BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187L22
Chromosome16 (Build37)
Map Location 24,719,673 - 24,886,282
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLpp
Upstream geneLOC100043023, Sst, Rtp2, Bcl6, EG433009, LOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, A730098P11Rik
Downstream gene5430420C16Rik, Trp63
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187L22.bB6Ng01-187L22.g
ACCGA012238GA012239
length1,1111,034
definitionB6Ng01-187L22.b B6Ng01-187L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,885,178 - 24,886,282)(24,719,673 - 24,720,704)
sequence
gaattccaaatgcatgataggcgagatgtaaggagagacaggcagtctag
gaaaaccaataggctaagcaagtacaggatatgagcttccagaggtattt
tcaagcctgcttgctgtttgtatttgctcacaaaagttattttaaaacat
cttcctagtaataactgtatgcaaaagacatattcaagcaagtctataag
gacatagtcagtacctcaaactctgctatccttccctttgtggtcctttt
cctctcttgttagtcctttgcttttttgctggctagttgtatgccaactt
gacacatggtatagtcatctgagaggaggaaacctcgactgagaaaattc
cctcataagatcacgctataggtgagtccatggaacatttccttaatgat
tgatgtaggaggttaccgcccactatgggtagtgtgccatccctgggctg
gtggtcctgacaagacattccttccattattcttctgtttttgcttttaa
gctgaaactcaggccatggaggaatgcagcttagcggcttactccccata
gcttgctcagcctgttttctttttaacttaaaaataattgttaaataatt
tttatgttttaattaaaatataattatcccacttcctgtatccctttcct
gtctccagttctccctcatgcctaccactcaaattgatatcctccttttc
tctattattgttacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacaccaccttctatccattttgttcagatgtatgtggatccagggctg
actgctttgtgctggataaccaatcggggcaatcttgggagaggaccgtt
ctctcactctcagaagtcattatgggaccctgtaacaagtgagactcttc
actcttcccacatgagcatgtttcctgatatggtcattgttcacatttta
attaattcttagtttatttttatgtgcacaggtgttttgtatacacgtat
gtctgtgcacaatgcgtgccctggtgcctgagagacccgaagagggttgt
tacagcagttgtatgaagccaccaccgtgggatgttggaaatcaaacctt
gggcttctttg

gaattcccaaaaagttgtagctctcaagctgcatgagtctcttttacatt
tttctaagcacaattaccatgttctcttacaaatttacctctctggtcct
ttatttccacatcttacaaatggagctgtttgtagatcctatctcatatg
gttgttaggaatattgaatatgtaatactgtgtccttattctttgaggta
tctactttttatttataaattaattctgttaaatttgtgtatatgaatgg
tttgcctacccatatgtctgtacacaacatgtgttcctggtgcctttcga
ggccagaggagtgcatcaatctcctggaactggaattacaggtggtctgt
gagttgccattgggttctaggaatcaaaccctggtcaagtataagaggaa
caagtgcttttaactacttagccatctcttgaaatcccagcatctacttt
ttaatgtcagtttctgagagattgaaacgaattagataaggtagcaccat
catttctttcttcatgttaaaaacacagatgcattcatatactctcaagc
atcatgtgtagtgtttgtggttcttatcacaatgcctaccacaatggagt
ataactgctattactggtgacgtgtaagccaccatatttatagctgaaaa
gcacctatacctatctttttttttattactgtactgtcaagcagatagtc
ttataattcctgctctttattttagaaaacctagaggactttccatagag
ctcacaactaaaatatctagattgtggtggtttttttttcccctgtatct
tctgtactgttcacctaggtctcagatttccctggttttataatgtcaca
tagtattactaatatctacttgtgtttcatacttcaatgtcagttttaga
gtactttttaaagttttcaacctttctaaatcccaaattttcttaatgct
actactccctcaagtgaattattctttataccccatggaggatttcatag
tgaaatcatgtggtttgtcaacttctatattctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_24885178_24886282
seq2: B6Ng01-187L22.b_50_1160 (reverse)

seq1  CAAAGAA-CCCAA-GTTTGATTTCCAACAT-CCAC-GTGGT-GCTTCATA  45
      ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||
seq2  CAAAGAAGCCCAAGGTTTGATTTCCAACATCCCACGGTGGTGGCTTCATA  50

seq1  CAACTGCCTGTAACAACCCTCTTCCGGTCTCCTCAGGCACCA-GGCACGC  94
      |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CAACTG-CTGTAACAACCCTCTTCGGGTCT-CTCAGGCACCAGGGCACGC  98

