BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177D13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,275,241 - 6,386,626
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177D13.bB6Ng01-177D13.g
ACCGA004550GA004551
length3611,060
definitionB6Ng01-177D13.b B6Ng01-177D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,386,260 - 6,386,626)(6,275,241 - 6,276,311)
sequence
caatggcatcttaggaggatttccatgctcagtcccaactccaagacttc
cattcttcaaacatgagaactgctcatttctcaaatgtgagaagtttagt
ttgggagaaaacatacattgttttagatattatatctaagtttatggatc
agaaaaaaatcattttggatatcccaaagctagccccaaagcatgtctta
gaaattaagtatggccttaataggtaaattactagtgaataggggtagag
cataaggaaaggggaggagataaatggaaggagagaaggaggggcatagg
aaaggatgaggtagagagaaagggaagagaaaaggagaaaaagggagagg
taagggaaaga

gaattcagggccattgtctgactggagagaggcagggattccaaaacaga
aaatgatctcccagagtaggaggttggagactgcccgagccctgttattg
gttatggagaatacctccacccatcctgagaaggtgtccaccaagaccaa
gaggaacctaatggtttaggctgtaggcttgtgagtaaaatcaagttgct
aattggttctaggtagagagcctctaatttactgagtaagaaaggggagc
tgtaataactggagtggaggatctagcatctgacagattttacaaggtca
gtaatatctcttaagaaatggaaaccctcaaggatgggctacaggtaagg
caagtcctggctattaagatggaagaggtggtgtagataggaaaacactt
gttgagtctcagggggtaatagtaaggacatgggttgtaacacaaggatg
tcctgcagtggacaagagtgctctggacctccaagggccatgactctagc
tgcttcatctgctaggttaattcccttagagatgatagaatcgttggtct
ggtggaaccagcaatggacatttcccatagctgaagggagataagagcgg
tttagtaggccatgatttgatcctccctgtgttgtaagtagcctacactc
tttcccaatggcagtatatttgagtctgtatagaatcttagggattgtcc
ttttaccaattggaagccactggtgaaaactattaggtgagccttttagt
ggtgtagacatggagggcctgtgcctcagctaccttggtatctgacacta
ttggtgtatcctgctttggggccctcatgtaaaaaatctgccatctgtgt
agtaggtattagaatggctttaggtgatgtgtcctcctgtacgttgtaaa
ggatgagtcactagttctcctaagttcaggcaagatgagtggggaaagct
ctgttgttgtgtgaagaagaattaaaggttgaagggtgcatgatggaacc
taagtgcgacggctctcctatctgggatgaggagatacctgtggaggagt
caggtatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6386260_6386626
seq2: B6Ng01-177D13.b_45_411 (reverse)

seq1  TCTTTCCCTTACCTCTCCCTTTTTCTCCTTTTCTCTTCCCTTTCTCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCTTACCTCTCCCTTTTTCTCCTTTTCTCTTCCCTTTCTCTCTA  50

seq1  CCTCATCCTTTCCTATGCCCCTCCTTCTCTCCTTCCATTTATCTCCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCTTTCCTATGCCCCTCCTTCTCTCCTTCCATTTATCTCCTCCC  100

seq1  CTTTCCTTATGCTCTACCCCTATTCACTAGTAATTTACCTATTAAGGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTATGCTCTACCCCTATTCACTAGTAATTTACCTATTAAGGCCA  150

seq1  TACTTAATTTCTAAGACATGCTTTGGGGCTAGCTTTGGGATATCCAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATTTCTAAGACATGCTTTGGGGCTAGCTTTGGGATATCCAAAAT  200

seq1  GATTTTTTTCTGATCCATAAACTTAGATATAATATCTAAAACAATGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTCTGATCCATAAACTTAGATATAATATCTAAAACAATGTATG  250

seq1  TTTTCTCCCAAACTAAACTTCTCACATTTGAGAAATGAGCAGTTCTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCAAACTAAACTTCTCACATTTGAGAAATGAGCAGTTCTCATG  300

seq1  TTTGAAGAATGGAAGTCTTGGAGTTGGGACTGAGCATGGAAATCCTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAATGGAAGTCTTGGAGTTGGGACTGAGCATGGAAATCCTCCTA  350

seq1  AGATGCCATTGGAATTC  367
      |||||||||||||||||
seq2  AGATGCCATTGGAATTC  367


seq1: chr16_6275241_6276311
seq2: B6Ng01-177D13.g_66_1125

seq1  GAATTCAGGGCCATTGTCTGACTGGAGAGAGGCAGGGATTCCAAAACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCCATTGTCTGACTGGAGAGAGGCAGGGATTCCAAAACAGA  50

seq1  AAATGATCTCCCAGAGTAGGAGGTTGGAGACTGCCCGAGCCCTGTTATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCTCCCAGAGTAGGAGGTTGGAGACTGCCCGAGCCCTGTTATTG  100

