BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163G12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 25,308,135 - 25,472,969
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5430420C16Rik
Upstream geneLOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik
Downstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1, Cldn16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163G12.bB6Ng01-163G12.g
ACCDH956001DH956002
length1,0701,076
definitionDH956001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163G12, 5' end.DH956002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,308,135 - 25,309,211)(25,471,894 - 25,472,969)
sequence
gaattcaaacacaagggaactcagaggaagtgccaggaggatttctcatt
gttacccaccaaaaacatttcccaccaagtataaccagttcaccaagtat
agtgcttggagttggctgacatgttgcttacacatactatattatcttct
ctccttggcacacaccttctcataccttatacctcatacctctgtctgga
atgtcctcagcctatcctctcatgtgtgattagctttgaggtaccatttt
ccacatctctctccccacccaccagccatcctctcttcctttccaccata
tatcatggataacgtgctaccacagctcagtcatcaaaggctgctactac
ctgcagatatccttgcacctccactagtctgtgatcttctgtagattgga
gccagcctgtaacatgagactgtgtgtagggaaggcttatgagcctgctt
ccacattgttcagttcataggtagtccctgagcactcaaccacgcccttc
agagctcaaacattacagagaaacgagagggtcagccgctcatccaccag
caaatctatgtcctgcccataccaaccactggaccatgaagatgagtgta
acacatatcctgttctggagttgctcatggcccacaagtaaagacagaaa
aaagaatggtagttctagaacattgtgatcaataccaaagtgcgtaatcc
agattaaaagagagggtggaagtgctcttaaagatgtgcaagaaaagttt
ttgtctaagaccaatactcttaactctaccaaatttccctcacatagttt
tgatgaacctcctaagcattaatgttttgtaagatgctcaatgcacctct
caattctttactacttttaaatgcacaatagatatggaggtgcttaccca
tctctggctgtggcctggccaaatgcctgctctccattgttggtgtctct
agcagctcaggtccatgtggtttccatctatgcagagggagccagaggac
actgtcccgatccccatgatgttcatccagttgattccttatcacatact
cttctctctgcctttggcct
gaattcactaagagattcattccagcttgaagctacttaggaagaaattt
tagtctactctccaagggtgttttggggccatgaaattcctcttactgtc
tattgagccaaattcacccaaagcaaaaattgtgtcagttttataaacaa
cgacataaaggtactaaaaagtccttgaatacagttaggcagctttacca
ccaatcagacttttttatttcctacatggcagctttctgtaaatgaaaat
cccaaaccactgcatattgatgagaatatacatacgcatttgaagtttaa
aaagcacaaaaaaatggcatgtaaaatacattaatcaattagcaaagaga
caaatcgaaatttatgtgatcggtaatcaccttggtgataatgagatcca
ttttatcaatattactctgaatatttgcataatgttcaagttagaattat
ggaatctgaatgtagggaaaaattgtccctgaaaaggtttcataatttaa
caaataataagagaaagattcagagacatcgcaggctgtcagataggtat
taataggatttttgctgggacaccagctaagacttcacgcacagtaggca
aaaactgtttggtgataggtactcttcaaaacaccgatgtacatgtttaa
ctgttattgttactaagctgtgtcagcaggtcttggcatagcacctgatg
agatatttttagtattagtataatctccctactttgaactgttaggcaaa
tttatgtcaatttactttctataaaatgaaacactttaattaaatcattc
ttactctttttaagagttccaaggagtttacccagtctagcaattcttga
tcaataaagacttgctggagaaatgttcacacatttttactgaaatattt
ttcttcataggaagttagagtttgtttttcgtgggacgttatctgggaca
tttgactatttcttggatgactgaatcaactgatgtttttgaagagtgtc
ctggggtctaaagaaataaacaataacattgaaggttaaattgggtaaca
aaatactatgcaaactaaatcaaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_25308135_25309211
seq2: B6Ng01-163G12.b_46_1115

seq1  GAATTCAAACACAAGGGAACTCAGAGGAAGTGCCAGGAGGATTTCTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACACAAGGGAACTCAGAGGAAGTGCCAGGAGGATTTCTCATT  50

seq1  GTTACCCACCAAAAACATTTCCCACCAAGTATAACCAGTTCACCAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCCACCAAAAACATTTCCCACCAAGTATAACCAGTTCACCAAGTAT  100

seq1  AGTGCTTGGAGTTGGCTGACATGTTGCTTACACATACTATATTATCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGGAGTTGGCTGACATGTTGCTTACACATACTATATTATCTTCT  150

seq1  CTCCTTGGCACACACCTTCTCATACCTTATACCTCATACCTCTGTCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGGCACACACCTTCTCATACCTTATACCTCATACCTCTGTCTGGA  200

seq1  ATGTCCTCAGCCTATCCTCTCATGTGTGATTAGCTTTGAGGTACCATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCAGCCTATCCTCTCATGTGTGATTAGCTTTGAGGTACCATTTT  250

seq1  CCACATCTCTCTCCCCACCCACCAGCCATCCTCTCTTCCTTTCCACCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTCTCTCCCCACCCACCAGCCATCCTCTCTTCCTTTCCACCATA  300

seq1  TATCATGGATAACGTGCTACCACAGCTCAGTCATCAAAGGCTGCTACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGATAACGTGCTACCACAGCTCAGTCATCAAAGGCTGCTACTAC  350

seq1  CTGCAGATATCCTTGCACCTCCACTAGTCTGTGATCTTCTGTAGATTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATATCCTTGCACCTCCACTAGTCTGTGATCTTCTGTAGATTGGA  400

seq1  GCCAGCCTGTAACATGAGACTGTGTGTAGGGAAGGCTTATGAGCCTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGTAACATGAGACTGTGTGTAGGGAAGGCTTATGAGCCTGCTT  450

seq1  CCACACTGTTCAGTTCATAGGTAGTCCCTGAGCACTCAACCACGCCCTTC  500
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGTTCAGTTCATAGGTAGTCCCTGAGCACTCAACCACGCCCTTC  500

seq1  AGAGCTCAAACATTACAGAGAAACGAGAGGGTCAGCCGCTCATCCACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCAAACATTACAGAGAAACGAGAGGGTCAGCCGCTCATCCACCAG  550

seq1  CAAATCTATGTCCTGCCCATACCAACCACTGGACCATGAAGATGAGTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTATGTCCTGCCCATACCAACCACTGGACCATGAAGATGAGTGTA  600

seq1  ACACATATCCTGTTCTGGAGTTGCTCATGGCCCACAAGTAAAGACAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATCCTGTTCTGGAGTTGCTCATGGCCCACAAGTAAAGACAGAAA  650

seq1  AAAGAATGGTAGTTCTAGAACATTGTGATCAATACCAAAGTGCGTAATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGGTAGTTCTAGAACATTGTGATCAATACCAAAGTGCGTAATCC  700

seq1  AGATTAAAAGAGAGGGTGGAAGTGCTCTTAAAGATGTGCAAGAAAAG-TT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGATTAAAAGAGAGGGTGGAAGTGCTCTTAAAGATGTGCAAGAAAAGTTT  750

seq1  TTGTCTAAGACCAATACTCTTAACTCTACCAAATTTCCCTCACATAGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAAGACCAATACTCTTAACTCTACCAAATTTCCCTCACATAGTTT  800

seq1  TGATGAACCTCCTAAGCATTAATGTTTTGTAAGATGCTCAATGCACCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAACCTCCTAAGCATTAATGTTTTGTAAGATGCTCAATGCACCTCT  850

seq1  CAATTCTTTACTACTTTTAAATGCATCAATAGATATGGAGGTGCTCACCC  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAATTCTTTACTACTTTTAAATGCA-CAATAGATATGGAGGTGCTTACCC  899

seq1  ATCTCTGGCTGTGGCCTGGCCAAATGCCCTGCTCTCCATTGTTGGTGTCT  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGCTGTGGCCTGGCCAAATG-CCTGCTCTCCATTGTTGGTGTCT  948

seq1  CTAGCAGCTCAGGTCCATGTGGGTTTCCATCCTATGCAGAGGGAAGCCAG  999
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CTAGCAGCTCAGGTCCATGT-GGTTTCCAT-CTATGCAGAGGG-AGCCAG  995

seq1  AGGACACTGTCCCCGAATCCCCATGATGTTCATCCAGTTTGATTCC-TAT  1048
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  AGGACACTGTCCC--GATCCCCATGATGTTCATCCAG-TTGATTCCTTAT  1042

seq1  CACCATACTCTTCTCTCTGCCTTTGGCCT  1077
      || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CATACTCTTCTCTCTGCCTTTGGCCT  1070

seq1: chr16_25471894_25472969
seq2: B6Ng01-163G12.g_69_1144 (reverse)

seq1  GTTTTGA-TTAGTTTTTGCATAGTATTTTGTTTACAAATTTTAACCTACA  49
      ||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||
seq2  GTTTTGATTTAG--TTTGCATAGTATTTTG-TTACCCAATTTAACCTTCA  47

seq1  ATGTATTTGTTTATTTCTTTAGAACACCAGGACACATCTCAGAAACATCA  99
      ||||  |||||||||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||
seq2  ATGTTATTGTTTATTTCTTTAG-ACCCCAGGACACTCTTCAAAAACATCA  96

