BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128O18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 78,336,107 - 78,471,497
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCxadr, Btg3
Upstream gene2810055G20Rik, LOC435483, LOC100039561
Downstream geneD16Ertd472e, LOC100039605, 4930570E03Rik, Chodl, Prss7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128O18.bB6Ng01-128O18.g
ACCDH930644DH930645
length1,0901,001
definitionDH930644|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128O18, 5' end.DH930645|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,470,404 - 78,471,497)(78,336,107 - 78,337,111)
sequence
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttttccccac
aacagagctatgagtgttgtggaccctgagtcaggaaaaaactaaattgc
tacaaacctagactgcctggaaaggaagattccagtagccttccaccttg
ggtttctatggctcaagtgtaagctagcgttttgcagagttgtccaagag
caactattctcgattgttcagcagtgaccacctaaatggcgtggaggagt
gcgtgcctgtaatcccagaacttgtcaagttgaggtagaagagtgaggaa
ttcaaggtttcctgaattcacagctagtatacttgtccagattttaaaac
atcttcttagataaaatgtttggcacattgctaacaagttccaagttagt
ctgcctaatgtaaccaaaaccacctaatacaaactacgtcgtgattacaa
aagtgattactgcatgagactctttccaaactccctctcctagataccac
agacctgccaaatcaaactctcccctcaagtcctctgtctacctgctcca
cagtcagacgcgtatcattttacaagtctaagagacatcaaacagaaagc
ttctaactaacaaggtcgtctctttatcacttacttgccggtgaaatcat
gcgggccatgagtgaaccaacccattgcatctcaggttgaccgacatggg
caaatgagagagtagctacctgcagcttgacactatactgacaggaagtg
ttagtgttaattaggaagcacagaagaagttcaaggagacaccttggaat
taaaatgtgcctttcaattgaatcaataacagggtctgaa
gaattctttccttccttttgggggcagaatatgtatatgtctctgtgcgc
tcttaagtattaatgttaaggctgagctacatgatcatagatgctaggat
atgaaaatgagacgtcttcctcagtacacagtatgaagcatacgcgtttg
tacaaaagccatagttactgttccttatggtctgaccaagataatagatt
gggaaaggcacacagttaatgctgtgacgccttcctccgcagcgtttgta
cttttgtatttatccataatttaagtttttagaaactcagttatctttag
catgtgctggggattttgttttccagggaagatgtgcctcctccaaagag
tcggacatccactgccaggagctatattggcagcaaccattcctccctgg
gatccatgtccccctctaacatggaggggtattccaagacgcagtataac
caagtccccagtgaagactttgaacgtgcgcctcagagcccgactctggc
acccgctaaggtagctgcccctaatctcagtcgaatgggagcggttcctg
tgatgattcctgcacagagcaaggacgggtctatagtatagaactccgca
cctctctgttctgctgtccgtggctcgtttcttctcttgacatatcaaca
tttattctattctaaaattttgttaacagtagcccatatatataatatat
atgtgtgtgtatgtgtatatatacacatgtgtgcacatatacgtatatgt
acacatgtgtatatatgcataatatatatgcatatatacgcacttatata
tgcatatatatatatgaagaagtttataagaatcatactccataagattt
ttttggttattgtgaaacataaaggcttaagagtaatagcattgaccatc
tggaaaatttgggtttctttaccaagtgattttagggccttatctaatct
gaagaaggatatagcactttggatatgatgtcatggttgaagaaatttgt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_78470404_78471497
seq2: B6Ng01-128O18.b_48_1137 (reverse)

seq1  TTCAGACACCTGTTA-TGATTCAA-TGGAAGGCACATTTTAATTCCAAGG  48
      ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAC-CCTGTTATTGATTCAATTGAAAGGCACATTTTAATTCCAAGG  49

seq1  TTGGTTCTCCTTGAACTTC-TCTGTGCTTCCTTAATTAACACTAACACTT  97
      |    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  T---GTCTCCTTGAACTTCTTCTGTGCTTCC-TAATTAACACTAACACTT  95

