BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143M11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 34,066,491 - 34,188,534
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKalrn
Upstream geneLmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13, Itgb5, Umps, LOC100043670
Downstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143M11.bB6Ng01-143M11.g
ACCDH941627DH941628
length9581,045
definitionDH941627|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143M11, 5' end.DH941628|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143M11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,066,491 - 34,067,456)(34,187,481 - 34,188,534)
sequence
gaattcttgaacaattaaactcagccgttgtccttttcctctgatagcat
gcttgtgccattccttgggcactgataaatgctactttacatatttcccc
ttgctgagggatgcccttcaggacagaggtagtatccatctctgtacccc
gggcacaaattctttagtcattacatgaccagtggtgaatagggaatgac
aaaagcagataaatcattggagtgtggatatttttaggcccaaagagctt
taagaaaaagtctttgtcagtgaggcctctgacgcttggacttagcaatg
tagctatcaacatagacttctgtttcctgtgttccttacgatgtccaagg
tacatcttaaggaccttttaaggacaacctaagtcactcacttctttact
gtgggacttctcagaaccttgaataccctggtgtaagtgctgactgcaga
ggcaatgtagtatttagcaaattactattaatatgtccttggattctcag
tgtggctagcatggcatcttggctatgatgacattcaagtttaggataca
gatgtgactcagactcctgaggatagctgtcctgacatcagagttcctgg
tcaaattcaaaacctgttgcaaaagcccaagtaagagctaagttacaagc
cagttattttaagctgatgtgttaccacatgagagcctacccagaagcca
gtgggaagctggcctggattcaggtgataatgtaacctttgtagtaacct
tgctcaaagtaacttccaaaggcttctctgcagggacagggggaggagtt
aggaagggtgactggaaagcttaagactgtcattaagtgctgcttaactg
aatgccaaagtggaactctccttggaaacagagggacaagaaagaggaaa
ctgcctctggaggagcatgtagctgtgaggttacaactgcctgtctttag
tgtgtgtg
gaattcattttctctgtgaagaggtgagatcatgaggtcaggagcttgag
gtgacaacctctgtaggaatcactgtccagactctgacagtgggagaggg
gctgttggcgtaagtggcttccacgatccctctagtgaaggcatttggaa
tatgagcagacctccctctgagcacttatttttttactctgtatttgcct
tgaaggagcgtggatggcctttgttcttttccaagaaaaagaacatgatt
tttgatggtttcaagtgagggtaatcaataagtatgtcctacacaacttc
aaaacgtgtttccattctttctccttcccagcacggcctggtattaaatt
gaacttctgttcacaggctttttctacactccaataagagaaaaagcatt
ccagcattttaacagactgtggtctgagggaacacatggcactttccata
agggattcagttgctgtacaacccatgctgggcgttttaggcattgtaag
gaaggggaatgtaactagctgtgtgtcaacttagcacaagctagagtcat
ttgggaagagggaacctcaattgaaaaaatgctcccagcagattggtctg
tggacaagcccgtgggtgtcttcttgactgatgattgatgtgagagggct
aacctcgatgtggccggtgccacacctgagctgatggtcctgggtgctgt
aagaaagtaggctaagccagccatgaggagcaagctagtaaactgctttt
cttcatggcttctgggtcagttcctgcctccagcctcctgccgtgagttc
ctgccctgacttccatggatgatggaccacaagctgtaagatgagacaaa
cccttttccccatgtcatggcctttattcacaagagtagaaagcccaact
aagacagggaggaacaattttttggtggtttgttctttttcaggcagaca
atttcagatgtatgtcacctactgtaaaaacagcctgattccaacagctg
atctgggcatgcggcacttctttgatgtagctatggtcttccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_34066491_34067456
seq2: B6Ng01-143M11.b_46_1003

seq1  GAATTCTTGAACAATTAAACTCAGCCGTTGTCCTTTTCCTCTGATAGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAACAATTAAACTCAGCCGTTGTCCTTTTCCTCTGATAGCAT  50

seq1  GCTTGTGCCATTCCTTGGGCACTGATAAATGCTACTTTACATATTTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGCCATTCCTTGGGCACTGATAAATGCTACTTTACATATTTCCCC  100

seq1  TTGCTGAGGGATGCCCTTCAGGACAGAGGTAGTATCCATCTCTGTACCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGGGATGCCCTTCAGGACAGAGGTAGTATCCATCTCTGTACCCC  150

