BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145C08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 8,205,455 - 8,300,441
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA2bp1
Downstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145C08.bB6Ng01-145C08.g
ACCDH942634DH942635
length1,1461,125
definitionDH942634|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145C08, 5' end.DH942635|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,299,294 - 8,300,441)(8,205,455 - 8,206,589)
sequence
gaattctctttgttggctaacagtgatgagaactgggctcagtctactgt
cactggctctgaaggtgagagggtaggctatagggaaagaggttggcttc
cagaggttggggctggtctgtagttgatggctagaaagaaaatgagggct
ttgaaaatgaggataacatcactggactcaatttagtccttcaataagga
tcagaacgctgtgcaaactctgctattgaggtccctgtttatttgtgact
gaccaacttcaggaaatccttgataccctgcctttaacaggcctccctcc
caaagtcagctcacttatactccatgcttctgccatgagtattctttgca
agccctgcaaagagctctgttggaggcagttcacttgaagtcaaatctgg
attctttggcctattgtctgtggaaaactggagacattgctcaatctttc
taaccctccatggcaccatctataaaatgaggatattaatgaaatctacc
ttgtagagctaaatggatttgtataaagctctcgtcatgttcaccaatta
gagagctctcaacaagacaccttcatgattaacattatttcattattgtc
attgtgatcagtgagttctatagcttagttctattgccactgtgatcagt
tctattgccaacaccattaccaccagggtcatctctgctgctatgaccag
tactatcattaccataaaccaccactgcaacctgtcattatcatcatgat
gatttcaccacaaccctcatctttctctttcaattttttattagatactt
tcttcaattacatttcaaatgctatactgaaattcccccctataacaccc
ccccaccctgctcccctacccactcactcccacttcttggccctggcgtt
cccctgtactgggtcatataaagtttgcaagaccaggggctctcttccca
ttgatggcccactaggccatctctgctacatatgcagctagaagaaacag
ctctgggggtacagtagctcatattgttgttccaccttataggatgagac
ccttcacttcttgggtactttctctagcccctccattgggggccttgtgt
ttcatcatagatgactagagcatcccacttctgtatgcaggcactg

gaattctcgatttgtccattattgactctgtgaccttgggacttaacctt
tctgtgcttgtctgcaaaatacaaattgcctctatgttattgcaaaatgg
ttgtagataaagtgcaagaatacctccctagccccaagggggtcctaata
aatattcagaatgggctgggaagggagcacagttgcttgttttgaagaca
tgatctcccgaaactacatgtacataaaagggcagcatggtgtgcactta
tgatttcagacagtgggtcctcactggctagccaacctaggctccttggt
gaactctgagccaattaaaaactccatctcaaaaagggatgtgtgtggac
ggtgtcagagaaataacactcaagcttaacctctagcctccccatgcaca
tgcacatatacatactcatacactagagtgtacatgcactctcacacaca
caggaacatgtgcacacatacacatatacaaatgctcagaatgttaagct
agacttgttattctaatttcccattggttcacgactagtgccagagtctg
agtgaacatattaaagaggagctccagtgtcattggaaagccagagattg
agctcaactgaatcatcccaagatacactaggctctatctaaccagagat
gcatctgtgaaggaaactttgagtctgcaggccgaaaatccatggttctg
agcaggatgcagaggcataagacacagccaacttgcccaactgccacatt
tgcaggtatgtccaataacagaaggagtacagaacagggaaatgcagaac
agaaaatggaacaattcctcaatctttctggtgacatctaggccctacct
aatgctctcatccctattgtctacctaaagttttttgtttgttgttttta
tgtcttaagaccacaacactgctaactttcctttcaatgcaaatgggagt
catgaaggtgttcgagaaggaaactgaaaagccatcctagaaaacatgat
gtggaataagctttgaaagatgaaaaagagtttgacaagcagtcagatga
aagaaagtcaagcaagtaacagtgcaaagcacagcggttctgacgaaagt
aacaagtatgaagtttaaaacctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_8299294_8300441
seq2: B6Ng01-145C08.b_56_1189 (reverse)

seq1  CAGTGCCTGGCAAATACAGAAGT-GGATGCTCATAGTCATCTATTGGATG  49
      |||||||||    |||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||
seq2  CAGTGCCTG---CATACAGAAGTGGGATGCTC-TAGTCATCTAT--GATG  44

seq1  GAACACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGGTGA  99
       |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
seq2  AAACACAAGGCCCCCAATGGAGGGGCTAGAGAAAGTACCCAA-GAAGTGA  93

seq1  AGGGGTCTTCAATCCTAT-AGGTGGAACAACAATATGAGCTAACCTGTAC  148
      | ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  A-GGGTCT--CATCCTATAAGGTGGAACAACAATATGAGCTA--CTGTAC  138

seq1  CCCCAGAGCTTGTGTC-TCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGT  197
      ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCCAGAGC-TGTTTCTTCTAGCTGCATATGTAGCAG-AGATGGCCTAGT  186

seq1  GGGCCATCAATGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTTATATGAC  247
      |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATCAATGGGAAGAGAG--CCCCTGGTCTTGCAAACTTTATATGAC  234

seq1  CCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGAGTGGGTAGGGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGAGTGGGTAGGGG  284

seq1  AGCAGGGTGGGGGGGGTGTTATAGGGGGGAATTTCAGTATAGCATTTGAA  347
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGT-GGGGGGGTGTTATAGGGGGGAATTTCAGTATAGCATTTGAA  333

seq1  ATGTAATTGAAGAAAGTATCTAATAAAAAATTGAAAGAGAAAGATGAGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTGAAGAAAGTATCTAATAAAAAATTGAAAGAGAAAGATGAGGG  383

seq1  TTGTGGTGAAATCATCATGATGATAATGACAGGTTGCAGTGGTGGTTTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTGAAATCATCATGATGATAATGACAGGTTGCAGTGGTGGTTTAT  433

seq1  GGTAATGATAGTACTGGTCATAGCAGCAGAGATGACCCTGGTGGTAATGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGATAGTACTGGTCATAGCAGCAGAGATGACCCTGGTGGTAATGG  483

seq1  TGTTGGCAATAGAACTGATCACAGTGGCAATAGAACTAAGCTATAGAACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCAATAGAACTGATCACAGTGGCAATAGAACTAAGCTATAGAACT  533

seq1  CACTGATCACAATGACAATAATGAAATAATGTTAATCATGAAGGTGTCTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATCACAATGACAATAATGAAATAATGTTAATCATGAAGGTGTCTT  583

seq1  GTTGAGAGCTCTCTAATTGGTGAACATGACGAGAGCTTTATACAAATCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAGCTCTCTAATTGGTGAACATGACGAGAGCTTTATACAAATCCA  633

seq1  TTTAGCTCTACAAGGTAGATTTCATTAATATCCTCATTTTATAGATGGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTCTACAAGGTAGATTTCATTAATATCCTCATTTTATAGATGGTG  683

seq1  CCATGGAGGGTTAGAAAGATTGAGCAATGTCTCCAGTTTTCCACAGACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGGGTTAGAAAGATTGAGCAATGTCTCCAGTTTTCCACAGACAA  733

seq1  TAGGCCAAAGAATCCAGATTTGACTTCAAGTGAACTGCCTCCAACAGAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAAAGAATCCAGATTTGACTTCAAGTGAACTGCCTCCAACAGAGC  783

seq1  TCTTTGCAGGGCTTGCAAAGAATACTCATGGCAGAAGCATGGAGTATAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCAGGGCTTGCAAAGAATACTCATGGCAGAAGCATGGAGTATAAG  833

seq1  TGAGCTGACTTTGGGAGGGAGGCCTGTTAAAGGCAGGGTATCAAGGATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGACTTTGGGAGGGAGGCCTGTTAAAGGCAGGGTATCAAGGATTT  883

seq1  CCTGAAGTTGGTCAGTCACAAATAAACAGGGACCTCAATAGCAGAGTTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGTTGGTCAGTCACAAATAAACAGGGACCTCAATAGCAGAGTTTG  933

seq1  CACAGCGTTCTGATCCTTATTGAAGGACTAAATTGAGTCCAGTGATGTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCGTTCTGATCCTTATTGAAGGACTAAATTGAGTCCAGTGATGTTA  983

seq1  TCCTCATTTTCAAAGCCCTCATTTTCTTTCTAGCCATCAACTACAGACCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTTTCAAAGCCCTCATTTTCTTTCTAGCCATCAACTACAGACCA  1033

seq1  GCCCCAACCTCTGGAAGCCAACCTCTTTCCCTATAGCCTACCCTCTCACC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAACCTCTGGAAGCCAACCTCTTTCCCTATAGCCTACCCTCTCACC  1083

seq1  TTCAGAGCCAGTGACAGTAGACTGAGCCCAGTTCTCATCACTGTTAGCCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCCAGTGACAGTAGACTGAGCCCAGTTCTCATCACTGTTAGCCA  1133

seq1  A  1148
      |
seq2  A  1134


seq1: chr16_8205455_8206589
seq2: B6Ng01-145C08.g_68_1192

seq1  GAATTCTCGATTTGTCCATTATTGACTCTGTGACCTTGGGACTTAACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGATTTGTCCATTATTGACTCTGTGACCTTGGGACTTAACCTT  50

seq1  TCTGTGCTTGTCTGCAAAATACAAATTGCCTCTATGTTATTGCAAAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTTGTCTGCAAAATACAAATTGCCTCTATGTTATTGCAAAATGG  100

seq1  TTGTAGATAAAGTGCAAGAATACCTCCCTAGCCCCAAGGGGGTCCTAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGATAAAGTGCAAGAATACCTCCCTAGCCCCAAGGGGGTCCTAATA  150

seq1  AATATTCAGAATGGGCTGGGAAGGGAGCACAGTTGCTTGTTTTGAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCAGAATGGGCTGGGAAGGGAGCACAGTTGCTTGTTTTGAAGACA  200

seq1  TGATCTCCCGAAACTACATGTACATAAAAGGGCAGCATGGTGTGCACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCCCGAAACTACATGTACATAAAAGGGCAGCATGGTGTGCACTTA  250

seq1  TGATTTCAGACAGTGGGTCCTCACTGGCTAGCCAACCTAGGCTCCTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCAGACAGTGGGTCCTCACTGGCTAGCCAACCTAGGCTCCTTGGT  300

seq1  GAACTCTGAGCCAATTAAAAACTCCATCTCAAAAAGGGATGTGTGTGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGAGCCAATTAAAAACTCCATCTCAAAAAGGGATGTGTGTGGAC  350

seq1  GGTGTCAGAGAAATAACACTCAAGCTTAACCTCTAGCCTCCCCATGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGAGAAATAACACTCAAGCTTAACCTCTAGCCTCCCCATGCACA  400

seq1  TGCACATATACATACTCATACACTAGAGTGTACATGCACTCTCACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATATACATACTCATACACTAGAGTGTACATGCACTCTCACACACA  450

seq1  CAGGAACATGTGCACACATACACATATACAAATGCTCAGAATGTTAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACATGTGCACACATACACATATACAAATGCTCAGAATGTTAAGCT  500

seq1  AGACTTGTTATTCTAATTTCCCATTGGTTCACGACTAGTGCCAGAGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGTTATTCTAATTTCCCATTGGTTCACGACTAGTGCCAGAGTCTG  550

seq1  AGTGAACATATTAAAGAGGAGCTCCAGTGTCATTGGAAAGCCAGAGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACATATTAAAGAGGAGCTCCAGTGTCATTGGAAAGCCAGAGATTG  600

seq1  AGCTCAACTGAATCATCCCAAGATACACTAGGCTCTATCTAACCAGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAACTGAATCATCCCAAGATACACTAGGCTCTATCTAACCAGAGAT  650

seq1  GCATCTGTGAAGGAAACTTTGAGTCTGCAGGCCGAAAATCCATGGTTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTGAAGGAAACTTTGAGTCTGCAGGCCGAAAATCCATGGTTCTG  700

seq1  AGCAGGATGCAGAGGCATAAGACACAGCCAACTTGCCCAACTGCCACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATGCAGAGGCATAAGACACAGCCAACTTGCCCAACTGCCACATT  750

seq1  TGCAGGTATGTCCAATAACAGAAGGAGTACAGAACAGGGAAATGCAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTATGTCCAATAACAGAAGGAGTACAGAACAGGGAAATGCAGAAC  800

seq1  AGAAAATGGAACAATTCCTCAATCTTTCTGGTGACATCTAGGCCCTACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGGAACAATTCCTCAATCTTTCTGGTGACATCTAGGCCCTACCT  850

seq1  AATGCTCTCATCCCTATTGTCTACCTAAAGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||
seq2  AATGCTCTCATCCCTATTGTCTACCTAAAG-TTTTTTGTTTGTT--GTTT  897

seq1  TTATGTCTTAAGACCACAACACTGCTAACTTTCCTTTCAATGCAGAATGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTATGTCTTAAGACCACAACACTGCTAACTTTCCTTTCAATGCA-AATGG  946

seq1  GAGTCATGAAGGGTGTTCGAG-AGGACACTGAAAAAGCACCCTAG-AAAC  998
      |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||  || ||||| ||||
seq2  GAGTCATGAA-GGTGTTCGAGAAGGAAACTGAAAAGCCATCCTAGAAAAC  995

seq1  ATGATGTTGGAATAAGGCTTTGAAAGATG-AGAAGAGTTTGACAAGGCAA  1047
      |||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||   |
seq2  ATGATG-TGGAATAA-GCTTTGAAAGATGAAAAAGAGTTTGACAAG--CA  1041

seq1  GTCAGATGGAGAGAAAGTCCAGGCAGAGTAACAGTGCAAAGGCACAGCTG  1097
      ||||||| || ||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||| |
seq2  GTCAGAT-GAAAGAAAGT-CAAGCA-AGTAACAGTGCAAA-GCACAGCGG  1087

seq1  -TCTGACAGAAGGTAACAAGTATGAGTTTAAAAACCTGA  1135
       |||||| ||| |||||||||||||  || |||||||||
seq2  TTCTGAC-GAAAGTAACAAGTATGAAGTTTAAAACCTGA  1125


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |