BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161N01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 34,806,235 - 34,962,817
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMylk
Upstream geneMuc13, Itgb5, Umps, Kalrn, LOC100043670, Ropn1, Ccdc14
Downstream genePtplb, Adcy5, Sec22a, Pdia5, Sema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161N01.bB6Ng01-161N01.g
ACCDH954825DH954826
length9921,182
definitionDH954825|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161N01, 5' end.DH954826|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161N01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,806,235 - 34,807,236)(34,961,627 - 34,962,817)
sequence
gaattctctggaactggagtcatgggctgttgtgagcagctatgtgggtg
ctgggacttgaactcaagtcttccagaagagcagggaatactcgtaagtg
gagagatgcctctcttgacccagaagggtttcttgaactcaggaatttga
ggccagcttggacaacacagtgaagccctgtctcagaataaaaaaaaaaa
aaggaaaaagaaaaaaattatattaacatgtaggcttattgtcgatgtct
tatgtgaattactatttaattgaaatatgcatcaaaccttgatagcaata
actcaccaacaaaccctttggctctttcataactttaagggatataaagg
ctctttgagatcacagaagcttcaaccacagtgctggaaggtcaaggatg
tctcaggtgttgtaggtgttggggctttgcctccttcttatgaatccacc
agcacccaacagggctcaaactcaggatgcttagtctgcgccttgggttc
taggggaataccttgatgtctacagtagggatggtgatattttgtgctct
gagcccaggtcctaagtctcactgggttgggatgacactgtgctccatga
agtgctgagcacgccgtgttcctacctacagtcccagcacgggagttctc
agctatctgcctcctgagtgagcctcctgcactggacatctgaatggtgc
tgcctttggctcaaggaagaaagagccaggtctcaggaagcacatgtccc
atgagcttatggttatctcagccagctgcaccaaggagttggagtgacag
gccaggccagatgtggagttggggaagagcccagccctatctggggctca
attctctgcttgacgggtcttccagtcgctttacactcagattggagttc
tgcactctggacaagtcaaaacctgtggagcttcaccctctgctccctca
gctcactggttgcagccagggttccaaggtcacccactgggc
gaattccatacatgccaaacacaagttttatcaccaggcaaaaaccttta
cccaacatcttcaactatcatgtgactggtatgcaatgagagaaagaatt
tcagaagtgaaccacaattgtatatcgttcctgtccttggctaagagaga
gaaaaacggactgaagacagaagagaagtgggccttttggctggccgcct
tccctcccggatgaccttggcttagaccagtgaggctgctcagttcaagc
caaatcatggcagctaacagtttaatgaagtctctgagtttccccaggtg
ttcttagttgcttatctaaacaaaacttctacttctctggttagtttctg
cagttgtttggttagttacagctatctgctaattatagaaaccctttcat
tctccaccaaccaagtttgagttccctcacaaaacagcaattgaaactat
gtgatgtggatttgtatgcgaaagtcagaaaatttaaggctagcttgttt
gtctttctcactgggaaaatggtgttaacatgtatgtctgtataccgagt
aagcaaacagacaggtaagtacttctgtttcctctctgaagcccagccag
acagggaggccaaagggatcctgaaaaatggccctaggactctgtgaagg
aacatctctgtatgtctgtgtgtggatacgtattcgtgaggctgcacaca
tgcaaatataaaagtgcacattcctatgtgcataacattccttttcaccc
ctcctccactttaattcttttccccttctttttagttttaagtgaattta
aataaataaatttattttaaataattcatatcaattttaactgtatattt
attttgtggatattcatatgtacaccacatattccttccccaccttctcc
tccattttatttatttatttattattatttatttatttatttatgatgag
tagccttacgtggcctggaactcattccctagtcaagatgacctgacttc
tgatcctcctgactggtttcagtacgtttagtacttcttttaccccagac
accctgaggtaatgtgggtgctgggcctcagactccaagggtttcccagt
ccctgagcacgccaggactcctaccaatggagccacccctcatccctgtg
cttccttcttggatactagcttatcttgctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_34806235_34807236
seq2: B6Ng01-161N01.b_46_1037

seq1  GAATTCTCTGGAACTGGAGTCATGGGCTGTTGTGAGCAGCTATGTGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAACTGGAGTCATGGGCTGTTGTGAGCAGCTATGTGGGTG  50

seq1  CTGGGACTTGAACTCAAGTCTTCCAGAAGAGCAGGGAATACTCGTAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTTGAACTCAAGTCTTCCAGAAGAGCAGGGAATACTCGTAAGTG  100

seq1  GAGAGATGCCTCTCTTGACCCAGAAGGGTTTCTTGAACTCAGGAATTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGCCTCTCTTGACCCAGAAGGGTTTCTTGAACTCAGGAATTTGA  150

seq1  GGCCAGCTTGGACAACACAGTGAAGCCCTGTCTCAGAATAAAAAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTTGGACAACACAGTGAAGCCCTGTCTCAGAATAAAAAAAAAAA  200

seq1  AAGGAAAAAGAAAAAAATTATATTAACATGTAGGCTTATTGTCGATGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAAGAAAAAAATTATATTAACATGTAGGCTTATTGTCGATGTCT  250

seq1  TATGTGAATTACTATTTAATTGAAATATGCATCAAACCTTGATAGCAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAATTACTATTTAATTGAAATATGCATCAAACCTTGATAGCAATA  300

seq1  ACTCACCAACAAACCCTTTGGCTCTTTCATAACTTTAAGGGATATAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCAACAAACCCTTTGGCTCTTTCATAACTTTAAGGGATATAAAGG  350

seq1  CTCTTTGAGATCACAGAAGCTTCAACCACAGTGCTGGAAGGTCAAGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGAGATCACAGAAGCTTCAACCACAGTGCTGGAAGGTCAAGGATG  400

seq1  TCTCAGGTGTTGTAGGTGTTGGGGCTTTGCCTCCTTCTTATGAATCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTGTTGTAGGTGTTGGGGCTTTGCCTCCTTCTTATGAATCCACC  450

seq1  AGCACCCAACAGGGCTCAAACTCAGGATGCTTAGTCTGCGCCTTGGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAACAGGGCTCAAACTCAGGATGCTTAGTCTGCGCCTTGGGTTC  500

seq1  TAGGGGAATACCTTGATGTCTACAGTAGGGATGGTGATATTTTGTGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAATACCTTGATGTCTACAGTAGGGATGGTGATATTTTGTGCTCT  550

seq1  GAGCCCAGGTCCTAAGTCTCACTGGGTTGGGATGACACTGTGCTCCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGGTCCTAAGTCTCACTGGGTTGGGATGACACTGTGCTCCATGA  600

seq1  AGTGCTGAGCACGCCGTGTTCCTACCTACAGTCCCAGCACGGGAGTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAGCACGCCGTGTTCCTACCTACAGTCCCAGCACGGGAGTTCTC  650

seq1  AGCTATCTGCCTCCTGAGTGAGCCTCCTGCACTGGACATCTGAAATGGTG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTATCTGCCTCCTGAGTGAGCCTCCTGCACTGGACATCTG-AATGGTG  699

seq1  CTGCC-TTGGCTCAAGGAAGAAAGAGCCAGGTCTCAGGAAGCACATGTCC  749
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTGGCTCAAGGAAGAAAGAGCCAGGTCTCAGGAAGCACATGTCC  749

seq1  CATGAGCTTATGGTAATCTCAGGCCAGCTGCACCAAGGAGTTGGAGTGAC  799
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCTTATGGTTATCTCA-GCCAGCTGCACCAAGGAGTTGGAGTGAC  798

seq1  AGGCCAGGCCAGATGTGGAGTTGGGGAAGAGCCCAG-CCTATCTGGGGCT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGCCAGGCCAGATGTGGAGTTGGGGAAGAGCCCAGCCCTATCTGGGGCT  848

seq1  CAATTCTCTGCTTGACGGGGTCTTTCCAGTCGCTTTACACTCAGATTGGA  898
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTCTGCTTGAC-GGGTC-TTCCAGTCGCTTTACACTCAGATTGGA  896

seq1  G-TCTGCAGCTCTGGACAAGTCAAAACCTGT-GAGCTTCCACCTCTGGCT  946
      | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||
seq2  GTTCTGCA-CTCTGGACAAGTCAAAACCTGTGGAGCTTCACCCTCT-GCT  944

seq1  CCCTCAGCCTTCACTGGTGTGGCAGCCAGGGGTTTCAAAGGTCACCCCAG  996
      ||||||||  ||||||  || ||||||||||  ||| ||||||||||   
seq2  CCCTCAGC--TCACTG--GTTGCAGCCAGGG--TTCCAAGGTCACCC--A  986

seq1  CTGGGC  1002
      ||||||
seq2  CTGGGC  992

seq1: chr16_34961627_34962817
seq2: B6Ng01-161N01.g_67_1248 (reverse)

seq1  GCAGCAAAGATTAAGCTAGTATATCAAAGAAGGA--GACAGGAGATTAGG  48
      ||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||   ||||| ||| |||
seq2  GCAGC-AAGA-TAAGCTAG--TATCCAAGAAGGAAGCACAGG-GATGAGG  45

seq1  GGTAGGCTTCAATGGGTAGAGTGCCTGCCTGTCTAGGGACTGTGAAA-CC  97
      ||| |||| || |||   |||| |  || ||   |||||||| |||| ||
seq2  GGT-GGCTCCATTGGTAGGAGTCCTGGCGTGCTCAGGGACTGGGAAACCC  94

seq1  TTGAGTTCTGA-GCCCAGCA-CCACA-TACACCA-GGTGTCCTGGGGTAA  143
      |||   ||||| |||||||| ||||| |||  || ||||| |||||||||
seq2  TTGGAGTCTGAGGCCCAGCACCCACATTACCTCAGGGTGT-CTGGGGTAA  143

seq1  TAGAAGTACTAAACGTACTGAACACCAGTCAGGAGGATCAGAAGTTCAGG  193
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGAAGTACTAAACGTACTGAA-ACCAGTCAGGAGGATCAGAAG-TCAGG  191

seq1  TTCATCTTTGACTAGGGAATGAGTTCCAGGCCCACGTTAGGCCTTAACTC  243
       ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    ||||
seq2  -TCATC-TTGACTAGGGAATGAGTTCCAGG-CCACGTAAGGC---TACTC  235

seq1  ATCATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAATGGAG  293
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAATAAATAAATAAATAA--TAATAAATAAATAAATAAAATGGAG  283

seq1  GAG-AGGT-GAGAAGGAATATGT-GTGTACATATGAATATCCACAAAATA  340
      ||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTGGGGAAGGAATATGTGGTGTACATATGAATATCCACAAAATA  333

seq1  AATATACAGTTAAAATTGATATTGAATTATTTTAAAATAAATTTATTTAT  390
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATATACAGTTAAAATTGATA-TGAATTA-TTTAAAATAAATTTATTTAT  381

seq1  TTAAATTCACTTAAAACTAAAAAGAAGGGGAAAAGAATTAAAGTGGAGGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCACTTAAAACTAAAAAGAAGGGGAAAAGAATTAAAGTGGAGGA  431

seq1  GGGGTGAAAAGGAATGTTATGCACATAGGAATGTGCACTTTTATATTTGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAAAAGGAATGTTATGCACATAGGAATGTGCACTTTTATATTTGC  481

seq1  ATGTGTGCAGCCTCACGAATACGTATCCACACACAGACATACAGAGATGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCAGCCTCACGAATACGTATCCACACACAGACATACAGAGATGT  531

seq1  TCCTTCACAGAGTCCTAGGGCCATTTTTCAGGATCCCTTTGGCCTCCCTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACAGAGTCCTAGGGCCATTTTTCAGGATCCCTTTGGCCTCCCTG  581

seq1  TCTGGCTGGGCTTCAGAGAGGAAACAGAAGTACTTACCTGTCTGTTTGCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGGGCTTCAGAGAGGAAACAGAAGTACTTACCTGTCTGTTTGCT  631

seq1  TACTCGGTATACAGACATACATGTTAACACCATTTTCCCAGTGAGAAAGA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGGTATACAGACATACATGTTAACACCATTTTCCCAGTGAGAAAGA  681

seq1  CAAACAAGCTAGCCTTAAATTTTCTGACTTTCGCATACAAATCCACATCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGCTAGCCTTAAATTTTCTGACTTTCGCATACAAATCCACATCA  731

seq1  CATAGTTTCAATTGCTGTTTTGTGAGGGAACTCAAACTTGGTTGGTGGAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTCAATTGCTGTTTTGTGAGGGAACTCAAACTTGGTTGGTGGAG  781

seq1  AATGAAAGGGTTTCTATAATTAGCAGATAGCTGTAACTAACCAAACAACT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGGGTTTCTATAATTAGCAGATAGCTGTAACTAACCAAACAACT  831

seq1  GCAGAAACTAACCAGAGAAGTAGAAGTTTTGTTTAGATAAGCAACTAAGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAACTAACCAGAGAAGTAGAAGTTTTGTTTAGATAAGCAACTAAGA  881

seq1  ACACCTGGGGAAACTCAGAGACTTCATTAAACTGTTAGCTGCCATGATTT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGGGAAACTCAGAGACTTCATTAAACTGTTAGCTGCCATGATTT  931

seq1  GGCTTGAACTGAGCAGCCTCACTGGTCTAAGCCAAGGTCATCCGGGAGGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGAACTGAGCAGCCTCACTGGTCTAAGCCAAGGTCATCCGGGAGGG  981

seq1  AAGGCGGCCAGCCAAAAGGCCCACTTCTCTTCTGTCTTCAGTCCGTTTTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGGCCAGCCAAAAGGCCCACTTCTCTTCTGTCTTCAGTCCGTTTTT  1031

seq1  CTCTCTCTTAGCCAAGGACAGGAACGATATACAATTGTGGTTCACTTCTG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTTAGCCAAGGACAGGAACGATATACAATTGTGGTTCACTTCTG  1081

seq1  AAATTCTTTCTCTCATTGCATACCAGTCACATGATAGTTGAAGATGTTGG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTTCTCTCATTGCATACCAGTCACATGATAGTTGAAGATGTTGG  1131

seq1  GTAAAGGTTTTTGCCTGGTGATAAAACTTGTGTTTGGCATGTATGGAATT  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGTTTTTGCCTGGTGATAAAACTTGTGTTTGGCATGTATGGAATT  1181

seq1  C  1191
      |
seq2  C  1182