BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188A04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 95,252,356 - 95,391,869
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666201
Upstream geneSim2, Hlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6
Downstream geneKcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188A04.bB6Ng01-188A04.g
ACCGA012429GA012430
length1,1891,177
definitionB6Ng01-188A04.b B6Ng01-188A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,252,356 - 95,253,556)(95,390,701 - 95,391,869)
sequence
gaattcctgtcttttatgtcctactagctagatgctttgtgtcattttgg
aagagggaacttcaactgagaatatgccccactggattgacttgtgggca
aaccagtgggacattttcttgactgatgattgatgtgggagggggctcac
tgtgggtggtaccatccttgagcttcttacaacaccttagtgttgtaaga
aagcagactgagcaagccagaaggagctgttcagtaagcagcccccctcc
atggcttccacaccagctcctgcctccacgtttatgccttgtttgagttt
ctgccctgatttcctttaatgataaacagcagtatggaagcataagccaa
accctttccttcccaagttgctcttggtcatggtgttttatcacagcagg
tgaaagcttaaccaagacagtgaggtacagaatatatttatgctgcctat
aaagtcttggcatggcagacactcacacctgcctctgtattcagtcctag
ataatggaagcacagaggcagagaggaacagggtgattcagggacctgta
aaaagggactccagtttggctgactccagctggaaaacaaaagcccagag
ttgggctgctttgttctgagaggacgggaggcaaaaggaaatcaacaaaa
acaagcctcagacacatctgaatgcctgagcgtttatttagccctcggaa
atgccttaatgtgggactagatgcttggctttataaatctgtaattacaa
gtagcttgcatcgcagtgattataaaattgctctctgtttatttaggagc
taaatggtattaattggagagtggaaaagtgatgttacttaattaacctg
agatggtagcctctgttgaaacctacaactaccagtgcaggtgagtgagt
gaccctgggcagccatgttctgctactgaatgggcttttaaaggcatcag
tggttgatggctcagtggatgctcctggtgagaagaagctgggtgactga
ctgggctgtgaagctggaagagcaatatttgcataggtgacaattgggaa
aggcatatcccagaaagaaagaagcacctcctctttctcctcctcctgta
agctttattcatttttatcataaatacctcaagaggtacagtattactac
taccagtaacatgtcacacagtgtgcaataccaccttat
gaattcttttccttccctgtctaagtgggtttctctggacactatagttg
gttcctatttgcttttctcaataaagggagatgttatacttagcaatgga
gccctccacaaccttaggccccacagaccatcagcatccagatgtgcctc
actacgcttcaaactccttaacttctatgtggatatataaaaagtcagct
gtccaaggacacactaggctgttacatgagatggagggtagcccaggatc
catgagaccttgtctcaaaaactaacaaaatttttttttaaaaaatggct
tggtagcttatgcctataattgtaccactcagaaagcagaggccgttgtg
tggtctattgtgagtctgagttcaaggtcagcctaggctacagataaaga
ggccctatctcaaaaaacaaaaatgaaaagaaagaaaagaatgaagtacc
cacatagacacatacacacaaacacacacatgcacacagatgcacatgca
cgtacattttacctgaccgctgagaagctgtgtgctcaaagatacaacac
acatgtctgtcactatttatcccatctcctcctgaccttgtggatcacag
ctccagacagactgtgatggaccaaagccttccagatacacagggaccct
cagcccagtcatgctgagatctggcattcctatacctttactccagacag
gttgtcaggaagacacttgagccacacagagatgctgctggtaccacacc
tggcctccatttccagcaaggagtaccaaggtcatgactacagatttacc
atctggtgaatctggcaaagaaagcttcctgtgactccaggtgactagaa
actgagccagaagaaccacataccatattcctggtttggctctaagctca
gaactcagcatcatcaacggagctgaaagaaatgggaaaccctctgtccc
ttccccgtacaaggacagaaccatccttcctattagagacagctattctg
agttcactgtccaggttctcttgtcttgtgatcagtctggcacacaaaac
ataaattattggtctcacccagtggactcttggacacagttagtaggaaa
atttattaccaagaactccaggtgacaattttaagagtcctagaaagctc
tcagtctgccagctggagggaggacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95252356_95253556
seq2: B6Ng01-188A04.b_47_1235

seq1  GAATTCCTGTCTTTTATGTCCTACTAGCTAGATGCTTTGTGTCATTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCTTTTATGTCCTACTAGCTAGATGCTTTGTGTCATTTTGG  50

seq1  AAGAGGGAACTTCAACTGAGAATATGCCCCACTGGATTGACTTGTGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAACTTCAACTGAGAATATGCCCCACTGGATTGACTTGTGGGCA  100

seq1  AACCAGTGGGACATTTTCTTGACTGATGATTGATGTGGGAGGGGGCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTGGGACATTTTCTTGACTGATGATTGATGTGGGAGGGGGCTCAC  150

seq1  TGTGGGTGGTACCATCCTTGAGCTTCTTACAACACCTTAGTGTTGTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGGTACCATCCTTGAGCTTCTTACAACACCTTAGTGTTGTAAGA  200

seq1  AAGCAGACTGAGCAAGCCAGAAGGAGCTGTTCAGTAAGCAGCCCCCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGACTGAGCAAGCCAGAAGGAGCTGTTCAGTAAGCAGCCCCCCTCC  250

seq1  ATGGCTTCCACACCAGCTCCTGCCTCCACGTTTATGCCTTGTTTGAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCCACACCAGCTCCTGCCTCCACGTTTATGCCTTGTTTGAGTTT  300

seq1  CTGCCCTGATTTCCTTTAATGATAAACAGCAGTATGGAAGCATAAGCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTGATTTCCTTTAATGATAAACAGCAGTATGGAAGCATAAGCCAA  350

seq1  ACCCTTTCCTTCCCAAGTTGCTCTTGGTCATGGTGTTTTATCACAGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCTTCCCAAGTTGCTCTTGGTCATGGTGTTTTATCACAGCAGG  400

seq1  TGAAAGCTTAACCAAGACAGTGAGGTACAGAATATATTTATGCTGCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTTAACCAAGACAGTGAGGTACAGAATATATTTATGCTGCCTAT  450

seq1  AAAGTCTTGGCATGGCAGACACTCACACCTGCCTCTGTATTCAGTCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTGGCATGGCAGACACTCACACCTGCCTCTGTATTCAGTCCTAG  500

seq1  ATAATGGAAGCACAGAGGCAGAGAGGAACAGGGTGATTCAGGGACCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAAGCACAGAGGCAGAGAGGAACAGGGTGATTCAGGGACCTGTA  550

seq1  AAAAGGGACTCCAGTTTGGCTGACTCCAGCTGGAAAACAAAAGCCCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGACTCCAGTTTGGCTGACTCCAGCTGGAAAACAAAAGCCCAGAG  600

seq1  TTGGGCTGCTTTGTTCTGAGAGGACGGGAGGCAAAAGGAAATCAACAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGCTTTGTTCTGAGAGGACGGGAGGCAAAAGGAAATCAACAAAA  650

seq1  ACAAGCCTCAGACACATCTGAATGCCTGAGCGTTTATTTAGCCCTCGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCTCAGACACATCTGAATGCCTGAGCGTTTATTTAGCCCTCGGAA  700

seq1  ATGCCTTAATGTGGGACTAGATGCTTGGCTTTATAAATCTGTAATTACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTAATGTGGGACTAGATGCTTGGCTTTATAAATCTGTAATTACAA  750

seq1  GTAGCTTGCATCGCAGTGATTATAAAATTGCTCTCTGTTTATTTAGGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTGCATCGCAGTGATTATAAAATTGCTCTCTGTTTATTTAGGAGC  800