seq1  CTTGTCAGTATAGTGTTCAAGCTGCAGGTAGCTACCTCTCTCATTTGCCC  147
      | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGTATAGTG-TCAAGCTGCAGGTAGCTA-CTCTCTCATTTGCCC  143

seq1  ATGTCGGTCAACCTGAGATGCAATGGGTTGGTTCACTCATGGCCCGCATG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCGGTCAACCTGAGATGCAATGGGTTGGTTCACTCATGGCCCGCATG  193

seq1  ATTTCACCGGCAAGTAAGTGATAAAGAGACGACCTTGTTAGTTAGAAGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACCGGCAAGTAAGTGATAAAGAGACGACCTTGTTAGTTAGAAGCT  243

seq1  TTCTGTTTGATGTCTCTTAGACTTGTAAAATGATACGCGTCTGACTGTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTGATGTCTCTTAGACTTGTAAAATGATACGCGTCTGACTGTGG  293

seq1  AGCAGGTAGACAGAGGACTTGAGGGGAGAGTTTGATTTGGCAGGTCTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTAGACAGAGGACTTGAGGGGAGAGTTTGATTTGGCAGGTCTGTG  343

seq1  GTATCTAGGAGAGGGAGTTTGGAAAGAGTCTCATGCAGTAATCACTTTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAGGAGAGGGAGTTTGGAAAGAGTCTCATGCAGTAATCACTTTTG  393

seq1  TAATCACGACGTAGTTTGTATTAGGTGGTTTTGGTTACATTAGGCAGACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACGACGTAGTTTGTATTAGGTGGTTTTGGTTACATTAGGCAGACT  443

seq1  AACTTGGAACTTGTTAGCAATGTGCCAAACATTTTATCTAAGAAGATGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGAACTTGTTAGCAATGTGCCAAACATTTTATCTAAGAAGATGTT  493

seq1  TTAAAATCTGGACAAGTATACTAGCTGTGAATTCAGGAAACCTTGAATTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATCTGGACAAGTATACTAGCTGTGAATTCAGGAAACCTTGAATTC  543

seq1  CTCACTCTTCTACCTCAACTTGACAAGTTCTGGGATTACAGGCACGCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTTCTACCTCAACTTGACAAGTTCTGGGATTACAGGCACGCACT  593

seq1  CCTCCACGCCATTTAGGTGGTCACTGCTGAACAATCGAGAATAGTTGCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACGCCATTTAGGTGGTCACTGCTGAACAATCGAGAATAGTTGCTC  643

seq1  TTGGACAACTCTGCAAAACGCTAGCTTACACTTGAGCCATAGAAACCCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAACTCTGCAAAACGCTAGCTTACACTTGAGCCATAGAAACCCAA  693

seq1  GGTGGAAGGCTACTGGAATCTTCCTTTCCAGGCAGTCTAGGTTTGTAGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGGCTACTGGAATCTTCCTTTCCAGGCAGTCTAGGTTTGTAGCA  743

seq1  ATTTAGTTTTTTCCTGACTCAGGGTCCACAACACTCATAGCTCTGTTGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTTTTTCCTGACTCAGGGTCCACAACACTCATAGCTCTGTTGTG  793

seq1  GGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTGAACAGAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTGAACAGAAC  843

seq1  AGCAATGGCTTGTGCTGTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTAATGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGGCTTGTGCTGTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTAATGA  893

seq1  AACTCCAAAGTTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAAAGTTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGA  943

seq1  CCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGG  993

seq1  ACTAATATCCAACATATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTTCAGAAAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATATCCAACATATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTTCAGAAAAT  1043

seq1  CAAATAACCCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAACTGAACAAAGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAACCCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAACTGAACAAAGAATTC  1090

seq1: chr16_78336107_78337111
seq2: B6Ng01-128O18.g_68_1068

seq1  GAATTCTTTCCTTCCTTTTGGGGGCAGAATATGTATATGTCTCTGTGCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTTCCTTTTGGGGGCAGAATATGTATATGTCTCTGTGCGC  50

seq1  TCTTAAGTATTAATGTTAAGGCTGAGCTACATGATCATAGATGCTAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGTATTAATGTTAAGGCTGAGCTACATGATCATAGATGCTAGGAT  100

seq1  ATGAAAATGAGACGTCTTCCTCAGTACACAGTATGAAGCATACGCGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATGAGACGTCTTCCTCAGTACACAGTATGAAGCATACGCGTTTG  150

seq1  TACAAAAGCCATAGTTACTGTTCCTTATGGTCTGACCAAGATAATAGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGCCATAGTTACTGTTCCTTATGGTCTGACCAAGATAATAGATT  200

seq1  GGGAAAGGCACACAGTTAATGCTGTGACGCCTTCCTCCGCAGCGTTTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGCACACAGTTAATGCTGTGACGCCTTCCTCCGCAGCGTTTGTA  250

seq1  CTTTTGTATTTATCCATAATTTAAGTTTTTAGAAACTCAGTTATCTTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTATTTATCCATAATTTAAGTTTTTAGAAACTCAGTTATCTTTAG  300

seq1  CATGTGCTGGGGATTTTGTTTTCCAGGGAAGATGTGCCTCCTCCAAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTGGGGATTTTGTTTTCCAGGGAAGATGTGCCTCCTCCAAAGAG  350

seq1  TCGGACATCCACTGCCAGGAGCTATATTGGCAGCAACCATTCCTCCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACATCCACTGCCAGGAGCTATATTGGCAGCAACCATTCCTCCCTGG  400

seq1  GATCCATGTCCCCCTCTAACATGGAGGGGTATTCCAAGACGCAGTATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATGTCCCCCTCTAACATGGAGGGGTATTCCAAGACGCAGTATAAC  450

seq1  CAAGTCCCCAGTGAAGACTTTGAACGTGCGCCTCAGAGCCCGACTCTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCCCAGTGAAGACTTTGAACGTGCGCCTCAGAGCCCGACTCTGGC  500

seq1  ACCCGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTCAGTCGAATGGGAGCGGTTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTCAGTCGAATGGGAGCGGTTCCTG  550

seq1  TGATGATTCCTGCACAGAGCAAGGACGGGTCTATAGTATAGAACTCCGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTCCTGCACAGAGCAAGGACGGGTCTATAGTATAGAACTCCGCA  600

seq1  CCTCTCTGTTCTGCTGTCCGTGGCTCGTTTCTTCTCTTGACATATCAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGTTCTGCTGTCCGTGGCTCGTTTCTTCTCTTGACATATCAACA  650

seq1  TTTATTCTATTCT-AAATTTTGTTAACAGTAGCCCATATATATAATATAT  699
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTATTCTAAAATTTTGTTAACAGTAGCCCATATATATAATATAT  700

seq1  ATGTGTGTGTATGTGTATATATACACATGTGTACACATATACGTATATGT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTATGTGTATATATACACATGTGTGCACATATACGTATATGT  750

seq1  ACACATGTGTATATATGCATAATATATATGCATATATACGCACTTATATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGTATATATGCATAATATATATGCATATATACGCACTTATATA  800

seq1  TGCATATATATATATGAAGAAGTTTATAAGAATCATACTCCATAAGATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATATATATATGAAGAAGTTTATAAGAATCATACTCCATAAGATTT  850

seq1  TTTTGGTTATTGTGAAACAATAAAGGCTTAAGAGTAATAGCATTGACCAT  899
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTATTGTGAAAC-ATAAAGGCTTAAGAGTAATAGCATTGACCAT  899

seq1  CTGGAAAATTTGGGGTTTCTTACCAAGTTGATTTTAAGGCCCTTATCTTA  949
      |||||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||  
seq2  CTGGAAAATTTGGGTTTCTTTACCAAG-TGATTTT-AGGGCCTTATCT--  945

seq1  TATCTGAAGAAAGATATAGCACTTTGAATATGATGTCATGGGTGAAGAAA  999
       |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  AATCTGAAGAAGGATATAGCACTTTGGATATGATGTCATGGTTGAAGAAA  995

seq1  TTTGTG  1005
      ||||||
seq2  TTTGTG  1001