTCTTGGTTAAGGACTGTTCAAAGTCTTGGTGAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGATGAGTGTTTTCTTGGTTAAGGACTGTTCAAAGTCTTGGTGAA  645

seq1  TTTCTTCTAGCAGAAGATGGAAGTGCTGACAAGTACTTTCCACAGAGGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAGCAGAAGATGGAAGTGCTGACAAGTACTTTCCACAGAGGTA  695

seq1  GCAAAGAGCATGGTATGGTGATGAACTTTGCCCCGGATCTCACCAGGACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGCATGGTATGGTGATGAACTTTGCCCCGGATCTCACCAGGACA  745

seq1  CATTAGTCACTCTTCCAGATATGTCATCACCAGGCAGGAGCAAAGTACAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTCACTCTTCCAGATATGTCATCACCAGGCAGGAGCAAAGTACAA  795

seq1  CTACAGAGACTGGTTAATGGGGGTTGCCAGAATCACTCTAGTGTCCTCAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGACTGGTTAATGGGGGTTGCCAGAATCACTCTAGTGTCCTCAC  845

seq1  AAAACCCACGAAATTCAGAACCTGGTTGTGTAGTGAATTC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCACGAAATTCAGAACCTGGTTGTGTAGTGAATTC  885