seq1  TAAATGGTATTAATTGGAGAGTGGAAAAGTGATGTTACTTAATTAACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTATTAATTGGAGAGTGGAAAAGTGATGTTACTTAATTAACCTG  850

seq1  AGATGGTAGCCTCTGTTGAAAACCTACAACTACCAGTGCAGGTGAGTGAG  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTAGCCTCTGTTG-AAACCTACAACTACCAGTGCAGGTGAGTGAG  899

seq1  TGACCCTGGGCAGCCATGTTCTGCTACTGAATGGGCTTTTAAAGGCATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGGGCAGCCATGTTCTGCTACTGAATGGGCTTTTAAAGGCATCA  949

seq1  GTGGTTGATGGCTCAGTGGATGCTCCTGGTGAGAAGAAGGCTGGTGACTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  GTGGTTGATGGCTCAGTGGATGCTCCTGGTGAGAAGAAGCTGGGTGACTG  999

seq1  ACTGGGCTGTGAAGCTGGAAAGAGCAATATTTGCATAGGTGACAATTTGG  1050
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGGGCTGTGAAGCTGG-AAGAGCAATATTTGCATAGGTGACAATTGGG  1048

seq1  AAAGGCATATCCCAGAAAGAAAAGAAAGGCAC--TCTCTTTCTC--TCTC  1096
      ||||||||||||||||||| ||||||  ||||   |||||||||   |||
seq2  AAAGGCATATCCCAGAAAG-AAAGAA--GCACCTCCTCTTTCTCCTCCTC  1095

seq1  CTGTAAGCTTTTTATTCATTTTATTCATAAATACTCCAAAAGAAAGGTAC  1146
      ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||  ||    | ||||||
seq2  CTGTAAGC--TTTATTCATTTTTATCATAAATACCTCA----AGAGGTAC  1139

seq1  AGTATAACATACACAAACCAGTAACATGGTCACACCATGTGCAAATACCA  1196
      ||||| || |||    ||||||||||| |||||||  ||||| |||||||
seq2  AGTATTAC-TAC---TACCAGTAACAT-GTCACACAGTGTGC-AATACCA  1183

seq1  -CTTAT  1201
       |||||
seq2  CCTTAT  1189

seq1: chr16_95390701_95391869
seq2: B6Ng01-188A04.g_66_1242 (reverse)

seq1  GTGTCCTCC--TCAGCTGGGCAGACTGAGAGTTTTCTGAGGAACTCCTTA  48
      |||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||
seq2  GTGTCCTCCCTCCAGCT-GGCAGACTGAGAGCTTTCT-AGG-ACT-CTTA  46

seq1  AAATTGTCACCTTGGTGTCTTTGT-ATAAATTTTCCTAATTACTGTGTCC  97
      |||||||||||| |   |||| || ||||||||||||| | |||||||||
seq2  AAATTGTCACCTGGAGTTCTTGGTAATAAATTTTCCTACTAACTGTGTCC  96

seq1  -AGAGTCCACT-GGTGAGACCCATAATTTATG-TTTGTGTGCCAGACTGA  144
       |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCCACTGGGTGAGACCAATAATTTATGTTTTGTGTGCCAGACTGA  146

seq1  TCAC-AGAC-AGAG-ACCTGGACAGTGAACTCAG-ATAGCTTGTCTCT-A  189
      |||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |
seq2  TCACAAGACAAGAGAACCTGGACAGTGAACTCAGAATAGC-TGTCTCTAA  195

seq1  TAGGAAGGATGGTTCTGTCCTTGTACGGGG-AGGGACAGAGGGTTT-CCA  237
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TAGGAAGGATGGTTCTGTCCTTGTACGGGGAAGGGACAGAGGGTTTCCCA  245

seq1  TTTCTTTCAGCTCCGTTGATGATGCTGAGTTCTGAGCTTAGAGCCAAACC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCAGCTCCGTTGATGATGCTGAGTTCTGAGCTTAGAGCCAAACC  295

seq1  AGGAATATGGTATGTGGTTCTTCTGGCTCAGTTTCTAGTCACCTGGAGTC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATGGTATGTGGTTCTTCTGGCTCAGTTTCTAGTCACCTGGAGTC  345

seq1  ACAGGAAGCTTTCTTTGCCAGATTCACCAGATGGTAAATCTGTAGTCATG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGCTTTCTTTGCCAGATTCACCAGATGGTAAATCTGTAGTCATG  395

seq1  ACCTTGGTACTCCTTGCTGGAAATGGAGGCCAGGTGTGGTACCAGCAGCA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGTACTCCTTGCTGGAAATGGAGGCCAGGTGTGGTACCAGCAGCA  445

seq1  TCTCTGTGTGGCTCAAGTGTCTTCCTGACAACCTGTCTGGAGTAAAGGTA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGGCTCAAGTGTCTTCCTGACAACCTGTCTGGAGTAAAGGTA  495

seq1  TAGGAATGCCAGATCTCAGCATGACTGGGCTGAGGGTCCCTGTGTATCTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATGCCAGATCTCAGCATGACTGGGCTGAGGGTCCCTGTGTATCTG  545

seq1  GAAGGCTTTGGTCCATCACAGTCTGTCTGGAGCTGTGATCCACAAGGTCA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTTGGTCCATCACAGTCTGTCTGGAGCTGTGATCCACAAGGTCA  595

seq1  GGAGGAGATGGGATAAATAGTGACAGACATGTGTGTTGTATCTTTGAGCA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGATGGGATAAATAGTGACAGACATGTGTGTTGTATCTTTGAGCA  645

seq1  CACAGCTTCTCAGCGGTCAGGTAAAATGTACGTGCATGTGCATCTGTGTG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTCTCAGCGGTCAGGTAAAATGTACGTGCATGTGCATCTGTGTG  695

seq1  CATGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTCTATGTGGGTACTTCATTCTTTTCT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTCTATGTGGGTACTTCATTCTTTTCT  745

seq1  TTCTTTTCATTTTTGTTTTTTGAGATAGGGCCTCTTTATCTGTAGCCTAG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCATTTTTGTTTTTTGAGATAGGGCCTCTTTATCTGTAGCCTAG  795

seq1  GCTGACCTTGAACTCAGACTCACAATAGACCACACAACGGCCTCTGCTTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTTGAACTCAGACTCACAATAGACCACACAACGGCCTCTGCTTT  845

seq1  CTGAGTGGTACAATTATAGGCATAAGCTACCAAGCCATTTTTTAAAAAAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGGTACAATTATAGGCATAAGCTACCAAGCCATTTTTTAAAAAAA  895

seq1  AATTTTGTTAGTTTTTGAGACAAGGTCTCATGGATCCTGGGCTACCCTCC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTAGTTTTTGAGACAAGGTCTCATGGATCCTGGGCTACCCTCC  945

seq1  ATCTCATGTAACAGCCTAGTGTGTCCTTGGACAGCTGACTTTTTATATAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGTAACAGCCTAGTGTGTCCTTGGACAGCTGACTTTTTATATAT  995

seq1  CCACATAGAAGTTAAGGAGTTTGAAGCGTAGTGAGGCACATCTGGATGCT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGAAGTTAAGGAGTTTGAAGCGTAGTGAGGCACATCTGGATGCT  1045

seq1  GATGGTCTGTGGGGCCTAAGGTTGTGGAGGGCTCCATTGCTAAGTATAAC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTGTGGGGCCTAAGGTTGTGGAGGGCTCCATTGCTAAGTATAAC  1095

seq1  ATCTCCCTTTATTGAGAAAAGCAAATAGGAACCAACTATAGTGTCCAGAG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCTTTATTGAGAAAAGCAAATAGGAACCAACTATAGTGTCCAGAG  1145

seq1  AAACCCACTTAGACAGGGAAGGAAAAGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCACTTAGACAGGGAAGGAAAAGAATTC  1177