seq1  GTTATGGAGAATACCTCCACCCATCCTGAGAAGGTGTCCACCAAGACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGAGAATACCTCCACCCATCCTGAGAAGGTGTCCACCAAGACCAA  150

seq1  GAGGAACCTAATGGTTTAGGCTGTAGGCTTGTGAGTAAAATCAAGTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTAATGGTTTAGGCTGTAGGCTTGTGAGTAAAATCAAGTTGCT  200

seq1  AATTGGTTCTAGGTAGAGAGCCTCTAATTTACTGAGTAAGAAAGGGGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTCTAGGTAGAGAGCCTCTAATTTACTGAGTAAGAAAGGGGAGC  250

seq1  TGTAATAACTGGAGTGGAGGATCTAGCATCTGACAGATTTTACAAGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAACTGGAGTGGAGGATCTAGCATCTGACAGATTTTACAAGGTCA  300

seq1  GTAATATCTCTTAAGAAATGGAAACCCTCAAGGATGGGCTACAGGTAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATCTCTTAAGAAATGGAAACCCTCAAGGATGGGCTACAGGTAAGG  350

seq1  CAAGTCCTGGCTATTAAGATGGAAGAGGTGGTGTAGATAGGAAAACACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTGGCTATTAAGATGGAAGAGGTGGTGTAGATAGGAAAACACTT  400

seq1  GTTGAGTCTCAGGGGGTAATAGTAAGGACATGGGTTGTAACACAAGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTCTCAGGGGGTAATAGTAAGGACATGGGTTGTAACACAAGGATG  450

seq1  TCCTGCAGTGGACAAGAGTGCTCTGGACCTCCAAGGGCCATGACTCTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAGTGGACAAGAGTGCTCTGGACCTCCAAGGGCCATGACTCTAGC  500

seq1  TGCTTCATCTGCTAGGTTAATTCCCTTAGAGATGATAGAATCGTTGGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATCTGCTAGGTTAATTCCCTTAGAGATGATAGAATCGTTGGTCT  550

seq1  GGTGGAACCAGCAATGGACATTTCCCATAGCTGAAGGGAGATAAGAGCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAACCAGCAATGGACATTTCCCATAGCTGAAGGGAGATAAGAGCGG  600

seq1  TTTAGTAGGCCATGATTTGATCCTCCCTGTGTTGTAAGTAGCCTACACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTAGGCCATGATTTGATCCTCCCTGTGTTGTAAGTAGCCTACACTC  650

seq1  TTTCCCAATGGCAGTATATTTGAGTCTGTATAGAATCTTAGGGATTGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAATGGCAGTATATTTGAGTCTGTATAGAATCTTAGGGATTGTCC  700

seq1  TTTTACCAATTGGAAGCCACTGGTGAAAACTATTAGGTGAGCCTTTTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCAATTGGAAGCCACTGGTGAAAACTATTAGGTGAGCCTTTTAGT  750

seq1  GGTGTAGACATGGAGGGCCTGTGCCTCAGCTACCTTGGTATCTGACACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGACATGGAGGGCCTGTGCCTCAGCTACCTTGGTATCTGACACTA  800

seq1  -TGGTGTATCCTGCTTTTGGGGCCCTCATGTAAAAAATCTGCCATCTGTG  849
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTATCCTGC-TTTGGGGCCCTCATGTAAAAAATCTGCCATCTGTG  849

seq1  TAGTAGGTA-TAG-ATGGCTTTAGGTGATGTGTCCTCCTGTACG-TGTAA  896
      ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTAGGTATTAGAATGGCTTTAGGTGATGTGTCCTCCTGTACGTTGTAA  899

seq1  AGGATGAGTCACTAGTTCCTCTAAGGTTTCAAGGCAAGAATGAGTTGGGG  946
      ||||||||||||||||||  |||||  ||| ||||||| ||||| |||||
seq2  AGGATGAGTCACTAGTTCTCCTAAG--TTC-AGGCAAG-ATGAG-TGGGG  944

seq1  AGAGGTCTGTGTTTGT-TGAAGGAAGATTTAAAATGTTGAAGGGTGGGCA  995
      | || |||||  |||| |||| ||||| || ||| ||||||||||  |||
seq2  AAAGCTCTGTTGTTGTGTGAA-GAAGAATT-AAAGGTTGAAGGGT--GCA  990

seq1  TGATTGGAAACTAAGTGCGACAGCATCTACTAATCTGGAGAGAGAGAGAG  1045
      ||| ||||| ||||||||||| || ||| || ||||||   ||| |||| 
seq2  TGA-TGGAACCTAAGTGCGACGGC-TCTCCT-ATCTGGGATGAG-GAGA-  1035

seq1  AACCTGTGGAGGAGGTAGAGTATGTA  1071
       |||||||||||||  || |||||||
seq2  TACCTGTGGAGGAGTCAG-GTATGTA  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |