BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159J13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,945,716 - 6,055,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1, LOC100042445
Upstream geneAnks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik, LOC100042436
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159J13.bB6Ng01-159J13.g
ACCDH953213DH953214
length1,1271,138
definitionDH953213|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159J13, 5' end.DH953214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,945,716 - 5,946,867)(6,054,061 - 6,055,202)
sequence
gaattccagttgttatctgcatcaatgcctgtgtatttagcttgtactca
cagggcttcacagcttttggagcagctttaacacaacttcatagtgcagg
cagacacagtataatctctggaattcaagctcattatctgtaaagagtga
tcataagggccctgcctctgactcactcaaccagaacatttacctccaag
ttagtttgtttctcctctttccagcctggctgcatcagatggttcatgcc
tattttccttggaaacactgcagcagccctagaacaatatggaccatgcc
atcactaagggctctgcacagatgcctttttgtcacatgtgttgattacc
gagaacagtgtgattaatctccctctctgatgtggcttagtgatctccat
ttgtctattagcagaaattctctagatgagtttttatagtggtacataaa
cacattaatcagtcacttctccattcaatagccgtccatccttaacttta
tccagccatccacatatccactaatctcttcatctagctgcccctacttc
ctcttttagctatccatctatgatggtttgtatattcttgggctagggag
tggcagcatttggaggtgtggccttgtccaggtgtgacctggttggagta
agtgtgtcactgtgggtgtgagcttaagatcctcactctagttgcctgga
agtcagtcttccactagcagcctttggatgaagacgtagaactctcagct
ctgcctgtgccatgcctgcctggatactgccatgctcccaccttgatgat
aatggactgaacctctgaacctgtaagccagccccaagtaaatgtttttt
ataagacttgccttggtcatggtgtctgttcacagcagtaaactctaact
aagacaccatccatctgtgtatagtcacatcacctgtctgtcatctatcc
atcctctgtaatccatttttctatctcattcctcatcttccctctatcat
ccatgtatcattcgtcatcatctcatttctctacatctatgaggactttg
aacactgggaggtgttgtgcagatgacaagtgtgctgtatttattaccgt
attctggaagaacttgagtctctgctt

gaattcaacactgggaagcaaactcagggcatgcagctttactcatctca
ggcctccctttcttacagggcttctgagtactgaacatacgtcctccttg
ctgactgtactatctccccagcgtctacatcacttctctttaaaaggaag
atatgctcccagaagctgtcctagagaacaacacgtatacatggtaggac
ctcacatcttcccaggcatgatctcatctgccaaatacactgttaggtta
taacgcatgaacttctacatagtctgtatgacagttataggtatacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacctcacacctcagccctag
ctccattcccagcacatgtcataggagacatatccagatgcacacttaga
acttacatcttgcttcagtgaaccggtcctgcctccgaatcacatcacag
taactccttagccaccatccattcctctctacttactccatcaaaactct
ggtctttttccttcaaggtgaacccctatccctatggtagtagctatggg
tttcattgtttaataagagtcaaacttttttagttttcaaagcttccctg
ttgcttccgaatgtgtcgttgatggaagtttttgagcatgatgtttctaa
tcccatttcccctgtaagccctgtgggttttattgtgtgattttacacag
tgcagtgatttcaggagccatatgtcctgttaccacaaaactgatgattc
accggctatgaagagcaggtggaatcacccatgtcatttgactccctgaa
cacccggcacgggtatgtgtgtatacagtcaggtaactgctgtcagactt
ctgacaacaaccttcttcggggcacatatgaaaagggttttgagagggct
ggactgatgtatgccgaataagccacccactctctgccctggggagcatt
ctgactgctcttgaaacaacagtctaatataatctgctgatcatctttca
agaaagatcctgtagcctcatgctttctccctgccattaggatcaggtgt
ttcctgaattaccgaaatgtgacttgaactcatccccggcactctttaca
taagctcgtggccagggacattggaatctctcgcttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5945716_5946867
seq2: B6Ng01-159J13.b_48_1174

seq1  GAATTCCAGTTGTTATCTGCATCAATGCCTGTGTATTTAGCTTGTACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTGTTATCTGCATCAATGCCTGTGTATTTAGCTTGTACTCA  50

seq1  CAGGGCTTCACAGCTTTTGGAGCAGCTTTAACACAACTTCATAGTGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTTCACAGCTTTTGGAGCAGCTTTAACACAACTTCATAGTGCAGG  100

seq1  CAGACACAGTATAATCTCTGGAATTCAAGCTCATTATCTGTAAAGAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAGTATAATCTCTGGAATTCAAGCTCATTATCTGTAAAGAGTGA  150

seq1  TCATAAGGGCCCTGCCTCTGACTCACTCAACCAGAACATTTACCTCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAGGGCCCTGCCTCTGACTCACTCAACCAGAACATTTACCTCCAAG  200

seq1  TTAGTTTGTTTCTCCTCTTTCCAGCCTGGCTGCATCAGATGGTTCATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGTTTCTCCTCTTTCCAGCCTGGCTGCATCAGATGGTTCATGCC  250

seq1  TATTTTCCTTGGAAACACTGCAGCAGCCCTAGAACAATATGGACCATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTTGGAAACACTGCAGCAGCCCTAGAACAATATGGACCATGCC  300

seq1  ATCACTAAGGGCTCTGCACAGATGCCTTTTTGTCACATGTGTTGATTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAAGGGCTCTGCACAGATGCCTTTTTGTCACATGTGTTGATTACC  350

seq1  GAGAACAGTGTGATTAATCTCCCTCTCTGATGTGGCTTAGTGATCTCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGTGTGATTAATCTCCCTCTCTGATGTGGCTTAGTGATCTCCAT  400

seq1  TTGTCTATTAGCAGAAATTCTCTAGATGAGTTTTTATAGTGGTACATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATTAGCAGAAATTCTCTAGATGAGTTTTTATAGTGGTACATAAA  450

seq1  CACATTAATCAGTCACTTCTCCATTCAATAGCCGTCCATCCTTAACTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAATCAGTCACTTCTCCATTCAATAGCCGTCCATCCTTAACTTTA  500

seq1  TCCAGCCATCCACATATCCACTAATCTCTTCATCTAGCTGCCCCTACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCATCCACATATCCACTAATCTCTTCATCTAGCTGCCCCTACTTC  550

seq1  CTCTTTTAGCTATCCATCTATGATGGTTTGTATATTCTTGGGCTAGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTAGCTATCCATCTATGATGGTTTGTATATTCTTGGGCTAGGGAG  600

seq1  TGGCAGCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTCCAGGTGTGACCTGGTTGGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTCCAGGTGTGACCTGGTTGGAGTA  650

seq1  AGTGTGTCACTGTGGGTGTGAGCTTAAGATCCTCACTCTAGTTGCCTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCACTGTGGGTGTGAGCTTAAGATCCTCACTCTAGTTGCCTGGA  700

seq1  AGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACGTAGAACTCTCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACGTAGAACTCTCAGCT  750

seq1  CTGCCTGTGCCATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTGCCATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGAT  800

seq1  AATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAAGTAAATGTTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAAGTAAATGTTTTTT  850

seq1  ATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACTCTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGT-AAACTCTAAC  899

seq1  TAAGACACCATCCATCTGTGTATAGTCACATCCACCTGTCTGTTCATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TAAGACACCATCCATCTGTGTATAGTCACAT-CACCTGTCTG-TCATCTA  947

seq1  TCCATCCTTCTGTAATCCATTTTTCTATCCTTCCATTCCTTCATCTTCCC  1000
      ||||||| |||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||
seq2  TCCATCC-TCTGTAATCCATTTTTCTATC---TCATTCC-TCATCTTCCC  992

seq1  TCTATCATCCATGTATTCATTCGTCCATCCATCTCATTTTCTTCTACAAT  1050
      ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||   ||||| ||
seq2  TCTATCATCCATGTA-TCATTCGT-CAT-CATCTCATTT--CTCTAC-AT  1036

seq1  CTATGAGGGACTTTGAACAACTGGGAGGTGTTGTGCAGAGTGACCAAGTG  1100
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CTATGA-GGACTTTGAAC-ACTGGGAGGTGTTGTGCAGA-TGA-CAAGTG  1082

seq1  TGCTTGTATTTTAATTACAGATATTTCTGGAAGGATCTTGAGTCTCCTGC  1150
      ||| |||||||  ||||| | || |||||||| || ||||||||| ||||
seq2  TGC-TGTATTT--ATTACCG-TA-TTCTGGAA-GAACTTGAGTCT-CTGC  1125

seq1  TT  1152
      ||
seq2  TT  1127


seq1: chr16_6054061_6055202
seq2: B6Ng01-159J13.g_67_1204 (reverse)

seq1  ATAAGCGAGGATTTCCAAAGTCCCT-GACACTGACTTATGTAAAGA-TGC  48
      |||||||||   |||||| |||||| | |||   |||||||||||| |||
seq2  ATAAGCGAGAGATTCCAATGTCCCTGGCCACGAGCTTATGTAAAGAGTGC  50

seq1  CGGGATAGGGTTTCAAGT--CATTTCTGTTAATTCAGGAAACACCTTGAT  96
      ||||  | |  |||||||  |||||| | |||||||||||||||| ||| 
seq2  CGGG-GATGAGTTCAAGTCACATTTC-GGTAATTCAGGAAACACC-TGA-  96

