BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-153G09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 45,363,896 - 45,534,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd200, LOC385905, Gm609, LOC628681
Upstream geneCcdc52, Wdr52, Boc, LOC100043731, BC027231, Gtpbp8, Cd200r1, LOC271374, F630003A18Rik, Cd200r4, LOC546665, Cd200r2, Cd200r3, EG433021, Ccdc80, Slc35a5, Atg3, EG547267, Btla
Downstream geneSlc9a10, Gcet2, BC016579, Tmprss7, Tagln3, Abhd10, Phldb2, EG667418, Plcxd2, 4930546O09Rik, Cd96, AL024110, Pvrl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-153G09.bB6Ng01-153G09.g
ACCDH948724DH948725
length593939
definitionDH948724|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153G09, 5' end.DH948725|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,363,896 - 45,364,494)(45,533,247 - 45,534,177)
sequence
aatttatctcatccgtcatattttctggatttgaggaaaaaatgttttgt
ttatatggacttgttccattgttgcgtgcctaactgtaagttccaaagtc
aatcatcctctgaagggaatctaaggatgtgactgatgcacgtttcctca
actgtgagaaaccaaacaagtctctggaagtgttttctgagggatatatc
agaagttcacactgagctggggaagacctgatctgcctgccagtcaggta
tcttcatcatgttgaacacgcaaggttcagaagaactaaagctgtactca
gcatgcttggtggtgccaggagtcaggatagacaagctccaagggaggaa
agcaagagatctaaagggtggagtggatctcccagggagcttcctggagg
aggcagtgcctgcaatccagatatgttttaattcctgtggatcagaaggt
acaaatccagtctctagagtatccaggcagttaaccaaaaggaatgactt
tcctctcatagataaaacaacaagatgtggtgggctctagcaaagtctaa
ctgctgcttgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggggggggt
gaattcagtggggaggcctacgagagtcacgagggtgtgtgcccccaaga
gaatgtgtactatgagagcaagtgtggggaccgcatgatgaggcgactgt
tggctcagcatgccatttctgagtgccccaaatgtgtccagccttgtgtc
tactgtactaaggaactttttttacgacaccatctagagccactagtacc
aatacccacgcctgcctgttccctgcctcaaccaatgtggaatgagcatt
gtggctcaggaggacctgcccacccatctgaaggatagctgcagcattac
ctttgtgttctgccctttcaaagagtctggctgcaagcacagttgcccta
agctggcaatgggacgtcacatggaggagagcgtaaagccacatctggct
atgatgtgtgccctggtgagccagcagtggcaagagctgcgggagctgtg
gagagagctgggagagctatccatgggcagtggtggagtgctcatctgga
agattggcagctatgggcgtcgtccacaagacactaaggccaagacttaa
cctagagtgcttcagcccagccttctgtacccataaagtatggctacaag
ctgcaggtgtctgcattccttaatggcaactgcagtgggtgagggggcac
acaactctctatctacattcgtgtgtttgccaggcaccctttgacaatct
ccttgagtagccctttgcatgcctgggtcaccttctcccttcctggatca
gagtgacccaggtttggctaagccacagcatgtcactgagaccttccacc
ctatctcaaaccggaagaatttccagaagcctggctatttggcaatgctt
ccttggctgagagttctctgggctttggctactcctaatttcatctcgca
caagtacatctgataactaaattacatggcggacaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_45363896_45364494
seq2: B6Ng01-153G09.b_43_641

seq1  GAATTCAATTTATCTCATCCGTCATATTTCCTGGATTTGAGGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTATCTCATCCGTCATATTTTCTGGATTTGAGGAAAAAATG  50

seq1  TTTTGTTTATATGGACTTGTTCCATTGTTGCGTGCCTAACTGTAAGTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTATATGGACTTGTTCCATTGTTGCGTGCCTAACTGTAAGTTCC  100

seq1  AAAGTCAATCATCCTCTGAAGGGAATCTAAGGATGTGACTGATGCACGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAATCATCCTCTGAAGGGAATCTAAGGATGTGACTGATGCACGTT  150

seq1  TCCTCAACTGTGAGAAACCAAACAAGTCTCTGGAAGTGTTTTCTGAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAACTGTGAGAAACCAAACAAGTCTCTGGAAGTGTTTTCTGAGGGA  200

seq1  TATATCAGAAGTTCACACTGAGCTGGGGAAGACCTGATCTGCCTGCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGAAGTTCACACTGAGCTGGGGAAGACCTGATCTGCCTGCCAGT  250

seq1  CAGGTATCTTCATCATGTTGAACACGCAAGGTTCAGAAGAACTAAAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATCTTCATCATGTTGAACACGCAAGGTTCAGAAGAACTAAAGCTG  300

seq1  TACTCAGCATGCTTGGTGGTGCCAGGAGTCAGGATAGACAAGCTCCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGCATGCTTGGTGGTGCCAGGAGTCAGGATAGACAAGCTCCAAGG  350

seq1  GAGGAAAGCAAGAGATCTAAAGGGTGGAGTGGATCTCCCAGGGAGCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAGCAAGAGATCTAAAGGGTGGAGTGGATCTCCCAGGGAGCTTCC  400

seq1  TGGAGGAGGCAGTGCCTGCAATCCAGATATGTTTTAATTCCTGTGGATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGGCAGTGCCTGCAATCCAGATATGTTTTAATTCCTGTGGATCA  450

seq1  GAAGGTACAAATCCAGTCTCTAGAGTATCCAGGCAGTTAACCAAAAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACAAATCCAGTCTCTAGAGTATCCAGGCAGTTAACCAAAAGGAA  500

seq1  TGACTTTCCTCTCATAGATAAAACAACAAGATGTGGTGGGCTCTAGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTCCTCTCATAGATAAAACAACAAGATGTGGTGGGCTCTAGCAAA  550

seq1  GTCTAACTGCTGCTTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAACTGCTGCTTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGT  599

seq1: chr16_45533247_45534177
seq2: B6Ng01-153G09.g_70_1008 (reverse)

seq1  GCATTGTCCCGCATGTAATTTCGTTTTCAGATGTCCTGGTGGGAAATGAA  50
      |||||||||  |||||||||| ||| |||||||| || ||| || |||||
seq2  GCATTGTCCGCCATGTAATTTAGTTATCAGATGTACTTGTGCGAGATGAA  50

seq1  TTTAGG-GTAGCCAAAGCCCAGAGAACTCTCAGCCAAGG-AGCCTTGCCA  98
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  ATTAGGAGTAGCCAAAGCCCAGAGAACTCTCAGCCAAGGAAGCATTGCCA  100

seq1  AGT-GCCAGGCTTCTGGAAATTCTTCCGGTTTG-GATAAGGGTGGAAGGT  146
      | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AATAGCCAGGCTTCTGGAAATTCTTCCGGTTTGAGAT-AGGGTGGAAGGT  149

seq1  CTCAGTGACATGCTGTGGCTTAGCCAAACCTGGGTCACTCTGATCCAGG-  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCAGTGACATGCTGTGGCTTAGCCAAACCTGGGTCACTCTGATCCAGGA  199

seq1  AGGGAGAAGGTGACCCAGGCATGCAAAGGGCTACTCAAGGAGATTGTCAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAGGTGACCCAGGCATGCAAAGGGCTACTCAAGGAGATTGTCAA  249

seq1  A-GGTGCCTGGC-AACACACGAATGTAGATAGAGAGTTGTGTGCCCCCTC  293
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCCTGGCAAACACACGAATGTAGATAGAGAGTTGTGTGCCCCCTC  299

seq1  A-CCACTGCAGTTGCCATTAAGGAATGCAGACACCTGCAGCTTGTAGCCA  342
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGCAGTTGCCATTAAGGAATGCAGACACCTGCAGCTTGTAGCCA  349

seq1  TAC-TTATGGGTACAGAAGGCTGGGCTGAAGCACTCTAGGTTAAGTCTTG  391
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTATGGGTACAGAAGGCTGGGCTGAAGCACTCTAGGTTAAGTCTTG  399

seq1  GCCTTAGTGTCTTGTGGACGACGCCCATAGCTGCCAATCTTCCAGATGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGTGTCTTGTGGACGACGCCCATAGCTGCCAATCTTCCAGATGAG  449

seq1  CACTCCACCACTGCCCATGGATAGCTCTCCCAGCTCTCTCCACAGCTCCC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCACCACTGCCCATGGATAGCTCTCCCAGCTCTCTCCACAGCTCCC  499

seq1  GCAGCTCTTGCCACTGCTGGCTCACCAGGGCACACATCATAGCCAGATGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTTGCCACTGCTGGCTCACCAGGGCACACATCATAGCCAGATGT  549

seq1  GGCTTTACGCTCTCCTCCATGTGACGTCCCATTGCCAGCTTAGGGCAACT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTACGCTCTCCTCCATGTGACGTCCCATTGCCAGCTTAGGGCAACT  599

seq1  GTGCTTGCAGCCAGACTCTTTGAAAGGGCAGAACACAAAGGTAATGCTGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCAGCCAGACTCTTTGAAAGGGCAGAACACAAAGGTAATGCTGC  649

seq1  AGCTATCCTTCAGATGGGTGGGCAGGTCCTCCTGAGCCACAATGCTCATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCCTTCAGATGGGTGGGCAGGTCCTCCTGAGCCACAATGCTCATT  699

seq1  CCACATTGGTTGAGGCAGGGAACAGGCAGGCGTGGGTATTGGTACTAGTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGGTTGAGGCAGGGAACAGGCAGGCGTGGGTATTGGTACTAGTG  749

seq1  GCTCTAGATGGTGTCGTAAAAAAAGTTCCTTAGTACAGTAGACACAAGGC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGATGGTGTCGTAAAAAAAGTTCCTTAGTACAGTAGACACAAGGC  799

seq1  TGGACACATTTGGGGCACTCAGAAATGGCATGCTGAGCCAACAGTCGCCT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACATTTGGGGCACTCAGAAATGGCATGCTGAGCCAACAGTCGCCT  849

seq1  CATCATGCGGTCCCCACACTTGCTCTCATAGTACACATTCTCTTGGGGGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGCGGTCCCCACACTTGCTCTCATAGTACACATTCTCTTGGGGGC  899

seq1  ACACACCCTCGTGACTCTCGTAGGCCTCCCCGCTGAATTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACACACCCTCGTGACTCTCGTAGGCCTCCCCACTGAATTC  939