BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132H18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,341,187 - 9,486,802
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132H18.bB6Ng01-132H18.g
ACCDH933276DH933277
length8051,134
definitionDH933276|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132H18, 5' end.DH933277|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,341,187 - 9,341,991)(9,485,671 - 9,486,802)
sequence
gaattcactccatatttcagtgctcacagctccgattccattccaagcag
gcacatctgggcgcttggcatccactgtctgaagtagaaggctctgcatc
caaaggtggggaagatgttgtaagtgtcagaagatgtttgtagaaatgga
cacatcccaccctgcagggaagctaagattcaggcagttctggagggcac
cggctccttagggaaacgatgctcagaagctctgaagctgacaagatgct
taaggtccctccttgccccacagttatatgggcagccaggactggcaaga
acagacattcctacctgtcaagtagcctccaagttctgcagagagctcta
ggcttccagcttctatgagctgtcactcatgctggaaagggcatgtggtg
acgcaacattcttagttacccatgctctggtaagcactgctcgcctgtac
ttctgtgagcagccccagtaaactcactggtcagtgttggttttggcagt
atcattacttaggtctgtcatcaatttcctagctgtgatggggagatgtt
tgttcaggtcttcccaggaagcatgtcacataacaaggatgagcacaaat
agaacacacatgggaatggtagtcaccagctgcttgccttcactcttcat
ccatcctttgagtatttcctgagcacatattatttgcttagcaggaatgg
tgctaagtcaaggcagctgcagacaagagtggactgtgaccatgtatagt
tgtacaatactactggtaaggtggtattgttgttgttgttgttattatta
ttatt
ttggagcttgcggagaggctgaccctcagactcatggctctagtggaaga
atcacaacccagaaactcagtagtacaagcaagggagcaatggtcactgc
ccaacccctactgtgccgctcagggaccaatgtaactgcagccaaaaagt
aaggagccttggggtgacatggcctggaggttcagtccttggaacacaga
gaaggttgaagagggtggagggtatggtttgcccaactcaacaggtgtca
ttgtatttctcttccttatgaccctggaggtggggatagctgtcctatca
tctttcagaagaactccagtctcccatcagcttagaactttggagcaaat
agcacagctgtgacaaaatgcttgacagaagaaatgtcttcccttaggga
aggtgttcactgtggcccatttgaggatacagtgcactgaggcagggagg
gctggtggcaggaatgtgaggcagctgttgcctttgtaccctgtgcctct
tacaagcccaacccacctgcccttcattcgtgaatcttcctcagtcctct
cggcagttctcttgcacctcaataactccctgggaccacagagttgctct
attacaacatgtgttacatttcatagcaaatactccctctctttctccaa
ttatgctacaagatcccttgtggtcctggctaggaatttttctaacccag
catccctgacatttaagcacatgttcttgtacaggaacttggaataacag
acatttgctaaatggtccaatgtatggatagataaaaagaagaaagggaa
aacttcgaagctcagtggagatgtagagagatttcactgcacaatccatc
aatgcacattttctcttaatcaactctgatctcaatgtcttttctcgccc
tgctgtttcagccaaggcagagtaggattgccatgggacagctgagccct
tcattagagagtggtagtgctgggtgaaggcaggcaggtccaagaagtct
aagtgtccaattctatgaggctctgttctttggttattcccaagttagca
gcagattttagccttcctgctagaaaaacccctagatgggtgtaatactt
tcttagcaaccggcccaaatgaatagtgcctggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9341187_9341991
seq2: B6Ng01-132H18.b_48_852

seq1  GAATTCACTCCATATTTCAGTGCTCACAGCTCCGATTCCATTCCAAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCATATTTCAGTGCTCACAGCTCCGATTCCATTCCAAGCAG  50

seq1  GCACATCTGGGCGCTTGGCATCCACTGTCTGAAGTAGAAGGCTCTGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCTGGGCGCTTGGCATCCACTGTCTGAAGTAGAAGGCTCTGCATC  100

seq1  CAAAGGTGGGGAAGATGTTGTAAGTGTCAGAAGATGTTTGTAGAAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGGGGAAGATGTTGTAAGTGTCAGAAGATGTTTGTAGAAATGGA  150

seq1  CACATCCCACCCTGCAGGGAAGCTAAGATTCAGGCAGTTCTGGAGGGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCACCCTGCAGGGAAGCTAAGATTCAGGCAGTTCTGGAGGGCAC  200

seq1  CGGCTCCTTAGGGAAACGATGCTCAGAAGCTCTGAAGCTGACAAGATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTCCTTAGGGAAACGATGCTCAGAAGCTCTGAAGCTGACAAGATGCT  250

seq1  TAAGGTCCCTCCTTGCCCCACAGTTATATGGGCAGCCAGGACTGGCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCCCTCCTTGCCCCACAGTTATATGGGCAGCCAGGACTGGCAAGA  300

seq1  ACAGACATTCCTACCTGTCAAGTAGCCTCCAAGTTCTGCAGAGAGCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATTCCTACCTGTCAAGTAGCCTCCAAGTTCTGCAGAGAGCTCTA  350

seq1  GGCTTCCAGCTTCTATGAGCTGTCACTCATGCTGGAAAGGGCATGTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCAGCTTCTATGAGCTGTCACTCATGCTGGAAAGGGCATGTGGTG  400

seq1  ACGCAACATTCTTAGTTACCCATGCTCTGGTAAGCACTGCTCGCCTGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAACATTCTTAGTTACCCATGCTCTGGTAAGCACTGCTCGCCTGTAC  450

seq1  TTCTGTGAGCAGCCCCAGTAAACTCACTGGTCAGTGTTGGTTTTGGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGAGCAGCCCCAGTAAACTCACTGGTCAGTGTTGGTTTTGGCAGT  500

seq1  ATCATTACTTAGGTCTGTCATCAATTTCCTAGCTGTGATGGGGAGATGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTACTTAGGTCTGTCATCAATTTCCTAGCTGTGATGGGGAGATGTT  550

seq1  TGTTCAGGTCTTCCCAGGAAGCATGTCACATAACAAGGATGAGCACAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGGTCTTCCCAGGAAGCATGTCACATAACAAGGATGAGCACAAAT  600

seq1  AGAACACACATGGGAATGGTAGTCACCAGCTGCTTGCCTTCACTCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACACATGGGAATGGTAGTCACCAGCTGCTTGCCTTCACTCTTCAT  650

seq1  CCATCCTTTGAGTATTTCCTGAGCACATATTATTTGCTTAGCAGGAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTTGAGTATTTCCTGAGCACATATTATTTGCTTAGCAGGAATGG  700

seq1  TGCTAAGTCAAGGCAGCTGCAGACAAGAGTGGACTGTGACCATGTATAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTCAAGGCAGCTGCAGACAAGAGTGGACTGTGACCATGTATAGT  750

seq1  TGTACAATACTACTGGTAAGGTGGTATTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAATACTACTGGTAAGGTGGTATTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTA  800

seq1  TTATT  805
      |||||
seq2  TTATT  805

seq1: chr16_9485671_9486802
seq2: B6Ng01-132H18.g_73_1206 (reverse)

seq1  CCCAGGCACTTATCATTTGGG-CAGCTGCTATAGAATGATTTACAACCA-  48
      ||||||||||  ||||||||| | | ||||| |||| |  ||||| ||| 
seq2  CCCAGGCACTATTCATTTGGGCCGGTTGCTA-AGAAAGTATTACACCCAT  49

seq1  CTTGGTG-TTTTCTAGCAGG-AGGCTGAAAACTGCTGCATACTGTGGAAT  96
      || || | |||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||  |||||
seq2  CTAGGGGTTTTTCTAGCAGGAAGGCTAAAATCTGCTGCTAACTTGGGAAT  99

seq1  -ACCAAAG-ACAGAGCCTCATAGAATTGGCCACTTAGGACTTTCTTTGGA  144
       ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||
seq2  AACCAAAGAACAGAGCCTCATAGAATTGGACACTTA-GACTT--CTTGGA  146

seq1  CCTGCCTGCCTTCA-CCAGCACTACCTACTCTCTAATGAAGGGCTCAGCT  193
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGCCTTCACCCAGCACTACC-ACTCTCTAATGAAGGGCTCAGCT  195