seq1  TCCAAAATGCAGTGAGAAAGCATGAGGCTACAGGATCTTTCTTGAAAGAT  146
      ||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGGCAGGGAGAAAGCATGAGGCTACAGGATCTTTCTTGAAAGAT  146

seq1  GAATCCAGCAGATTAATATTAGACTGTTGTTTCAAGAGCAGTCAGAATGC  196
      ||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA--TCAGCAGATT-ATATTAGACTGTTGTTTCAAGAGCAGTCAGAATGC  193

seq1  T-CCCAGGGCAGGAGAGTGGGTGGCTTATTCGGCATACATCCAGTCCAGC  245
      | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCCCAGGGCA-GAGAGTGGGTGGCTTATTCGGCATACAT-CAGTCCAGC  241

seq1  CCTCTCAAAACCCTTTTCATTATGTGCCCCGAAAGAAGGTTGTTGTCAG-  294
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  CCTCTCAAAACCCTTTTCA-TATGTGCCCCG-AAGAAGGTTGTTGTCAGA  289

seq1  AGTCTGACAGCAGTTACCTGACTGTATACACACATACCCGTGCC-GGTGT  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTCTGACAGCAGTTACCTGACTGTATACACACATACCCGTGCCGGGTGT  339

seq1  TCAGGGAGTCAAATGACATGGGTGATTCCACCTGCTCTTCATAGCCGGTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGTCAAATGACATGGGTGATTCCACCTGCTCTTCATAGCCGGTG  389

seq1  AATCATCAGTTTTGTGGTAACAGGACATATGGCTCCTGAAATCACTGCAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCAGTTTTGTGGTAACAGGACATATGGCTCCTGAAATCACTGCAC  439

seq1  TGTGTAAAATCACACAATAAAACCCACAGGGCTTACAGGGGAAATGGGAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAAATCACACAATAAAACCCACAGGGCTTACAGGGGAAATGGGAT  489

seq1  TAGAAACATCATGCTCAAAAACTTCCATCAACGACACATTCGGAAGCAAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACATCATGCTCAAAAACTTCCATCAACGACACATTCGGAAGCAAC  539

seq1  AGGGAAGCTTTGAAAACTAAAAAAGTTTGACTCTTATTAAACAATGAAAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGCTTTGAAAACTAAAAAAGTTTGACTCTTATTAAACAATGAAAC  589

seq1  CCATAGCTACTACCATAGGGATAGGGGTTCACCTTGAAGGAAAAAGACCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCTACTACCATAGGGATAGGGGTTCACCTTGAAGGAAAAAGACCA  639

seq1  GAGTTTTGATGGAGTAAGTAGAGAGGAATGGATGGTGGCTAAGGAGTTAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTGATGGAGTAAGTAGAGAGGAATGGATGGTGGCTAAGGAGTTAC  689

seq1  TGTGATGTGATTCGGAGGCAGGACCGGTTCACTGAAGCAAGATGTAAGTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTGATTCGGAGGCAGGACCGGTTCACTGAAGCAAGATGTAAGTT  739

seq1  CTAAGTGTGCATCTGGATATGTCTCCTATGACATGTGCTGGGAATGGAGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGTGCATCTGGATATGTCTCCTATGACATGTGCTGGGAATGGAGC  789

seq1  TAGGGCTGAGGTGTGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTGAGGTGTGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  839

seq1  TGTGTATACCTATAACTGTCATACAGACTATGTAGAAGTTCATGCGTTAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATACCTATAACTGTCATACAGACTATGTAGAAGTTCATGCGTTAT  889

seq1  AACCTAACAGTGTATTTGGCAGATGAGATCATGCCTGGGAAGATGTGAGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAACAGTGTATTTGGCAGATGAGATCATGCCTGGGAAGATGTGAGG  939

seq1  TCCTACCATGTATACGTGTTGTTCTCTAGGACAGCTTCTGGGAGCATATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCATGTATACGTGTTGTTCTCTAGGACAGCTTCTGGGAGCATATC  989

seq1  TTCCTTTTAAAGAGAAGTGATGTAGACGCTGGGGAGATAGTACAGTCAGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTAAAGAGAAGTGATGTAGACGCTGGGGAGATAGTACAGTCAGC  1039

seq1  AAGGAGGACGTATGTTCAGTACTCAGAAGCCCTGTAAGAAAGGGAGGCCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGACGTATGTTCAGTACTCAGAAGCCCTGTAAGAAAGGGAGGCCT  1089

seq1  GAGATGAGTAAAGCTGCATGCCCTGAGTTTGCTTCCCAGTGTTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAGTAAAGCTGCATGCCCTGAGTTTGCTTCCCAGTGTTGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |