BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180C01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 43,586,698 - 43,696,304
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb20, LOC100043314
Upstream geneBC002163, LOC667484
Downstream geneDrd3, Qtrtd1, 2610015P09Rik, Zdhhc23, Gramd1c, Atp6v1a, Nat13, Gm608, Sidt1, Ccdc52, Wdr52, Boc, LOC100043731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180C01.bB6Ng01-180C01.g
ACCGA006649GA006650
length1,0761,172
definitionB6Ng01-180C01.b B6Ng01-180C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,695,228 - 43,696,304)(43,586,698 - 43,587,888)
sequence
gaattcctaagacaaccagccacgcccatcacccactgccactttcagaa
ttattgtaaaatcattgtccctatttcctaggatggctacctaccttttt
aacatcacaggcagatgttaaccacaggaaatgccaacgtttttgtagtc
ttctttcccagggtagtgaaacctgcttagtcaacacttacacagcccgg
gtacagtgatcaatgactcttccgagaacaaggtcctccaacggagctgt
gttctcgttaccgacccagctgatatctcatttcttctcacagttcactt
tccagagctgatccccaacagccagagtgcacatgtctcatcacacgcct
gccaacttcttttgctaaatgagaaaacaacatgtacaagaaaatacatc
ttcttcagtgtaactcacttgggtatactatgactcttattcaaatatat
ttactggtgttttatatatgactcttatccaaatatatttactggtgttt
tatatgtgactcttatccaaatatatttacaggtgttctatatatttctt
tatgaaaagcctccttcctttatttataattagggaaaatatttctgaca
gtatgtgatttcccatgaaatggcattgataagtactcctcatttgtgag
agagaacacaggcaaatgtaaaagatataatctgtttatataaaacttaa
gtctgatggcttaagatgaatattatgttggggggaaaaatatatgtttt
tggaatgctagcatatgccataaagtcaggaagcagagctgttattacga
ggtcacattcatgcagaggaagacatctacaaatgctttggtagccagca
actgtgtgtgcctgagtacagattcatcaacattaaccagaggaactcac
agtatttccctagtgatcagaagatagagatttgacatgtaaactgttcc
taaccaccagcaaaggtcatctataagtaagaattcaaaaggaaacgatc
gtctacgttgagctcttcatgttttaagccgtgagttgctctttatatgt
gtcgctcatcattttaaggcctatcc
gaattcagagaaggaaagagcagtgtgtccagatcatatcccaatcagta
tctgtctccttgaacctttgctccaagagttaagtcaaatgcaagaagtc
ctatgcgaacattcaaatctagcatgactcctgataaagggtgaggaagg
tctggtaacagacactacagcagtggttcctacctgcctaacactgccac
cctttaatacagtttctcatgttgtggtgacccccaaccataaaattttt
gttgctgctgcttcatagctgtaattttgcctctgttaggaatcagaata
taaatatttgatattcaggctatttgatatgtgatccccaaatgggttga
gaaccccaggatgagaacagctatttcttgggtgtgttatttgtgggcta
agattgagatcatgtgttgttcaggaagagatttctcaacgccatggtct
agttatacatggactttagtctatgaatgcagtttaacacacttctaatt
accgtcctctattgtgatttccttgtatgcatggcatctacacattcata
atatacatgtcccatgggctattgtgcagacagattaggtgcagggttgt
atggaaagctccaaaactgcacccgcaccagtggctttgaccttcagcta
gtacctcttcctcttcctcttcctcttccttagcttcagttgcttccact
tttattattcttgtattttttaagcagcgtctcatggtccaggctagact
tgaaccttggatctttctgcctcctcctctggagtgtgaggattacaggc
aggtggcactgccatgcttagtgtccatttgggtgttttagattatgaag
aaaatgtcgacttgaattaaagcaacctaaatgacagttgtatcagggcc
caaacttcctgagagccactgaaactcaaaaacctcagtctgtagaagaa
atggcttcaagtgccccttctggactcagtctctgtgggtcagagtctct
cactaatctctggtggttgtttgacctctaaaaaacaataacaacaaaca
tacaacaaacacttctacatttgtgattactttactaaatggaaaagact
aatatttattagtaccagtctatgtccagttcacgtgtcagcattcttat
aaaacccacaatcatatgataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_43695228_43696304
seq2: B6Ng01-180C01.b_39_1114 (reverse)

seq1  GGATA-GCTTTAAAATGATGAGCCGACACATATAAAGAGCAACTCACGCT  49
      ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  
seq2  GGATAGGCCTTAAAATGATGAG-CGACACATATAAAGAGCAACTCACGGC  49

seq1  TAAAAACAATGAGAGCTCAACGTAGACGATTCGTTTCCTTTTGAATTCTT  99
      | ||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACATGAAGAGCTCAACGTAGACGA-TCGTTTCCTTTTGAATTCTT  98

seq1  ACTTATAGATGACCTTTGCTGGTGGTTAGGAACAGTTTACATGTCAAATC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAGATGACCTTTGCTGGTGGTTAGGAACAGTTTACATGTCAAATC  148

seq1  TCTATCTTTCTGATCACTAGGGAAATACTGTGAGTTCCTCTGGTTAATGT  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATC-TTCTGATCACTAGGGAAATACTGTGAGTTCCTCTGGTTAATGT  197

seq1  TGATGAATCTGTACTCAGGCACACACAGTTGCTGGCTACC-AAGCATTTG  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATGAATCTGTACTCAGGCACACACAGTTGCTGGCTACCAAAGCATTTG  247

seq1  TAGATGTCTTCCTCTGCATGAATGTGACCTCGTAATAACAGCTCTGCTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTCTTCCTCTGCATGAATGTGACCTCGTAATAACAGCTCTGCTTC  297

seq1  CTGACTTTATGGCATATGCTAGCATTCCAAAAACATATATTTTTCCCCCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTATGGCATATGCTAGCATTCCAAAAACATATATTTTTCCCCCC  347

seq1  AACATAATATTCATCTTAAGCCATCAGACTTAAGTTTTATATAAACAGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAATATTCATCTTAAGCCATCAGACTTAAGTTTTATATAAACAGAT  397

seq1  TATATCTTTTACATTTGCCTGTGTTCTCTCTCACAAATGAGGAGTACTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTTTACATTTGCCTGTGTTCTCTCTCACAAATGAGGAGTACTTA  447

seq1  TCAATGCCATTTCATGGGAAATCACATACTGTCAGAAATATTTTCCCTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCCATTTCATGGGAAATCACATACTGTCAGAAATATTTTCCCTAA  497

seq1  TTATAAATAAAGGAAGGAGGCTTTTCATAAAGAAATATATAGAACACCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATAAAGGAAGGAGGCTTTTCATAAAGAAATATATAGAACACCTG  547

seq1  TAAATATATTTGGATAAGAGTCACATATAAAACACCAGTAAATATATTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATTTGGATAAGAGTCACATATAAAACACCAGTAAATATATTTG  597

seq1  GATAAGAGTCATATATAAAACACCAGTAAATATATTTGAATAAGAGTCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGTCATATATAAAACACCAGTAAATATATTTGAATAAGAGTCAT  647

seq1  AGTATACCCAAGTGAGTTACACTGAAGAAGATGTATTTTCTTGTACATGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACCCAAGTGAGTTACACTGAAGAAGATGTATTTTCTTGTACATGT  697

seq1  TGTTTTCTCATTTAGCAAAAGAAGTTGGCAGGCGTGTGATGAGACATGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTCATTTAGCAAAAGAAGTTGGCAGGCGTGTGATGAGACATGTG  747

seq1  CACTCTGGCTGTTGGGGATCAGCTCTGGAAAGTGAACTGTGAGAAGAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGGCTGTTGGGGATCAGCTCTGGAAAGTGAACTGTGAGAAGAAAT  797

seq1  GAGATATCAGCTGGGTCGGTAACGAGAACACAGCTCCGTTGGAGGACCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATCAGCTGGGTCGGTAACGAGAACACAGCTCCGTTGGAGGACCTT  847

seq1  GTTCTCGGAAGAGTCATTGATCACTGTACCCGGGCTGTGTAAGTGTTGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCGGAAGAGTCATTGATCACTGTACCCGGGCTGTGTAAGTGTTGAC  897

seq1  TAAGCAGGTTTCACTACCCTGGGAAAGAAGACTACAAAAACGTTGGCATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGTTTCACTACCCTGGGAAAGAAGACTACAAAAACGTTGGCATT  947

seq1  TCCTGTGGTTAACATCTGCCTGTGATGTTAAAAAGGTAGGTAGCCATCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGTTAACATCTGCCTGTGATGTTAAAAAGGTAGGTAGCCATCCT  997

seq1  AGGAAATAGGGACAATGATTTTACAATAATTCTGAAAGTGGCAGTGGGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATAGGGACAATGATTTTACAATAATTCTGAAAGTGGCAGTGGGTG  1047

seq1  ATGGGCGTGGCTGGTTGTCTTAGGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCGTGGCTGGTTGTCTTAGGAATTC  1076

seq1: chr16_43586698_43587888
seq2: B6Ng01-180C01.g_65_1236

seq1  GAATTCAGAGAAGGAAAGAGCAGTGTGTCCAGATCATATCCCAATCAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAAGGAAAGAGCAGTGTGTCCAGATCATATCCCAATCAGTA  50

seq1  TCTGTCTCCTTGAACCTTTGCTCCAAGAGTTAAGTCAAATGCAAGAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCTTGAACCTTTGCTCCAAGAGTTAAGTCAAATGCAAGAAGTC  100

seq1  CTATGCGAACATTCAAATCTAGCATGACTCCTGATAAAGGGTGAGGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCGAACATTCAAATCTAGCATGACTCCTGATAAAGGGTGAGGAAGG  150

seq1  TCTGGTAACAGACACTACAGCAGTGGTTCCTACCTGCCTAACACTGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAACAGACACTACAGCAGTGGTTCCTACCTGCCTAACACTGCCAC  200

seq1  CCTTTAATACAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCCAACCATAAAATTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATACAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCCAACCATAAAATTTTT  250

seq1  GTTGCTGCTGCTTCATAGCTGTAATTTTGCCTCTGTTAGGAATCAGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGCTGCTTCATAGCTGTAATTTTGCCTCTGTTAGGAATCAGAATA  300

seq1  TAAATATTTGATATTCAGGCTATTTGATATGTGATCCCCAAATGGGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTGATATTCAGGCTATTTGATATGTGATCCCCAAATGGGTTGA  350

seq1  GAACCCCAGGATGAGAACAGCTATTTCTTGGGTGTGTTATTTGTGGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCAGGATGAGAACAGCTATTTCTTGGGTGTGTTATTTGTGGGCTA  400

seq1  AGATTGAGATCATGTGTTGTTCAGGAAGAGATTTCTCAACGCCATGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGATCATGTGTTGTTCAGGAAGAGATTTCTCAACGCCATGGTCT  450

seq1  AGTTATACATGGACTTTAGTCTATGAATGCAGTTTAACACACTTCTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATACATGGACTTTAGTCTATGAATGCAGTTTAACACACTTCTAATT  500

seq1  ACCGTCCTCTATTGTGATTTCCTTGTATGCATGGCATCTACACATTCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCCTCTATTGTGATTTCCTTGTATGCATGGCATCTACACATTCATA  550

seq1  ATATACATGTCCCATGGGCTATTGTGCAGACAGATTAGGTGCAGGGTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATGTCCCATGGGCTATTGTGCAGACAGATTAGGTGCAGGGTTGT  600

seq1  ATGGAAAGCTCCAAAACTGCACCCGCACCAGTGGCTTTGACCTTCAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGCTCCAAAACTGCACCCGCACCAGTGGCTTTGACCTTCAGCTA  650

seq1  GTACCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTAGCTTCAGTTGCTTCCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTAGCTTCAGTTGCTTCCACT  700

seq1  TTTATTATTCTTGTATTTTTTAAGCAGCGTCTCATGGTCCAGGCTAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTCTTGTATTTTTTAAGCAGCGTCTCATGGTCCAGGCTAGACT  750

seq1  TGAACCTTGGATCTTTCTGCCTCCTCCTCTGGAGTGTGAGGATTACAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTTGGATCTTTCTGCCTCCTCCTCTGGAGTGTGAGGATTACAGGC  800

seq1  AGGTGGCACTGCCATGCTTAGTGTCCATTTGGGTGTTTTAGATTATGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCACTGCCATGCTTAGTGTCCATTTGGGTGTTTTAGATTATGAAG  850

seq1  AAAATGTCGACTTGAATTAAAGCAACCTAAATGACAGTTGTATCAGGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCGACTTGAATTAAAGCAACCTAAATGACAGTTGTATCAGGGCC  900

seq1  CAAACTTCCTGAGAGCCACTGAAACTCAAAAACCTCAGTCTGTAGAAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCCTGAGAGCCACTGAAACTCAAAAACCTCAGTCTGTAGAAGAA  950

seq1  ATGGCTTCAAGTGCCCCTTCTGGACTCAGGTCTCTGTGGGTCAGGAAGTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||
seq2  ATGGCTTCAAGTGCCCCTTCTGGACTCA-GTCTCTGTGGGTCAG--AGTC  997

seq1  TCTCCACTAATCTTCTGGTGGTTGTTTTGACCTCTAAAAAAACAAATAAA  1050
      ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| 
seq2  TCT-CACTAATC-TCTGGTGGTTG-TTTGACCTCTAAAAAA--CAATAA-  1041

seq1  CAAACAAACATACAAACAAAACACCTCTACATTTGTTGATTTACTTTACT  1100
        |||||||||||||   |||||| |||||||||| ||| ||||||||||
seq2  -CAACAAACATACAA--CAAACACTTCTACATTTG-TGA-TTACTTTACT  1086

seq1  TAAAATGGAAAAGGACTAATATTTAATAAGTACCCAGTCTATGTCAAGTA  1150
        |||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| ||| 
seq2  --AAATGGAAAA-GACTAATATTT-ATTAGTA-CCAGTCTATGTCCAGTT  1131

seq1  CAC-TGTCAGCATCCTTATAAAACACCACATATCATA-GATAA  1191
      ||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||
seq2  CACGTGTCAGCATTCTTATAAAAC-CCACA-ATCATATGATAA  1172