BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164C01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 14,505,853 - 14,610,410
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1758
Upstream geneParn, LOC100043196, 3110001I22Rik, Pla2g10, A930007A09Rik, LOC622757, Rrn3, Ntan1, Pdxdc1, Mpv17l, Ifitm7, 2900011O08Rik, 4921513D23Rik, Nde1, Myh11, 0610037P05Rik, Abcc1
Downstream geneSnai2, Efcab1, LOC100042737, LOC665653, LOC385748, LOC100042743, LOC547302, EG632352, Ube2v2, LOC665682
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164C01.bB6Ng01-164C01.g
ACCDH956539DH956540
length1,115827
definitionDH956539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164C01, 5' end.DH956540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,505,853 - 14,506,981)(14,609,584 - 14,610,410)
sequence
gaattctttgattggtatttgttgagatgttgtgtttgataacagtagca
aggataatcatcattatccaccgaatgctgagctgtcaggtgctggaaac
actggtacatgctttgtgtagatttgaactgaaacatcgcagcagtacca
tgtaagatatctattgtttattcccatcatatgggtgaggaaactgagtt
ttggagatcatagaaatcccaagaagtagctagtaagtaactgattagag
agggattcaaatataagctgtgttcaatttactgggtgttctgttattca
gataggctgctctgagcaggaatgaagcttgtgatagatcacttgccttg
aattgggcagccgtgcactgaatccctaggaagacaagtgaacgcttgag
tagagacataaatgaataaacaaattccccttgaaactcttacttacttg
aaactcttagtatttacagctgaatgtactttgtcatagtattccatgct
ttcctaaaacatcctttcaattcgtaggacttcactccactacgcatgtg
ctcataaccacccagaagtggtgactctgttaatcgaaagcaactgcaat
attaatgtccaggatgatgaaggctgcacacccttgattaaggtagctac
tggacagcagttttaatatgaaatggataagaccttgttcatgtttgttt
tctattgctgtgataaaacaatgaccaaaagcaattcagggaagcaaatg
tttatttggcttacatttccacatcacagtctggcatcaagggaaagcag
agcagaagctcaagtcacgaaattggaagcagatacctccagggaaggct
gctttttccatggcctgttcagctcgctttctcatacaactcggggccac
tgcccagtcatgccattaaccccagtaatctgaccccatcaatctcaatc
aactgttccacagacttgcccacagccaaacagatagaagcatttcttta
agctagctctccttcttgggtatctgaaactatgtcaagctggcaaacaa
ataacttcccctctccacccagcaatagccaagatctagattgaagccag
cctgaaattcttaca
gaattcaattgtccccatgcatacctctttaactacagaaatccattgtc
ttcttatttcagttgcctgatttgttgctttgaagtgtataaaccactgc
atttgggtttactagattcaagtacatatctaatatcaaattttcaatta
tttgtgttttgacttgcttacatcaaatatcatttcaaccataacaatgc
tccattcccttactactattattgtcatttattttttgtgtcagtgctag
aattcttatttgtgtttaaaccatacagctttaagatttgttattttcat
agcttaaattattttcatataaatcttgcatgatgactaacaagagtgtt
cctgtgacaaagagaacaaggaggtgcaagggcatgttaaaggccaggct
cttttgtttgaaaaccctctgcagtacctcagagagaccttctacatcca
tacttcatgaaacagaccattttcaaattagggggagctacttaccattg
agtgtgttcttcctgcagaggtagaactaggtaatggctcttcatcagaa
gcttcagattcagagttgtcagtaccttctttcatcctctcctttaatct
ttccttgaggtactggttaagaaataaatactgtgttgcaacttgttggg
cccatttttcttcatttgcgtcctcagatggaggctggaaatggacagtt
gtatattccatgtcacactgattttttttcttggtcttaagctattttct
acacataagaaagctggaatatacatttacttgtagtactctcaggtttg
gttggttggttggttggttggttggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_14505853_14506981
seq2: B6Ng01-164C01.b_47_1161

seq1  GAATTCTTTGATTGGTATTTGTTGAGATGTTGTGTTTGATAACAGTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGATTGGTATTTGTTGAGATGTTGTGTTTGATAACAGTAGCA  50

