BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158C11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,809,541 - 11,014,427
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA630055G03Rik, Litaf, LOC100043147
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik, Socs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1
Downstream geneLOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171, C530044N13Rik, 2700045P11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158C11.bB6Ng01-158C11.g
ACCDH952185DH952186
length953955
definitionDH952185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C11, 5' end.DH952186|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,013,786 - 11,014,427)(10,809,541 - 10,810,504)
sequence
gaattcctgaaaagaagacttggtgaagctgggcggtagtggcacatccc
tttaatcccagcatttaggaggcagaggcaagcagatctttgtgagcttg
aggccagcctgatctacaaagcaagtatgcatgtatgtctctatctatat
ctaaatatatgtgcatgtctatttatatgtgagcacgtatgcctctctgt
atatgggtgtgtatatgtctatatatgtgcatgtatatttttctctacat
gtgtgcatgtgtatcgacatgtttgcacatatccctatcataaatgtgta
catgtatgcctatctatatgtgtgcacttatgtctctacttatacatgtg
tgtttgctggctgggaaaagggaaaaaagaggaaagagctctcaaggaaa
gggggtggcagggtgatggattgtagaggggacactgtgtggaagaagaa
agggacttggtggaggggtgggctcagcgagggaggggaacaaatgagaa
caggtgtgatggcgctcagaagtgaagcacctttgctctgtatgtgttgg
gagccgcgcccacattcgccgttacaagatggcgctgacagctgtgttct
aagtggtaaacaaataatctgcgcatgtgccaagggtatcttatgactac
ttgtgctctgccttccccgtgacgtcaactcggccgatgggctgcagcca
atcagggagtgacacgtccgaggcgaaggagaatgctccttaagagggac
ggggtttcgtttttctctctctcttgcttcttgctctcttgcttcttgct
ctcttgcttcttgcactcctgctcctgaagatgtaagcaataaaggtttt
gccgcagaagattttggtctgtggtgttcttcctggccggtcgtgagaac
gcgtctaataacatgtatgcactctaaatcttaaccacaggaaaaatgat
tac
gaattcaaattccagcaaccacatggtggctcacaaccatccttaatgag
aaacaaataaagaacctatgggctggagctaaggggccagagcaagaggg
agaaagggaaagtgtggaaaaagaaaggggacaaggtcagacattgcctc
aacagtagattagggactgattggttcctggccctccccacatcaactgt
gtctctgctgccacctctgcattccatcttgacatagctcacttcagccc
agtgcagggatgagaggagtatgccagccatatgattctcattgtccacc
gtccttccctatccccaggttcatccctcagtggcagctttcagagaatc
cagagttggaagtgacctcagtccctgcagaagcatcctgtgaccagggt
cccgtgtggtttgcagagtctcagtgatgctggcattgctatagtttttc
agagtctcagtgatgctgacattgctgtaggatctagagacatctctgtg
tttaaagacacatcaggagccaagtatggtggtacacacagaagccgaag
gctagcctgggctttatgaaactttgcaatgaaaatggcacttctcttcc
cccacatcccctagtcattgaatatctagggacactaagcaaaacacaag
ggtatgaggttgctcccatggtgccaagtatccagctgagattccattaa
tgcttctagaaagtcagatcccacttcagctgtctgtctgtctgtctgtc
ctgggtctctagatttaagaggtgcagtgtcagctgggagtgtgggtgta
tgactttagtcccatcactcgggctctgagcttgagccagcctggtctac
agagtaagttccatgacagccaaggctatgcagagaaactctatcttgaa
aataaacaaacaaaagaaagaaaggagaaagaagaaggaggaggagggag
ggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_11013786_11014427
seq2: B6Ng01-158C11.b_46_687 (reverse)

seq1  AAGATACCCTTGGCACATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACCCTTGGCACATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACA  50

seq1  GCTGTCAGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACA  100

seq1  TACAGAGCAAAGGTGCTTCACTTCTGAGCGCCATCACACCTGTTCTCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGCAAAGGTGCTTCACTTCTGAGCGCCATCACACCTGTTCTCATT  150

seq1  TGTTCCCCTCCCTCGCTGAGCCCACCCCTCCACCAAGTCCCTTTCTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCCTCCCTCGCTGAGCCCACCCCTCCACCAAGTCCCTTTCTTCTT  200

seq1  CCACACAGTGTCCCCTCTACAATCCATCACCCTGCCACCCCCTTTCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAGTGTCCCCTCTACAATCCATCACCCTGCCACCCCCTTTCCTTG  250

seq1  AGAGCTCTTTCCTCTTTTTTCCCTTTTCCCAGCCAGCAAACACACATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTTTCCTCTTTTTTCCCTTTTCCCAGCCAGCAAACACACATGTA  300

seq1  TAAGTAGAGACATAAGTGCACACATATAGATAGGCATACATGTACACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGAGACATAAGTGCACACATATAGATAGGCATACATGTACACATT  350

seq1  TATGATAGGGATATGTGCAAACATGTCGATACACATGCACACATGTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAGGGATATGTGCAAACATGTCGATACACATGCACACATGTAGAG  400

seq1  AAAAATATACATGCACATATATAGACATATACACACCCATATACAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATACATGCACATATATAGACATATACACACCCATATACAGAGAG  450

seq1  GCATACGTGCTCACATATAAATAGACATGCACATATATTTAGATATAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACGTGCTCACATATAAATAGACATGCACATATATTTAGATATAGAT  500

seq1  AGAGACATACATGCATACTTGCTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCAAGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATACATGCATACTTGCTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCAAGCTCA  550

seq1  CAAAGATCTGCTTGCCTCTGCCTCCTAAATGCTGGGATTAAAGGGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATCTGCTTGCCTCTGCCTCCTAAATGCTGGGATTAAAGGGATGTG  600

seq1  CCACTACCGCCCAGCTTCACCAAGTCTTCTTTTCAGGAATTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACCGCCCAGCTTCACCAAGTCTTCTTTTCAGGAATTC  642

seq1: chr16_10809541_10810504
seq2: B6Ng01-158C11.g_70_1024

seq1  GAATTCAAATTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCTTAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCTTAATGAG  50

seq1  AAACAAATAAAGAACCTATGGGCTGGAGCTAAGGGGCCAGAGCAAGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATAAAGAACCTATGGGCTGGAGCTAAGGGGCCAGAGCAAGAGGG  100

seq1  AGAAAGGGAAAGTGTGGAAAAAGAAAGGGGACAAGGTCAGACATTGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGAAAGTGTGGAAAAAGAAAGGGGACAAGGTCAGACATTGCCTC  150

seq1  AACAGTAGATTAGGGACTGATTGGTTCCTGGCCCTCCCCACATCAACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAGATTAGGGACTGATTGGTTCCTGGCCCTCCCCACATCAACTGT  200

seq1  GTCTCTGCTGCCACCTCTGCATTCCATCTTGACATAGCTCACTTCAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCTGCCACCTCTGCATTCCATCTTGACATAGCTCACTTCAGCCC  250

seq1  AGTGCAGGGATGAGAGGAGTATGCCAGCCATATGATTCTCATTGTCCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGGATGAGAGGAGTATGCCAGCCATATGATTCTCATTGTCCACC  300

seq1  GTCCTTCCCTATCCCCAGGTTCATCCCTCAGTGGCAGCTTTCAGAGAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCCCTATCCCCAGGTTCATCCCTCAGTGGCAGCTTTCAGAGAATC  350

seq1  CAGAGTTGGAAGTGACCTCAGTCCCTGCAGAAGCATCCTGTGACCAGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGGAAGTGACCTCAGTCCCTGCAGAAGCATCCTGTGACCAGGGT  400

seq1  CCCGTGTGGTTTGCAGAGTCTCAGTGATGCTGGCATTGCTATAGTTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGTGGTTTGCAGAGTCTCAGTGATGCTGGCATTGCTATAGTTTTTC  450

seq1  AGAGTCTCAGTGATGCTGACATTGCTGTAGGATCTAGAGACATCTCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTCAGTGATGCTGACATTGCTGTAGGATCTAGAGACATCTCTGTG  500

seq1  TTTAAAGACACATCAGGAGCCAAGTATGGTGGTACACACAGAAGCCGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGACACATCAGGAGCCAAGTATGGTGGTACACACAGAAGCCGAAG  550

seq1  GCTAGCCTGGGCTTTATGAAACTTTGCAATGAAAATGGCACTTCTCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTGGGCTTTATGAAACTTTGCAATGAAAATGGCACTTCTCTTCC  600

seq1  CCCACATCCCCTAGTCATTGAATATCTAGGGACACTAAGCAAAACACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATCCCCTAGTCATTGAATATCTAGGGACACTAAGCAAAACACAAG  650

seq1  GGTATGAGGTTGCTCCCATGGTGCCAAGTATCCAGCTGAGATTCCATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAGGTTGCTCCCATGGTGCCAAGTATCCAGCTGAGATTCCATTAA  700

seq1  TGCTTCTAGAAAGTCAGATCCCACTTCAGCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAGAAAGTCAGATCCCACTTCAGCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  750

seq1  CTGGGTCTCTAGATTTAAGAGGTGCAGTGTCAGCTGGGAGTGTGGGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTCTAGATTTAAGAGGTGCAGTGTCAGCTGGGAGTGTGGGTGTA  800

seq1  TGACTTTAGTCCCATCACTCGGGCTCTGAGCTTGAGGCCAGCCTGGTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACTTTAGTCCCATCACTCGGGCTCTGAGCTTGA-GCCAGCCTGGTCTA  849

seq1  CAGAGTAAGTTCCATGACAGCCAAGGCTATGCAGAGAAACTCTATCTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAAGTTCCATGACAGCCAAGGCTATGCAGAGAAACTCTATCTTGA  899

seq1  AAAATAAAACAAAACAAAAAGAAAGAAAGGAGGAAAGAAGGAAGGAAGGA  950
      |||   |||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  AAA--TAAACAAA--CAAAAGAAAGAAAGGA-GAAAGAA-GAAGG-AGGA  942

seq1  GGGAGGGAGGGAGA  964
       |||||||||||||
seq2  -GGAGGGAGGGAGA  955