BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161K17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 74,308,272 - 74,451,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRobo2
Upstream genenone
Downstream geneLOC665042
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161K17.bB6Ng01-161K17.g
ACCDH954719DH954720
length1,0681,036
definitionDH954719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K17, 5' end.DH954720|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,449,947 - 74,451,023)(74,308,272 - 74,309,314)
sequence
gaattcagtgtgcttgtaattccttagaagggtggaattaagtgaacctt
ctcccactgtagacagattgccaagtgtttggtggggggtaaacttgatt
gtagggaacatatttatttgctttacaaaatgttttttttatcagtctta
atgattgtatctatttactgaaacagtctcagcagtgtttcaacttagaa
aaatatataattaactgttagcccatcagtatttaaatccttaaatcaat
gagagtaagctgaaatgcctattggtcttctcccaagtgctccgaatcct
tggcttttctgtgagtatttggattagactcactgctcagaacaacaatg
ttgtgaatgatgtctattttcagctgtctgttttgggaaaggggtccttt
atagttatgaaaactgtaaaaaccccaaagtgtgtccgtgttgtggaatg
tagtctggggtctttaattgagcgagtactatctagcactgtgacctgca
gcctgggtggctataattctcaccataattaaggttatggcaaataaacg
caaggatctgcttgcagcaatctagacacatctgtttaagaccccctagt
ctagaatatgcattccttaaacttaaactgaaaaatgatcaacctgcccg
ctgttatttacacttaaaaaatatctttctctagctgagcagtcgaaagc
ttttgtcacatgattgcctgttaaataacatcccccagtttagaaatgtc
aatcttgttctatcccctggagagactgtgttctatttaatgatatctac
tctggcaataattacagggattccagttcttgactaaagacagaaaaggc
ctacattttaaccaggaatatgtgacaggagtgtgacatgcatcagaact
ctagggatttatatcaaatacatttttaagagcttgtatgctttctgctc
catttagactccttaagcagcaccatttaaagacctgacatcacattatt
gtttctgaaattctagtatgagaactaaactttcttgttctgtttgcaaa
ttactttcttattgagtt
gaattcttactgtctctcacagtatcccaaattacatgtattaactaacc
tcatgtggtaaattcttttcatctacattcacctacactagaggctgaat
ggccagcttcctatgtcacagctatttagggctatgtaatttatttgaga
gaagaaatgaaggggctatcccaggaagtttgccgtaacccatggagcca
tttgaaaagctataactactttcaagtagcaacatgcttcctcaaaatag
actctgatgtaactgggcttaatattgtgaccagcacagtatcaatttaa
atctcttttaaagttttcaccttgctcttgtttacccccaaagtcagcct
gctggagaatacttgaatatagctttaataactatacttaaggactacgt
gacttgaacatagttaattttatacaagcatattgagtgctgattttact
atttttccacaagcccttttattcattttaaatcaaataactgattttgg
aagccccattataaaagcagagttatccagtattgggacgtagcacttgt
actatatagggtaatatcattgcctgcattccacaggtcctataagatgt
caataaacatgtatataataaaaactaatatataataaatagcaattcct
ttcattgagtgtcaaataaagatagtctctaatatggaaatattgtgtgg
gccaaaatctcccttactattggttttcaaatacacagtaaatttccttc
caaagaaaaatagtccattcaacatacaaggaagtgaagcaagggtggtc
aaatcaactcaataccaaagacccaaaatatgggattttagatccccttc
atttccctggccccatggagttgtaactgctgtccctgttaacttatcca
ttccaggagtggtacaaaggatgtgtgcaggactgctttgctctcatgca
caagtcaagcagtttgtagactgcttgatatgggtttcttcctgggaagt
ccccttgactaaggcaacttatgacggctatacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_74449947_74451023
seq2: B6Ng01-161K17.b_44_1111 (reverse)

seq1  AACTC-ATAAGAAAGTAATATGCAAAACAGGACATGAAAGTTTAGTTTTC  49
      ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||  |||
seq2  AACTCAATAAGAAAGTAATTTGC-AAACAGAACAAGAAAGTTTAG--TTC  47

seq1  TCATTACTAGAATTTCAGAAAC-ATAATGTGATGGTCAGGTCTTTTAAAT  98
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TCA-TACTAGAATTTCAGAAACAATAATGTGAT-GTCAGGTC-TTTAAAT  94

seq1  GGTGCCTGCTTTAGGAGTCTTAATGGGAGCAGAAAGCATAC-AGCTCTTT  147
      |||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GGTG-CTGCTTAAGGAGTCTAAAT-GGAGCAGAAAGCATACAAGCTC-TT  141

seq1  AAAAATGTATTTGATATAAATCCCTAGAGTTCCTGATGCATGTCACCACT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  AAAAATGTATTTGATATAAATCCCTAGAGTT-CTGATGCATGTCA-CACT  189

seq1  CTTGTCACATATTCCTGGTTAAAATGTAGGCCTTTTCTGTCTTTAGTCAA  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCACATATTCCTGGTTAAAATGTAGGCCTTTTCTGTCTTTAGTCAA  239

seq1  GAACTGGAATCCCTGTAATTATTGCCAGAGTAGATATCATTAAATAGAAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAATCCCTGTAATTATTGCCAGAGTAGATATCATTAAATAGAAC  289

seq1  ACAGTCTCTCCAGGGGATAGAACAAGATTGACATTTCTAAACTGGGGGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTCTCCAGGGGATAGAACAAGATTGACATTTCTAAACTGGGGGAT  339

seq1  GTTATTTTAACAGGCAATCATGTGACAAAAGCTTTCGACTGCTCAGCTAG  397
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTA-TTTAACAGGCAATCATGTGACAAAAGCTTTCGACTGCTCAGCTAG  388

seq1  AGAAAGATATTTTTTAAGTGTAAATAACAGCGGGCAGGTTGATCATTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATATTTTTTAAGTGTAAATAACAGCGGGCAGGTTGATCATTTTT  438

seq1  CAGTTTAAGTTTAAGGAATGCATATTCTAGACTAGGGGGTCTTAAACAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAGTTTAAGGAATGCATATTCTAGACTAGGGGGTCTTAAACAGA  488

seq1  TGTGTCTAGATTGCTGCAAGCAGATCCTTGCGTTTATTTGCCATAACCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTAGATTGCTGCAAGCAGATCCTTGCGTTTATTTGCCATAACCTT  538

seq1  AATTATGGTGAGAATTATAGCCACCCAGGCTGCAGGTCACAGTGCTAGAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGTGAGAATTATAGCCACCCAGGCTGCAGGTCACAGTGCTAGAT  588

seq1  AGTACTCGCTCAATTAAAGACCCCAGACTACATTCCACAACACGGACACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCGCTCAATTAAAGACCCCAGACTACATTCCACAACACGGACACA  638

seq1  CTTTGGGGTTTTTACAGTTTTCATAACTATAAAGGACCCCTTTCCCAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGGTTTTTACAGTTTTCATAACTATAAAGGACCCCTTTCCCAAAA  688

seq1  CAGACAGCTGAAAATAGACATCATTCACAACATTGTTGTTCTGAGCAGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGCTGAAAATAGACATCATTCACAACATTGTTGTTCTGAGCAGTG  738

seq1  AGTCTAATCCAAATACTCACAGAAAAGCCAAGGATTCGGAGCACTTGGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATCCAAATACTCACAGAAAAGCCAAGGATTCGGAGCACTTGGGA  788

seq1  GAAGACCAATAGGCATTTCAGCTTACTCTCATTGATTTAAGGATTTAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAATAGGCATTTCAGCTTACTCTCATTGATTTAAGGATTTAAAT  838

seq1  ACTGATGGGCTAACAGTTAATTATATATTTTTCTAAGTTGAAACACTGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGGGCTAACAGTTAATTATATATTTTTCTAAGTTGAAACACTGCT  888

seq1  GAGACTGTTTCAGTAAATAGATACAATCATTAAGACTGATAAAAAAAACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTTTCAGTAAATAGATACAATCATTAAGACTGATAAAAAAAACA  938

seq1  TTTTGTAAAGCAAATAAATATGTTCCCTACAATCAAGTTTACCCCCCACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAAAGCAAATAAATATGTTCCCTACAATCAAGTTTACCCCCCACC  988

seq1  AAACACTTGGCAATCTGTCTACAGTGGGAGAAGGTTCACTTAATTCCACC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTTGGCAATCTGTCTACAGTGGGAGAAGGTTCACTTAATTCCACC  1038

seq1  CTTCTAAGGAATTACAAGCACACTGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAGGAATTACAAGCACACTGAATTC  1068

seq1: chr16_74308272_74309314
seq2: B6Ng01-161K17.g_69_1104

seq1  GAATTCTTACTGTCTCTCACAGTATCCCAAATTACATGTATTAACTAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTGTCTCTCACAGTATCCCAAATTACATGTATTAACTAACC  50

seq1  TCATGTGGTAAATTCTTTTCATCTACATTCACCTACACTAGAGGCTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGTAAATTCTTTTCATCTACATTCACCTACACTAGAGGCTGAAT  100

seq1  GGCCAGCTTCCTATGTCACAGCTATTTAGGGCTATGTAATTTATTTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTTCCTATGTCACAGCTATTTAGGGCTATGTAATTTATTTGAGA  150

seq1  GAAGAAATGAAGGGGCTATCCCAGGAAGTTTGCCGTAACCCATGGAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATGAAGGGGCTATCCCAGGAAGTTTGCCGTAACCCATGGAGCCA  200

seq1  TTTGAAAAGCTATAACTACTTTCAAGTAGCAACATGCTTCCTCAAAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGCTATAACTACTTTCAAGTAGCAACATGCTTCCTCAAAATAG  250

seq1  ACTCTGATGTAACTGGGCTTAATATTGTGACCAGCACAGTATCAATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGATGTAACTGGGCTTAATATTGTGACCAGCACAGTATCAATTTAA  300

seq1  ATCTCTTTTAAAGTTTTCACCTTGCTCTTGTTTACCCCCAAAGTCAGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTTAAAGTTTTCACCTTGCTCTTGTTTACCCCCAAAGTCAGCCT  350

seq1  GCTGGAGAATACTTGAATATAGCTTTAATAACTATACTTAAGGACTACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAATACTTGAATATAGCTTTAATAACTATACTTAAGGACTACGT  400

seq1  GACTTGAACATAGTTAATTTTATACAAGCATATTGAGTGCTGATTTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAACATAGTTAATTTTATACAAGCATATTGAGTGCTGATTTTACT  450

seq1  ATTTTTCCACAAGCCCTTTTATTCATTTTAAATCAAATAACTGATTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCACAAGCCCTTTTATTCATTTTAAATCAAATAACTGATTTTGG  500

seq1  AAGCCCCATTATAAAAGCAGAGTTATCCAGTATTGGGACGTAGCACTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCATTATAAAAGCAGAGTTATCCAGTATTGGGACGTAGCACTTGT  550

seq1  ACTATATAGGGTAATATCATTGCCTGCATTCCACAGGTCCTATAAGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAGGGTAATATCATTGCCTGCATTCCACAGGTCCTATAAGATGT  600

seq1  CAATAAACATGTATATAATAAAAACTAATATATAATAAATAGCAATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACATGTATATAATAAAAACTAATATATAATAAATAGCAATTCCT  650

seq1  TTCATTGAGTGTCAAATAAAGATAGTCTCTAATATGGAAATATTGTGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGAGTGTCAAATAAAGATAGTCTCTAATATGGAAATATTGTGTGG  700

seq1  GCCAAAATCTCCCTTACTATTGGTTTTCAAATACACAGTAAATTTCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATCTCCCTTACTATTGGTTTTCAAATACACAGTAAATTTCCTTC  750

seq1  CAAAGAAAAATAGTCCATTCAACATACAAGGAAGTGAAGCAAGGGTGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAAATAGTCCATTCAACATACAAGGAAGTGAAGCAAGGGTGGTC  800

seq1  AAATCAACTCAATACCAAAGACCCAAAATAT-GGATTTTAGATCCCCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACTCAATACCAAAGACCCAAAATATGGGATTTTAGATCCCCTTC  850

seq1  ATTTCCCTGGCCCCATGGAG-TGTAACTGCTGTCCCTGTTAACTTATCCA  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTGGCCCCATGGAGTTGTAACTGCTGTCCCTGTTAACTTATCCA  900

seq1  TTCCA-GAGTGGTACAAAGGATGTGTGCAGAACTGCTTTGCTCTCATGCA  947
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGAGTGGTACAAAGGATGTGTGCAGGACTGCTTTGCTCTCATGCA  950

seq1  CAAAGTCAAGCAGTTTGTAAGGACTGCCTTGATATGGGTTTCTTTCCTGG  997
      | |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  C-AAGTCAAGCAGTTTGTA--GACTG-CTTGATATGGGTTTC-TTCCTGG  995

seq1  GAAAGTCCCCTTGGACTTAAGGCAACTATTGAACGGCTAATACAAC  1043
      | |||||||||| ||| ||||||||||  || |||||| |||||||
seq2  G-AAGTCCCCTT-GAC-TAAGGCAACTTATG-ACGGCT-ATACAAC  1036