BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137B08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,982,630 - 98,159,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRipk4, Prdm15, 5830404H04Rik
Upstream geneDscam, Bace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2
Downstream geneZfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137B08.bB6Ng01-137B08.g
ACCDH936691DH936692
length1,0711,164
definitionDH936691|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137B08, 5' end.DH936692|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,158,709 - 98,159,786)(97,982,630 - 97,983,831)
sequence
gaattcaaggcaagcctggactacataagtcctggtcagaaagaatgaaa
ggaagagaggcaggaaagaaaaaagtgtacaaatgagcaggacaggtaac
aggacatcattggggctcagcaggtggatttgaggagaaacaaacagtac
tttaaaaaagaaaaaaaattgaaaaatcaagaaatgagttgatggacaca
cttgtgtaggactataaagagtaaatgaagaagcagggacattaggaaaa
atctccagagattgagcatgaagactgggcatggcaggggacacaacttt
agcccccaagttgaggaaacagaagcaggaggatctctgtaagttctagg
tcagcaggggctacataatgagactttgtatcaaataaccacaaaagtgt
gagagagatgaaaaacatcaaaaggacactcaggctaagagagaagtggc
tcagttgtggaagctcttgacttccaagcaatgggagctcaattcctaga
acccatattaagacgttctgctgtggtagtcctggagaagtggagagaca
gcatccatggagctcactggccagccagcttaccctaatcagtgagcacc
aggtcccagtgaatgactattcctcaaaaaaggtggaaggatcctgagac
gaagcacccaagattgaccactgacctccacatgcaaccacacacatgta
catgcaacaaacacacacaaagccttgtggaaattctaattccttggaaa
ccattgtttccatagtctgacagccaaagtgagggcacaggtatatgtct
ctttgaatatcttcattctttcacgatggttatactctgagaatgaggaa
agcatttaagacatagaagtgaacatttgtcagttgccttccatctcctt
ctaggacccataagtctaggtctgttcccagggataatgtatatcgctta
agacctgtgaatgctgcacagcatggcactagcctcccctggactcagta
aaaaatctgggcagagtcagtcagtgtttagctgagcagaatgatgccag
gccattggtcacaggctgtac
gaattcactaagtagacaagactggcctcaaacttttagagccctgcctc
tgccttcctgagtgcttggcttatttacaaggtagcaaagacaaacttgt
ccctccctttagagttaagccaaaggggcctgtcaaacatctgaacagaa
aaagacacctcaaaagctgtaacttcaggaatcacaatagacctaaagaa
aggaaagttaaagagacagaagaaataactaccctcttaatgaaatgtat
gtgtgatgcctggggagcccttccttggggaagctacttcagaccctcac
cgctaagcctatatgcttttcagttttccccttctttctttctggaaccc
tttttgctaagcctgctcactctgatgctctgggcatcttcctactctct
ctgtttctgaagtccttcctttctcactcaccccttcctaacttcttgag
gtccacagcagagccttctgcctgacctcacagaaaacaggactttttct
ttttctcttttgtgtctccactgccaagactgcttgttggccctgttgtt
ttctctgaaacctcaaaaaagttccttcaagcccatgtttaaatcctctt
atctctgagattaagaccctgcaaataagatgttgtgtcctctggctggg
gatgggcaatggggggcaggaactgcacacaaagcccctgggaaaattct
gtttctacttctacataatgccttgcaaaggcaggcaaggcaggactaca
gcacaacaggccagggaaagtcagcctccctcaacagctatttcagcttc
agaagcaacctggctagcctgcaggacaacaggcccctcaggcacagcag
aacacaaacatttcctagcggcagaacttcctaaagcagggagctaaaca
caccttgttctgggtgggagaagtcaccccacatacaaaggagcaaagca
gctcactggtgccaagtacttcctgctgagtactgctgactctactgctg
ctaatgcacacttgcctgcttcagtcaggtagaaaggccttgcataaagg
acagtttgacacagcttctctggcaggtgaaaaaccctgcttcactggta
cccccgaaagactgtttactgtacgaattgactccatgtacccacctggg
gtagatattaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_98158709_98159786
seq2: B6Ng01-137B08.b_47_1117 (reverse)

seq1  GTACAGCCTGTGACCAAATGGGCCCTGGCATCATTCTGCCTCAGCTAAAC  50
      ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GTACAGCCTGTGACC-AATGG--CCTGGCATCATTCTG-CTCAGCTAAA-  45

seq1  CACTGACTGACTCTTGCCCAGATTTTTTTACTGAGTCCAGGGGAGGCTAG  100
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTGACTC-TGCCCAGA-TTTTTTACTGAGTCCAGGGGAGGCTAG  93

seq1  TGCCATGCTGTGCAGCATTCACAGGTCTTAAGCGATATACATTATCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGCTGTGCAGCATTCACAGGTCTTAAGCGATATACATTATCCCTG  143

seq1  GGAACAGACCTAGACTTATGGGTCCTAGAAGGAGATGGAAGGCAACTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGACCTAGACTTATGGGTCCTAGAAGGAGATGGAAGGCAACTGAC  193

seq1  AAATGTTCACTTCTATGTCTTAAATGCTTTCCTCATTCTCAGAGTATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCACTTCTATGTCTTAAATGCTTTCCTCATTCTCAGAGTATAAC  243

seq1  CATCCTGAAAGAATGAAGATATTCAAAGAGACATATACCTGTGCCCTCAC  300
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTGAAAGAATGAAGATATTCAAAGAGACATATACCTGTGCCCTCAC  293

seq1  TTTGGCTGTCAGACTATGGAAACAATGGTTTCCAAGGAATTAGAATTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTGTCAGACTATGGAAACAATGGTTTCCAAGGAATTAGAATTTCC  343

seq1  ACAAGGCTTTGTGTGTGTTTGTTGCATGTACATGTGTGTGGTTGCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCTTTGTGTGTGTTTGTTGCATGTACATGTGTGTGGTTGCATGTG  393

seq1  GAGGTCAGTGGTCAATCTTGGGTGCTTCGTCTCAGGATCCTTCCACCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGTGGTCAATCTTGGGTGCTTCGTCTCAGGATCCTTCCACCTTT  443

seq1  TTTGAGGAATAGTCATTCACTGGGACCTGGTGCTCACTGATTAGGGTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGAATAGTCATTCACTGGGACCTGGTGCTCACTGATTAGGGTAAG  493

seq1  CTGGCTGGCCAGTGAGCTCCATGGATGCTGTCTCTCCACTTCTCCAGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGCCAGTGAGCTCCATGGATGCTGTCTCTCCACTTCTCCAGGAC  543

seq1  TACCACAGCAGAACGTCTTAATATGGGTTCTAGGAATTGAGCTCCCATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGCAGAACGTCTTAATATGGGTTCTAGGAATTGAGCTCCCATTG  593

seq1  CTTGGAAGTCAAGAGCTTCCACAACTGAGCCACTTCTCTCTTAGCCTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGTCAAGAGCTTCCACAACTGAGCCACTTCTCTCTTAGCCTGAG  643

seq1  TGTCCTTTTGATGTTTTTCATCTCTCTCACACTTTTGTGGTTATTTGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTTGATGTTTTTCATCTCTCTCACACTTTTGTGGTTATTTGATA  693

seq1  CAAAGTCTCATTATGTAGCCCCTGCTGACCTAGAACTTACAGAGATCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTCATTATGTAGCCCCTGCTGACCTAGAACTTACAGAGATCCTC  743

seq1  CTGCTTCTGTTTCCTCAACTTGGGGGCTAAAGTTGTGTCCCCTGCCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGTTTCCTCAACTTGGGGGCTAAAGTTGTGTCCCCTGCCATGC  793

seq1  CCAGTCTTCATGCTCAATCTCTGGAGATTTTTCCTAATGTCCCTGCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTTCATGCTCAATCTCTGGAGATTTTTCCTAATGTCCCTGCTTCT  843

seq1  TCATTTACTCTTTATAGTCCTACACAAGTGTGTCCATCAACTCATTTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACTCTTTATAGTCCTACACAAGTGTGTCCATCAACTCATTTCTT  893

seq1  GATTTTTCAATTTTTTTTCTTTTTTAAAGTACTGTTTGTTTCTCCTCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTCAATTTTTTTTCTTTTTTAAAGTACTGTTTGTTTCTCCTCAAA  943

seq1  TCCACCTGCTGAGCCCCAATGATGTCCTGTTACCTGTCCTGCTCATTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGCTGAGCCCCAATGATGTCCTGTTACCTGTCCTGCTCATTTGT  993

seq1  ACACTTTTTTCTTTCCTGCCTCTCTTCCTTTCATTCTTTCTGACCAGGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTTTCTTTCCTGCCTCTCTTCCTTTCATTCTTTCTGACCAGGAC  1043

seq1  TTATGTAGTCCAGGCTTGCCTTGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGTCCAGGCTTGCCTTGAATTC  1071

seq1: chr16_97982630_97983831
seq2: B6Ng01-137B08.g_71_1234

seq1  GAATTCACTAAGTAGACAAGACTGGCCTCAAACTTTTAGAGCCCTGCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAGTAGACAAGACTGGCCTCAAACTTTTAGAGCCCTGCCTC  50

seq1  TGCCTTCCTGAGTGCTTGGCTTATTTACAAGGTAGCAAAGACAAACTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCTGAGTGCTTGGCTTATTTACAAGGTAGCAAAGACAAACTTGT  100

seq1  CCCTCCCTTTAGAGTTAAGCCAAAGGGGCCTGTCAAACATCTGAACAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCTTTAGAGTTAAGCCAAAGGGGCCTGTCAAACATCTGAACAGAA  150

seq1  AAAGACACCTCAAAAGCTGTAACTTCAGGAATCACAATAGACCTAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACACCTCAAAAGCTGTAACTTCAGGAATCACAATAGACCTAAAGAA  200

seq1  AGGAAAGTTAAAGAGACAGAAGAAATAACTACCCTCTTAATGAAATGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTTAAAGAGACAGAAGAAATAACTACCCTCTTAATGAAATGTAT  250

seq1  GTGTGATGCCTGGGGAGCCCTTCCTTGGGGAAGCTACTTCAGACCCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATGCCTGGGGAGCCCTTCCTTGGGGAAGCTACTTCAGACCCTCAC  300

seq1  CGCTAAGCCTATATGCTTTTCAGTTTTCCCCTTCTTTCTTTCTGGAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAAGCCTATATGCTTTTCAGTTTTCCCCTTCTTTCTTTCTGGAACCC  350

seq1  TTTTTGCTAAGCCTGCTCACTCTGATGCTCTGGGCATCTTCCTACTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTAAGCCTGCTCACTCTGATGCTCTGGGCATCTTCCTACTCTCT  400

seq1  CTGTTTCTGAAGTCCTTCCTTTCTCACTCACCCCTTCCTAACTTCTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTGAAGTCCTTCCTTTCTCACTCACCCCTTCCTAACTTCTTGAG  450

seq1  GTCCACAGCAGAGCCTTCTGCCTGACCTCACAGAAAACAGGACTTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGCAGAGCCTTCTGCCTGACCTCACAGAAAACAGGACTTTTTCT  500

seq1  TTTTCTCTTTTGTGTCTCCACTGCCAAGACTGCTTGTTGGCCCTGTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTTTGTGTCTCCACTGCCAAGACTGCTTGTTGGCCCTGTTGTT  550

seq1  TTCTCTGAAACCTCAAAAAAGTTCCTTCAAGCCCATGTTTAAATCCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGAAACCTCAAAAAAGTTCCTTCAAGCCCATGTTTAAATCCTCTT  600

seq1  ATCTCTGAGATTAAGACCCTGCAAATAAGATGTTGTGTCCTCTGGCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGAGATTAAGACCCTGCAAATAAGATGTTGTGTCCTCTGGCTGGG  650

seq1  GATGGGCAATGGGGGGCAGGAACTGCACACAAAGCCCCTGGGAAAATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCAATGGGGGGCAGGAACTGCACACAAAGCCCCTGGGAAAATTCT  700

seq1  GTTTCTACTTCTACATAATGCCTTGCAAAGGCAGGCAAGGCAGGACTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACTTCTACATAATGCCTTGCAAAGGCAGGCAAGGCAGGACTACA  750

seq1  GCACAACAGGCCAGGGAAAGTCAGCCTCCCTCAACAGCTATTTCAAGCTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCACAACAGGCCAGGGAAAGTCAGCCTCCCTCAACAGCTATTTC-AGCTT  799

seq1  CAGAAGCAACCTGGCTAGCCTGCAGGACAACAGGCCCCTCAGGCACAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCAACCTGGCTAGCCTGCAGGACAACAGGCCCCTCAGGCACAGCA  849

seq1  GAACACAAACATTTCCTAGCGGCAGAACTTCCTAAAGCAGGGAGCTTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAACACAAACATTTCCTAGCGGCAGAACTTCCTAAAGCAGGGAGC-TAAA  898

seq1  CACAACCTGTCCTGGGTGGGAGAAGTCAACCCCACATACAAAGGAGCAAA  950
      |||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTGTTCTGGGTGGGAGAAGTC-ACCCCACATACAAAGGAGCAAA  947

seq1  GCAGCTCCAACCTGGTGGCCAAGTACTTCCTGCTGAGTACTGCTGACCTC  1000
      |||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCAGCTC---ACTGGT-GCCAAGTACTTCCTGCTGAGTACTGCTGA-CTC  992

seq1  TACCTGCCTGCTAACATGCCACCACCTGCCTGCTTCAGTCAGGGAAGAAA  1050
      || ||| ||||||  ||||   ||| ||||||||||||||| || |||||
seq2  TA-CTG-CTGCTA--ATGC--ACACTTGCCTGCTTCAGTCA-GGTAGAAA  1035

seq1  GGCCTTGCAATTAAAGGACAGTTTGACACAGGCTTTCTCTGCAAGTGGAA  1100
      |||||||||  ||||||||||||||||||||   |||||||  ||  |||
seq2  GGCCTTGCA--TAAAGGACAGTTTGACACAG--CTTCTCTGGCAGGTGAA  1081

seq1  AAACCCTGCCTTCAACCTGGTCACCCCCCAAAAAAGACCTGTATAACTGT  1150
      |||||||| |||||  ||||| |||||| ||| |    |||| | |||||
seq2  AAACCCTG-CTTCA--CTGGT-ACCCCCGAAAGA----CTGT-TTACTGT  1122

seq1  ACCGAATATTGACTCCAAGGACACCACACCTGGGGTAGTTCATATTTAAC  1200
      | |||  |||||||||| | |   | ||||||||||||   ||| |||||
seq2  A-CGA--ATTGACTCCATGTA---CCCACCTGGGGTAG---ATA-TTAAC  1162

seq1  CC  1202
      ||
seq2  CC  1164