BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143P17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 72,070,290 - 72,218,161
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneRobo1, LOC100039310, LOC100039318
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143P17.bB6Ng01-143P17.g
ACCDH941776DH941777
length1,0391,097
definitionDH941776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143P17, 5' end.DH941777|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143P17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,217,114 - 72,218,161)(72,070,290 - 72,071,427)
sequence
gaattctcccaggcagcgccaagctgcagcgtttcagttcccaagcgaac
catgccatagcactctgttgtagagggcaagatcaaaaaatctcaaaaac
gtctcaatggctattgcggctttgctcagattgtgagattcttaccattc
tattccactgtgcaaactgtgttacctggttaagctcaaacaaggagaga
agttgcctcacaatgagatatgtcacatgaggacatatcctaaatatagc
attagtatgtatctaagtcaagaaatggaaagtgattaaaaaaaatcaat
tcatgataatgagtgaaaattaagactatagagaactcgaaagccatgtc
aatgactcctgtgttttttatgggacaaagaaagcaggtggttgatacta
ataactacactgatcaggaatttagttcaggggtgtaaagatcacttcaa
aataatttgtatggtggttcacaggctgaagggaacaaaggaagcagttt
ggcaacagctatgagacccattaaaaatttcaagaaattcactttaaaag
caggtcctcattccagacggcaggcagtcttaaagaaaacagaagcaggt
gcctacgtatgtaagccacagactttgtttcttgaagcattagccaagat
aaaataaaggactctgtcattatttcaacaattacaaatgtttaatgtct
aacaagttttcactcctttatattccacatggggcaagttgaactagttt
atggataagtcccatttaaaatcaagctgaaaggagagattttatggagt
ggtgactattttcaggagacctggacaatggcaaaatggtggaaaaaata
gggaagagcccgttaggaggaagaagagaaacagttagagagagaatagg
ggatagaacataatggtgtagcatgataatggtacattgcacacatgcag
aaacagacatgacatcttaataaaaggggatacaagaacaaatagctaag
tataccgaaatccacagatataatcctccatttgaaatt
gaattctgttgcatgcacaaagttatttaaaatatgaataaaattacatt
caggctgtatgtataaaacacataaaatgggtataaatcctcatacccaa
ggcttctcacaaacaatatagaaaaattatatattctatacctcaaaatc
agaatcattcctggttccaggacttacagataagtgatactcaaccattt
atcccaaaatcgagtggcagaaaagacacttgtttatctcattctctgca
atttaggaactaagacttatttagctgatctgtttgtttgtctatttgtt
tgtttaatatcttggcttcacatggaaaagaatcaaggtttctactgtag
atttgaaactttgactcataaagtaactgggatttagtttctgcagcctt
tgtccagaagattaaggcctttctgagacctctttcaaatagccaactgt
ctcactacatacatagaccaaaatgacaacaaactgcatgactgaatccc
ttccttcataacttaggtcatgtgcacgccatcttctcataagtgccatt
ttttgtttattgaaagaccctgaagacgaggaaataaaaacactgctatg
aattacaggagatgtcgtccctccaaggtttgtttcatgctgccttccta
tagtaagaatagataacgatctattaactcaatgacttaacaaaaaggat
aagatgtgttttggattgctctgattgtttaattgttccataaattaaaa
tcttttcaaagaaaagttaatgcttgtgggttctttgctcttggttctac
caagcaaaatccacagaaatcgatgtatgttagtggcacactaatgctag
cttcagaatgggctggcagatgtctcaggaataaaacacctgatgctaag
cctgattagctatctatgatggagagaccccatggtgaagagacagtttc
tacagaagtctctgggagtgactgacacagacgtatagcaccaccatata
atataagaaagcaaacaaacaatgtgagaatgtgactatgagatgtaaca
tttcatttcactaagcagcttatgcagcagacgtccatagaattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_72217114_72218161
seq2: B6Ng01-143P17.b_49_1087 (reverse)

seq1  AATTTCAAATGGAGATTTATTATCTGTGGAATTTCGGTTATACCTTAGCT  50
      ||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||
seq2  AATTTCAAATGGAGGATTA-TATCTGTGG-ATTTCGG-TATA-CTTAGCT  46

seq1  ATTTTGTTCTTGTATCCCCTTTTATTAAGATGTCATGTCTGTTTCTTGCA  100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  A-TTTGTTCTTGTATCCCCTTTTATTAAGATGTCATGTCTGTTTC-TGCA  94

seq1  TGTGTGCAATGTACCATTATCATGCTTACACCATTATGTTCTTATCCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGTGTGCAATGTACCATTATCATGC-TACACCATTATGTTC-TATCCCC-  141

seq1  TATTCTCTCTCTAACTGTTTCTCTTCTTCCTCCTAACGGGCTCTTCCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTCTCTAACTGTTTCTCTTCTTCCTCCTAACGGGCTCTTCCCTA  191

seq1  TTTTTTCCACCATTTTGCCATTGTCCAGGTCTCCTGAAAATAGTCACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCACCATTTTGCCATTGTCCAGGTCTCCTGAAAATAGTCACCAC  241

seq1  TCCATAAAATCTCTCCTTTCAGCTTGATTTTAAATGGGACTTATCCATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAAATCTCTCCTTTCAGCTTGATTTTAAATGGGACTTATCCATAA  291

seq1  ACTAGTTCAACTTGCCCCATGTGGAATATAAAGGAGTGAAAACTTGTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTCAACTTGCCCCATGTGGAATATAAAGGAGTGAAAACTTGTTAG  341

seq1  ACATTAAACATTTGTAATTGTTGAAATAATGACAGAGTCCTTTATTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAACATTTGTAATTGTTGAAATAATGACAGAGTCCTTTATTTTAT  391

seq1  CTTGGCTAATGCTTCAAGAAACAAAGTCTGTGGCTTACATACGTAGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTAATGCTTCAAGAAACAAAGTCTGTGGCTTACATACGTAGGCAC  441

seq1  CTGCTTCTGTTTTCTTTAAGACTGCCTGCCGTCTGGAATGAGGACCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGTTTTCTTTAAGACTGCCTGCCGTCTGGAATGAGGACCTGCT  491

seq1  TTTAAAGTGAATTTCTTGAAATTTTTAATGGGTCTCATAGCTGTTGCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTGAATTTCTTGAAATTTTTAATGGGTCTCATAGCTGTTGCCAA  541

seq1  ACTGCTTCCTTTGTTCCCTTCAGCCTGTGAACCACCATACAAATTATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCTTTGTTCCCTTCAGCCTGTGAACCACCATACAAATTATTTT  591

seq1  GAAGTGATCTTTACACCCCTGAACTAAATTCCTGATCAGTGTAGTTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGATCTTTACACCCCTGAACTAAATTCCTGATCAGTGTAGTTATTA  641

seq1  GTATCAACCACCTGCTTTCTTTGTCCCATAAAAAACACAGGAGTCATTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAACCACCTGCTTTCTTTGTCCCATAAAAAACACAGGAGTCATTGA  691

seq1  CATGGCTTTCGAGTTCTCTATAGTCTTAATTTTCACTCATTATCATGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTTTCGAGTTCTCTATAGTCTTAATTTTCACTCATTATCATGAAT  741

seq1  TGATTTTTTTTAATCACTTTCCATTTCTTGACTTAGATACATACTAATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTTTAATCACTTTCCATTTCTTGACTTAGATACATACTAATGC  791

seq1  TATATTTAGGATATGTCCTCATGTGACATATCTCATTGTGAGGCAACTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAGGATATGTCCTCATGTGACATATCTCATTGTGAGGCAACTTC  841

seq1  TCTCCTTGTTTGAGCTTAACCAGGTAACACAGTTTGCACAGTGGAATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTTTGAGCTTAACCAGGTAACACAGTTTGCACAGTGGAATAGA  891

seq1  ATGGTAAGAATCTCACAATCTGAGCAAAGCCGCAATAGCCATTGAGACGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAGAATCTCACAATCTGAGCAAAGCCGCAATAGCCATTGAGACGT  941

seq1  TTTTGAGATTTTTTGATCTTGCCCTCTACAACAGAGTGCTATGGCATGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGATTTTTTGATCTTGCCCTCTACAACAGAGTGCTATGGCATGGT  991

seq1  TCGCTTGGGAACTGAAACGCTGCAGCTTGGCGCTGCCTGGGAGAATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTGGGAACTGAAACGCTGCAGCTTGGCGCTGCCTGGGAGAATTC  1039

seq1: chr16_72070290_72071427
seq2: B6Ng01-143P17.g_70_1166

seq1  GAATTCTGTTGCATGCACAAAGTTATTTAAAATATGAATAAAATTACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTGCATGCACAAAGTTATTTAAAATATGAATAAAATTACATT  50

seq1  CAGGCTGTATGTATAAAACACATAAAATGGGTATAAATCCTCATACCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTATGTATAAAACACATAAAATGGGTATAAATCCTCATACCCAA  100

seq1  GGCTTCTCACAAACAATATAGAAAAATTATATATTCTATACCTCAAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTCACAAACAATATAGAAAAATTATATATTCTATACCTCAAAATC  150

