BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165J04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 53,870,593 - 53,985,463
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433027
Upstream geneLOC100043430, LOC667895
Downstream geneLOC100043442, LOC100043449, LOC667927
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165J04.bB6Ng01-165J04.g
ACCDH957596DH957597
length1,2361,197
definitionDH957596|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165J04, 5' end.DH957597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,870,593 - 53,871,826)(53,984,263 - 53,985,463)
sequence
gaattcttgagaaaatattgtttataacagtctccagtacccacaatagt
ctttgtgctgtttgtcacctaaacataatctcaagactctgaccaactgg
agtgaaagcatcttcaacagcttttcccactgatatgacatagagtggat
aagagatgtataacttatttaactattcatggcatccaaagagctaccat
gagtcaacttgggaggagcttcgtgtttaccttacagtttcatgccaaat
ggagcttggctaatgggcttcagcctcatggaattttgtacagatcaatt
gatcagaaaggtgaaaagggatggggcattcagtctgtttgaacaggcct
gctcccagtgacctacttcaaacagctgaattcactccatcaagtttcca
aagcctaccaaaacagtaccattagctgggaaagccaagcacttaatgct
tcaaactatagattatatttctctttcatattaatcagatgaaagagaaa
gtggtggaaggtaatgatgataaaaatgttataagtatgcatcaaaatat
aacaagaaaacccattgatttttatgaatactgtatacattagcattaat
gaatgtgtatgaaagattaatcctatgtaacctcccatcctagagcagat
gcaagcaaaggcagaaaaagttgagtaagacagtataagaaagagtgtga
taagcagggaaaatgatagactataaaacaaatgtcatgtcaaaatttta
gatgtatcagaaattacacatatcagaagaaaaatgaaattatttcatta
tgtttattgaccaataagtttattttagttagtttccttcaaatgcaact
aattatgagtccttcagtataggggaaggttagattttatacaaacttgt
gcagaactaaagcaaacaatattctgtgctttttatttcagtgaaatccc
ctagtttatataaaatctcatgcagaatgataggtagatatgaaaacccc
ttctagtaatgctatgggttttttgtatgagaacatctcactgaaatatt
ttattttctacagcatgatccaaaacagttattgaattgccaaagcctta
acctttttaacctagtggagtttagaatttatataagtggaatgatttag
gcagaatgatctagaaattttcaaattgcaagacgttaagttttggaacc
gttaacatcaatctcttagctaaaaaatttgtgtcc
gaattcctgccttggtgatggagatggtctgctgctccataacctcatgg
atggctgtgcggtcagcctcggccatcttgtcaaactcatcaatacagca
cacaccctggtcagccagcaccagggcaccaccctctaaagtcagttctc
cactcacagagtctctcaacacagctgctgtgagccctacaccagaggag
ccacggcctgttgtgtactgacttcggggtgccagacggtcaatgtaaga
taggagctgagatttggccacaccagggtctcccataaggcagatgtgga
tgtttcctctgatcttcatgccttaaggagactggtccacaccacccacc
agaagcagcagcagtgctttccttacatcttcatgttcatagatctccgg
agcaatagaagcagccagcttctcatagaaatcctcctctgcaatctgct
tcagctcctctgagctcagctctccggccccagagacatcatattcactc
tttgttatcttcacaatccagtgggcttccaggtaagtttctgagagtaa
gccctgtgccatctgttggaatcctgtgcgcaggactggcaagaagatgc
cagtgacgctgacatggtcaccaggctgggcaattcttgtgttctcacct
tctagaaccactgtgatgctccgaggaatgtttcccacaggaacttggtc
actatgttcttgaatcttcatttcctggaatttaacaaatttggagccac
gagtctgtaggtacagccgcccccctgagcgattggtctggcactcctgg
ctggggcacatgatcagaggcatgaaagtgggagactggattggctggta
ggtctctgccccacgctgatcacaagtgtatgtggccaccaccatcctgg
gcttgacttcagacacacgagtgacatgccacgcacagttaacaatttcc
ccacagagtcagctcgtacttcccggatcactcgaggcttgctgctactt
gggcttcagaaaaccactcaatcttcgcatgagtcagaagaatactggtt
ttgggggtcggactgccccaggtctctgctttcgctgctccatcaatcag
ccgggtgttcaatgtaacattctagacattcctattcacacacctccctt
ctccttgtactcagcaaaaggctctgccaacagtacccaaacagtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_53870593_53871826
seq2: B6Ng01-165J04.b_45_1280