seq1  GTTAGAATTCAGTCATCCAAAGAATAAGTCAATATGT-CCAGATAACGTC  148
      |||   |||||||||||| |||||  |||||| |||| ||||||||||||
seq2  GTT--GATTCAGTCATCC-AAGAAATAGTCAA-ATGTCCCAGATAACGTC  142

seq1  CAACGAAAAACAAACTCTAAACTTCCTATGATGAAAAATATTTCAGTAAA  198
      | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCACGAAAAACAAACTCT-AACTTCCTATGAAGAAAAATATTTCAGTAAA  191

seq1  AATGTGTGCAACATTTCTCCAGCAAGTCTTTATTGATCAAGAATTGCTAG  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTG-AACATTTCTCCAGCAAGTCTTTATTGATCAAGAATTGCTAG  240

seq1  ACTGGGTAAACTCC-TGGAACTCTTAAAAAGAGTAAGAATGATTTAATTA  297
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTAAACTCCTTGGAACTCTTAAAAAGAGTAAGAATGATTTAATTA  290

seq1  AAGTGTTTCATTTTATAG-AAGT-AATTGACAT-AATTTGCCTAACAGTT  344
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTCATTTTATAGAAAGTAAATTGACATAAATTTGCCTAACAGTT  340

seq1  CAAAGTA-GGAGATTATACTAATACT-AAAATATCTCATCAGGTGCTATG  392
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGGGAGATTATACTAATACTAAAAATATCTCATCAGGTGCTATG  390

seq1  CCAAGACCTGCTGACACAGCTTAGTAACAATAACAGTTAAACATGTACAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACCTGCTGACACAGCTTAGTAACAATAACAGTTAAACATGTACAT  440

seq1  CGGTGTTTTGAAGAGTACCTATCACC-AACAGTTTTTGCCTACTGTGCGT  491
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTTTTGAAGAGTACCTATCACCAAACAGTTTTTGCCTACTGTGCGT  490

seq1  GAAGTCTTAGCTGGTGTCCCAGC-AAAATCCTATTAATACCTATCTGACA  540
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTTAGCTGGTGTCCCAGCAAAAATCCTATTAATACCTATCTGACA  540

seq1  GCCTGCGATGTCTCTGAATCTTTCTCTTATTATTTGTTAAATTATGAAAC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCGATGTCTCTGAATCTTTCTCTTATTATTTGTTAAATTATGAAAC  590

seq1  CTTTTCAGGGACAATTTTTCCCTACATTCAGATTCCATAATTCTAACTTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGGGACAATTTTTCCCTACATTCAGATTCCATAATTCTAACTTG  640

seq1  AACATTATGCAAATATTCAGAGTAATATTGATAAAATGGATCTCATTATC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTATGCAAATATTCAGAGTAATATTGATAAAATGGATCTCATTATC  690

seq1  ACCAAGGTGATTACCGATCACATAAATTTCGATTTGTCTCTTTGCTAATT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGTGATTACCGATCACATAAATTTCGATTTGTCTCTTTGCTAATT  740

seq1  GATTAATGTATTTTACATGCCATTTTTTTGTGCTTTTTAAACTTCAAATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATGTATTTTACATGCCATTTTTTTGTGCTTTTTAAACTTCAAATG  790

seq1  CGTATGTATATTCTCATCAATATGCAGTGGTTTGGGATTTTCATTTACAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGTATATTCTCATCAATATGCAGTGGTTTGGGATTTTCATTTACAG  840

seq1  AAAGCTGCCATGTAGGAAATAAAAAAGTCTGATTGGTGGTAAAGCTGCCT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGCCATGTAGGAAATAAAAAAGTCTGATTGGTGGTAAAGCTGCCT  890

seq1  AACTGTATTCAAGGACTTTTTAGTACCTTTATGTCGTTGTTTATAAAACT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATTCAAGGACTTTTTAGTACCTTTATGTCGTTGTTTATAAAACT  940

seq1  GACACAATTTTTGCTTTGGGTGAATTTGGCTCAATAGACAGTAAGAGGAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAATTTTTGCTTTGGGTGAATTTGGCTCAATAGACAGTAAGAGGAA  990

seq1  TTTCATGGCCCCAAAACACCCTTGGAGAGTAGACTAAAATTTCTTCCTAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGCCCCAAAACACCCTTGGAGAGTAGACTAAAATTTCTTCCTAA  1040

seq1  GTAGCTTCAAGCTGGAATGAATCTCTTAGTGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTCAAGCTGGAATGAATCTCTTAGTGAATTC  1076