seq1  GGGCACAAATTCTTTAGTCATTACATGACCAGTGGTGAATAGGGAATGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAAATTCTTTAGTCATTACATGACCAGTGGTGAATAGGGAATGAC  200

seq1  AAAAGCAGATAAATCATTGGAGTGTGGATATTTTTAGGCCCAAAGAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAGATAAATCATTGGAGTGTGGATATTTTTAGGCCCAAAGAGCTT  250

seq1  TAAGAAAAAGTCTTTGTCAGTGAGGCCTCTGACGCTTGGACTTAGCAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAAGTCTTTGTCAGTGAGGCCTCTGACGCTTGGACTTAGCAATG  300

seq1  TAGCTATCAACATAGACTTCTGTTTCCTGTGTTCCTTACGATGTCCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATCAACATAGACTTCTGTTTCCTGTGTTCCTTACGATGTCCAAGG  350

seq1  TACATCTTAAGGACCTTTTAAGGACAACCTAAGTCACTCACTTCTTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTAAGGACCTTTTAAGGACAACCTAAGTCACTCACTTCTTTACT  400

seq1  GTGGGACTTCTCAGAACCTTGAATACCCTGGTGTAAGTGCTGACTGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACTTCTCAGAACCTTGAATACCCTGGTGTAAGTGCTGACTGCAGA  450

seq1  GGCAATGTAGTATTTAGCAAATTACTATTAATATGTCCTTGGATTCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGTAGTATTTAGCAAATTACTATTAATATGTCCTTGGATTCTCAG  500

seq1  TGTGGCTAGCATGGCATCTTGGCTATGATGACATTCAAGTTTAGGATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTAGCATGGCATCTTGGCTATGATGACATTCAAGTTTAGGATACA  550

seq1  GATGTGACTCAGACTCCTGAGGATAGCTGTCCTGACATCAGAGTTCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGACTCAGACTCCTGAGGATAGCTGTCCTGACATCAGAGTTCCTGG  600

seq1  TCAAATTCAAAACCTGTTGCAAAAGCCCAAGTAAGAGCTAAGTTACAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTCAAAACCTGTTGCAAAAGCCCAAGTAAGAGCTAAGTTACAAGC  650

seq1  CAGTTATTTTAAGCTGATGTGTTACCACATGAGAGCCTACCCAGAAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTTTAAGCTGATGTGTTACCACATGAGAGCCTACCCAGAAGCCA  700

seq1  GTGGGAAGCTGGCCTGGATTCAGGTGATAATGTAACCTTTGTAGTAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGCTGGCCTGGATTCAGGTGATAATGTAACCTTTGTAGTAACCT  750

seq1  TGCTCAAAGTAACTTCCAAAGGCTTCTCTGCAGGGACAGGGGGAGGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAAGTAACTTCCAAAGGCTTCTCTGCAGGGACAGGGGGAGGAGTT  800

seq1  AGGAAGGGTGACTGGAAAGCTTAAGACTGTCATTAAGTGCTGCTTAACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGTGACTGGAAAGCTTAAGACTGTCATTAAGTGCTGCTTAACTG  850

seq1  AAATGCCAAAGTGGAAACTCTCCTTGGAAACAGAGGGACAAGAAAGAGGA  900
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATGCCAAAGTGG-AACTCTCCTTGGAAACAGAGGGACAAGAAAGAGGA  898

seq1  AACTGCCCTCTTGGAGGAGCATGTAGCTGTTGAAGGTTAACAACTGCCTG  950
      ||||| |||| |||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  AACTG-CCTC-TGGAGGAGCATGTAGCTGT--GAGGTT-ACAACTGCCTG  943

seq1  TCTTTAGTGGTGTGTG  966
      |||||||| |||||||
seq2  TCTTTAGT-GTGTGTG  958

seq1: chr16_34187481_34188534
seq2: B6Ng01-143M11.g_68_1112 (reverse)

seq1  AATGGAAGACCATAGCTTACATCAAAGAAGGTGCCCGCATGCTCCAGGAT  50
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||| |||
seq2  AATGGAAGACCATAGC-TACATCAAAGAA-GTG-CCGCATGC-CCA-GAT  45

seq1  CAGCTGGTTGGAATCAGGCTTGTTTTTACAGTAGGTGACATACATCTGAA  100
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCT-GTTGGAATCAGGC-TGTTTTTACAGTAGGTGACATACATCTGAA  93

seq1  ATTTGTCTGCCTGAAAAAGAACAGA-CACCAAAAGATTGGTTCCTCCCTG  149
      | ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||
seq2  A-TTGTCTGCCTGAAAAAGAACAAACCACCAAAAAATT-GTTCCTCCCTG  141

seq1  TCTTAGTTGGGCTTTCTACTCTTGTGATTAAAGGCCATGACATGGGGGAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTTAGTTGGGCTTTCTACTCTTGTGAATAAAGGCCATGACAT-GGGGAA  190

seq1  AAGGGTTTGTCTCATCTTACAGCTTGTGGTCCATCATCCATGGAAGTCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTGTCTCATCTTACAGCTTGTGGTCCATCATCCATGGAAGTCAG  240

seq1  GGCAGGAACTCACGGCAGGAGGCTGGAGGCAGGAACTGACCCAGAAGCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAACTCACGGCAGGAGGCTGGAGGCAGGAACTGACCCAGAAGCCA  290

seq1  TGAAGAAAAGCAGTTTACTAGCTTGCTCCTCATGGCTGGCTTAGCCTACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAAGCAGTTTACTAGCTTGCTCCTCATGGCTGGCTTAGCCTACT  340

seq1  TTCTTACAGCACCCAGGACCATCAGCTCAGGTGTGGCACCGGCCACATCG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACAGCACCCAGGACCATCAGCTCAGGTGTGGCACCGGCCACATCG  390

seq1  AGGTTAGCCCTCTCACATCAATCATCAGTCAAGAAGACACCCACGGGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGCCCTCTCACATCAATCATCAGTCAAGAAGACACCCACGGGCTT  440

seq1  GTCCACAGACCAATCTGCTGGGAGCATTTTTTCAATTGAGGTTCCCTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGACCAATCTGCTGGGAGCATTTTTTCAATTGAGGTTCCCTCTT  490

seq1  CCCAAATGACTCTAGCTTGTGCTAAGTTGACACACAGCTAGTTACATTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGACTCTAGCTTGTGCTAAGTTGACACACAGCTAGTTACATTCC  540

seq1  CCTTCCTTACAATGCCTAAAACGCCCAGCATGGGTTGTACAGCAACTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTACAATGCCTAAAACGCCCAGCATGGGTTGTACAGCAACTGAA  590

seq1  TCCCTTATGGAAAGTGCCATGTGTTCCCTCAGACCACAGTCTGTTAAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATGGAAAGTGCCATGTGTTCCCTCAGACCACAGTCTGTTAAAAT  640

seq1  GCTGGAATGCTTTTTCTCTTATTGGAGTGTAGAAAAAGCCTGTGAACAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATGCTTTTTCTCTTATTGGAGTGTAGAAAAAGCCTGTGAACAGA  690

seq1  AGTTCAATTTAATACCAGGCCGTGCTGGGAAGGAGAAAGAATGGAAACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATTTAATACCAGGCCGTGCTGGGAAGGAGAAAGAATGGAAACAC  740

seq1  GTTTTGAAGTTGTGTAGGACATACTTATTGATTACCCTCACTTGAAACCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAAGTTGTGTAGGACATACTTATTGATTACCCTCACTTGAAACCA  790

seq1  TCAAAAATCATGTTCTTTTTCTTGGAAAAGAACAAAGGCCATCCACGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATCATGTTCTTTTTCTTGGAAAAGAACAAAGGCCATCCACGCTC  840

seq1  CTTCAAGGCAAATACAGAGTAAAAAAATAAGTGCTCAGAGGGAGGTCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGCAAATACAGAGTAAAAAAATAAGTGCTCAGAGGGAGGTCTGC  890

seq1  TCATATTCCAAATGCCTTCACTAGAGGGATCGTGGAAGCCACTTACGCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTCCAAATGCCTTCACTAGAGGGATCGTGGAAGCCACTTACGCCA  940

seq1  ACAGCCCCTCTCCCACTGTCAGAGTCTGGACAGTGATTCCTACAGAGGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCCTCTCCCACTGTCAGAGTCTGGACAGTGATTCCTACAGAGGTT  990

seq1  GTCACCTCAAGCTCCTGACCTCATGATCTCACCTCTTCACAGAGAAAATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTCAAGCTCCTGACCTCATGATCTCACCTCTTCACAGAGAAAATG  1040

seq1  AATTC  1054
      |||||
seq2  AATTC  1045