seq1  AGAATCATTCCTGGTTCCAGGACTTACAGATAAGTGATACTCAACCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCATTCCTGGTTCCAGGACTTACAGATAAGTGATACTCAACCATTT  200

seq1  ATCCCAAAATCGAGTGGCAGAAAAGACACTTGTTTATCTCATTCTCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAAATCGAGTGGCAGAAAAGACACTTGTTTATCTCATTCTCTGCA  250

seq1  ATTTAGGAACTAAGACTTATTTAGCTGATCTGTTTGTTTGTCTATTTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGAACTAAGACTTATTTAGCTGATCTGTTTGTTTGTCTATTTGTT  300

seq1  TGTTTAATATCTTGGCTTCACATGGAAAAGAATCAAGGTTTCTACTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATATCTTGGCTTCACATGGAAAAGAATCAAGGTTTCTACTGTAG  350

seq1  ATTTGAAACTTTGACTCATAAAGTAACTGGGATTTAGTTTCTGCAGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAACTTTGACTCATAAAGTAACTGGGATTTAGTTTCTGCAGCCTT  400

seq1  TGTCCAGAAGATTAAGGCCTTTCTGAGACCTCTTTCAAATAGCCAACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGAAGATTAAGGCCTTTCTGAGACCTCTTTCAAATAGCCAACTGT  450

seq1  CTCACTACATACATAGACCAAAATGACAACAAACTGCATGACTGAATCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTACATACATAGACCAAAATGACAACAAACTGCATGACTGAATCCC  500

seq1  TTCCTTCATAACTTAGGTCATGTGCACGCCATCTTCTCATAAGTGCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCATAACTTAGGTCATGTGCACGCCATCTTCTCATAAGTGCCATT  550

seq1  TTTTGTTTATTGAAAGACCCTGAAGACGAGGAAATAAAAACACTGCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTATTGAAAGACCCTGAAGACGAGGAAATAAAAACACTGCTATG  600

seq1  AATTACAGGAGATGTCGTCCCTCCAAGGTTTGTTTCATGCTGCCTTCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGGAGATGTCGTCCCTCCAAGGTTTGTTTCATGCTGCCTTCCTA  650

seq1  TAGTAAGAATAGATAACGATCTATTAACTCAATGACTTAACAAAAAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGAATAGATAACGATCTATTAACTCAATGACTTAACAAAAAGGAT  700

seq1  AAGATGTGTTTTGGATTGCTCTGATTGTTTAATTGTTCCATAAATTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGTTTTGGATTGCTCTGATTGTTTAATTGTTCCATAAATTAAAA  750

seq1  TCTTTTCAAAGAAAAGTTAATGCTTGTGGGTTCTTTGCTCTTGGTTCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCAAAGAAAAGTTAATGCTTGTGGGTTCTTTGCTCTTGGTTCTAC  800

seq1  CAAGCAAAATCCACAGAAATCGATGTATGTTAGTGGCACACTAATGCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAAATCCACAGAAATCGATGTATGTTAGTGGCACACTAATGCTAG  850

seq1  CTTCAGAATGGGCTGGCAAGATGTCTCAGGGAATAAAACACCTGATGCTA  900
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAATGGGCTGGC-AGATGTCTCA-GGAATAAAACACCTGATGCTA  898

seq1  AGCCTGATTAAGCTTAATCTATGATGGAAGGAGAACCCCCATGGTGGAAG  950
      ||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||  ||||||||||  | 
seq2  AGCCTGATT-AGCT--ATCTATGATGGA--GAGA--CCCCATGGTG--AA  939

seq1  GAGAACCAGTTTCTACAAGACAGTCTCTGGGAGTGACTGGACACAGACAG  1000
      ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||  
seq2  GAGA--CAGTTTCTAC-AGA-AGTCTCTGGGAGTGACT-GACACAGAC--  982

seq1  TTATAAGCACACACAATTAATAAATATAAGAAAAGCAAAAAACAAAACAA  1050
       ||| ||||| ||| ||  || |||||||| |||||   |||||||   |
seq2  GTAT-AGCAC-CACCAT--AT-AATATAAG-AAAGC---AAACAAA--CA  1021

seq1  ATGTGAGAAATGGTGAACTATGAGATGTAAACAATTTCATTTTAAACTAA  1100
      |||||||||   ||| ||||||||||||||   |||||||||   |||||
seq2  ATGTGAGAA--TGTG-ACTATGAGATGTAA--CATTTCATTT--CACTAA  1064

seq1  GGCAGCTTATTGCAGCAAGAGCGTTCAATAGAATTATA  1138
       |||||||| |||||| ||| || || |||||||||||
seq2  -GCAGCTTA-TGCAGC-AGA-CG-TCCATAGAATTATA  1097