seq1  GAATTCTTGAGAAAATATTGTTTATAACAGTCTCCAGTACCCACAATAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGAAAATATTGTTTATAACAGTCTCCAGTACCCACAATAGT  50

seq1  CTTTGTGCTGTTTGTCACCTAAACATAATCTCAAGACTCTGACCAACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCTGTTTGTCACCTAAACATAATCTCAAGACTCTGACCAACTGG  100

seq1  AGTGAAAGCATCTTCAACAGCTTTTCCCACTGATATGACATAGAGTGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGCATCTTCAACAGCTTTTCCCACTGATATGACATAGAGTGGAT  150

seq1  AAGAGATGTATAACTTATTTAACTATTCATGGCATCCAAAGAGCTACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGTATAACTTATTTAACTATTCATGGCATCCAAAGAGCTACCAT  200

seq1  GAGTCAACTTGGGAGGAGCTTCGTGTTTACCTTACAGTTTCATGCCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAACTTGGGAGGAGCTTCGTGTTTACCTTACAGTTTCATGCCAAAT  250

seq1  GGAGCTTGGCTAATGGGCTTCAGCCTCATGGAATTTTGTACAGATCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTGGCTAATGGGCTTCAGCCTCATGGAATTTTGTACAGATCAATT  300

seq1  GATCAGAAAGGTGAAAAGGGATGGGGCATTCAGTCTGTTTGAACAGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAAAGGTGAAAAGGGATGGGGCATTCAGTCTGTTTGAACAGGCCT  350

seq1  GCTCCCAGTGACCTACTTCAAACAGCTGAATTCACTCCATCAAGTTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAGTGACCTACTTCAAACAGCTGAATTCACTCCATCAAGTTTCCA  400

seq1  AAGCCTACCAAAACAGTACCATTAGCTGGGAAAGCCAAGCACTTAATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTACCAAAACAGTACCATTAGCTGGGAAAGCCAAGCACTTAATGCT  450

seq1  TCAAACTATAGATTATATTTCTCTTTCATATTAATCAGATGAAAGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTATAGATTATATTTCTCTTTCATATTAATCAGATGAAAGAGAAA  500

seq1  GTGGTGGAAGGTAATGATGATAAAAATGTTATAAGTATGCATCAAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGAAGGTAATGATGATAAAAATGTTATAAGTATGCATCAAAATAT  550

seq1  AACAAGAAAACCCATTGATTTTTATGAATACTGTATACATTAGCATTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAAAACCCATTGATTTTTATGAATACTGTATACATTAGCATTAAT  600

seq1  GAATGTGTATGAAAGATTAATCCTATGTAACCTCCCATCCTAGAGCAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTATGAAAGATTAATCCTATGTAACCTCCCATCCTAGAGCAGAT  650

seq1  GCAAGCAAAGGCAGAAAAAGTTGAGTAAGACAGTATAAGAAAGAGTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAAGGCAGAAAAAGTTGAGTAAGACAGTATAAGAAAGAGTGTGA  700

seq1  TAAGCAGGGAAAATGATAGACTATAAAACAAATGTCATGTCAAAATTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGGAAAATGATAGACTATAAAACAAATGTCATGTCAAAATTTTA  750

seq1  GATGTATCAGAAATTACACATATCAGAAGAAAAATGAAATTATTTCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATCAGAAATTACACATATCAGAAGAAAAATGAAATTATTTCATTA  800

seq1  TGTTTATTGACCAATAAGTTTATTTTAGTTAGTTTCCTTCAAATGCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTGACCAATAAGTTTATTTTAGTTAGTTTCCTTCAAATGCAACT  850

seq1  AATTATGAGTCCTTCAGTATAGGGGAAGGTTAGA-TTTATACAAACTTGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTATGAGTCCTTCAGTATAGGGGAAGGTTAGATTTTATACAAACTTGT  900

seq1  GCAGAACTAAAGCAAACAATATTCTGTGCTTTTTATTTCAGTGAAATCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACTAAAGCAAACAATATTCTGTGCTTTTTATTTCAGTGAAATCCC  950

seq1  CTAGTTTATATAAAATCTCATGCAGAATGATAGGTAGATATGAAAACCCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTATATAAAATCTCATGCAGAATGATAGGTAGATATGAAAACCCC  1000

seq1  TTCTAGTAAATGCTAT-GGTTTTCTGTATGAGAACATCTCAACTGAAATA  1048
      ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCTAGT-AATGCTATGGGTTTTTTGTATGAGAACATCTC-ACTGAAATA  1048

seq1  TTT--ATTTCTACAGCATGATCCAAAACAGTTATTTAATTG-CAAAGCTT  1095
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
seq2  TTTTATTTTCTACAGCATGATCCAAAACAGTTATTGAATTGCCAAAGCCT  1098

seq1  TA--CCTTTTAAACTAGTGGAGTTTAGAA-TTATATAAATTGAATGAATT  1142
      ||  | |||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||
seq2  TAACCTTTTTAACCTAGTGGAGTTTAGAATTTATATAAGTGGAATGATTT  1148

seq1  AAGCAGGAATGAATCTAGAATTGTTCAAAATTTAAAAGACAGGTAAATTT  1192
      | ||| ||||| |||||||| | ||||||  ||  |||||  || || ||
seq2  AGGCA-GAATG-ATCTAGAAATTTTCAAA--TTGCAAGAC--GTTAAGTT  1192

seq1  TTGAGAACGTTAAACATCAATC---TAGCTAAAAATATTTTGTCC  1234
      ||| ||||  | ||||||||||   ||||||||||  || |||||
seq2  TTG-GAACCGTTAACATCAATCTCTTAGCTAAAAAATTTGTGTCC  1236

seq1: chr16_53984263_53985463
seq2: B6Ng01-165J04.g_69_1265 (reverse)

seq1  AGACTGTTT-GGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGAGA  49
      ||||||||| |||  ||||| || ||||| |||  |||||||||||||||
seq2  AGACTGTTTGGGTACTGTTG-GC-AGAGCCTTTTGCTGAGTACAAGGAGA  48

seq1  A-GGAGGTG-GTGAATAAGGATGTCCTAGATGTTTACATTGAACA-CCGG  96
      | ||||||| ||||||| | |||| |||||   |||||||||||| ||||
seq2  AGGGAGGTGTGTGAATAGGAATGT-CTAGAATGTTACATTGAACACCCGG  97

seq1  CTGA-TGATGGAGCAGCG-AAGCAGAGACCCTGGGGCAGTCCGGAACCCC  144
      |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||
seq2  CTGATTGATGGAGCAGCGAAAGCAGAGA-CCTGGGGCAGTCCG--ACCCC  144

seq1  CAAAACCAGTATTCTTCTGAACTCATGCGAAGATTTGAGTTGTATTTCTG  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||
seq2  CAAAACCAGTATTCTTCTG-ACTCATGCGAAGA-TTGAGTGGT-TTTCTG  191

seq1  AAGCCCAAGTAGCAGCAAGCCTCGAGTGATCCGGGAAGTACGAGCTGACT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCAAGTAGCAGCAAGCCTCGAGTGATCCGGGAAGTACGAGCTGACT  241

seq1  CTGTGGGGAAATTGTTAACTGTGCGTGGCATTGTCACTCGTGTGTCTGAA  294
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGGAAATTGTTAACTGTGCGTGGCA-TGTCACTCGTGTGTCTGAA  290

seq1  GTCAAGCCCAGGATGGTGGTGGCCACATACACTTGTGATCAGCGTGGGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCCAGGATGGTGGTGGCCACATACACTTGTGATCAGCGTGGGGC  340

seq1  AGAGACCTACCAGCCAATCCAGTCTCCCACTTTCATGCCTCTGATCATGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTACCAGCCAATCCAGTCTCCCACTTTCATGCCTCTGATCATGT  390

seq1  GCCCCAGCCAGGAGTGCCAGACCAATCGCTCAGGGGGGCGGCTGTACCTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGCCAGGAGTGCCAGACCAATCGCTCAGGGGGGCGGCTGTACCTA  440

seq1  CAGACTCGTGGCTCCAAATTTGTTAAATTCCAGGAAATGAAGATTCAAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCGTGGCTCCAAATTTGTTAAATTCCAGGAAATGAAGATTCAAGA  490

seq1  ACATAGTGACCAAGTTCCTGTGGGAAACATTCCTCGGAGCATCACAGTGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGACCAAGTTCCTGTGGGAAACATTCCTCGGAGCATCACAGTGG  540

seq1  TTCTAGAAGGTGAGAACACAAGAATTGCCCAGCCTGGTGACCATGTCAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAGGTGAGAACACAAGAATTGCCCAGCCTGGTGACCATGTCAGC  590

seq1  GTCACTGGCATCTTCTTGCCAGTCCTGCGCACAGGATTCCAACAGATGGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGCATCTTCTTGCCAGTCCTGCGCACAGGATTCCAACAGATGGC  640

seq1  ACAGGGCTTACTCTCAGAAACTTACCTGGAAGCCCACTGGATTGTGAAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTTACTCTCAGAAACTTACCTGGAAGCCCACTGGATTGTGAAGA  690

seq1  TAACAAAGAGTGAATATGATGTCTCTGGGGCCGGAGAGCTGAGCTCAGAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAGAGTGAATATGATGTCTCTGGGGCCGGAGAGCTGAGCTCAGAG  740

seq1  GAGCTGAAGCAGATTGCAGAGGAGGATTTCTATGAGAAGCTGGCTGCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAGCAGATTGCAGAGGAGGATTTCTATGAGAAGCTGGCTGCTTC  790

seq1  TATTGCTCCGGAGATCTATGAACATGAAGATGTAAGGAAAGCACTGCTGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTCCGGAGATCTATGAACATGAAGATGTAAGGAAAGCACTGCTGC  840

seq1  TGCTTCTGGTGGGTGGTGTGGACCAGTCTCCTTAAGGCATGAAGATCAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGGTGGGTGGTGTGGACCAGTCTCCTTAAGGCATGAAGATCAGA  890

seq1  GGAAACATCCACATCTGCCTTATGGGAGACCCTGGTGTGGCCAAATCTCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATCCACATCTGCCTTATGGGAGACCCTGGTGTGGCCAAATCTCA  940

seq1  GCTCCTATCTTACATTGACCGTCTGGCACCCCGAAGTCAGTACACAACAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTATCTTACATTGACCGTCTGGCACCCCGAAGTCAGTACACAACAG  990

seq1  GCCGTGGCTCCTCTGGTGTAGGGCTCACAGCAGCTGTGTTGAGAGACTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGGCTCCTCTGGTGTAGGGCTCACAGCAGCTGTGTTGAGAGACTCT  1040

seq1  GTGAGTGGAGAACTGACTTTAGAGGGTGGTGCCCTGGTGCTGGCTGACCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGGAGAACTGACTTTAGAGGGTGGTGCCCTGGTGCTGGCTGACCA  1090

seq1  GGGTGTGTGCTGTATTGATGAGTTTGACAAGATGGCCGAGGCTGACCGCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTGCTGTATTGATGAGTTTGACAAGATGGCCGAGGCTGACCGCA  1140

seq1  CAGCCATCCATGAGGTTATGGAGCAGCAGACCATCTCCATCACCAAGGCA  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATCCATGAGGTTATGGAGCAGCAGACCATCTCCATCACCAAGGCA  1190

seq1  GGAATTC  1201
      |||||||
seq2  GGAATTC  1197