seq1  GTCCCATGGCAATCCTACTCTGCCTTGGCTGTAAACAGCAGGGCGAG-AA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GTCCCATGGCAATCCTACTCTGCCTTGGCTG-AAACAGCAGGGCGAGAAA  244

seq1  AGACATTGAGATCAGAGTTGATTGAGAGAAAATGTGCATTGATGGATTGT  292
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGAGATCAGAGTTGATTAAGAGAAAATGTGCATTGATGGATTGT  294

seq1  GCAGTGAAATCTCTCTACATCTCCACTGAGCTTCGAAGTTTTCCCTTTCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAATCTCTCTACATCTCCACTGAGCTTCGAAGTTTTCCCTTTCT  344

seq1  TCTTTTTATCTATCCATACATTGGACCATTTAGCAAATGTCTGTTATTCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTATCTATCCATACATTGGACCATTTAGCAAATGTCTGTTATTCC  394

seq1  AAGTTCCTGTACAAGAACATGTGCTTAAATGTCAGGGATGCTGGGTTAGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCTGTACAAGAACATGTGCTTAAATGTCAGGGATGCTGGGTTAGA  444

seq1  AAAATTCCTAGCCAGGACCACAAGGGATCTTGTAGCATAATTGGAGAAAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCTAGCCAGGACCACAAGGGATCTTGTAGCATAATTGGAGAAAG  494

seq1  AGAGGGAGTATTTGCTATGAAATGTAACACATGTTGTAATAGAGCAACTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGTATTTGCTATGAAATGTAACACATGTTGTAATAGAGCAACTC  544

seq1  TGTGGTCCCAGGGAGTTATTGAGGTGCAAGAGAACTGCCGAGAGGACTGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCCAGGGAGTTATTGAGGTGCAAGAGAACTGCCGAGAGGACTGA  594

seq1  GGAAGATTCACGAATGAAGGGCAGGTGGGTTGGGCTTGTAAGAGGCACAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATTCACGAATGAAGGGCAGGTGGGTTGGGCTTGTAAGAGGCACAG  644

seq1  GGTACAAAGGCAACAGCTGCCTCACATTCCTGCCACCAGCCCTCCCTGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAGGCAACAGCTGCCTCACATTCCTGCCACCAGCCCTCCCTGCC  694

seq1  TCAGTGCACTGTATCCTCAAATGGGCCACAGTGAACACCTTCCCTAAGGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCACTGTATCCTCAAATGGGCCACAGTGAACACCTTCCCTAAGGG  744

seq1  AAGACATTTCTTCTGTCAAGCATTTTGTCACAGCTGTGCTATTTGCTCCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTTCTTCTGTCAAGCATTTTGTCACAGCTGTGCTATTTGCTCCA  794

seq1  AAGTTCTAAGCTGATGGGAGACTGGAGTTCTTCTGAAAGATGATAGGACA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTAAGCTGATGGGAGACTGGAGTTCTTCTGAAAGATGATAGGACA  844

seq1  GCTATCCCCACCTCCAGGGTCATAAGGAAGAGAAATACAATGACACCTGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCCCACCTCCAGGGTCATAAGGAAGAGAAATACAATGACACCTGT  894

seq1  TGAGTTGGGCAAACCATACCCTCCACCCTCTTCAACCTTCTCTGTGTTCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGGGCAAACCATACCCTCCACCCTCTTCAACCTTCTCTGTGTTCC  944

seq1  AAGGACTGAACCTCCAGGCCATGTCACCCCAAGGCTCCTTACTTTTTGGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTGAACCTCCAGGCCATGTCACCCCAAGGCTCCTTACTTTTTGGC  994

seq1  TGCAGTTACATTGGTCCCTGAGCGGCACAGTAGGGGTTGGGCAGTGACCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTACATTGGTCCCTGAGCGGCACAGTAGGGGTTGGGCAGTGACCA  1044

seq1  TTGCTCCCTTGCTTGTACTACTGAGTTTCTGGGTTGTGATTCTTCCACTA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCTTGCTTGTACTACTGAGTTTCTGGGTTGTGATTCTTCCACTA  1094

seq1  GAGCCATGAGTCTGAGGGTCAGCCTCTCCGCAAGCTCCAA  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATGAGTCTGAGGGTCAGCCTCTCCGCAAGCTCCAA  1134