seq1  ATTGTGCACAGACATACGTGTATACAAAACACCTGTGCACATAAAAATAA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCACAGACATACGTGTATACAAAACACCTGTGCACATAAAAATAA  148

seq1  ACTAAGAA-TAAATAAAATGTGAACAATGACCATATCAGGAAACATGCTC  193
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAATTAATTAAAATGTGAACAATGACCATATCAGGAAACATGCTC  198

seq1  ATGT-GGAAGAGTGAAGAGTCTCACTTGTTACAGGGTCCCATAATGACTT  242
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGAAGAGTGAAGAGTCTCACTTGTTACAGGGTCCCATAATGACTT  248

seq1  CTGAGAGTGAGAGAACGGTCCTCTCCCAAGATTGCCCCGATTGGTTATCC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTGAGAGAACGGTCCTCTCCCAAGATTGCCCCGATTGGTTATCC  298

seq1  AGCACAAAGCAGTCAGCCCTGGATCCACATACATCTGAACAAAATGGATA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAAGCAGTCAGCCCTGGATCCACATACATCTGAACAAAATGGATA  348

seq1  GAAGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  398

seq1  TAACAATAATAGAGAAAAGGAGGATATCAATTTGAGTGGTAGGCATGAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATAATAGAGAAAAGGAGGATATCAATTTGAGTGGTAGGCATGAGG  448

seq1  GAGAACTGGAGACAGGAAAGGGATACAGGAAGTGGGATAATTATATTTTA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGGAGACAGGAAAGGGATACAGGAAGTGGGATAATTATATTTTA  498

seq1  ATTAAAACATAAAAATTATTTAACAATTATTTTTAAGTTAAAAAGAAAAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACATAAAAATTATTTAACAATTATTTTTAAGTTAAAAAGAAAAC  548

seq1  AGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGTAAGCCGCTAAGCTGCATTCCTCCATGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGTAAGCCGCTAAGCTGCATTCCTCCATGG  598

seq1  CCTGAGTTTCAGCTTAAAAGCAAAAACAGAAGAATAATGGAAGGAATGTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTTCAGCTTAAAAGCAAAAACAGAAGAATAATGGAAGGAATGTC  648

seq1  TTGTCAGGACCACCAGCCCAGGGATGGCACACTACCCATAGTGGGCGGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGGACCACCAGCCCAGGGATGGCACACTACCCATAGTGGGCGGTA  698

seq1  ACCTCCTACATCAATCATTAAGGAAATGTTCCATGGACTCACCTATAGCG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTACATCAATCATTAAGGAAATGTTCCATGGACTCACCTATAGCG  748

seq1  TGATCTTATGAGGGAATTTTCTCAGTCGAGGTTTCCTCCTCTCAGATGAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTATGAGGGAATTTTCTCAGTCGAGGTTTCCTCCTCTCAGATGAC  798

seq1  TATACCATGTGTCAAGTTGGCATACAACTAGCCAGCAAAAAAGCAAAGGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCATGTGTCAAGTTGGCATACAACTAGCCAGCAAAAAAGCAAAGGA  848

seq1  CTAACAAGAGAGGAAAAGGACCACAAAGGGAAGGATAGCAGAGTTTGAGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGAGAGGAAAAGGACCACAAAGGGAAGGATAGCAGAGTTTGAGG  898

seq1  TACTGACTATGTCCTTATAGACTTGCTTGAATATGTCTTTTGCATACAGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTATGTCCTTATAGACTTGCTTGAATATGTCTTTTGCATACAGT  948

seq1  TATTACTAGGAAGATGTTTTAAAATAACTTTTGTGAGCAAATACAAACAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTAGGAAGATGTTTTAAAATAACTTTTGTGAGCAAATACAAACAG  998

seq1  CAAGCAGGCTTGAAAATACCTCTGGAAGCTCATATCCTGTACTTGCTTAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGCTTGAAAATACCTCTGGAAGCTCATATCCTGTACTTGCTTAG  1048

seq1  CCTATTGGTTTTCCTAGACTGCCTGTCTCTCCTTACATCTCGCCTATCAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGGTTTTCCTAGACTGCCTGTCTCTCCTTACATCTCGCCTATCAT  1098

seq1  GCATTTGGAATTC  1105
      |||||||||||||
seq2  GCATTTGGAATTC  1111


seq1: chr16_24719673_24720704
seq2: B6Ng01-187L22.g_67_1100

seq1  GAATTCCCAAAAAGTTGTAGCTCTCAAGCTGCATGAGTCTCTTTTACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAAAGTTGTAGCTCTCAAGCTGCATGAGTCTCTTTTACATT  50

seq1  TTTCTAAGCACAATTACCATGTTCTCTTACAAATTTACCTCTCTGGTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAGCACAATTACCATGTTCTCTTACAAATTTACCTCTCTGGTCCT  100

seq1  TTATTTCCACATCTTACAAATGGAGCTGTTTGTAGATCCTATCTCATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCACATCTTACAAATGGAGCTGTTTGTAGATCCTATCTCATATG  150

seq1  GTTGTTAGGAATATTGAATATGTAATACTGTGTCCTTATTCTTTGAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGGAATATTGAATATGTAATACTGTGTCCTTATTCTTTGAGGTA  200

seq1  TCTACTTTTTATTTATAAATTAATTCTGTTAAATTTGTGTATATGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTTTATTTATAAATTAATTCTGTTAAATTTGTGTATATGAATGG  250

seq1  TTTGCCTACCCATATGTCTGTACACAACATGTGTTCCTGGTGCCTTTCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTACCCATATGTCTGTACACAACATGTGTTCCTGGTGCCTTTCGA  300

seq1  GGCCAGAGGAGTGCATCAATCTCCTGGAACTGGAATTACAGGTGGTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGGAGTGCATCAATCTCCTGGAACTGGAATTACAGGTGGTCTGT  350

seq1  GAGTTGCCATTGGGTTCTAGGAATCAAACCCTGGTCAAGTATAAGAGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCCATTGGGTTCTAGGAATCAAACCCTGGTCAAGTATAAGAGGAA  400

seq1  CAAGTGCTTTTAACTACTTAGCCATCTCTTGAAATCCCAGCATCTACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTTTTAACTACTTAGCCATCTCTTGAAATCCCAGCATCTACTTT  450

seq1  TTAATGTCAGTTTCTGAGAGATTGAAACGAATTAGATAAGGTAGCACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTCAGTTTCTGAGAGATTGAAACGAATTAGATAAGGTAGCACCAT  500

seq1  CATTTCTTTCTTCATGTTAAAAACACAGATGCATTCATATACTCTCAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTTCTTCATGTTAAAAACACAGATGCATTCATATACTCTCAAGC  550

seq1  ATCATGTGTAGTGTTTGTGGTTCTTATCACAATGCCTACCACAATGGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGTAGTGTTTGTGGTTCTTATCACAATGCCTACCACAATGGAGT  600

seq1  ATAACTGCTATTACTGGTGACGTGTAAGCCACCATATTTATAGCTGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGCTATTACTGGTGACGTGTAAGCCACCATATTTATAGCTGAAAA  650

seq1  GCACCTATACCTATCTTTTTTTTTATTACTGTACTGTCAAGCAGATAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTATACCTATCTTTTTTTTTATTACTGTACTGTCAAGCAGATAGTC  700

seq1  TTATAATTCCTGCTCTTTATTTTAGAAAACCTAGAGGACTTTCCATAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTCCTGCTCTTTATTTTAGAAAACCTAGAGGACTTTCCATAGAG  750

seq1  CTCACAACTAAAATATCTAGATTGTGGTGGTTTTTTTTTCCCCTGTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACTAAAATATCTAGATTGTGGTGGTTTTTTTTTCCCCTGTATCT  800

seq1  TCTGTACTGTTCACCTAGGTCTCAGATTTCCCTGGTTTTATAATGTCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTGTTCACCTAGGTCTCAGATTTCCCTGGTTTTATAATGTCACA  850

seq1  TAGTATTACTAATATCTACTTGTGTTTCATACTTCAATGTCAGTTTTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTACTAATATCTACTTGTGTTTCATACTTCAATGTCAGTTTTAGA  900

seq1  GTACTTTTTAAAG-TTTCAAACCTTCTAAAT-CCAAATTT--CTAATGCT  946
      ||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||   |||||||
seq2  GTACTTTTTAAAGTTTTCAACCTTTCTAAATCCCAAATTTTCTTAATGCT  950

seq1  ACTACT-CCTCAAGTGAA-TATTCTTTATACCCCATGGAAGGATTTCATT  994
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ACTACTCCCTCAAGTGAATTATTCTTTATACCCCATGG-AGGATTTCA-T  998

seq1  AGTGAAATCATTGTGGTTTGTCAACTCCTATAATTCTT  1032
      |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  AGTGAAATCA-TGTGGTTTGTCAACTTCTAT-ATTCTT  1034


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |