BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161K20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 48,425,827 - 48,568,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMorc1
Upstream geneLOC628776, EG667741, EG639644, EG637273, Dppa4, Dppa2, EG433023
Downstream geneTrat1, EG667501, Retnlb, Retnla, Retnlg, 2310047C04Rik, C330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik, LOC386061, EG216818, LOC628903
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161K20.bB6Ng01-161K20.g
ACCDH954725DH954726
length1,1621,051
definitionDH954725|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K20, 5' end.DH954726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,567,240 - 48,568,413)(48,425,827 - 48,426,893)
sequence
gaattcaagaaagaagttccaggctactttccctgtaacatgtacttaca
gttaatgtacttacactgaatcacccttcccagtttctttagaaaggatt
tccacaccatttcagctgtgatcagaaattactgaactaacgttctattg
tggttggaaatttgtaaatcatcattaggtttggtcagaaggagactgtt
tttttaatctgaggatgtgatatatttactatttcaataatggtctgttg
cgtgccctgtacctaccaggcacagagataggtaatactgagtcatggta
ggcaaagctgaagtgtttccctgcctccaggaactttgcagtctactatt
ccagtagctttgaacttaatacatggtctagtctggggtgtgcccaaaag
caagcatttaaaagtcaatgaccactgaattaaccagctgcccagggtcg
ggtcactgataagtattgaatacttgaaaatatgttaagattctaggaat
gtttgcccatgtagatttttgtggaaactttcctttcaggacagtaagac
agtgaggattcttatatcctttgaacaagatttctacagaagtggttcta
aattgctgttagaattggaatgagctgaatctataatctagacttaaatt
tgtgtgagggaaaaaaaattctactgagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagaaggcagaatggatggctcccatctgttgact
tcataagctgccattaagatctccactcaataatggctaacatagtccaa
ctttaaacaaacaataagctaatcaaggctttgtgaaatgacactatcaa
tatccaatggtcaacagtgacctttaaggaaggaaaacaacatattcaga
gacggtcaatcccaatgtgttgaatgtcttccaaagcttcaggagtgatt
tccattaaggaacgacttttaaatggagatattccagatagaaacttctg
tatttatctatttggcttgttagttaagataatcaccaggctcttcccgc
cttcatccctgttctttgagccactgcgaactaggctttataacttacta
agaaagcggggttgtttttagcagtaggaattgcttaggaacgcattccc
agaatcttagtg
gaattcactcttgcacctgcgtacaaggcttgtttactagttaggcacag
cggaggcctgcgccatcttataatggcgattgctcgcggcacacacggct
ctcctcagagattactggcagcatgcacgctattgctcgcagcatgtacc
ggctttccacactgctccaatctcaaattttcaaaccttctttgatctct
tctaacctgcttcatgacttggagacttgacttcttccagatcgtccata
ataccttcactccgtaacaaatgcttatgaactcttagggtctgggccct
ttccttccagtcttgttagagaggcagggaaatgagaaggtatgcttaga
tgctgcagcagctactcttctcctgccgagataaaacagcaacaccaaaa
gcaacttatagaaagaggagttaattttgacctatgcttctagaaagcta
acggccataatggtggggtggcatggcagcaggctactgagagtaggaag
ctaagagatcaccacatcttcaattatacacacagaacagtgagcaacca
ggaagaggggcagggctacaaacccttgtacctatacacccactggcata
ctttttctagcaaggctctacctcctaacagatccattatctcacaaaat
caatgcctccagctggggggtcaagtcctaaaatacctgtgagcccatga
gtctgtgacaggatggactatttcctgcccatgctaccatggatgcctct
gtagctaagatcaagatgtgaagagggggttgtattagtcaggttctcta
gagtcacagaacttatggatagtctctagatagtaaaggaatttattgat
gacttacagtcgggcagcccaattcccaacaattgttcagtcacagctgt
gaatggaagtcaaggatctagcagtactcagtctcacgcagcaagcagcg
agagcaagagctagagctagactcctctcatgtcttaaatgtcttcagca
gaggtatagcccagattaggtgtgttcaccacaccttttattccagatga
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_48567240_48568413
seq2: B6Ng01-161K20.b_47_1208 (reverse)

seq1  CACTAAAGATTACTTGGGAAATGCGTCCCCTAAGCATTTCCTACTGCTAA  50
      |||| |||||| ||  || |||||||  |||||||| |||||||||||||
seq2  CACT-AAGATT-CT--GGGAATGCGT-TCCTAAGCAATTCCTACTGCTAA  45

seq1  AACACACCCCGCCTCTCTAGTTAGCTCATAAAGCCCCTAGTCTGCAGTGT  100
      ||   ||||||| |   |||| || | ||||||  ||||||  |||||| 
seq2  AAACAACCCCGCTTTCTTAGTAAG-TTATAAAG--CCTAGTTCGCAGTG-  91

seq1  GCTCAAAGAAACCAGAGATGAAGGCGGG-AGAGCCT-GTGATTATCTTAA  148
      ||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GCTCAAAGAA--CAGGGATGAAGGCGGGAAGAGCCTGGTGATTATCTTAA  139

seq1  CTAAC-AGCCAAATAGATAAATACAGAAGTTTCTATCTGGAAATATCTCC  197
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTAACAAGCCAAATAGATAAATACAGAAGTTTCTATCTGG-AATATCTCC  188

seq1  ATTTTAAAAGTCGTTTCTTAATTGGAAATCACTCCTTGAAGCTTTGGGAA  247
      | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  A-TTTAAAAGTCGTTCCTTAA-TGGAAATCACTCC-TGAAGCTTT-GGAA  234

seq1  GACATTCAACACATTGGGATTGACCGTCTCTGAATATGTTGTTTTCCTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCAACACATTGGGATTGACCGTCTCTGAATATGTTGTTTTCCTTC  284

seq1  CTTAAAGGTCACTGTTGACCATTGGATATTGATAGTGTCA-TTCACAAAG  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTAAAGGTCACTGTTGACCATTGGATATTGATAGTGTCATTTCACAAAG  334

seq1  CCTTGATTAGCTTATTGTTTGTTTAAAGTTGGACTATGTTAGCCATTATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATTAGCTTATTGTTTGTTTAAAGTTGGACTATGTTAGCCATTATT  384

seq1  GAGTGGAGATCTTAATGGCAGCTTATGAAGTCAACAGATGGGAGCCATCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGATCTTAATGGCAGCTTATGAAGTCAACAGATGGGAGCCATCC  434

seq1  ATTCTGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  484

seq1  CTCAGTAGAATTTTTTTTCCCTCACACAAATTTAAGTCTAGATTATAGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGAATTTTTTTTCCCTCACACAAATTTAAGTCTAGATTATAGAT  534

seq1  TCAGCTCATTCCAATTCTAACAGCAATTTAGAACCACTTCTGTAGAAATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCATTCCAATTCTAACAGCAATTTAGAACCACTTCTGTAGAAATC  584

seq1  TTGTTCAAAGGATATAAGAATCCTCACTGTCTTACTGTCCTGAAAGGAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAAGGATATAAGAATCCTCACTGTCTTACTGTCCTGAAAGGAAA  634

seq1  GTTTCCACAAAAATCTACATGGGCAAACATTCCTAGAATCTTAACATATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCACAAAAATCTACATGGGCAAACATTCCTAGAATCTTAACATATT  684

seq1  TTCAAGTATTCAATACTTATCAGTGACCCGACCCTGGGCAGCTGGTTAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTATTCAATACTTATCAGTGACCCGACCCTGGGCAGCTGGTTAAT  734

seq1  TCAGTGGTCATTGACTTTTAAATGCTTGCTTTTGGGCACACCCCAGACTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTCATTGACTTTTAAATGCTTGCTTTTGGGCACACCCCAGACTA  784

seq1  GACCATGTATTAAGTTCAAAGCTACTGGAATAGTAGACTGCAAAGTTCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGTATTAAGTTCAAAGCTACTGGAATAGTAGACTGCAAAGTTCCT  834

seq1  GGAGGCAGGGAAACACTTCAGCTTTGCCTACCATGACTCAGTATTACCTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGGGAAACACTTCAGCTTTGCCTACCATGACTCAGTATTACCTA  884

seq1  TCTCTGTGCCTGGTAGGTACAGGGCACGCAACAGACCATTATTGAAATAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGCCTGGTAGGTACAGGGCACGCAACAGACCATTATTGAAATAG  934

seq1  TAAATATATCACATCCTCAGATTAAAAAAACAGTCTCCTTCTGACCAAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATCACATCCTCAGATTAAAAAAACAGTCTCCTTCTGACCAAAC  984

seq1  CTAATGATGATTTACAAATTTCCAACCACAATAGAACGTTAGTTCAGTAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATGATTTACAAATTTCCAACCACAATAGAACGTTAGTTCAGTAA  1034

seq1  TTTCTGATCACAGCTGAAATGGTGTGGAAATCCTTTCTAAAGAAACTGGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATCACAGCTGAAATGGTGTGGAAATCCTTTCTAAAGAAACTGGG  1084

seq1  AAGGGTGATTCAGTGTAAGTACATTAACTGTAAGTACATGTTACAGGGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGATTCAGTGTAAGTACATTAACTGTAAGTACATGTTACAGGGAA  1134

seq1  AGTAGCCTGGAACTTCTTTCTTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCTGGAACTTCTTTCTTGAATTC  1162

seq1: chr16_48425827_48426893
seq2: B6Ng01-161K20.g_68_1118

seq1  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50

seq1  CGGAGGCCTGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGCCTGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100

seq1  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCATGCACGCTATTGCTCGCAGCATGTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCATGCACGCTATTGCTCGCAGCATGTACC  150

seq1  GGCTTTCCACACTGCTCCAATCTCAAATTTTCAAACCTTCTTTGATCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCACACTGCTCCAATCTCAAATTTTCAAACCTTCTTTGATCTCT  200

seq1  TCTAACCTGCTTCATGACTTGGAGACTTGACTTCTTCCAGATCGTCCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCTGCTTCATGACTTGGAGACTTGACTTCTTCCAGATCGTCCATA  250

seq1  ATACCTTCACTCCGTAACAAATGCTTATGAACTCTTAGGGTCTGGGCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTCACTCCGTAACAAATGCTTATGAACTCTTAGGGTCTGGGCCCT  300

seq1  TTCCTTCCAGTCTTGTTAGAGAGGCAGGGAAATGAGAAGGTATGCTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCAGTCTTGTTAGAGAGGCAGGGAAATGAGAAGGTATGCTTAGA  350

seq1  TGCTGCAGCAGCTACTCTTCTCCTGCCGAGATAAAACAGCAACACCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAGCAGCTACTCTTCTCCTGCCGAGATAAAACAGCAACACCAAAA  400

seq1  GCAACTTATAGAAAGAGGAGTTAATTTTGACCTATGCTTCTAGAAAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTATAGAAAGAGGAGTTAATTTTGACCTATGCTTCTAGAAAGCTA  450

seq1  ACGGCCATAATGGTGGGGTGGCATGGCAGCAGGCTACTGAGAGTAGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCATAATGGTGGGGTGGCATGGCAGCAGGCTACTGAGAGTAGGAAG  500

seq1  CTAAGAGATCACCACATCTTCAATTATACACACAGAACAGTGAGCAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGATCACCACATCTTCAATTATACACACAGAACAGTGAGCAACCA  550

seq1  GGAAGAGGGGCAGGGCTACAAACCCTTGTACCTATACACCCACTGGCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGGGCAGGGCTACAAACCCTTGTACCTATACACCCACTGGCATA  600

seq1  CTTTTTCTAGCAAGGCTCTACCTCCTAACAGATCCATTATCTCACAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTAGCAAGGCTCTACCTCCTAACAGATCCATTATCTCACAAAAT  650

seq1  CAATGCCTCCAGCTGGGGGGTCAAGTCCTAAAATACCTGTGAGCCCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTCCAGCTGGGGGGTCAAGTCCTAAAATACCTGTGAGCCCATGA  700

seq1  GTCTGTGACAGGATGGACTATTTCCTGCCCATGCTACCATGGATGCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGACAGGATGGACTATTTCCTGCCCATGCTACCATGGATGCCTCT  750

seq1  GTAGCTAAGATCAAGATGTGAAGAGGGGGTTGTATTAGTCAGGGTTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAGCTAAGATCAAGATGTGAAGAGGGGGTTGTATTAGTCA-GGTTCTCT  799

seq1  AGAGTCACAGAACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCACAGAACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGA  849

seq1  TGACTTACAGTC-GGCAGCCCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCACAGCTG  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTACAGTCGGGCAGCCCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCACAGCTG  899

seq1  TGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACGCAGCAAGCA  949
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAAGT-CAAGGATCTAGCAG-TACTCAGTCTCACGCAGCAAGCA  947

seq1  GGCGAAGGAGCAAGAGCTAGAGCTAGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTAA  999
       ||||  ||||||||||||||||||||||||     ||  |||| |||||
seq2  -GCGA--GAGCAAGAGCTAGAGCTAGACTCC-----TCTCATGT-CTTAA  988

seq1  ATTGTCTCCAGCAGAAGGTATAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCACCACA  1049
      | ||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||
seq2  A-TGTCTTCAGCAG-AGGTATAGCCCAGATT--AGGTGTGTT-CACCACA  1033

seq1  CCTTTAATCCCAGATGAA  1067
      ||||| || |||||||||
seq2  CCTTTTATTCCAGATGAA  1051