seq1  AGGATAATCATCATTATCCACCGAATGCTGAGCTGTCAGGTGCTGGAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAATCATCATTATCCACCGAATGCTGAGCTGTCAGGTGCTGGAAAC  100

seq1  ACTGGTACATGCTTTGTGTAGATTTGAACTGAAACATCGCAGCAGTACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTACATGCTTTGTGTAGATTTGAACTGAAACATCGCAGCAGTACCA  150

seq1  TGTAAGATATCTATTGTTTATTCCCATCATATGGGTGAGGAAACTGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGATATCTATTGTTTATTCCCATCATATGGGTGAGGAAACTGAGTT  200

seq1  TTGGAGATCATAGAAATCCCAAGAAGTAGCTAGTAAGTAACTGATTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGATCATAGAAATCCCAAGAAGTAGCTAGTAAGTAACTGATTAGAG  250

seq1  AGGGATTCAAATATAAGCTGTGTTCAATTTACTGGGTGTTCTGTTATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTCAAATATAAGCTGTGTTCAATTTACTGGGTGTTCTGTTATTCA  300

seq1  GATAGGCTGCTCTGAGCAGGAATGAAGCTTGTGATAGATCACTTGCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGCTGCTCTGAGCAGGAATGAAGCTTGTGATAGATCACTTGCCTTG  350

seq1  AATTGGGCAGCCGTGCACTGAATCCCTAGGAAGACAAGTGAACGCTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCAGCCGTGCACTGAATCCCTAGGAAGACAAGTGAACGCTTGAG  400

seq1  TAGAGACATAAATGAATAAACAAATTCCCCTTGAAACTCTTACTTACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACATAAATGAATAAACAAATTCCCCTTGAAACTCTTACTTACTTG  450

seq1  AAACTCTTAGTATTTACAGCTGAATGTACTTTGTCATAGTATTCCATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTAGTATTTACAGCTGAATGTACTTTGTCATAGTATTCCATGCT  500

seq1  TTCCTAAAACATCCTTTCAATTCGTAGGACTTCACTCCACTACGCATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAACATCCTTTCAATTCGTAGGACTTCACTCCACTACGCATGTG  550

seq1  CTCATAACCACCCAGAAGTGGTGACTCTGTTAATCGAAAGCAACTGCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAACCACCCAGAAGTGGTGACTCTGTTAATCGAAAGCAACTGCAAT  600

seq1  ATTAATGTCCAGGATGATGAAGGCTGCACACCCTTGATTAAGGTAGCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGTCCAGGATGATGAAGGCTGCACACCCTTGATTAAGGTAGCTAC  650

seq1  TGGACAGCAGTTTTAATATGAAATGGATAAGACCTTGTTCATGTTTGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCAGTTTTAATATGAAATGGATAAGACCTTGTTCATGTTTGTTT  700

seq1  TCTATTGCTGTGATAAAACAATGACCAAAAGCAATTCAGGGAAGCAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGCTGTGATAAAACAATGACCAAAAGCAATTCAGGGAAGCAAATG  750

seq1  TTTATTTGGCTTACATTTCCACATCACAGTCTGGCATCAAGGGAAAGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGGCTTACATTTCCACATCACAGTCTGGCATCAAGGGAAAGCAG  800

seq1  AGCAGAAGCTCAAGTCAGGAAATTGGAAGCAGATACCTCCAGGGAAGGCT  850
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGCTCAAGTCACGAAATTGGAAGCAGATACCTCCAGGGAAGGCT  850

seq1  GCTTTTTCCATGGCCTGTTCAGCTCGCTTTCTCATACAACTCGGGGCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTCCATGGCCTGTTCAGCTCGCTTTCTCATACAACTCGGGGCCAC  900

seq1  TGCCCAGTCATGCCATTAACCCCAGTAATCTGACCCCATCAATCTCAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGTCATGCCATTAACCCCAGTAATCTGACCCCATCAATCTCAATC  950

seq1  AACTGTTCCACAGACTTGCCCACAGGCCAAACAGATAGAAGCATTTCTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTCCACAGACTTGCCCACA-GCCAAACAGATAGAAGCATTTCTTT  999

seq1  AAGCTAGGCTCTCCTTCTTTGGGTATCTGAAACCTATGTCAAGCTGGCAA  1050
      |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AAGCTA-GCTCTCCTTC-TTGGGTATCTGAAA-CTATGTCAAGCTGGC-A  1045

seq1  AACAAATAAACTTTCCCCTCCCAACACCAGCCAATTAGCATAGATCTAGG  1100
      |||||||||   |||||||| | || |||||  | ||||  |||||||| 
seq2  AACAAATAA--CTTCCCCTCTCCAC-CCAGC--AATAGCCAAGATCTAG-  1089

seq1  TATTGTAGCACAGCCCTGAAATTCTTACA  1129
       |||| ||| ||| |||||||||||||||
seq2  -ATTGAAGC-CAG-CCTGAAATTCTTACA  1115

seq1: chr16_14609584_14610410
seq2: B6Ng01-164C01.g_65_891 (reverse)

seq1  AACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAACCTGAGAGTACTACAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAACCTGAGAGTACTACAAGTA  50

seq1  AATGTATATTCCAGCTTTCTTATGTGTAGAAAATAGCTTAAGACCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATTCCAGCTTTCTTATGTGTAGAAAATAGCTTAAGACCAAGAA  100

seq1  AAAAAATCAGTGTGACATGGAATATACAACTGTCCATTTCCAGCCTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCAGTGTGACATGGAATATACAACTGTCCATTTCCAGCCTCCAT  150

seq1  CTGAGGACGCAAATGAAGAAAAATGGGCCCAACAAGTTGCAACACAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACGCAAATGAAGAAAAATGGGCCCAACAAGTTGCAACACAGTAT  200

seq1  TTATTTCTTAACCAGTACCTCAAGGAAAGATTAAAGGAGAGGATGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTTAACCAGTACCTCAAGGAAAGATTAAAGGAGAGGATGAAAGA  250

seq1  AGGTACTGACAACTCTGAATCTGAAGCTTCTGATGAAGAGCCATTACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTGACAACTCTGAATCTGAAGCTTCTGATGAAGAGCCATTACCTA  300

seq1  GTTCTACCTCTGCAGGAAGAACACACTCAATGGTAAGTAGCTCCCCCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACCTCTGCAGGAAGAACACACTCAATGGTAAGTAGCTCCCCCTAA  350

seq1  TTTGAAAATGGTCTGTTTCATGAAGTATGGATGTAGAAGGTCTCTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAATGGTCTGTTTCATGAAGTATGGATGTAGAAGGTCTCTCTGAG  400

seq1  GTACTGCAGAGGGTTTTCAAACAAAAGAGCCTGGCCTTTAACATGCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGCAGAGGGTTTTCAAACAAAAGAGCCTGGCCTTTAACATGCCCTT  450

seq1  GCACCTCCTTGTTCTCTTTGTCACAGGAACACTCTTGTTAGTCATCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCCTTGTTCTCTTTGTCACAGGAACACTCTTGTTAGTCATCATGC  500

seq1  AAGATTTATATGAAAATAATTTAAGCTATGAAAATAACAAATCTTAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATATGAAAATAATTTAAGCTATGAAAATAACAAATCTTAAAGC  550

seq1  TGTATGGTTTAAACACAAATAAGAATTCTAGCACTGACACAAAAAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGTTTAAACACAAATAAGAATTCTAGCACTGACACAAAAAATAAA  600

seq1  TGACAATAATAGTAGTAAGGGAATGGAGCATTGTTATGGTTGAAATGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATAATAGTAGTAAGGGAATGGAGCATTGTTATGGTTGAAATGATA  650

seq1  TTTGATGTAAGCAAGTCAAAACACAAATAATTGAAAATTTGATATTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTAAGCAAGTCAAAACACAAATAATTGAAAATTTGATATTAGAT  700

seq1  ATGTACTTGAATCTAGTAAACCCAAATGCAGTGGTTTATACACTTCAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTTGAATCTAGTAAACCCAAATGCAGTGGTTTATACACTTCAAAG  750

seq1  CAACAAATCAGGCAACTGAAATAAGAAGACAATGGATTTCTGTAGTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATCAGGCAACTGAAATAAGAAGACAATGGATTTCTGTAGTTAAA  800

seq1  GAGGTATGCATGGGGACAATTGAATTC  827
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATGCATGGGGACAATTGAATTC  827