BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184O15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 87,727,926 - 87,840,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBach1, LOC100039901
Upstream geneN6amt1, Zfp294, ORF5, LOC100040088, Usp16, Cct8, B130034C11Rik, LOC435486, ORF63
Downstream geneGrik1, EG622373, Cldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184O15.bB6Ng01-184O15.g
ACCGA010170GA010171
length9961,116
definitionB6Ng01-184O15.b B6Ng01-184O15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,727,926 - 87,728,919)(87,839,603 - 87,840,726)
sequence
gaattcctattcattgcatatttaaaaatatcatataatcttaatatttt
acaaacaccactaataattaaattttcacataacaccgtagaaatatttt
tgtgagctctgctaggtacacacgtgtaagagcacatctgtatctagcag
agctcttgctacctttaaactatttttatgctagaaggaccaaaagtttg
acagttagaaattaccgctgtgaaatacagcatcgggtggtctctaggag
ccctggctcttcagagctgtcagcgagcagagagcaggcggtggtggcct
ctggttcccttagacactagtcgtgctgtttccacgggggaaacctttgt
cctgcggttagcgcttattaactctcagttcacaagcagctcggtgatta
ggttgcctagcacataagacattagaagtgagtggtaggaggtgaaggag
gcggcgggatgaggggaaaggaaaacactattggcggtgatgcctgatgt
gggcagaagggacggaccaggaaaacgtacttagtggtacactttcttgt
agggatttgaaaataccgcactgtaaacagtacacacagggttagcctcc
tcactccttaccctgtaggaactcacttctcatacgggtacgctgaagtc
ttacttctgtttactgagtcactccgtggattctatagctaagacattga
cataatcctgggctcacagtcagatctcaggaaggcagcattagctgagt
cttacagtgaggtaagtttcaggggctaaccgaggaactgtgtttggttt
ccttccgcacagggtcaagcccgtagttatccacagttcaaacccaagca
ctcaggataatgagtttgccttagaaccatggccagaacccagccccttt
tgatagccagctacaagttctttcccctactttccgccttacttgatctt
tcagtgtttcatttaagagttataaggatgtttggtggtgcgtttt
gaattcctaggtggaaatcctaacccttgatacaatgttatttagagatg
gacctttgggagatcatcactgttggctatgaccatgaagatgggttgtg
gtccctgaccttatacaaagacaccaacaccatgaccctcctggcacata
tagcgagggatggccataggaagatacagagaggaaatcggtatcttctg
tgggccaaacggcaatctcactaacacccggctctgagttctcagcctcc
tgaagttgtagaacataaatttatgccgtggaagccacccagtctgtaac
agtctgtgatagtaccccaacatgactaagatgcttggtgagtatttttt
gatcctagctgggtttctcacattctcttcagctcccaggatacacccta
acctaaagatcttcctgttgggatcttgtctttctgtgcagccttcttgg
gcgagacgctagcagaaccccatgcaacagatggctcatgagaatagcac
cttggcattttgtgtcctaagacagataggcaggagccagtcctaaggct
ttttgcttccattcagaaattgactgaccagccagccctgtctctcagtt
cactccatgaaacctataaagcatcatttccctctggcctttagggatca
gcgttgacatcatctaagtgttatctcccgggcttgggttacctgttctg
catgcagtggcctagcccacaggaaatcgccattcctcctactctgtctt
cactgaatgaatgctaaggacttctgatggtggcaacaggctcagtctca
gcagccacagcctggcgccatagcactgcagtcacactacagtagaatgg
acgccatccaaaagtgagagggtggatccgtaatgctcacggtctcctgt
gaaccagtggaagttcagagacatgctgtgtattttgcagggcatgatgc
atgtgtccactgaaagctgatcaagtcacaacaccaagcaatcccctttc
ttgtttacatattccagctctgctcctctttaaaggttgtaaacttcagt
taaagttgattagactgcacggtacattgttgtttgactgactggctgaa
tgaacaactgactgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_87727926_87728919
seq2: B6Ng01-184O15.b_47_1042

seq1  GAATTCCTATTCATTGCATATTTAAAAATATCATATAATCTTAATATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTCATTGCATATTTAAAAATATCATATAATCTTAATATTTT  50

seq1  ACAAACACCACTAATAATTAAATTTTCACATAACACCGTAGAAATATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACCACTAATAATTAAATTTTCACATAACACCGTAGAAATATTTT  100

seq1  TGTGAGCTCTGCTAGGTACACACGTGTAAGAGCACATCTGTATCTAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTCTGCTAGGTACACACGTGTAAGAGCACATCTGTATCTAGCAG  150

seq1  AGCTCTTGCTACCTTTAAACTATTTTTATGCTAGAAGGACCAAAAGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGCTACCTTTAAACTATTTTTATGCTAGAAGGACCAAAAGTTTG  200

seq1  ACAGTTAGAAATTACCGCTGTGAAATACAGCATCGGGTGGTCTCTAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAGAAATTACCGCTGTGAAATACAGCATCGGGTGGTCTCTAGGAG  250

seq1  CCCTGGCTCTTCAGAGCTGTCAGCGAGCAGAGAGCAGGCGGTGGTGGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTCTTCAGAGCTGTCAGCGAGCAGAGAGCAGGCGGTGGTGGCCT  300

seq1  CTGGTTCCCTTAGACACTAGTCGTGCTGTTTCCACGGGGGAAACCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCCCTTAGACACTAGTCGTGCTGTTTCCACGGGGGAAACCTTTGT  350

seq1  CCTGCGGTTAGCGCTTATTAACTCTCAGTTCACAAGCAGCTCGGTGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGGTTAGCGCTTATTAACTCTCAGTTCACAAGCAGCTCGGTGATTA  400

seq1  GGTTGCCTAGCACATAAGACATTAGAAGTGAGTGGTAGGAGGTGAAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCTAGCACATAAGACATTAGAAGTGAGTGGTAGGAGGTGAAGGAG  450

seq1  GCGGCGGGATGAGGGGAAAGGAAAACACTATTGGCGGTGATGCCTGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCGGGATGAGGGGAAAGGAAAACACTATTGGCGGTGATGCCTGATGT  500

seq1  GGGCAGAAGGGACGGACCAGGAAAACGTACTTAGTGGTACACTTTCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAAGGGACGGACCAGGAAAACGTACTTAGTGGTACACTTTCTTGT  550

seq1  AGGGATTTGAAAATACCGCACTGTAAACAGTACACACAGGGTTAGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTTGAAAATACCGCACTGTAAACAGTACACACAGGGTTAGCCTCC  600

seq1  TCACTCCTTACCCTGTAGGAACTCACTTCTCATACGGGTACGCTGAAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCTTACCCTGTAGGAACTCACTTCTCATACGGGTACGCTGAAGTC  650

seq1  TTACTTCTGTTTACTGAGTCACTCCGTGGATTCTATAGCTAAGACATTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTGTTTACTGAGTCACTCCGTGGATTCTATAGCTAAGACATTGA  700

seq1  CATAATCCTGGGCTCACAGTCAGATCTCAGGAAGGCAGCATTAGCTGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCCTGGGCTCACAGTCAGATCTCAGGAAGGCAGCATTAGCTGAGT  750

seq1  CTTACAGTGAGGTAAGTTTCAGGGGCTAACCGAGGAACTGTG-TTGGTTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTACAGTGAGGTAAGTTTCAGGGGCTAACCGAGGAACTGTGTTTGGTTT  800

seq1  CCTTCCGCACAGGGTCAAGCCCGTAGTTATCCACAGTTCAAACCCAAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCGCACAGGGTCAAGCCCGTAGTTATCCACAGTTCAAACCCAAGCA  850

seq1  CTCAGGATAATGAGTTTGCCTTAGAACCATGGCCAGAACCCAGCCCCTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATAATGAGTTTGCCTTAGAACCATGGCCAGAACCCAGCCCCTTT  900

seq1  TGATAGCCAGCTACAAGTTCTTTCCCCTACTTTCCGCCTTACTTGATCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCAGCTACAAGTTCTTTCCCCTACTTTCCGCCTTACTTGATCTT  950

seq1  TCAGTGTTTCATTTAAGAG-TATAAGGATGTTTGGTGGTGCGTTTT  994
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTTCATTTAAGAGTTATAAGGATGTTTGGTGGTGCGTTTT  996

seq1: chr16_87839603_87840726
seq2: B6Ng01-184O15.g_70_1185 (reverse)

seq1  ATCAGTCAGTTGGTCAATCAACCAGTCAGTCAAACAAACAAATGTACCGT  50
      |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  ATCAGTCAGTTGTTCATTCAGCCAGTCAGTCAAACAA--CAATGTACCGT  48

seq1  GGCCAGTCTAATCAAACTTTAAACTTTAAAAGTTTACAAACTTTAAAAGA  100
      |  |||||||||| |||||| ||||    |||||||||| |||||||   
seq2  G--CAGTCTAATC-AACTTT-AACT---GAAGTTTACAACCTTTAAAGAG  91

seq1  GAGCAGAGCTGGAAATATGTAAAC-AGAAAGGGGATTGCTGGGTGTTGTG  149
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGCAGAGCTGG-AATATGTAAACAAGAAAGGGGATTGCTTGGTGTTGTG  140

seq1  ACTTGATCAGCTTTCAGTGGACACATGCATCATGCCCTGC-AAATACACA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTTGATCAGCTTTCAGTGGACACATGCATCATGCCCTGCAAAATACACA  190

seq1  GCATGTCTCTGAACTTCCACTGGTTCACAGGAGACCGTGAGCATTACGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTCTGAACTTCCACTGGTTCACAGGAGACCGTGAGCATTACGGA  240

seq1  TCCACCCTCTCACTTTTGGATGGCGTCCATTCTACTGTAGTGTGACTGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCTCTCACTTTTGGATGGCGTCCATTCTACTGTAGTGTGACTGCA  290

seq1  GTGCTATGGCGCCAGGCTGTGGCTGCTGAGACTGAGCCTGTTGCCACCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATGGCGCCAGGCTGTGGCTGCTGAGACTGAGCCTGTTGCCACCAT  340

seq1  CAGAAGTCCTTAGCATTCATTCAGTGAAGACAGAGTAGGAGGAATGGCGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTCCTTAGCATTCATTCAGTGAAGACAGAGTAGGAGGAATGGCGA  390

seq1  TTTCCTGTGGGCTAGGCCACTGCATGCAGAACAGGTAACCCAAGCCCGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTGGGCTAGGCCACTGCATGCAGAACAGGTAACCCAAGCCCGGG  440

seq1  AGATAACACTTAGATGATGTCAACGCTGATCCCTAAAGGCCAGAGGGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACACTTAGATGATGTCAACGCTGATCCCTAAAGGCCAGAGGGAAA  490

seq1  TGATGCTTTATAGGTTTCATGGAGTGAACTGAGAGACAGGGCTGGCTGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTATAGGTTTCATGGAGTGAACTGAGAGACAGGGCTGGCTGGT  540

seq1  CAGTCAATTTCTGAATGGAAGCAAAAAGCCTTAGGACTGGCTCCTGCCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATTTCTGAATGGAAGCAAAAAGCCTTAGGACTGGCTCCTGCCTA  590

seq1  TCTGTCTTAGGACACAAAATGCCAAGGTGCTATTCTCATGAGCCATCTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTAGGACACAAAATGCCAAGGTGCTATTCTCATGAGCCATCTGT  640

seq1  TGCATGGGGTTCTGCTAGCGTCTCGCCCAAGAAGGCTGCACAGAAAGACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGGGTTCTGCTAGCGTCTCGCCCAAGAAGGCTGCACAGAAAGACA  690

seq1  AGATCCCAACAGGAAGATCTTTAGGTTAGGGTGTATCCTGGGAGCTGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCAACAGGAAGATCTTTAGGTTAGGGTGTATCCTGGGAGCTGAAG  740

seq1  AGAATGTGAGAAACCCAGCTAGGATCAAAAAATACTCACCAAGCATCTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGAGAAACCCAGCTAGGATCAAAAAATACTCACCAAGCATCTTA  790

seq1  GTCATGTTGGGGTACTATCACAGACTGTTACAGACTGGGTGGCTTCCACG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTGGGGTACTATCACAGACTGTTACAGACTGGGTGGCTTCCACG  840

seq1  GCATAAATTTATGTTCTACAACTTCAGGAGGCTGAGAACTCAGAGCCGGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAATTTATGTTCTACAACTTCAGGAGGCTGAGAACTCAGAGCCGGG  890

seq1  TGTTAGTGAGATTGCCGTTTGGCCCACAGAAGATACCGATTTCCTCTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTGAGATTGCCGTTTGGCCCACAGAAGATACCGATTTCCTCTCTG  940

seq1  TATCTTCCTATGGCCATCCCTCGCTATATGTGCCAGGAGGGTCATGGTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCCTATGGCCATCCCTCGCTATATGTGCCAGGAGGGTCATGGTGT  990

seq1  TGGTGTCTTTGTATAAGGTCAGGGACCACAACCCATCTTCATGGTCATAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTTTGTATAAGGTCAGGGACCACAACCCATCTTCATGGTCATAG  1040

seq1  CCAACAGTGATGATCTCCCAAAGGTCCATCTCTAAATAACATTGTATCAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTGATGATCTCCCAAAGGTCCATCTCTAAATAACATTGTATCAA  1090

seq1  GGGTTAGGATTTCCACCTAGGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGGATTTCCACCTAGGAATTC  1116